RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00460

RNA: TMR_00460
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((....((((..((((.(((.(((((((..............))))))).(((....(((((.....((((((...((..(((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).)))((((..(((....)))...(((((((....(((...........)))....)))))))....))))..))..))))))((((((.(((..((((((..(((.((......................)))))..))))))....))))))))))))))....))).))).))))...))))..))).(((....)))..))))))))...((((((....)))))).)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((...........((...((((((((((........)))))).............((((((.....)))))).................((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).))....((..((....)).)).(((((((...(((............)))....)))))))............................((((((....((((.......)))).))))))..((((...(((..((((((...)))))).))))))).....................))))......))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((................(((((((((((........)))))).............((((((.....))))))..................................(((((....)))))..................((((.(((....)))))))((((((....(((...........)))....)))))).............................((((((....................))))))..((((..(((.(((........)))..)))..)))).....................)))))..................)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.......(...(((((((((((((((........))))))....((.((((.((((((.......)))))............(((((((((((.....(((..((((((....))))))..)))...))).((((.((((.(((....)))))))((((((...(((..(......)..)))....))))))........................)))))))))))).....(((...........))).....((((...(...(((.......)))....)..))))...).)))).)).........)))))...))))....).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........(..((((((((.(.........(((((((((((((((........))))))..........(((((((((.....)))))).)))........(((((((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).)))..(((.(((....))))))(((((((...(((..(.......).)))....))))))).....................))))...((((((....((((.......)))).))))))..((((...(((..(((((((.))))))).))))))).....................))))))...))).........))))))))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.[[[[)))..............]]]](((((.[[[[[[[))))).........]]]]]]]........(((((.....[[[....))))).(((((((....((((..((((((....))))))..))))..))).)))).((((.(((....)))))))...]]]...(((....[[[[[...)))...(((.........))).]]]]]...(((((.......[[[[[[......))))).........]]]]]]............(((...[[[[[)))..(((((((((((......(((......)))......)))).))).))))........]]]]]..(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((......(((((.(((((.((..((((((((((.((.((((((....((((..((((((((.....))))).))).(((((.......(((((((.((.((((..((((((....))))))..))))))))).)))).((((.(((....)))))))((((((...(((............)))....))))))...............)))))((((...)))).))))))).)))..)).....)))).))))))...))..)))))..((((...)))).(((((((((((......(((......)))......)))).))).))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((...........((..(((((.((((....[[[[[.)))).........]]]]]((((((.....)))))).................((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).))..((((.(((....)))))))((((((...(((............)))....)))))).............................((((((....((((.......)))).))))))..((((...(((....((((...))))...))))))).....................))))).....))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((......((((.(((((....((((((........))))))...........((((((((.....)))))).)).(((((.......(((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).))).((((.(((....)))))))((((((...(((............)))....))))))...............))))).(.......)........................................))))).(((((...)))))(((((((((((......(((......)))......)))).))).))))))))))))))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.............(((((((((((((........)))))).......((((..((((((.....))))))...((((((.....(((((((((.......[[[[[)))))......(((.....)))))))..((((((((((((..))))]]]]]....))))))))...(((((.........(((.........))).))))).))))))(((((...((((((....................))))))..............((((((...)))))))))))........))))............)))))))...(((....)))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((........(((((................)))))..........(...(................................((.((((......)))).))..................................((((((...((((..........))))....)))))).................((((((((.............)))))))).................(((((((((.(((........)))..))))))))).................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((........(((.((((..((((((((........))))).....((.((((..((((((.....))))))....(((((...((..(((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).))).((((.(((....)))))))((((((...(((..((....))..)))....))))))...........))..))))).((((((..((((((....((((.......)))).))))))................((((...)))).))))))........)))).))...)))...)))).)))..(((....)))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((......((((.(((((.((.(((((([[[[....))))))))..(((...(((((((((.....)))))).))){{{{{.......(((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).))).((((.(((....)))))))((((((...(((............)))....))))))............)))}}}}}.(((...)))..........(((.......)))]]].]............))))).(((((...)))))(((((((((((......(((......)))......)))).))).))))))))))))))))...((((((....)))))).)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((((..((((....((((((........)))))).........((((((((((.....))))))....)))).........))))))))).((((..((((((....))))))..))))..((((((....(((((((((.((((...........((((.....)))).........(((((((...................(((((......((((((....((((.......)))).))))))..............((((((...)))))).)))))....)))))))......))))))))......))))).))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((........(((.((((..((((((((........))))).....((.((((..((((((.....))))))....(((((...((..(((((((.((.((((..((((((....))))))..))))))))).)))).((((.(((....)))))))((((((...(((..((....))..)))....))))))...........))..))))).((((((..((((((....((((.......)))).))))))................((((...)))).))))))........)))).))...)))...)))).)))..(((....)))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((((.((((...((((.((((((..(((((..(((....)))))))).(((((((..............)))))))..........))))))...(((((.......(((((((.((.((((..((((((....))))))..))))))))).))))((((..(((....)))...(((((((...(((..((....))..)))....))))))).........)))).))))))))).....((((((....((((.......)))).))))))..))))..(((.(((((.(((((((((.(((((((((((......(((......)))......)))).))).))))...)).))))))).))))))))..)))).))).((.....)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((........(((.((((..((((((((........)))))...(((((.((((.((((((.....))))))..(((((.........(((((((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))).))).((((.(((....))))))).(((((...(((..((....))..)))....))))))))))))))....((((.((.((...))))((((((....((((.......)))).))))))..))))...(((.((.((((...)))))).))))))))..............)))...)))).)))..(((....)))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((.(.((.((((.((((..((((((.((((((.(..((((((........))))))..))..)))))((((((((.....))))).)))..)).)))))))))))))).(..)((((.((((((((..))))).)))))))).))....).(((((.((((..)))))))(((((((..((((..(........)))))...))))))).......))((((...((..........((((((..(.((((......).)))))))))).........))..)))).((((((((((((((((((...((...((((((..)))))..)...)).).))).))))..))).)))))))..(((((.((..))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((........(((.((((..((((((((((((.......................((((((.....))))))...((((.........(((.(((.((.((((..((((((....))))))..)))))))))..))).((((.(((....)))))))..((((...(((..((....))..)))....)))).))))..............(((((...................))))).......))).))))))..............(((.....))).........................)))...)))).)))..(((....)))..))))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((......((((..(((((.((..((((((((((.................(((((((((((.....))))))..(((((.........(((((((.((.((((..((((((....))))))..))))))))).)))).((((.(((....))))))).(((((...(((..((....))..)))....))))))))))....)))))....(((((...((.(.....).))...)))))......)))).))))))...))..)))))..((((...)))).(((((((((((......(((......)))......)))).))).)))).)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((...((((...............)))).....(((((((....))..)))))..))))).....(((.(((.....))).(((...............)))..(((((.((((..((((((....)))).)).))))....(((((.....)))))....))))).))).....((((.....))))............((((..............)))).((((.((((..((((((....((((.......)))).))))))..............(((((.....)))))((((...........)))).....)))).......(((((..........))))).))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((....ccccc...ccc)))).....(((((...CCC...<<<)))))(((.((((........>>>CC.)))).((((((.....))))))...........)))..CCC..((((.....(((((((((....))))[[[...[[[...(((((.....))))).......))))).......(((]]]..))).....((((......(((((.....)).)))....bbb(((.....)))..))))...(((BBB....)))......((((............((((..aaaa.))))((((........{{{)))).....((((......))))..}}}A....))))..AAA....((((((.]]]....)))))).))))....

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