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GGGGCUGAUUCUGGAUUCGACGGGAUUUGCGAAACCCAAGGUGCAUGCCGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGCAAAAAGAUAGUCGCAAACGACAAUCAAUAUAAAGCACUAGCAGCUUAAUAACCUGCCUAGAGCCUUCUCUCCCUAGCUUCCGCUCUUAAGACGGGGAUAAAGAGGAGUCAAACCCAAAAGAGAUCGCGUGGAUGCCUAGCUUGGGGUUGAAGCGUUAAAUUUAAUCAAGCUAGCUUAUUUGUGGCGUGUCUGUCCGCAGCAAGUAAGUGAAUUUAAAGACUAGACUAAGCAUGUAGUGCCGCGGAUGUAGAAAUUUCGGACGCGGGUUCAACUCCCGCCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.......))))))........(((..(((....)))..)))((((((............)))))).....(((.((((....)))).)))........((((((((((.........)))).)))...((((((((((.......((.(((..)))))))))....)))))).............................((((((((..(((((........)))))))))))))((((((((((.(((........))).))))))))))............................)))...(.................)(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((((.(((.(((.((....(((..(((....)))..)))((((((............)))))).....(((.((((....)))).)))........((.(((((((.........)))).))).))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).((..(((((.((..(((.....)))..))...)))))..)).(((...............))).((((((((((.(((........))).))))))))))....................))....))).)))))))).))))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((.(((......(((((((..(((..............)))((((((............))))))..........)))))))))).............((((((((((.........))))((((...(((((((((((....[[[[[.........)))))....))))))..................((((..))))(((((((((....................)))))))))(((((((((.(((........))).)))))))))............))))..........)))))).]]]]].........)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((((.(((.((((((....(((..(((....)))..)))((((((............)))))).....(((.((((....)))).)))...........(((((((.........))).))))...(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))(((..(((((.....(((.....))).......)))))..)))(((...............))).((((((((((.(((........))).))))))))))...((((.....))))....)))...))).)))))))).))))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................................(((....))).....((((((............))))))..........................(((..........((((.........)))).......(((((((((((..................))))....)))))))...............................((((((..(((......)))......))))))..((((((((((................))))))))))...............((((......))))........)))..............................))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((....((((((((...........((((((((((((((.........))))).......((((.........((((....))))((..........((.(((((((.........)))).))).))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))))..................)))).........................................((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))...))))..........)))))))).......)))))........))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((.(((((.(((((((..(((..(((....)))..)))((((((............))))))..........))))))).(((............((.(((((((.........)))).))).))(((((.(((((..(((........)))..)))))...))))).)))...))).......(((.(((((.(((...(((((((((((((........)))))))......((((((((((.(((........))).))))))))))................))))))..)))...)))))))))).)))..)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........))((((((....))))))(((((....)))))((((.(((((((((((((....(((((((((((((.(((((..))))).))).......(((.((((((((......).))).)))))))(((((((((((.((((........))).)))))).).))))).(.((...(((((........))))).)))((((((((..(((..))).((((..)))).))))))))..))))))))))(((.((((..)))))))((((((..))))))((((((((.......)))))))))))).((((((((..)))).)))))))).)))))))).)))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((.((((((((.((.....(..(((((((((......(((((..((...)).....))))).......(((((.....(.(.(...........((.(((((((.........)))).))).))(((((((((((....(........)....))))....)))))))..(...(.......(((.((((.(..(............))...))))........)))..).).((((((((((.(((........))).))))))))))...).)...)....))))).)))))...))))...).))...))))))))....))))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((............(((((...(((..(((....)))..)))...........))))).............(((.((((....)))).)))........(((((..(((((((.......................((((..(((........)))..))))............................................................................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))))).)).)))))................))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((..((.(((.(((((......(((..(((....)))..)))((((((............)))))).........((((....))))............((.(((((((.........)))).))).))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).............))))).))).))..)).(((((((....................))))))).((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).(((.((((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((...(((.(((((((..(((..(((....)))..)))((((((............))))))..........))))))).(((............((.(((((((.........))).)))).))(((((.(((((..(((........)))..)))))...))))).)))...))).....((((((((..((((.((((((((..((((((........))))))))))))))..))))..)).)).))))((((((.(((.....(((..((((.....)))).....)))....))).))))))...)))..)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((.......)))))).((((..........)))).(((....)))....(((..........)))...........((((....))))..........((((....((((.........))))..((((....)))).....))))...(((((............))))).((((.(((((.....((.............))......))))).((((...................))))...(((((.........)))))..((((......))))...))))..((((......))))....((((.........))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((.......)))))).(((((.......[[[[[.((((....))))...[[[.)))))....]]]...........((((....))))............]]]]].((((.........)))).((((((.....{{{{{{.)))((((.((....)))))).....}}.}}}}.....(((((...<<<.<<<...<<<<<.....))))).(((((>>>>>...))))).....)))((((....aaaa.))))>>..AAAA....(((>>>>..)))...............(((.....)))..((((.........))))...(((((.......))))).)))))).... |
