RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00432

RNA: TMR_00432
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((((((((.........(((((((..(((.(((((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))).))))))......(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...)))))))))....))).)))).......))))))..))))))(((((((..(((((((((..........(((...(((((((((.((...)))))))))))....))).(((((...(((((((((................)))))))))....(((((...(((.................)))...)))))))))).)))..)))...)))..)))))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((..................((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))..............(((((.((((.....))))))))).((((((((.....))))))))...................................................................(((((((((........)))))))))................(((((((((.((..........)).))))))))))....((((...(((.................)))...))))))).......(((((((((.......))))...)))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............((((..(((((.((((((..(((((((((((...........)))))....................................................................................(((((((((...))))))))).....(((((((((...(((..........)))...))....)))))))..................(((((((((........)))))))))................(((((((((.((..((....)))).)))))))))......................)))))).....)))))).))))))))).......(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........(((((((..(((((.((((((...((((((((((.(((((((((..............)))))))))......(((((.......)))))..)))))....(((...........((((.....))))(((((((((..(((..................(((((((((...(((..........)))...)))....))))))..................(((((((((........)))))))))......))).)))))))))....((((((((........))))))))..............)))........)))))......)))))).)))))))))).))....((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((..(((((.((((((..(((((((((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).))))).......(.((((((((.((((.....))))))))).(((((((((...)))))))))..(..(((((((.............((((...))))......))))))).........)(.......(((((((((.((...)))))))))))........)..))).)(((((((((.((..........)).)))))))))......................)))))).....)))))).))))))))))..(((((((((.......))))...)))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........................(((((....)))))((((..[[[[[[[[[[[))))......]]]]]]]]]]]..........((((.............[[[[[.)))).....(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...)))))))))]]]]](((((((.....(((.....[[[..)))...]]]...))))))).((((...[[[..[[[[.[[[[[[[[[.))))...]]]]]]]]]...]]]]....]]]..(((((((((...[[[[[........)))))))))....]]]]]...(((......))).........(((...[[[[[...)))..]]]]]((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.((((.((.((((..(((((.((((((.((((.(((((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))).))))).))....(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...)))))))))((((((.((((.((..........(((((...)))))........)).)))))))...))).((((.(((((((((.((...)))))))))))...))))...((....(((((((((.((..........)).)))))))))......))....(((......))).........)))))).)))))))))))))))))((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........................(((....((((((.((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).))))...................((((.....))))......((((((((.....))))))))...................................................................(((((((((........))))))))).................((((((((................)))))))).....[[[[[...[[[.......))))))....]]])))]]]]]..............((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(........(((((..(((((.((((((..(((.(((((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))).))))))......(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...))))))))).(((((.((((.((..........(((((...)))))........)).)))))))...)).......(((((((((.((...)))))))))))................(((((((((.((..........)).)))))))))............(((......))).........)))))).))))))))))..........(.......).).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((......((((((..)))))).((((.(((((((((((..........))))))))))).........((((((.......[[[[[[.)))))).((((((((....(((((...)))))(((((((((((((((...)))))))))(((..(((((((............(((((...))))).....))))))).........)))......(((((((((........))))))))).............)))))).))))))))..))))..)))))))).........((((((...(((......)))........]]]]]]))))))............(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..(((((((.......((((.(((.((((((.........(((((................))))).........(...(.........................................................((.((((.....)))).))......((((((..(...(((..........)))).........))))))....................((((((((......)))))))).................((((((((((.(((.......)))..)))))))))).................))..))))))....))).)))).....))))).)))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..(((((((.......((((.(((.((((((.(.......(((((................)))))........((...(.........................................................((.((((.....)))).))......((((((..(...(((..........)))).........))))))....................((((((((......)))))))).................(((((((((..(((.......)))...))))))))).................))))))))))....))).)))).....))))).)))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.......(((((..(((((.((((((..((((((.((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))).....((((....(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...))))))))).....(((((((((...(((..........)))....))...)))))))..((((...(((......(((((((((.((...)))))))))))................(((((((((.((..........)).)))))))))))).))))..))))........)))))).....)))))).)))))))))).(((((....)))))....)))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............(((((..(((((.((((((.((((.(((((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))).)))))).)....(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...)))))))))((((((.((((.............(((((...)))))...........)))))))...))).((((.(((((((((.((...)))))))))))...)))).........(((((((((.(((.......).)).)))))))))............(((......))).........)))))).)))))))))).((((..[[[[))))...]]]]))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((..(((((.((((((..((((((......(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......))))))..........((((....(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...))))))))).....(((((((............(((((...))))).....)))))))..((((............(((((((((........)))))))))................(((((((((................)))))))))....))))..))))........)))))).....)))))).))))))))))......(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.((((.((((((((......(((((....))))).((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).))))..((..((.((((((....(((((...)))))(((((((((..(((.............((((((.((((.((........(.(((((...))))).)......)).)))))))...)))......(((((((((.((...)))))))))))......))).))))))))).))))))))..))....))))))))..(((.(((((((((.(.(((.................))).).))))))..))).))).........)))).)))..))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((.((((.((.((((..(((((.((((((..((((((.((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))).....((((....(((((.(((((...)))))))))).(((((((((...))))))))).....(((((((((...(((..........)))....))...)))))))..((((...(((......(((((((((.((...)))))))))))................(((((((((.((..........)).)))))))))))).))))..))))........)))))).....)))))).))))))))))))))))))))))).((((.......)))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.......((((((((......(((((....)))))(((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).))))).((..((.((((((....(((((...)))))(((((((((((((((...))))))...((((((.((((.((........(.(((((...))))).)......)).)))))))...)))......(((((((((.((...)))))))))))..........))))))))).))))))))..))....))))))))..(((.(((((((((...(((......)))((((.....)))).))))))..))).)))..))((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((....((((((((..((((..((((((..)))))).((((((((((((((((((.((((((.((.(((.(....(((....)))...).)))))...(.(((((((...(((((.(((((.(((((...)))))))))))))))(((((...)))))..).)))))((((((.(((.......))..(((......)))...)).)))))......((.((..)).)).((((((..(........)))))))..)))))))).....((((((..)))))).))).)))..)).)))))))))).((.((..)).))(..)((((((.(......)))))))..))))))))).)))..(........)...)))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((((((((......(((((....))))).((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).)))).........(((((.....(((((...)))))((((((.((((((((...))))))))........((((.((..........((((.....))))........)).))))...............(((((((((.((...))))))))))).............))))))..)))))..........))))))))...........((((.............................))))..............................))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((......((((((((......(((((....))))).((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).))))..((..((.((((((....(((((...)))))(((((((((..(((.......(((...((((((.((((.((......(((..(((........)))...))))).)))))))...)))..))).(((((((((.((...)))))))))))......))).))))))))).))))))))..))....)))))))).....(((((..((....(((......)))..........((((..(.....)..))))....))..)))))...)))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((.......)))))))........(((((....))))).((((.(((((((((((..........))))))))))).....((((((.......)))))).))))....((((.....(((((.((((.....))))))))).((((((((.....))))))))...((((((.......)).))))..(((.....))).))))...((((.........))))......(((((((((........)))))))))........(((((..((((.((((........)))))))).((((..(((.....................))).(((.....)))..)))).)))))....(((((((((.......))))...)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((.((..aaaaa)))))..........(((((....)))))(((((..bbbbb....)))))....BBBBB(((.AAAAA.))).(((((<<<....))))).>>>......(((((....(((((.((((.....))))))))).((((((((.....))))))))...((((((.......)).)))).((((.....)))).......((((.........))))......(((((((((.((...)))))))))))...(((.....))).))))){{{{{{..(((([[[[.....))))..))))...]]]]}}...}}}}.......((((.....))))..(((.(((...........)))....(((.((....))))).))).

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