|
|
|
GGGGCCGUUUAGGAUUCGACGCCGGUCGCGAAACUUUAGGUGCAUGCCGAGUUGGUAACAGAACUCGUAAAUCCACUGUUGCAACUUCUUAUAGUUGCCAAUGACGAAAACUACGGCCAGGAAUUCGCUCUCGCUGCGUAAGCAGCCUUAGCCCUGAGCUUCUGGUACCUUCGGGUCCAGCAAUCACCAGGGGAUGUCUGUAAACCCAAAGUGAUUGUCAUAUAGAACAGAAUCGCCGUGCAGUACGUUGUGGACGAAGCGGCUAAAACUUACACAACUCGCCCAAAGCACCCUGCCCUUCGGGUCGCUGAGGGUUAACUUAAUAGAAACGGCUACGCAUGUAGUACCGACAGCGGAGUACUGGCGGACGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((........((..((((((((((((((..[[[[[[[.)))))........]]]]]]]....................................((......(((...(((((....)))))...)))......)).((((.(((....)))))))(((((((..(((..(.<<<<<)..)))...))))))).........>>>>>...(((((...((..aaaaaa.))...))))).........AAAAAA..((((...(...((({{{.{{{)))....)..))))..........}}}..}}}...)))))...))))...))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((....((((..(((((((((((((......((((...(((((.(((((((((......)))))).))).(((.....((((((((((.....(((...(((((....)))))...)))))))...(((((..(((....)))...((((((((...(((...........)))...)))))))).........)))))..)))))).....))).)))))....)))).......)))).))))).((((..(((((((........)))).)))..))))..............))))...))))..))).(((....))).)))))))))...((((((....)))))).))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.............................(((((....(((((((((((......((((...(((((..(.((((((......))))))..).((((.....((((((..(......(((...(((((....)))))...))).)........(((.(((....))))))((((((((..(.((...........)))...))))))))................)))))).....)))))))))....)))).......)))).)))))))......)))))(........)(....)...................)))))))............................((.(((((((((........))))))..))).)). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((................(((((((((((........)))))).............((((((......)))))).............................(....(((((....)))))....)..........((((.(((....)))))))(((((((...(((...........)))...))))))).............................((((((....................))))))..((((..(((((((........)))).)))..)))).....................)))))..................)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((........((..(((((((((((((((((((.......((((...(((((....(((((........)))))....((((.....((((((.........((((..(((((....))))).........))))..((((.(((....)))))))(((((((..(((..(......)..)))...))))))).................)))))).....)))))))))....))))........))).)))))))(((...(...(((.......)))....)..)))......................)))))...))))...))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....((((((....))))..))......(((((..(.(((((((((((......((((...(((((.(((((((((......)))))).)))((((.....((((((((((.....(((...(((((....)))))...)))))))...((((((.(((....))))))((((((((..(((..(.......).)))...))))))))...........)))..)))))).....)))))))))....)))).......)))).)))))))..)...)))))..(.(((((((....))))))))...........))))))))((....)).((((((....)))..)))(((.(((((((((........))))))..))).))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((.[[[[.....))))......]]]].....((((((.[[[[[[[))))))........]]]]]]].................................(((((((.((((((...(((((....)))))...)))...))).)))))))(((....)))...((((((((..(((....[[[[[...)))...))))))))........]]]]]...((((........[[[[[[....[[[)))).....]]].]]]]]]..((((..(((((((.[[[....)))).)))..))))...............]]]..(((...[[[[[......)))...]]]]]..(((.[[[[[)))...]]]]].))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((..((((.(((.....))).........(((.((..((((((........))))))...)).))).(((((((((......))))).))))..))))..))).(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....)))))))(((((((...(((...........)))...))))))).......((......)).((((.((((((((((((....................))))))..((((..(((((((........)))).)))..))))................(((((....))))).(((....))).))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.................((((.((((((((((.......((....(((((.(((((((((......)))))).))).(((......(((((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).....((((.(((....)))))))(((((((...(((...........)))...))))))).................)))))......))).))))).....))........)))).))))))((((..(((((((........)))).)))..)))).....................))))...................)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(..((((.(.(.....).).........(((.....((((((........))))))......))).(((((((((......)))))).)))..))))..)....(((((...((((((...(((((....)))))..(((((((.(((..((((.(((....)))))))(((((((..(((............)))...))))))).................(((((......(.....)......)))))..................(.....).((((........)))).))).))))))).............((((((....)))))..)...))))))...)))))....(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.(((((......[[[[[....[[[[[[[(((((((..............))))))).........[[[[[[[..[[[[[[.....[[[[[[[[[[..)))))....(((((....)))))......]]]].....((((.((((..))))))))(((((((...(((...........)))...))))))).................]]]]]].....]]]]]].......]]]]]]].........]]]]]]]......]]]]](((((((((((....)))))))...............((((((((..)))))..)))...))))...)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..aaaaaa(iiiiiii.(((((.hhh([[(fffffffffffffffffff.))).<<((...{{.{{{(.kk(...jjjjjjjjFFFFFFFFF.))))....<<<<<(mmm(..)))))((dddddd.ddd((.lllllllll(.gggggggggg((nnnnnnnnnnnnnnnnnnnn(..cccccc.ccccc..)).....)NNNNNNN..JJJJ))CCCCC.oo)))>>>>JJJ..((((NNNNN)HHH.)LLLLL..)LLLL.)>>>FFF......)JK.)MMM.)FF)AAAAAA.NNNNNNNN((eee))..K}}}..)DDD..FFFFF]]bb...OODDDDDDEEEIIIIIII}}GGGGGGGGGG.CCCCCC.)))))))BB.. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((.(((.((((((........(((((................)))))...........(...(.................................((.((((....)))).))................................((((((...((((...........))))...)))))).................((((((((.............)))))))).................(((((((((.(((........)))..))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((.(((.((((((.(......(((((................)))))...........(...(.................................((.((((....)))).))................................((((((...((((...........))))...)))))).................((((((((.............)))))))).................(((((((((.(((........)))..))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...........(((((((((((((........))))))........(((((((((((......))))))..(((((.........(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....))))))).((((((...(((...........)))...)))))))))))....)))))....(((((.......((((((....(((.........))).))))))..((((..(((((((........)))).)))..)))).............)))))...)))))))...(((....))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((..((((.(((.....)))........((((..((.((((((..[[[...))))))))....))))(((((((((......)))))).)))..))))..)))..(((((...((((((...(((((....))))).((((((((.(((..((((.(((....)))))))(((((((..(((............)))...))))))).................(((((.......{{{{{{......)))))......]]]}}}}}}...........((((........)))).))).)))))))).............(((((....)))))......))))))...))))).....(((((....)))))..))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((............(((((....(((((((((((.................(((((((((((......))))))..(((((((........(((((((....((((..(((((....))))).........)))))))))))......((((...........((((.....))))...)))).......)))))))....)))))....(((((......((((...))))..)))))......)))).)))))))......)))))....(((((((....)))))))...((((..........(((((....)))))..........)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((......(((.((((..((((.((((((((.................(((((((((((......))))))..(((((.........(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....))))))).((((((...(((...........)))...)))))))))))....)))))....(((((...((.(......)))...)))))......)))).))))..((((..(((((((........)))).)))..))))..............))))...)))).)))..(((....))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((.((.((((.((.....)))))).)).(((((.......((((((((((.................(((((((((((......))))))..(((((((..(((..(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....))))))).........(((............)))..)))..)))))))....)))))....(((((...((.........))...)))))......)))).)))))).(((..(((((((........)))).)))..)))...)))))....)))))))).(((.(((.......)))))).......((.(((((((((........))))))..))).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((......(((.((((..(((((((((((((......((((...(((((.(((((((((......)))))).)))((((.....((((((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).(.((((((.(((....))).).((((((((...(((...........)))...)))))))).........))))).))))))).....)))))))))....)))).......)))).))))))((((..(((((((........)))).)))..))))...............)))...)))).)))..(((....))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((..((((((.((.......))))...((((((.(..((((((........))))))..))..)))))((((((((......))))).)))...))))..))))))))))((..))(((((.((((((..))))))(((((((((((((((((((.((((..)))))))(((((((((.((((.(........)))))).)))))))).......))(((....(((.((..(...(((((((..(((......))..)..)))))))....)))).))...))).(((..)))).)))))))))))).(......)..(((.(((((..)).)))))))....)))))..(((.((.((((((.((..))))))).)...)).))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......................((((((((((.................(((((((((((......))))))..(((((.........(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....)))))))..(((((...(((...........)))...))))).)))))....)))))....(((((...................)))))......)))).)))))).(((..(((((((........)))).)))..))).............................................)))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...........(((((((((((((........))))))........(((((((((((......))))))..(((((.........(((((((.....(((...(((((....)))))...))))))).))).((((.(((....))))))).((((((...(((...........)))...)))))))))))....)))))....(((((.......((((((....................))))))..((((..(((((((........)))).)))..)))).............)))))...)))))))...(((....))).)))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((......((((.((.....))))))......((((((.(((.....)))..(((..............))).))).(((......))).))).............))))))......(((((...(((((....))))).(((....)))....((((...........)))).......((((.....)))).........))))).(((........)))...((((((........((((((....................))))))..((((...((((((........)))).))...))))..((((..........(((((....)))))..........))))..)))))).((((((........))))))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.[[[[[((((....))))..))))......((((.(((.....)))..(((........]]]]].))).))))........(((((............)))))..(((((((.{{{{{{...(((((....))))).(((....)))..))))))).((((.((............)))))).....((((.......<<<<..(((((.....)).)))....<<<<<))))..(((.....)))..>>>>>....>>>>.......(((((......((((.aaa....))))....(((AAA...)))............(((....)))((((....}}}}}})))).)))))..(((((.......))))).)))))).... |