|
|
|
GGGGAUGUUCUGGCUUCGACGCUGGUGAUGAAACUCAAUGAUGCAUGUCGAGAGUAUAUGUCCUCUCGUUAAUCAAACAUAUAUUGUUAUAGUCGCAAACGACGAAAAUUACGCUCUAGCAGCUUAAACCCUGUUUACUUGGUUGCUGAUCAUCUACAGUUGGUCAACUAAGUUGAAGCGUCCGCAUGUAGAAGCGCCACAAGUGAUUGUCUCAAUUGCUUGGGUUUAAAAGUAGAGAAUCAUCCUAUCCAUCCUGACUGUCGGAUCGGUGCGGACUAAAACCAAAGACAGAAACUAAACAUGUAGAUUCAUGAGCGUAAUGCUGGCGGACGCGGGUUCAACUCCCGCCAUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(....((((..(((.((((((((((..<<<<<<..)))))........>>>>>>...................................(((((........))))).((((((((((((((..[[[[[[))))).))))))))).............]]]]]]...(((...((((((..{{{{.))))))..))).........}}}}....(((..(.(...((a..aaaa))....).).)))...........AAA..A..A...)))))...)))..))))...).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.(((.((...(((((..(((...(((....((..((((((........))))))...))....))).....)))...)))))...)).)))..(((((((((.(((((((................)))))))((..((((((((((((((..((..(((.....((((((((........(((.((((((((((...)))))))))))))......((((.........))))..((((........))))..))))))))...)))...))...))..)).))).)))))))))..)))))))))))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(...............................((((((........)))))).......................((((....)))))...(((((((((.(((((((................)))))))....((((((((((.(................((((((((........(((.((((((((((...))))))))))))).........................((((........))))..))))))))..................)..))).)))))))....)))))))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......................((((((........)))))).......................((((....))))..............(((((........))))).................................................................................................................((((((........)))).))....................................................)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......((((.(((..(((((.((.(((((((((...............))))))))).)).........................(((((......((((((......(((((((((...................)))))))))....((((............))))..((((((((((...))))))))))))))))....))))).....(((...((((((........)))).))...))).......................))))).....))))))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((..................((((.....((((((((((.(....).))))))........))))..)))).....((((....))))))).(((((((((.(((((((.(((.....)))....)))))))((..(((((((((((((.......(((.....((((((((........(((.((((((((((...))))))))))))).......(((.(......))))...((((........))))..))))))))...)))...........))).))).)))))))))..)))))))))))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((((((((..(((((....((((((((.....((((((........)))))).........))).))))).....((((....)))).............(((((((((((((...)))))...)))))))).)))))..))))(((....))).))))))))((((((..............(((((((((.[[[[)))))))))............]]]]....(((((((.((((...[[[[[)))).)))).)))...........]]]]]...(((..[[[[)))...]]]]((((...)))).))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((((..(((((((.((.((....((((.....((((((........)))))).......((((.....))))...((((....))))...........((.((((((((((((...)))))...))))))))).))))...)))).))).)))).))))))))((((((..(((...((((((((((((((((...))))))))))(((((.....(((.......(((((((.((((........)))).)))).))))))))))).......(((.(((......))).))).)).))))..)))..))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......................((((((........)))))).......................((((....))))....(((((((((.((((................[[[[[[))))....(((((((........]]]]]].......((((((((........(((.((((((((((...))))))))))))).........................((((........))))..)))))))).........................)))))))....))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((((..(((((((..((((....((((.....((((((........)))))).......((((.....))))...((((....)))).............(((((((((((((...)))))...))))))))..))))...)))).)))).))).))))))))((((((..(((...(((((.((((((((((...))))))))))(((((...............(((((((.((((........)))).)))).)))...))))).......((..((........))..))..).))))..)))..))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..[[[[[[[.........(((((........((((((........)))))).............))))).....((((....))))....[[[[[[[[[(((((((((((((...)))))...))))))))...[[[[[[[.[[[[(((((...)))))...[[[[[[[[...)))))....((((((((((...))))))))))...................((((.................))))..]]]]]]]].....]]]]................]]]]]]]....]]]]]]]]]]]]]]]]...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.......(((((.................)))))........(...(.....................(.((((........)))).)((((((..(.((((........))))..)..))))))........................((((((((...........)))))))).................(((((((((.(((........)))..)))))))))..................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(.....(((((.................)))))........(...(.....................(.((((........)))).)((((((..(.((((........))))..)..))))))........................((((((((...........)))))))).................(((((((((.(((........)))..)))))))))..................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.(((.((...(((((......((((((((..((.((((((........)))))).....))..))).))))).....)))))...)).)))..(((((((((.((((((((((((...)))))...)))))))....(((((((.(((((((((...)))))...((((((((........(((.((((..((((...))))..)))))))......((((.((....))))))..((((........))))..))))))))..................))))...)))))))....)))))))))))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((((..(((((((..((((....((((.....((((((........)))))).......((((.....))))...((((....))))...........(.(((((((((((((...)))))...))))))))).))))...)))).)))).))).))))))))((((((..(((...((((..((((((((((...))))))))))(((((....(((........{{{)))..((((.(.....)))))......}}}...))))).......(((.(((..[[[.))).)))]]].))))..)))..))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((....(((((.((((........(((((((.((((((((((........))))))........)))).)))))))...((((....)))).............(((((((((((((...)))))...))))))))...(((((((.....(((((...)))))...((((((((............((((((((((...)))))))))).........((((.........))))..((((........))))..)))))))).........................))))))))))).)))))...))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(.(((.((...(((((......((((((((..((.((((((........)))))).....))..))).))))).....)))))...)).)))..(((((((((.((((((((((((...)))))...)))))))....(((((((.(((((((((...)))))...((((((((........(((.((((..((((...))))..)))))))......((((.((....))))))..((((........))))..))))))))..................))))...)))))))....)))))))))...).)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.....((.((((((...(((......))).....))..)))))).....))))))).(((((.........((((....)))).........)))))..(((((((((.((((((((((((...)))))...)))))))....(((((((.(((((((((...)))))...((((((((........(((.((((..((((...))))..)))))))......((((.((....))))))..((((........))))..))))))))..................))))...)))))))....)))))))))...((.(((.(((((.......)))))....))).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(((((.((...(((((......((((((((..((.((((((........)))))).....))..))).))))).....)))))...)).)))).((((((((((((((((((((((...)))))...))))))))...(((((((.(((((((((...)))))...(((((((.........(((.((((..((((...))))..)))))))......((((.((....))))))((((((........)))).)))))))))..................))))...)))))))....)))))))))...).)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......).)))).....(((((((...)).(((......))).((..))(((((((.(((......)).).)))))))((..)).(..(((....).))..)(((((((.(((((..((..)...(((((((.((((((((((........)))).)))))).)))(((((...(((((((...((((...((.(((((.............)))))))....))))(((.(((..)))))).((((((........)))).)))))))))....).)))).)))))).)))).(((((..)..))))).))))))......(((.((((((.....))))).).))).))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...................(.....................((((((........)))))).........................).............(((((((((.((((((((((((...)))))...)))))))....(((((((((....((((...))))....(((((((.........(((.((((..((((...))))..))))))).......(((.(......))))...((((........))))...)))))))......................)).)))))))....)))))))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(..((.(((.((...(((((......((((((((..((.((((((........)))))).....))..))).))))).....)))))...)).)))..(((((((((.((((((((((((...)))))...)))))))....((((((((((..(((((...)))))...((((((((........(((.((((..((((...))))..)))))))......((((.((....))))))..((((........))))..)))))))).....................))).)))))))....)))))))))))..).....(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((......))))).(((..........(((....)))(((((........)))))....))).((((.....))))...((((....))))........((((..(((((........)))))....((((.((((........))))...((((.....)))).((((....))))....(((((.(((....))).(((((....))))).......((((.((....))))))..((((........)))).)))))........))))...............((((......))))...........))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((......))))).(((..........(((....)))(((((........)))))....))).((((.....))))...((((....))))........(((...(((((....<<<<))))).....>>>>.(((....[[[.)))....((((.....)))).((((....))))]]].(((((.(((....))).(((((....))))).......((((.((....))))))..((((...{{{{{)))).)))))..............}}}}}........((((......))))(((.....))).)))...(((((.......)))))))))))).... |