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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00451



RNA: TMR_00451
Rfam family: tmRNA

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Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................................((((((((((((.........))))).............................................((((((.........))))))......................................................................................................................(((........)))...............................)))))))..........................(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...........(((.(((((......(((((..............)))))....................................((((.........)))).....((((((((((..(((.........))).)))...))))))).............................((((((....................))))))..((((((((((.(((........)))..))))))))))...................)))))....)))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................................(((((((((......((((((............)))))).........((((....)))).............((((((.........))))))....((((...............................)))).................................................................(..........((........))...........)....................))))))...))).....................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((..(.....((....(((((((((......((((((............))))))..............................(((.((((((.........)))))))))((((((.......((((..........))))....))))))................(((.....(((((.....)))))....))).................(((((....(.(((........)))..)....)))))...................)))))...))))....))....)..)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((....((((.((((((((.(((....(((..((((......(((((((((((.(((..................((((....)))).........(((.((((((.........)))))))))((((((((((.((((.........))))))).)..))))))...((((.((......))..))))........))))))))))))))......))))...))).))).))))).))).))))..)))).((((((((..((((...................................))))...))))))))(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...........(((((((((......(((((..............))))).........((((....)))).........((..((((((.........)))))).))((((((((((.(.(((.......))).))))...))))))).............................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))).)))))...................))))))...)))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((.((...(((((((...((..(((....)))..)).((((((.((...))....))))))..........))))))))).)))...((((.((..(((((.........))))).))..((((((((((..(.(........)).)))).)..))))).................(.((...((((((....))))))...)))..................((((((.(((.(((.(.....)))).)))..)))))).....................................))))..).)))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.((((((((.(((....((.((((((......((((((((((.((((..................((((....)))).........(((.((((((.........)))))))))(((((((((..((((.........))))..)))..))))))...((((.((......))..))))........))))))))))))))......))))...))))))).))))).))).)))).....))))))))))).(((........))).................((((((.....))))....))..(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..((((...)))).((((((((((((....((((([[[[[....))))).........)))))))))..((((....))))........(((..((((((.........))))))...((((((..........(((((((..)))))))...))))))((((((..........((((((...))))))....))))))...))).........((((.]]]]].........))))...))).))))))))))).......((((((((................(((...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((........(((...(((((((((......((((((............)))))).........((((....)))).........(((.((((((.........)))))))))(((((((((..((((.........))))..)))..)))))).................((.((..(((((.....)))))...)).))................(((((..(((.(((........))).)))...)))))...................))))))...)))...))).......)))))......((........)).............
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(.....................(.((((.........)))).)...((((((.(((.((((.........)))))))....))))))................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))...)))))))))...............)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(..((((((((.......((..(((.(((((((((((.....)..)))))..................((((((....))))(.......)(((...((((.........))))..)))((((((((((..(((.........))).)))...)))))))((..(...........((((..........(...).......)))).............)...((((((((((((((........))).)))))))))))))..............)).)))))....)))..))......)))))))))..(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(..((((((((............(..(((((((((((.....)..))))).........((.........((((....))))(.......)......((((.........))))...))((((((((((..(((.........))).)))...))))))).(..(...........(((...........(...)........))).............)...((((((((((((((........))).))))))))))).........).........))))).....)...........)))))))))..(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((....((((.((((((((.(((....((.((((((......((((((..((.((((....((.((.........)).))....(((((.......(((.((((((.........)))))))))((((((.(((.((((.........)))))))....))))))...((((.((......))..))))...)))))))))))..))))))......))))...))))))).)))))).)).))))..)))))((((((((..(((((.......(((.........)))...........)))))...))))))))(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.((((((((.(((....((.((((((......((((((((((.((((..(((.............((((....)))).........(((.((((((.........)))))))))((((((((((.((((.........))))).)))..))))))...((((.............))))..)))...))))))))))))))......))))...))))))).))))).))).)))).....))))))))))).(((........)))..............((.((((((.....))))....))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((......((((...))))..........(((((((......(((((((((((......................((((....)))).............((((((.........))))))...((((((.......((((..........))))....))))))................((((((...))))))....)))))))))))...(((((.........)))))........((((((..........................)))))).....)))))))...))))...................(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((.............)))((((((............)))))).........((((....))))......(((....((((((.........))))))...((((((.(((..................)))....))))))....(((.............)))......((((((....................))))))..(((((......(((........))).......)))))...............(((....))).)))...................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...........((((((((((((((.........))))).......((((.........((((....)))).........((....((((.........))))...(.((((((((((..(((.........))).)))...))))))).)..............)))))).........................................((((((((((.(((........)))..))))))))))...................)))))...))))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((....((((.((((((((.(((....((.((((((......((((((..((.((((....((.((.........)).))....(((((.......(((.((((((.........)))))))))((((((.(((.((((.........)))))))....))))))...((((.((......))..))))...)))))))))))..))))))......))))...))))))).)))).)))).))))..)))))((((((((..(((((.......(((.........)))...........)))))...))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((.((((((((((((((.((((((((.(((....((.((((((......((((((..((.((((....((.((.........)).))....(((((.......(((.((((((.........)))))))))((((((.(((.((((.........)))))))....))))))...((((.((......))..))))...)))))))))))..))))))......))))...))))))).)))).)))).)))).....)))))))))))))...........(((.........)))....)).(((.....)))....((((.(((((.......)))))....))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((....((((.((((((((.(((....((.((((((......((((((..((.((((....((.((.........)).))....(((((.......(((.((((((.........)))))))))((((((.(((.((((.........)))))))....))))))...((((.((......))..))))...)))))))))))..))))))......))))...))))))).)))))).)).))))..)))))((((((((..(((((.......(((.........)))...........)))))...))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(...))))))).((..)).((((.(.(((..))).)))))((((((((((.((((((......))))))...(((.((((((((((((((((((((.(((((((......).)))))))))((((((.(((.((((.(......))))))))....))))))((.((((.............))))))(..).((((....(((((...)))))...))))((((........))).)((((((.((........))...((((..))))))))))...((......)).....))))))))))))))))))))..)))..))))..))).)))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.(((((..(.((...(....(((((((((.....((((((..((....(........((.......(.((((....))))...).....))....)..))......))).)))....((((((...(.(...((.......))..)..)...))))))(((.(..(.....(..............)...)..)..)))..............((......((.((..(((.(((........))).)))...)).)).........))........)))))...))))....).))..)..)))))....))))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((....((((.((((((((.(((.........((((......((((((..((.((((....((.((.........)).))....(((((.......(((.((((((.........)))))))))((((((.............................))))))...((((.((......))..))))...)))))))))))..))))))......)))).......))).))))).))).))))..))....((((((..................................................)))))).(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((.((.....)).))).............((((((......((((((............)))))).........((((....)))).........(((.((((((.........)))))))))(((((((((..((((.........))))..)))..))))))....(((.((......))..)))......((((((....................))))))..(((((..(((.(((........))).)))...)))))...................))))))....((((.............))))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((((..(((....((.((((((......((((((..((.((((..(((.............((((....)))).........(((.((((((.........)))))))))..((((.(((...((..(((((((....((...((....))...))..))))))).)).))))))).)))...))))))..))))))......))))...)))))))..))).)))).)))).....)))))))))))..............(((((...((.....))...((((.....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((((.......))))).(((((..((.......))...)).))).(((((((..........))))))).........((((....))))..............(((((.........))))).))))).((((.......(((.((((....))))((((((........((((.((......))..)))).((((....)))).)))))).....(((((.........))))).)))....((((((..........................)))))).................((((.....))))...)))).(((((.......)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((.......)))))).(((((....))))).(((((((((((.[[[[[[[.)))))....]]]]]]].........((((....))))...((((......((((((.........))))))...((((((.......(((({{{{{.....))))....))))))...((((.((......))..)))).((((.....)))).((((......(((((..<<<<<..)))))..........>>>>>.....)))).....))))..........}}}}}...))))))....((((((.....)))....)))..(((((.......))))).))))))....