|
|
|
GGGGGCGACUUGGAAUCGACCGGAUGUCAAGAAGCGUAUGCCUGCGUGUCGUGGUUGAUCAGUUGGCCACGUAAAAAGCUGAUCAAAAACUUUUAGUUGCAGAAGAAAACUUUGCACUGGCCGCCUAAUUACAGGUAGCCCGGACUGAUGGGGAUCGCCGAUGUCGCCUGAAUGUCCGUCACAAUGUCGGAUCGUGGCCCGUCUUACUCAAGACGCGGGUCGCUAAACAAGAUUUGAGUUAGCGGAUUCGGGAGCCUGUCAGGUAGCGCCCGAUGAAGCGAAAAGGAAUCUUCGAGAUUCCACAAAUAGCUUGACUACACAUGUAGACGGCAUCGUGGAUGCAUCGCGGGACGGGAGUUCAAUCCUCCCCGCCUCCACUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((...(...(((.(((((..((((((((((...[[[[[[[..))))).....]]]]]]]..............................(..(.(((.((((......)))).))).)..)(((((((.((..........aaaaaa)).)))))))..........AAA.AAA((((...(((((((.({{{{{{..{.......).)))))))..)))).....}..}}}}}}....(...(.....(((((.<..<<<....))))).....)...).....>>>..>...))))).....))))))))...).)))).)))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((..(((...(((..((.(((((....))))).))....((((((((((............))))))))))...........((((((.......))))))..(((..(((......)))..)))..)))...))).)))..)))).))))))...((((...((((.((((((....(((((((((.((......)).)))))))))....(((((((((.....((....(((((.((..........)).)))))....)).....((((((.....)))))).)))))..)))).((((....)))).)))))).))))..)))).(((((..((((......)))).))))).....))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.............))))).........(((((((((.((((((((((((((............)))))))))....((.(((((((((((.......))))))((((..((((......))))...))))))))).))..)))))(((((((((((((..((((((....((.(((((((((((((((((((....))))..)))))))).......)))))))))..))))))))))).....(((((((..(((........)))....(((((((...))))))).......)))))))............)))))))).....))).))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((.....))).)))))..((((......)))).......((((((((((............)))))))))).........(.((((((.(....)))))))).(((.((((......)))).)))..................((((((((.(((.(((((((((.....).((((((((((((((((((....))))..)))))))).......)))))).....))))).(((((.((((....))..)).)))))..((((.....(((((((...))))))).......)))).......))).))).)))))))).................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....................................(((((.......(((((((((............)))))))))..................................((.(((........))).))....................................................................................................................................................................................)))))............................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......(((.(((((..((((((((((((((....)))))))))......((((.(((((....((((((((((...........))))..(((.((((......)))).)))(((((....((.(((.......))).)).....))))).................(((((((............))))))))))))).....)))))..))))....(((((.((..........)).)))))..((((.....((((((.....)))))).......))))......))))).....))))))))....))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((.....))).)))))(.(((((....))))).).((..((((((((((............))))))))))..))....((.((((((.(....)))))))))(((.((((......)))).)))......((((...(((..((((((((.(((.(((((((((.....)(((((((((((((((((((....))))..)))))))).......)))))))....))))).(((((.((((....))..)).)))))..((((.....(((((((...))))))).......)))).......))).))).))))))))..))).)))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((.....))).)))))..(((..[[[[[[)))...((((((((((((((............)))))))))............((((((.......))))))...))))).......]]]]]].(((.[[[.....))).........]]]...(((..[[[[[)))......]]]]].(((((((((...[[[[[[...)))))))))..........]]]]]]..((((..(((((.((((...))))....)))))....((((...(((((((...))))))).......(((...((((....))))..))).))))[[[[...)))).((((....)))).]]]]....))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((.....))).)))))..(((.(((((((((((((((..((((((((((............)))))))))).((((...))))(((((.......))))).(((((.((((......)))).).)))).((((((((..((.((((..((((.(((..(((((.((...)).))))).((((((((((((....)))))..)))))))...............)))))))..)))))).))))))))....(((........)))....(((((((...))))))).(((.....))).((((....)))))))))).)))))..)))))))((((.(((.......)))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((......aaaaaaa)))))..(((.(((([[(((((.{{...((((((((((............))))))))))...........(((((.((....)))))))..(((.((((......)))).)))....(((((((......................(((((.((...)).))))).((((((((((((....))))..))))))))........................<<<<<...)))))))......>>>>>....((.....(((((((...))))))).......)).........)))))...}})))))))]]...AAAA.AAA...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((.....))).)))))..(((.((((((((((((((...((((((((((............))))))))))...(.....)..(((((.(....)))))).(((((.((((......)))).)).))).((((((((..((.((((..((((.(((..(((((.((...)).))))).((((((((((((....))))..))))))))...............)))))))..)))))).))))))))....(((........)))....(((((((...)))))))..(.......)..((((....)))).))))).)))))..)))))))((((.(((.......)))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((...............((((((......(((((((((((((([[[[[[[.....))))))))))...........((((((.......))))))....)))).......))))))..)))).((((((((......(((..)))((((((((((((.........)))))]]]]]]]((((((....))))))....(((((((............))))))))))))))..))))))))......((((...((((.....(((((((...))))))).......))))..(((((..)))))...(((((...)))))....))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..(((((((........((.(.(((.((((((.........(((((..............)))))............(...(.................((.((((........)))).))..((((((...((((...........))))....)))))).................((((((((..........))))))))....................((((((((((..(((........)))..))))))))))...................................))..))))))....))).)))......)))).))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..(((((((........((.(.(((.((((((.(.......(((((..............)))))............(...(.................((.((((........)))).))..((((((...((((...........))))....)))))).................((((((((..........))))))))....................(((((((((...(((........)))...)))))))))...................................)).)))))))....))).)))......)))).))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((....(((.((((((((((((.((((((((((((((............))))))))..............((..........(((((...(((..(((......)))..)))(((.((((((((..((.((((..(((.((((..(((((.((...)).))))).(((((((((.((......)).)))))))))...............)))))))..)))))).)))))))).......))).....)))))..((((((.....)))))).......))..)))))))))))))...))))))))...)))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((.....))).)))))..(((.(((((((((((((((..((((((((((............))))))))))..(((...)))((((((.(....)))))))(((((.((((......)))).)).))).((((((((..((.((((..((((.(((..(((((.........))))).((((((((((((....))))..))))))))....(((...)))..)))))))..)))))).))))))))....(((........)))....(((((((...))))))).(((.....))).((((....)))))))))).)))))..)))))))((((.(((.......)))))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...............((((((.....(((((....)))))..(((((((((....)))))))))........(((((........((((.((((((.......))))))))))..((((......))))..((((......)))))))))..))))))...(((((.((((((......((((((((((((((((............))))))))).......)))))))....((((..(((((.((((...))))....)))))..((((.....(((((((...))))))).......))))..((((....))))...(((((...))))).))))..)))))).)))))........))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......(((.((((((((((((.((((((((((((((............))))))))..............((..........(((((.(.(((..(((......)))..))).)..((((((((..((.((((..((((.(((..(((((.(.....).))))).(((((((((.((......)).)))))))))...............)))))))..)))))).))))))))...............)))))..((((((.....)))))).......))..)))))))))))))...))))))))....))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((..((..(((...(((..((.(((((....))))).))((..((((((((((............))))))))))..)).......((((((.......))))))..(((..(((......)))..)))..)))...))).))...)))).))))))....(((...((((.((((((....(((((((((.((......)).)))))))))....(((((((((.....((....(((((.(((.....)))....)))))....)).....((((((.....)))))).)))))..)))).((((....)))).)))))).))))..))))).((((..((((......)))).))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..(((.....)))..))))........((((((((((((((((..(....)..))))))......((.((((.....((.(((((((((((.......))))).(.(((..(((......)))..))).))))))).)).))))))((((((((.(((.(((((((.(.....).))))..(((((((((.((......)).)))))))))..........(..(((((((....(((((.(((.....)))....)))))....)).....((((((.....)))))).....)))))..).....))).))).)))))))).....))).)))))).)(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(.(......)).))))).((((........)))).(((((((........))))))).((((((.(........)))))))(((((((((((..)))))...((.(((..(((..)).))))))..(..)((...))....(((.(((((((.(..((...(((.((...)).)))....))..((((....((((((.(.................)))))))...))))((((...)))).((((((((.(((.(....)).)).)..(((((((...))))))).......)))))))((((..)))).)))))))))))..))))..))(((..((((......)))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((.((((((((((((.................................................((((.........))))...(((..(((......)))..)))....((((..((..((.((((..((((.((...(((((.((...)).))))).((((((((.((......))...))))))))................))))))..)))))).))..))))......................(((((((...))))))).................)))))))...)))))))).....)))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((....(((.((((((((((((.((..((((((((((............))))))))))..))..(((((((((((.......)))))...(((..(((......)))..)))..))))))..(((.((.((((..((((......(((((.(.....).))))).((((((((((((....)))))..)))))))..................))))..)))))).)))(((((((..(((........)))....((((((.....)))))).......)))))))...)))))))...))))))))...)))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.(((......)))..(((......))).(((....)))..(((((((((....)))))))))......(((((..........))))).(((((.......)))))...(((.((((......))))..((((......))))....)))...)))))))....(((((.........))))).((((..((((((....))))))....((((((.((.........))))))))..(((((...((....)).....)))))..((((.....((((((.....)))))).......))))..((((....))))...((((.....))))...(((((..((((......)))).)))))..)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.(((......)))..(((......))).(((....)))..(((((((.[[[[[[.)))))))......]]]]]]....(((.....)))(((((.......)))))...(((.((((......))))..((((......))))....)))...)))))))....(((((.........))))).((((...(((((....))))).((((((((((.((......{{{)))))))...}}}...(((.....)))...))))).((((.......<<<<<<)))).>>>>>>.............((((....))))...((((.....))))...(((((..((((......)))).)))))..)))).. |