|
|
|
GGGGAUGACUGGUUUCGACUUGGAAUGGUUGUUCCAGGAGAAGCGGGCCGAGGACCCAGGGUCAACUCGUUAACGAUCCUUGGAAACCUAUAAGUGCCGAGAACACUCGCACUGACUUCGCUCUCGCUGCCUGAUCAGUGAUCGAAGGGUCAGCCCGGAUGUAGCCUUCCGUCCGGAUCCUGGCCUCGUUUAGAAGGCUUGCCGUACAGCUGUGGUCACGGGGGCUGUACGGGACGUUUACGUGACUGGGCUUGUCUGCACCAUGUCGGUGUGAGUGCAGGAGCCGAGCAAUAACGACAGCAUCGACUGCGCCCGGAGAAUGUCUGGACGGUCUUUCAAGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCAUCUCCACUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((.(.....((((((.(...(((((((((...[[[[[.....)))).........]]]]].................................((..(..((((..........))))..)..))(((((.((((((...{{{{{{.))))))...)))))........}}}}}}....(((((((((.aaaaaaaa..))))))))).........AAAAAAAA(((((..((((((...<<<<<<<<..)))))))))))..............>>>>>>>>...))))).....).))))))...).)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.((((((((((((.....((((......(((((((((((((.(((...((((((......)))))).))).(((((((.(((((((........)))))))...)))))))....((((((((((.((((((((((...........)))))))))).(((....)))....)))))).))))......))))))))))))).......(((((..........)).)))...))))(((((.....)))))..))).))))))))))).))))))....)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..((((((((....)))))))).)))))......................(((....)))(((((((((.......(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))...........((...((((((((((...........))))))))))...))...........((((..(((((((((((....)))).)))))))))))................................................))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((..........(((((.................((((((................)))))).........(((((...........)))))............((((......)))).........(((((.(((((............)))))...))))).................((((((((((...........))))))))))................(((((..(((((.(((......)))..)))))))))).....................................)))))........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((.((((((.(((((.....(((((.......((((((................))))))..........((.((.....(((((((((((((.........((((......)))).......(((((((.((((((..........))))))...)))))))...............((((((((((...........))))))))))...........(((.......)))........)))))))))))))..)).))..........................))))).......))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..((((((((....)))))))).))))).......((((((.)))))..)((((()))))((((((((((((....(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))(........)(((...((((((((((((....))...))))))))))...))).......((.((((..((((((((((((()))))).))))))))))).))...........((.......))..(((((.....)))))..))).))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((..((((((((....)))))))).)))))...(((((((....[[[[....(((....))))))))))..]]]]...(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((.[[[[[[[)))))))...)))))).......]]]]]]]..((((((((((..[[[[[[[..))))))))))........]]]]]]].(((((..(((((((((......))).)))))))))))..............(((..[[[)))..(((((.....)))))...]]]......(((.[[[[[)))....]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.(((((..((((((((....)))))))).))))).)).((((((((...))))..)))).......((((((((((((....(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...)))))).(((.....((((...((((((((((.((....)).).)))))))))...))))))).(.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))).....((.(((......))))).(((((.....)))))..))).))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........[[[[[[.)))..]]]]]]..............(((.......................(((((((........(((((.(((....))))))))...((((....(((((......)))))..)))).((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((((...........)))))))))).............((.((((..(((((((((((....)))).))))))))))).)).........................(((.......)))........)))))))..{{{{{)))....}}}}}))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.(((((..((((((((....)))))))).))))).)).((((((((...))))..)))).......((((((((((((....((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((((.((....))..))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..)))).(((......)))...(((((.....)))))..))).))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((..)))))))))....(((((.....((((...))))(((((((......(((((((((.......((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((.[[[[[[[)))))))...))))))(((((((]]]]]]]..(((((((((((((..)))...))))))))))(((((((......((((((......(((....((((((((...(((.........))).........))))))))))))))))).))))))))))))))..))))))))).))))))).....)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......(((..(((.((((((.......(((((..................)))))........(...(...........................((.((((....)))).))......((((((.(((((((........)))))))...))))))..................((((((((...........))))))))..................(((((..(((.(((...........))).)))))))).....................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......(((..(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...(...........................((.((((....)))).))......((((((.(((((((........)))))))...))))))..................((((((((...........))))))))..................(((((..((..(((...........)))..))))))).....................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.(((((((((.......((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...)))))).((((((((...(((.((((((((((.((....)).)).))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).....)))....))))))))...))))))))))).))))))....)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..((((((((....)))))))).)))))....((((((((...))))..)))).....(.((((((((((((....((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((((...........))))))))))..((((....((.((.(((((..((((((((((....)))).))))))))))).))))..)))).(((......)))...(((((.....)))))..))).))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((..(((((.((((...(((((((...((((((.....((((...))))..)))))).......)))))))..)))).....)))))..(((((((((((((.......((((((......)))))).....(((((((.(((((((........)))))))...)))))))........((((...((((((((((...........))))))))))...(((((......)))))..)))).......)))))))))))))..)))))))..................(((((...(((((.....))))).)))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.((((((((((((....(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))..(((((((...(((.((((((((((.(.(...).).))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).....)))....)))))))))).))))))))))).))))))....)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((....((((((((....))))))))...((((((.(((((..((((((.....(((....))).)))))).........(((((.(((....))))))))..)))))..))))))....))))))).......(((((((.(((((((........)))))))...)))))))((((((((...(((.((((((((((.((....)).)).))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).....)))....))))))))...)))).(((..(((((.......)))))..)))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.((((((((((((....((((.((((....))))))))(((((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))))(((((((.......((((((((((.(.(...).).))))))))(((.((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).)))))......)))))))))).))))))))))).))))))....)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((.(.((((((....))))))).))))))(((((..)).))).))).((((..)))).((.(((((((((..((..)((((.(((((..))))))))).)(((((..((((((((...).))))))))))))((((.((((..))))))))..(((((((((..(...((((......))))..(((((((((((((((..)))..)).))))))))))((.((((.((.((((((((..(((((((((......))).)))))))))))))))))))))))((((...).)))(........)...)))))))))..)))))))))))(((((.....))))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...................................(((((....((((((.(((....))).....((.(((((((((.......((((.((((....))))))))..........((((((......))))))......((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((((.(.......).))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))................((((.......))))......))))))))))).))))))....)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.((((((((...(((..(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...)))))).....)))...(((..((((((((((.((....))..))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))..)))...(((((...(((((.....))))).))))).)))))))))).))))))....)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..((((((((....)))))))).))))).((((.((((.((((((................))))))..((((...(((((.(((....))))))))....(((...((((((......)))))).))).))))....(((((((........))))))).)))).((((........))))...((((((.......)).)))).)))).((((.........))))...(((....)))(((((.....)))))..((((((..........................))))))(((((.....)))))...((((.....)))).((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....[[[[[[..((((((((....))))))))...((((((.....(((.....)))..))))))....)))))..]]]]]]....((((.((((....))))..((((.((.((....<<<))..))))))(((((....)))))..(((((((.>>>....))))))).((((.(((((.....)).)))...((((((((((....aaaaa..))))))))))........AAAAA..((((...(((((((((..{{{{{.)).)))))))....................}}}}}....)))).((((..((....))..))))...)))).(((((.......)))))......)))). |