RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00431

RNA: TMR_00431
Rfam family: tmRNA

			GGGGCUGCAAGGUUUCUACAUUGUGAAAAAACAAAUAUAUGAAAGUAAAACGAGCUCAUUAUUAGAGCUUUUAGUUAAAUAAAUGCAGAAAAUAAUAUUAUUGCUUUUUCUCGAAAAUUAGCUGUUGCAUAAAUAGUCUCAAUUUUUGUAAUUCGAAGUGAUAGACUCUUAUACACUACGAAUAUUCUGUUAGAGUUGCUCUUAAUAAAAGAAAAGUAAAAAAAUACAAAUUCUUAUGUUUUUUACCUGAAUUGAUUCAAUUUAAGGUUAGUAUUUUUUGAUUUUUACAAUGGACGUGGGUUCAAGUCCCACCAGCUCCAUCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((.........(.(((((((((((...((((((........((((((((((..[.[[[[.))))).]]]].]................................................................................................................................................................)))))..((((((((((...)))))).))))..)))))).....))))))))))).).(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((...........((((((((...((((((.......))))))...((((...............))))....))))))))..(((((((...((((..((((((....(((..(((...(((((((..((((((((....)))).))))..((....)).....)))))))....)))...)))...(((......)))......)))))).....((((((((((...)))))).))))))))..))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((..(...................((((((.......))))))..........................................(((((((.((((((.....))))))...)))))))...(((((.((((((((....)))).)))).)))))...................................(((((((((.................(((((((((.....))))).))))..)))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((........................................................................................................................................................................................................................................................................)))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((((....(((.(((..........(.((((((.......)))))).).............................(..(((((((.........(((.(..((.((((.......)))).))......).)))....((((((.(((.(..........).))).))))))............))))))).)((((((((..........))))))))(((.((((((...))))))..)))...))).)))....))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(..((..(((((((((((..(.................((((((((.......))))))...))............(((((.............))))).((((((((.((((((.....))))))...))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))..((....((((...))))........))......(((((((((.(...............((((((((((...)))))).))))).)))))))))).))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((((((((.....(((....)))....((((((.......))))))...))).........(((((((((......(((((((((..((((((((..(((((.....)))))....))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...))).)))))...))))))))).((((.(((........))).))))((((((((((...)))))).))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....)).(((((((((((........(((..((.(((...((((((.......))))))))).))..)))....(((((((((.(....((((((((.(((((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...))).)))))..)))))))))).((((.(((........))).))))((((((((((...)))))).)))).).))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((......................((((((.......)))))).............................(((.........((((((((.((((((.....))))))...))))))))..[[[[[.[[[))).((((((...((]]].]]]]].....)).))))))...............................................((((((((((...)))))).)))).............)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....)).(((((((((((................((....((((((.......)))))).))............(((((((((......(((((((.((.(((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...)))).))))...))))))))).(((..(((........))))))..((((((((((...)))))).))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((......................((((((.......))))))...............(((((((((...........((((((((((((((.((((((.....))))))...))))))))..(((((.((((.............)))).)))))........((((...)))).......))))))((((((((...............)))))))).(((((((...))))))).......))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.<<<<<<<<<<<.((...fff(ddd(.hh.(((.kkkkkkkkkkkkkkkkk)))(((((((.cccccccccc(..{{{{.{{{{{{{{{e(([[.[[[[[)E)))))aaaaaaaa.aa)).jjjjjjj(((((bbb.)]]]]]]])}ggggg)AAA...))))).AA)}}}}}.GGGGG.KKKKK.BBB.)})))).KKKKllllllll(..iiiiAAAAAH}}}}}))))JJJJJJJ)HDD}CCCCCCCCCC)LLLLLLLLII>>>>>>>>>>>(((KKKKKKKKDF)))..FF)))))))II..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......(((.(((......(((((.................)))))........(...(........................((.((..........)).)).....((((((.((((..........)))))..)))))....................((((((...........))))))..................(((((...............)))))........))........)))..))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......(((.(((.(....(((((.................))))).......((...(........................((.((..........)).)).....((((((.((((..........)))))..)))))....................((((((...........))))))..................(((((...............)))))........))))......)))..))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((........(((..((.(((...((((((.......))))))))).))..)))....(((((((((......(((((((((..(((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...)))).))))...))))))))).........................((((((((((...))))))).)))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((........(((.....(((...((((((.......))))))))).....)))....(((((((((......(((((((.((((((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...)))).))))..)))))))))).(((..(((........))))))..((((((((((...)))))).))))...))))))))).)))))))))))...((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((......................((((((.......))))))...............(((((((((......(((((((((..((((((((.((((((.....))))))...))))))))..(((((.((((.............)))).)))))........((((...))))........)))))))))............................(((((((...))))))).......))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((........(((..((.(((...((((((.......))))))))).))..)))....(((((((((......(((((((((..(((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...))).)))))...))))))))).........................((((((((((...)))))).))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((..(((((((((........(((..((.(((((...((((.......))))))))).))..)))....(((((((((......(((((((((..(((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...))).)))))...))))))))).........................((((((((((...)))))).))))...))))))))).)))))))))))))..((((.......)))).)))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((((.........(((....)))....((((((.......))))))...((((((.((((((((((((((.(((((..((...(((((((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))........))))..))...))))).(((((..(((......)))...))))).))))))))((((((((((...))))))).)))..))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((((((((..(((....((.(((((....(((.......))).))))).))..)))..)).((((((.............))))))..((((((((((......(((((.(((((((((......((((((((((.((........))))))))))))(((((((((.............)))))))))((((((((((.............)))))))).)).))))))))).))))).)))))..)))))...))))))))))))...(((((.((..))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((......................((((((.......))))))...............(((((((((......((((((((...(((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((.(((...)))..))))....)))))))).........................(((.((((((...))))))..)))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((........(((..((.(((...((((((.......))))))))).))..)))....(((((((((......(((((((((..(((((((((((((((.....))))).)).))))))))..(((((.((((((((....)))).)))).)))))....((((((((...))).)))))...))))))))).........................((((((((((...)))))).))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((...((((....((((......))))......))))........(((((.......))))).(((......))).)))))..((((....))))...((((....))))...((((((.....))))))....(((.(((.....))).(((((((....)))).)))....))).(((.....)))....((((.....))))...(((((((.....((((......))))....((((((((.....))))).))).(((......))).))))))).(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((...((((....[[[[))))..]]]].........(((((.....<<<<.))))).>>>>..(((......))).))).(((((.........{{{{)))))((((......((((((.....))))))....(((.....))))))).(((((((....)))).)))...(((.((((.....))))...((((.....))))..}}}}((((((((..........))))))))bbbb.......)))......BBBB....(((.............)))aaa.aaaa......))))).AA.AAAAA....

---