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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00457



RNA: TMR_00457
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((........((..(((((((((((((((((((.......((((...(((((....(((((........)))))....((((.....((((((.........((((..(((((....))))).........))))..((((.(((....)))))))(((((((..(((..(......)..)))...))))))).................)))))).....)))))))))....))))........))).)))))))(((...(...(((.......)))....)..)))......................)))))...))))...))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((....((((((....))))..))......(((((..(.(((((((((((......((((...(((((.(((((((((......)))))).)))((((.....((((((((((.....(((...(((((....)))))...)))))))...((((((.(((....))))))((((((((..(((..(.......).)))...))))))))...........)))..)))))).....)))))))))....)))).......)))).)))))))..)...)))))..(.(((((((....))))))))...........))))))))((....)).((((((....)))..)))(((.(((((((((........))))))..))).)))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((.[[[[.....))))......]]]].....((((((.[[[[[[[))))))........]]]]]]].................................(((((((.((((((...(((((....)))))...)))...))).)))))))(((....)))...((((((((..(((....[[[[[...)))...))))))))........]]]]]...((((........[[[[[[....[[[)))).....]]].]]]]]]..((((..(((((((.[[[....)))).)))..))))...............]]]..(((...[[[[[......)))...]]]]]..(((.[[[[[)))...]]]]].)))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((............(((((....(((((((((((.................(((((((((((......))))))..(((((((........(((((((....((((..(((((....))))).........)))))))))))......((((...........((((.....))))...)))).......)))))))....)))))....(((((......((((...))))..)))))......)))).)))))))......)))))....(((((((....)))))))...((((..........(((((....)))))..........)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((.((.((((.((.....)))))).)).(((((.......((((((((((.................(((((((((((......))))))..(((((((..(((..(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....))))))).........(((............)))..)))..)))))))....)))))....(((((...((.........))...)))))......)))).)))))).(((..(((((((........)))).)))..)))...)))))....)))))))).(((.(((.......)))))).......((.(((((((((........))))))..))).)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((......(((.((((..(((((((((((((......((((...(((((.(((((((((......)))))).)))((((.....((((((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).(.((((((.(((....))).).((((((((...(((...........)))...)))))))).........))))).))))))).....)))))))))....)))).......)))).))))))((((..(((((((........)))).)))..))))...............)))...)))).)))..(((....))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..((((((.((.......))))...((((((.(..((((((........))))))..))..)))))((((((((......))))).)))...))))..))))))))))((..))(((((.((((((..))))))(((((((((((((((((((.((((..)))))))(((((((((.((((.(........)))))).)))))))).......))(((....(((.((..(...(((((((..(((......))..)..)))))))....)))).))...))).(((..)))).)))))))))))).(......)..(((.(((((..)).)))))))....)))))..(((.((.((((((.((..))))))).)...)).)))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......................((((((((((.................(((((((((((......))))))..(((((.........(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....)))))))..(((((...(((...........)))...))))).)))))....)))))....(((((...................)))))......)))).)))))).(((..(((((((........)))).)))..))).............................................)))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((...........(((((((((((((........))))))........(((((((((((......))))))..(((((.........(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....))))))).((((((...(((...........)))...)))))))))))....)))))....(((((.......((((((....................))))))..((((..(((((((........)))).)))..)))).............)))))...)))))))...(((....))).)))))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((......((((.((.....))))))......((((((.(((.....)))..(((..............))).))).(((......))).))).............))))))......(((((...(((((....))))).(((....)))....((((...........)))).......((((.....)))).........))))).(((........)))...((((((........((((((....................))))))..((((...((((((........)))).))...))))..((((..........(((((....)))))..........))))..)))))).((((((........)))))).........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.[[[[[((((....))))..))))......((((.(((.....)))..(((........]]]]].))).))))........(((((............)))))..(((((((.{{{{{{...(((((....))))).(((....)))..))))))).((((.((............)))))).....((((.......<<<<..(((((.....)).)))....<<<<<))))..(((.....)))..>>>>>....>>>>.......(((((......((((.aaa....))))....(((AAA...)))............(((....)))((((....}}}}}})))).)))))..(((((.......))))).))))))....