|
|
|
GGGGCCGACCUGGUUUCGACGUGGGUUGCGAAGCAGUAGCGGGCAUACCGAGGACCCGUCACCUCGUUAAUCAAUGGGAACGCAAUAACUGCUAACGACAACCGUUACCAGCUGGCCGCUUAAUUGCGCGCCGUCCUCGCACUAGCUUGCCGAUAGGCUAGGGCCGCAAGGCCACGCGAGGUCAUUCAUAUCGGAUCGCUUCGGCCGGUGUCACGACGGCCGGGGUUAACUCCAAGUGACUCGUCGUCGCGCAGCGUGUUCGUCCGCGUCGCGCCGGUUAAAUCAAAUGACUGAACUAAGUAUGUAGAACGCUCUGUAGAGGACUUGCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((..((((((((((.[[[[[..))))).......]]]]]................................((.(((.............)))))((((((.((((((..aaaaaa))))))((((....))))..)))))).......AAAAAA....((((((((...<<<<<...))))))))..........>>>>>..((((.......(((.{{{{{{{))).......))))..........}}}.}}}}...))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................(((........)))(((......))).............((....))................(((.((......))..)))..((((((.((((((((....))))))))((((....))))..)))))).................(((((.(((.........))).)))))....................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((...((((...((((...((((((.(((((...........)))))...((((((....)))))).........))))))..))))...)))))))))..((.((((.....((((((((.((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))....((((...(((..((((((((((.........))))))))))....)))..))))..))..).)))))))))...(((((((((((....((((((.......))))))...(((((..(((((....))))).....)))))..))))))))..)))...))..))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................(((((........)))))....................................................................((((((...................................)))))).......................................................................................................................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((..(((.(((((((((((........)))))..............................................((((.........)))).....((((((..(((((........)))))..((((...))))..))))))..................((((((((.........))))))))..................(((((((((..(((........)))..))))))))).....................))))))....))).))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................((((............(((((........)))))......................))))(((((.....)))))...........................((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))(((........(((..((((((((((.........))))))))))....)))...)))................(..........)(((.(((..(((.........)))...................................))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.......(((.....(.(((((.(((((........)))))............................((.......))........(((.((......))..)))(.((((((.((((((((....))))))))((((....))))..)))))).)................((((((((.........))))))))..................((((.((((..(((........)))..)))).))))......................)))))....)....)))......))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((..((((((((((........)))))........(((.((((....................)))).)))((((((........((((((.((.((((((.((((((........))))))((((....))))..))))))................((((((((((.........))))))))))..................)).))))))(((........))).....)))))).....................))))).....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.(((((((((((........)))))(......)......(((((...(((.(((((.....))))).)))............)))))((.((.((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))((((.......(((..((((((((((.........))))))))))....)))..)))).....)).))(((.(((((......))))).))).(((((.........)))))......))))))....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......((((.((((.(((((((((((........)))))..............................................((((.(((....)))..)))).((((((.(((((((......)))))))((((....))))..)))))).................(((((((((.((...)).))))))))).................(((((.(((..(((........)))..))).))))).....................))))))....)))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.[[[......))))))....]]].......(((((.[[[[[..))))).......]]]]]..........(((.(((((.....))))).)))..((((((......))).)))..((((((.((((((((....))))))))((((....))))..)))))).....(((...[[[..[[[[[[[[[[)))......]]]]]]]]]]....]]]..(((((.....)))))...(((((...[[[[[[..)))))((((((.......))))))....((((.((((((....))))))....))))]]]]]](((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((.(((((((....)))).))).))).((((.((((((.((.(((..(((((((((((....))))))..........(((.(((((.....))))).))).(((((((......))).)))).((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))...........(((..((((((((((.........))))))))))....)))..)))))..))).))((((.(((((......))))).))))((((((.......))))))......))))))....))))((((((.....))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................(((((((..((((...((((......[[[[.))))...]]]].......................)))).{{)).))))).}}.......((((((......))).)))..((((((.(((((((......)))))))((((....))))..))))))...........(((..((((((((((.........))))))))))....)))...................................................................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...................................((((.((.(((........)))..((....))..)).))))......(((.((((.....))))..)))...((((((....)))).))...((((((..(((((((....)))))))..(((....)))...)))))).............((.(((((((((((((...))))))))))))).)).............(((((((((..(((.(.....))))..)))))))))......................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((..(((((..............(..(((.......(((.(((..(((((((((((....))))))..........(((.(((((.....))))).))).(((((((......))).)))).((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))...........(((..((((((((((.........))))))))))....)))..)))))..))).))))))..).((......))))))).)))(((...........)))....................(((((((.....))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((..........))))))....(((((........(((((((....((((((....))))))(((((.....(((((((((.....)))))...((((((((.......[[[[[(((.((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))..........))).......))))))))....(((((((.(((((..))))).........))))))).)))).)))))((((((((.]]]]]((((((.......))))))..................((((..))))....)))))))))))))))....)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.((((((..((..(((((..............)))))............(((................))).((((((......))).)))..((((((.(((((((......)))))))((((....))))..))))))....((((...(((..((((((((((.........))))))))))....)))..))))....(((.((((..(((........)))..)))).)))..................))..))))))....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......((((...((.(((((((((((........)))))........................((....(((.............((((.............))))........(((((((......)))))))...................)))...............(((((((((.((...)).)))))))))..........)).....(((((.(((..(((........)))..))).))))).....................))))))....))..)))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((.....)))).))....((((((..(((((........)))))...............))))))..................((((((((.........))))))))..................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..((((((((.....((((...((.((((((..((..((((...(...)........))))...........((....)).((.......))...(((((.......))))).....((((((...(((((......)))))...(((.....)))..))))))..................(((((((((((...)))))))))))..................((((((((((((((........)))))))))))))).................))..))))))....))..))))....)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((.....)))).))....((((((..(((((........)))))...............))))))..................((((((((.........))))))))..................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..((((((((.....((((...((.((((((..((..((((...(...)........))))...........((....)).((.......))...((((((.....)))))).....((((((...(((((......)))))...(((.....)))..))))))..................(((((((((((...)))))))))))..................((((((((((((((........)))))))))))))).................))..))))))....))..))))....)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..(((((((.......(((...((..(((((......((((...(...)........)))).................((..........))....(((.........)))......((((((...(((((......)))))................))))))..................((((((((.((...)).))))))))...................(((((((((((((........)))))))))))))......................))))).....))..)))......))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.((.....))))))))....(((((.....(((((........)))))..((((.....((((((.....((((...((((.((.(((((.....((((((......))).)))..((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))...........(((..((..((((((.........))))))..))....)))..)))))..)).)))).)))).)))))).((((((((.(((.((((...((.....(((......)))...((((....))))..)).)))).)))))))))))...)))))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((..((((((((...................[[[[[(((.(((..(((((((((((....))))))..........(((.(((((.....))))).))).(((((((......))).)))).((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))...........(((..((((((((((.((...).)))))))))))....)))..)))))..))).)))..............)))))))).)))(((((.......))))).......]]]]]........(((((((.{{{.))))))).(((((}}}....)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((..........))))))....(((((........((((((((...((((((....))))))..(((((...((((..(((((..(((((....((((((((................((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))..((((.....)))).....)))))))).....)))))..((((....)))).........))))).((((.(((((......))))).))))((((((.......))))))......................)))).....)))))...))))))))....)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((.....((((......(((((((((((........)))))...........................((((.....))))......((((.............)))).((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))................((((((((((.........))))))))))..........(((...((((.......(((........))).......))))....)))..............))))))........))))....))))))))...(((((.......)))))........... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......((((..(((.((((((..((..((((................))))............((....(((.............((((.........))))......(((((...................................))))))))................(((((((((.....)..))))))))...........)).....(((((.(((..(((.(.....))))..))).))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.((.....))))))))....(((((.....(((((........)))))..((((.....((((((.....((((...((((.((.(((((.....((((((......))).)))(.((((((.((((((((....))))))))((((....))))..)))))).).........(((..((((((((((.........))))))))))....)))..)))))..)).)))).)))).)))))).((((((((.(((.((((...((.....(((......)))...((((....))))..)).)))).)))))))))))...)))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.(((((...((.((((((((((.((((((.(((((...........)))))...((((((....)))))).........))))))..)).)))))..........((((((......))).)))..((((((.((((((((....))))))))((((....))))..)))))).)))))..))))).)))))).((((((((.((((...((.((((....))))..(((((.....)))))))..)))).(((((((((((.(((.((((...((.....(((......)))...((((....))))..)).)))).)))))))))))..)))....))))))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..((((.(...((((.((((.((((((.((.(((..(((((((((((....))))))..........(((.(((((.....))))).)))..((((((......))).)))(.((((((.((((((((....))))))))((((....))))..)))))).).........(((..((..((((((.........))))))..))....)))..)))))..))).))((((.(((((......))))).))))((((((.......))))))......))))))....)))))))).)..))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...........))))(((...)))(((.......)))(((((((((.....................))((((((..(((.((((((...)))))).)))...........))))))....)))))))..(((((((((..)))))))))(((((((((.(...(((((.((((........)(((((((((((((.(......))))))))))).)))..(..)))))))))(.(((.(((..(((((((.(((........)))..((.((........)).))((..))..)))))))..))))))).))))))))))((((((...)..)))))))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((.....((((((((.....((((..(((.(((((((((((........)))))......(.(((........((...((...((...............))...)).))....).))...).(((((.......(........)..................))))).((((............(.(((((((.(........))))))))..)........)))).((((((.((((..(((........)))..)))).))))..............)).....))))))....))).))))....)))))))).))(((((.......)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((.............(((((..................................................)))))...........(((((.....((((((......))).)))(.((((((.((((((((....))))))))((((....))))..)))))).).........(((..((..((((((.........))))))..))....)))..)))))......................((((((((.(((.((((..........(((......)))....................)))).))))))))))).))))..))...))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.(((((((((((........)))))......................(((.(((((.....))))).))).(((((((......))).)))).((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))...........(((..((((((((((.........))))))))))....)))..........(((.((((..(((........)))..)))).)))......................))))))....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.((.....))))))))....(((((........((((((((...((((((....))))))..((((....(((.(((((.....))))).)))..((((((......))).)))..((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))....((((...(((..((..((((((.........))))))..))....)))..))))...(((.((..((((.((((((...(((...))).((((((.......)))))).............)))))).)))).)).))).))))...))))))))....)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((.(((.((.....))))).(((((.(((((...........)))))...((((((....)))))).........)))))..(((.....))).)))))..(((.((........)))))..((((((.((((((((....))))))))((((....))))..))))))..((((.....)))).(((..(((((.........)))))((((....))))..(((((.....)))))...(((((...........))))).((((...((....))...)))).)))...........(((((((.....))))))).(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.<<<<<.))))).....>>>>>((((.(((((.(((((.....ccccc.)))))..CCCCC.....................))))).((((.....)))).......(((.((........))))).bbb)))).((((((((....))))))))((((....))))..(((.((((......aaaa))))(((..(((((.....[[[.)))))((((....))))..(((((.]]].)))))...(((((..AAA.))))).....((((((.......)))))).....)))...........{{{{{{{.A)).}}}}}}}.ddddd..)BBB.DDDDD........... |
