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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00439



RNA: TMR_00439
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..((((((((....)))))))).)))))......................(((....)))(((((((((.......(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))...........((...((((((((((...........))))))))))...))...........((((..(((((((((((....)))).)))))))))))................................................))))))))).(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.((((((.(((((.....(((((.......((((((................))))))..........((.((.....(((((((((((((.........((((......)))).......(((((((.((((((..........))))))...)))))))...............((((((((((...........))))))))))...........(((.......)))........)))))))))))))..)).))..........................))))).......))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..((((((((....)))))))).))))).......((((((.)))))..)((((()))))((((((((((((....(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))(........)(((...((((((((((((....))...))))))))))...))).......((.((((..((((((((((((()))))).))))))))))).))...........((.......))..(((((.....)))))..))).))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((..((((((((....)))))))).)))))...(((((((....[[[[....(((....))))))))))..]]]]...(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((.[[[[[[[)))))))...)))))).......]]]]]]]..((((((((((..[[[[[[[..))))))))))........]]]]]]].(((((..(((((((((......))).)))))))))))..............(((..[[[)))..(((((.....)))))...]]]......(((.[[[[[)))....]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.(((((..((((((((....)))))))).))))).)).((((((((...))))..)))).......((((((((((((....(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...)))))).(((.....((((...((((((((((.((....)).).)))))))))...))))))).(.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))).....((.(((......))))).(((((.....)))))..))).))))))))).(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.(((((..((((((((....)))))))).))))).)).((((((((...))))..)))).......((((((((((((....((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((((.((....))..))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..)))).(((......)))...(((((.....)))))..))).))))))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((..)))))))))....(((((.....((((...))))(((((((......(((((((((.......((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((.[[[[[[[)))))))...))))))(((((((]]]]]]]..(((((((((((((..)))...))))))))))(((((((......((((((......(((....((((((((...(((.........))).........))))))))))))))))).))))))))))))))..))))))))).))))))).....))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((.......(((..(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...(...........................((.((((....)))).))......((((((.(((((((........)))))))...))))))..................((((((((...........))))))))..................(((((..((..(((...........)))..))))))).....................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.(((((((((.......((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...)))))).((((((((...(((.((((((((((.((....)).)).))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).....)))....))))))))...))))))))))).))))))....))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..((((((((....)))))))).)))))....((((((((...))))..)))).....(.((((((((((((....((((.((((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((((...........))))))))))..((((....((.((.(((((..((((((((((....)))).))))))))))).))))..)))).(((......)))...(((((.....)))))..))).))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((..(((((.((((...(((((((...((((((.....((((...))))..)))))).......)))))))..)))).....)))))..(((((((((((((.......((((((......)))))).....(((((((.(((((((........)))))))...)))))))........((((...((((((((((...........))))))))))...(((((......)))))..)))).......)))))))))))))..)))))))..................(((((...(((((.....))))).)))))..........(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.((((((((((((....(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))..(((((((...(((.((((((((((.(.(...).).))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).....)))....)))))))))).))))))))))).))))))....))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((((....((((((((....))))))))...((((((.(((((..((((((.....(((....))).)))))).........(((((.(((....))))))))..)))))..))))))....))))))).......(((((((.(((((((........)))))))...)))))))((((((((...(((.((((((((((.((....)).)).))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).....)))....))))))))...)))).(((..(((((.......)))))..)))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.((((((((((((....((((.((((....))))))))(((((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...))))))))(((((((.......((((((((((.(.(...).).))))))))(((.((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))...(((.....))).)))))......)))))))))).))))))))))).))))))....))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.(.((((((....))))))).))))))(((((..)).))).))).((((..)))).((.(((((((((..((..)((((.(((((..))))))))).)(((((..((((((((...).))))))))))))((((.((((..))))))))..(((((((((..(...((((......))))..(((((((((((((((..)))..)).))))))))))((.((((.((.((((((((..(((((((((......))).)))))))))))))))))))))))((((...).)))(........)...)))))))))..)))))))))))(((((.....))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................................(((((....((((((.(((....))).....((.(((((((((.......((((.((((....))))))))..........((((((......))))))......((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((((.(.......).))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))................((((.......))))......))))))))))).))))))....))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...(((((......)))))..)))).....(((((....((((((.(((....))).....((.((((((((...(((..(((((.(((....))))))))..(((((...((((((......)))))).)))))((((((.(((((((........)))))))...)))))).....)))...(((..((((((((((.((....))..))))))))))..((((....((.((.(((((..(((((((((......))).))))))))))).))))..))))..)))...(((((...(((((.....))))).))))).)))))))))).))))))....))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..((((((((....)))))))).))))).((((.((((.((((((................))))))..((((...(((((.(((....))))))))....(((...((((((......)))))).))).))))....(((((((........))))))).)))).((((........))))...((((((.......)).)))).)))).((((.........))))...(((....)))(((((.....)))))..((((((..........................))))))(((((.....)))))...((((.....)))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....[[[[[[..((((((((....))))))))...((((((.....(((.....)))..))))))....)))))..]]]]]]....((((.((((....))))..((((.((.((....<<<))..))))))(((((....)))))..(((((((.>>>....))))))).((((.(((((.....)).)))...((((((((((....aaaaa..))))))))))........AAAAA..((((...(((((((((..{{{{{.)).)))))))....................}}}}}....)))).((((..((....))..))))...)))).(((((.......)))))......)))).