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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00441



RNA: TMR_00441
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...))))).....................(((((.((((((...(((((((..(((..((((.....(((((((...........(((((.(((....))))))))..(((((.....((((......))))...))))).(((..........................)))...(((((((((((((.....)))))))))))))........................(((((((.....))))))).......................................(((.......))))))))))...))))))).)))))))...)))))).)))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(................................(((.................((((.(................).)))).........(((((.(((....))))))))...........(((((......))))).............................................((((((((...........))))))))....................(((...(((((...............))))).)))......................................)))..................(((((.......)))))...).)....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((.....)))).).(((((((.......))).)))).(((((((...((((.(((.................................(((((...........)))))..(((.((((((((......(((((........(((....))).....))))).((((.(.(((....(.(((((((((((.........))))))))))).)..))).).))))...........((((((.....))))).)..)))))))).)))..................))).)))).......((((..............))))(((((.......)))))..))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...))))).......(((.......))).(((((.((((((...(((((((..(((..((((.....((((((((((((......(((((.(((....))))))))..(((((.(..(((((......)))))).)))))(((((((.((((.......))))..))..)))))..(((((((((((((.....))))))))))))).....)))))............(((((((((.....)))))))))((((.....(.((..........))..)..))))...((((.....)))))))))))...))))))).)))))))...)))))).)))))....
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...))))).......((((....).))).(((((.((((((...(((((((..(((..((((.....((((((.((....))...(((((.(((....))))))))...(((((((((((.((.(((((...........))))))).(((((((.((..((((...(((((....((((((((((...........))))))))))..)))))...))))))))))))).(((((((.....)))))))..))))))).))))......((.(((......))))).(((((.....)))))))))))...))))))).)))))))...)))))).)))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...))))).......((((....).))).(((((.((((((...(((((((..(((..((((.....((((((............(((((.(((....))))))))....((((((((((.......((...........))........(((((.(...((((...(((((....(((((((((((.........)))))))))))..)))))...)))).))))))..((((((((.....)))))))).)))))))).)).......((.(((......))))).(((((.....)))))))))))...))))))).)))))))...)))))).)))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..(((((((((((.(((((((.((((((....((((((((((((...(((((((((((((((((..))))).......))))))..((((....))))...)))))).))))))))...((((((...........))))))))))..))))))...((((((((((((...[[[[[[[[[.))))))))))))]]]]]]]]]..........))))))).......(((((((.....)))))))((((((....(((...............))).))))))))))))))))).......(((((...)))))(((((.......))))).....)))))
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(.((....(.....((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...(...........................((.(((......))).)).......(((((........)))))...................((((((((...........))))))))....................((((((((..(((...........))).....)))))))).................)).)))))))...))).)))).....))))))..)))((((((...)..)))))))).)).)..
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...)))))...((((.((((((((((.((((.......((((....))))........))))..)))))))))).)))).................(((((((((((((......................(((((....)))))...(((((((.....((((...(((((....((((((((((((((...))))))))))))))..)))))...))))..)))))))..........)))))))))))))..((((.....................(((((...(((((.....))))).)))))..........(((((.......)))))..))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.....((.(((((((((((((.(.((((((.((((...((..((((((((.(((((((((...........)))).)))))........((((.((((....))))))))..)))))).))..)).)))).....(((((....)))))((.(((.(((((...((((.(.(((((....(((((((((..((.....))..)))))))))..))))).).)))).........((..((((.....))))..))..))))).))).))...)))))).(((.....)))).)))))))))).))).)).((((.....))))(..((.......))..)))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..((((((((.(......)).))))))))))....(((((((((..((((((..(.((((..))))((((((((.(((((((....((((.(((((..))))))))).(((((((.(..(((((...).)))))).))))))..((((((..)))))).((((......))))(..).((((((((.............)))))))).)...))))))))))))).)...(((((((((((......))).))))))))..(...........)((((...).))).((((.............).)))(((..))).)..))))))))..........))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...))))).....................(((((.(..(((...(..((((.(................................((((..(((....))).))))......................................................((((....((((....(((((((((..((.....))..)))))))))..))))....))))..........(..((((.....))))..)......................................((((.......))))...............).))))..)...)))..).)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((.((.(((((((((((((...((((((.((((((....(((((((((.(((((((((...........)))).)))))........(((((.(((....))))))))..)))))))))..)).)))).....(((((....)))))((.(((.(((((...((((...(((((....(((((((((..(.......)..)))))))))..)))))...)))).........((..((((.....))))..))..))))).))).))...)))))).(((.....)))..)))))))))).))).)).((((.....))))..(((......))).))..))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))..(((((.(((....)))...))))).(((((((....))).(((.....))).(((((....)))))....)))).(((((.(((....))))))))......((((..((((......))))((((....)))).(((........))).((((.((((....)))).(((((((((((.....))))))))))).(((....))).))))..))))....(((((((.....)))))))..((((..........................))))..(((((.....)))))...((((.....))))..((((.........))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....)))).......((((....))))..(((((....((((....)))).....((((.......[[[..)))).((((((...(((((.(((....))))))))......((((..((((......))))((((....)))).aaa.)))))).AAA.(((((((((....)))).(((((((((((.....))))))))))).(((....))).{{{{)))...}}}}..(((((.....)))))..<<<<<<))))........))]]].........>>>>>>(((((.....)))))...((((.....))))..(((.......)))...)))))....