|
|
|
GGGGCCGACCUGGUUUCGACGUGGGUUGCGAAGCAGUGGAGGGCAUACCGAGGACCCGUCACCUCGUUAAUCAAUGGGAAUGCAAUAACUGCUAACGACGAACGUUACGCACUGGCAGCCUAAGGGCCGCCGUCCUCGCACUGGCUCGCUGACGGGCUAGGGUUCGCAAGAACCAGCGAGGUCAUUUACGUCAGAUAAGCCCCGUCGGUGUCACGACUGCGGGGACGAAAACCAAGUGACUCGCCGUCGUAGAGCGUGUUCGUCCGCGAUGCGGCGGUUAAAUCAAAUGACAGAACUAAGUAUGUAGAACUCUCUGUGGAGGGCUUGCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((..((((((((((.[[[[[..))))).......]]]]]..................................((((.(((....))).)))).((((((.((((((..<<<<<<))))))(((((....))))).)))))).......>>>>>>.....((((((.(..aaaaa..).))))))...........AAAAA...((((....(.(((.{{{{{{{)))..)...))))...........}}}.}}}}...))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....(((((........)))))........................((...((.....))....))...((..(((....)))..)))))(((((.(((((((......)))))))(((((....))))).)))))............................................................................................................................................(((.....(...(((((.......)))))...)))).... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((..(((((........)))))....((....)).))))....))))))...((((............((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..))).....((((((((((...((...(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))....(((((....(((.......))).)))))))...((((((....))))))))).)))))))))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................(((((........)))))..........................................................................................................................................................................................................................................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((..(((.(((((((((((........))))).............................................((((((..........))))))((((((...((((........))))..(((((....))))).)))))).................((((((((...........)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))....))).))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((.....(((.((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))((((.....)))).)))...(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).)....))))).......(((((...............)))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............................(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.......(((...(((.(((((((((((........)))))............................((.......))........(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).)................((((((.............))))))..................(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))....)))..)))......))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((..((((((((((........)))))..............................................((((.(((....))).))))..(((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))((((((............(((((((((......))...)))))).)................(((((((((..(((........)))..))))))))).......))))))........))))).....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(.((((((((((.((((.((((((.....((((.((((((........)))))(......)...).))))....))))))((((.....)))).))))..(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).).)))))))).))...)((((((((......))...)))))).(.........).((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....))...................((....(((((....)))))...))....(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(...((((.((((.(((((((((((........)))))..............................................((((.((......)).)))).((((((.((((((........)))))).((((....))))..)))))).................(((((((((.((...)).)))))))).)................(((((((....(((........)))....))))))).....................))))))....))))))))...).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((.(((((((((((((.((((((.....((((...((((........))))(((....)))....))))....))))))...(((....))).)))).((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))....))))))........(((((((((..(((.....[[[)))..)))))))))..........]]]....(((.[[[..)))..(((((....)))))..]]]....(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((....(((.(...((((..(((((((((((((.((((((........))))...........)).))))......((((((((.....))))).))).((((.(((....))).)))).)))).)))))..))))).))))))))))(((((((((.....(((((.((((((..((........(((((.((((......)))))))))......)).)))))))))))(((((((..(((........)))..)))))))((((.......))))..................(((((....))))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..(((((((...(((.((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))((((.....)))).)))...(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))....))))))).......(((((..(((......))).))))).....)))))........(((((((((..(((........)))..))))))))).........................((....(((((....)))))...))....(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((.(((((((((((.........((((((((((((...)).))))).........................(.((((.....))))..)....(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))...((....))....)))))).............((.(((((((.(((((...))).))))))))).))....((.(((.(.(((((((((..(((.(.....))))..))))))))).)..)))...........)).)))))......))))))))....))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((.(((((((((.(((.((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))((((.....)))).)))..((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))....))))))........(((((((((..(((........)))..)))))))))........................(((((..((((....))))..).))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((((((((((((...(((((.....((((..(((((........))))).............))))....)))))(((((.....))))).......)))))))).((([[[[[[.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..................)))))))))....(((((.(((((................))))).))))).((((..))))((((((((..]]]]]]................................((((((..)))))).))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.((((((..((..(((((..............)))))...........((((((((.....))))).)))..(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))((((((..((........(((((.((((......)))))))))......)).))))))...(((((((((..(((........)))..))))))))).................))..))))))....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......(((((..((.(((((((((((........)))))..............................(((.........((....))...............................(((((((..................................)))))))..............)))..............................((((((.....(((........))).....)))))).....................))))))....)).))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((.((((((((((((..((((((.nn(.eeeeeoe(.dddddddddddddddd(..hh(.ffffffff(..gg))))))..)G(((..)))cccc(.bbb))))))))(((((((.aaaaaaaaaa.))))){{{{{{{{{{))mmmmmmm)G..((...)FDDDDDD<<<<<.)))).ll(..kk}}}}}}}}}}kkkkk..AAAAAAAAAA.))))))(()FF)DD(((((((((DD)CCCC))jjjjjjjjj)))))))))DD.)KK>>>>>.BBB..))..OEEEEE.MMMMMMM.KKKKK.iiLLJJJJJJJJJDDDDENN.FFFFFHH.))))))).II. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((.((((((........))))))...............)))))).................((((((((...........)))))))).................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(..((..((((((((.....((((...((.(((((((((((........)))))..........(............((....))..............((((((..........))))).((((((...(((((......)))))...(....)........))))))............)....((((((((.(((...))).)))))))).................(((((((....(((........)))....))))))).................)...))))))....))..))))....)))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((.((((((........))))))...............)))))).................((((((((...........)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..((((((((.....((((...((.(((((((((((........)))))..........(............((....))..............((((((..........))))).((((((...(((((......)))))..((....)......).))))))............)....((((((((.(((...))).)))))))).................(((((((....(((........)))....))))))).................)...))))))....))..))))....)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..(((((((.......(((...((..((((((((((........)))))........................(.......)............(((((............)))).((((((...(((((......)))))...(....)........))))))............)....((((((((...(...)...))))))))..................((((((....(((........)))....))))))......................))))).....))..)))......))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((.(((((..(((((....))))).))))).))...)))))..)))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((((((((((((.((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))((((.....)))).)))).((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))..).))))))..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....))).................(((((..((((....))))..).))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((((.(((((....((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))...((((............((((.........))))....((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..........(((((((.................(((((((((...((((......)))).)))))))))..............(((((.....(((((..(((((....))))).)))))......)))))..)))))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((.....((((......(((((((((((........)))))..............................................((((............)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......(((........((((((.............)))))))))...............(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))........))))....))))))))...(((((.......)))))........... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((..(((..(((((..((..((((................))))............((....(((.............((((............))))..(((((...((((........))))...........(....)))))))))...............((((((((.(.....)...))))))))..........)).....(((((((....(((........)))....))))))).................))..))))).....))).)))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..((((((.(((((.(..((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).).....)))).)...)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((.(((((..(((((....))))).))))).))...)))))..)))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((.((((((.(((((((((((((.((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))((((.....)))).))))..(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..))))))))).......(((((.((((......)))))))))....)))))).))..(((.((((((((..(((........)))..))))))))............(((((....(((.......))).))))).)))))))).(((.((.(((......))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((((((((((((.((((((.....((((.((((((........))))(.....)....)).))))....))))))((((.....)))).))))..(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).))))))))))......((((((.((((......))))))))).))))).))).(..(((((((((((((..(((........)))..))))))))).........(.(((((....(((.......))).))))).).))).)..)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((((((((((....)))))))..)))))))).))))(((((.(.((((((.((.(........).)).(((((((((.((((..)).)))))))))))(((..)))....((((((((((..(((..(((((((((((((((((((..)))))))...(........)((..))..))).)))))))))))).....))))))))))(((((...))))).(((((((((.(.((((..)))).)))))..))))).)))))..)).)))).)))).((..))......((((((..))))))(..)(..).((((((...)..)))))))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((.....((((((((.....((((..(((.(.........................................(((.(..............)................(.............(..(........)).(..((......................))..)...............)..((((((.............))))))..........(((...(.(((((((((..(((........)))..)))))))))...)............)))...))).)....))).))))....)))))))).))(((((.......)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((..(((((........))))).............))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))(.((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).).....)))).....)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((.((((.....(((....)))....)))).))...)))))..)))))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.(((((((((((........))))).......................((((((((.....))))).))).((((.(((....))).)))).((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))....((((..........(((((.((((......)))))))))...........))))...(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..((((((.(((((....((((((.....((((.((((((........))))...........)).))))....))))))...((((.............(((.(((....))).)))..((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).)))))).......)))).....)))))))))))..))).....(((((((.......((..(((...(((((((((..(((........)))..)))))))))....)))..))...(((((..((..((((..(((((....))))).))))..))...)))))..)))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((....)).))))).(((..(((((.....(((..((.(((........))).(((....))).))..)))....))))).((((.....)))).)))...(((.........))).((((((((((.((((((((....))))))))(((((....))))).))))))..((((.....)))).(((((.((((......)))).(((((................))))).((((((...((((......)))).)))))).((((.......)))).............((((....))))....))))).))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.aaaaa.))))).....AAAAA(((..(((((.....(((....((((.bbb....))))..........BBB..)))....))))).((((.....)))).)))..((((.ccc..(((((.<<<)))))......>>>.(((.{{{(((((..(((((....))))).....dddd((((.....)))).))))).((((..DDDD)))).)))..cccc..........}}})...CCCC......[[[[...)))]]]]..((((..((((.......)))).(((((............(((((....)))))..(((....)))))))).....)))).CCC....... |