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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00469



RNA: TMR_00469
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....(((((........)))))........................((...((.....))....))...((..(((....)))..)))))(((((.(((((((......)))))))(((((....))))).)))))............................................................................................................................................(((.....(...(((((.......)))))...))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((..(((((........)))))....((....)).))))....))))))...((((............((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..))).....((((((((((...((...(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))....(((((....(((.......))).)))))))...((((((....))))))))).))))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((((........)))))..........................................................................................................................................................................................................................................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((..(((.(((((((((((........))))).............................................((((((..........))))))((((((...((((........))))..(((((....))))).)))))).................((((((((...........)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))....))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((.....(((.((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))((((.....)))).)))...(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).)....))))).......(((((...............)))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............................(((((....))))).........(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((.......(((...(((.(((((((((((........)))))............................((.......))........(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).)................((((((.............))))))..................(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))....)))..)))......))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((..((((((((((........)))))..............................................((((.(((....))).))))..(((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))((((((............(((((((((......))...)))))).)................(((((((((..(((........)))..))))))))).......))))))........))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(.((((((((((.((((.((((((.....((((.((((((........)))))(......)...).))))....))))))((((.....)))).))))..(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).).)))))))).))...)((((((((......))...)))))).(.........).((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....))...................((....(((((....)))))...))....(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..(...((((.((((.(((((((((((........)))))..............................................((((.((......)).)))).((((((.((((((........)))))).((((....))))..)))))).................(((((((((.((...)).)))))))).)................(((((((....(((........)))....))))))).....................))))))....))))))))...).)))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((.(((((((((((((.((((((.....((((...((((........))))(((....)))....))))....))))))...(((....))).)))).((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))....))))))........(((((((((..(((.....[[[)))..)))))))))..........]]]....(((.[[[..)))..(((((....)))))..]]]....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((....(((.(...((((..(((((((((((((.((((((........))))...........)).))))......((((((((.....))))).))).((((.(((....))).)))).)))).)))))..))))).))))))))))(((((((((.....(((((.((((((..((........(((((.((((......)))))))))......)).)))))))))))(((((((..(((........)))..)))))))((((.......))))..................(((((....))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..(((((((...(((.((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))((((.....)))).)))...(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))....))))))).......(((((..(((......))).))))).....)))))........(((((((((..(((........)))..))))))))).........................((....(((((....)))))...))....(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((.(((((((((((.........((((((((((((...)).))))).........................(.((((.....))))..)....(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))...((....))....)))))).............((.(((((((.(((((...))).))))))))).))....((.(((.(.(((((((((..(((.(.....))))..))))))))).)..)))...........)).)))))......))))))))....))).)))...(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((.(((((((((.(((.((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))((((.....)))).)))..((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))....))))))........(((((((((..(((........)))..)))))))))........................(((((..((((....))))..).))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((((((((((...(((((.....((((..(((((........))))).............))))....)))))(((((.....))))).......)))))))).((([[[[[[.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..................)))))))))....(((((.(((((................))))).))))).((((..))))((((((((..]]]]]]................................((((((..)))))).))))))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((.((((((..((..(((((..............)))))...........((((((((.....))))).)))..(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))((((((..((........(((((.((((......)))))))))......)).))))))...(((((((((..(((........)))..))))))))).................))..))))))....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......(((((..((.(((((((((((........)))))..............................(((.........((....))...............................(((((((..................................)))))))..............)))..............................((((((.....(((........))).....)))))).....................))))))....)).))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((.((((((((((((..((((((.nn(.eeeeeoe(.dddddddddddddddd(..hh(.ffffffff(..gg))))))..)G(((..)))cccc(.bbb))))))))(((((((.aaaaaaaaaa.))))){{{{{{{{{{))mmmmmmm)G..((...)FDDDDDD<<<<<.)))).ll(..kk}}}}}}}}}}kkkkk..AAAAAAAAAA.))))))(()FF)DD(((((((((DD)CCCC))jjjjjjjjj)))))))))DD.)KK>>>>>.BBB..))..OEEEEE.MMMMMMM.KKKKK.iiLLJJJJJJJJJDDDDENN.FFFFFHH.))))))).II.
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((.((((((........))))))...............)))))).................((((((((...........)))))))).................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(..((..((((((((.....((((...((.(((((((((((........)))))..........(............((....))..............((((((..........))))).((((((...(((((......)))))...(....)........))))))............)....((((((((.(((...))).)))))))).................(((((((....(((........)))....))))))).................)...))))))....))..))))....)))))))))))(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((.((((((........))))))...............)))))).................((((((((...........)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..((((((((.....((((...((.(((((((((((........)))))..........(............((....))..............((((((..........))))).((((((...(((((......)))))..((....)......).))))))............)....((((((((.(((...))).)))))))).................(((((((....(((........)))....))))))).................)...))))))....))..))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..(((((((.......(((...((..((((((((((........)))))........................(.......)............(((((............)))).((((((...(((((......)))))...(....)........))))))............)....((((((((...(...)...))))))))..................((((((....(((........)))....))))))......................))))).....))..)))......))))))))).(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((.(((((..(((((....))))).))))).))...)))))..))))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((((((((((((((.((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))((((.....)))).)))).((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))..).))))))..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....))).................(((((..((((....))))..).))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((.(((((....((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))...((((............((((.........))))....((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..........(((((((.................(((((((((...((((......)))).)))))))))..............(((((.....(((((..(((((....))))).)))))......)))))..))))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((.....((((......(((((((((((........)))))..............................................((((............)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......(((........((((((.............)))))))))...............(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))........))))....))))))))...(((((.......)))))...........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((..(((..(((((..((..((((................))))............((....(((.............((((............))))..(((((...((((........))))...........(....)))))))))...............((((((((.(.....)...))))))))..........)).....(((((((....(((........)))....))))))).................))..))))).....))).)))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((.(((((.(..((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).).....)))).)...)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((.(((((..(((((....))))).))))).))...)))))..))))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((.((((((.(((((((((((((.((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))((((.....)))).))))..(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))....)))))).))..(((.((((((((..(((........)))..))))))))............(((((....(((.......))).))))).)))))))).(((.((.(((......)))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((((((((((((.((((((.....((((.((((((........))))(.....)....)).))))....))))))((((.....)))).))))..(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).))))))))))......((((((.((((......))))))))).))))).))).(..(((((((((((((..(((........)))..))))))))).........(.(((((....(((.......))).))))).).))).)..)))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((((((((((((((....)))))))..)))))))).))))(((((.(.((((((.((.(........).)).(((((((((.((((..)).)))))))))))(((..)))....((((((((((..(((..(((((((((((((((((((..)))))))...(........)((..))..))).)))))))))))).....))))))))))(((((...))))).(((((((((.(.((((..)))).)))))..))))).)))))..)).)))).)))).((..))......((((((..))))))(..)(..).((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((.....((((((((.....((((..(((.(.........................................(((.(..............)................(.............(..(........)).(..((......................))..)...............)..((((((.............))))))..........(((...(.(((((((((..(((........)))..)))))))))...)............)))...))).)....))).))))....)))))))).))(((((.......))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).).....)))).....)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((.((((.....(((....)))....)))).))...)))))..))))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((.(((((((((((........))))).......................((((((((.....))))).))).((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))....((((..........(((((.((((......)))))))))...........))))...(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((..((((..(((((....))))).))))..))...)))))..))))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((....)).))))).(((..(((((.....(((..((.(((........))).(((....))).))..)))....))))).((((.....)))).)))...(((.........))).((((((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..((((.....)))).(((((.((((......)))).(((((................))))).((((((...((((......)))).)))))).((((.......)))).............((((....))))....))))).))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.aaaaa.))))).....AAAAA(((..(((((.....(((....((((.bbb....))))..........BBB..)))....))))).((((.....)))).)))..((((.ccc..(((((.<<<)))))......>>>.(((.{{{(((((..(((((....))))).....dddd((((.....)))).))))).((((..DDDD)))).)))..cccc..........}}})...CCCC......[[[[...)))]]]]..((((..((((.......)))).(((((............(((((....)))))..(((....)))))))).....)))).CCC.......