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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00478



RNA: TMR_00478
Rfam family: tmRNA

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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................................(((((.......(((((((((............)))))))))..................................((.(((........))).))....................................................................................................................................................................................)))))............................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((.(((((..((((((((((((((....)))))))))......((((.(((((....((((((((((...........))))..(((.((((......)))).)))(((((....((.(((.......))).)).....))))).................(((((((............))))))))))))).....)))))..))))....(((((.((..........)).)))))..((((.....((((((.....)))))).......))))......))))).....))))))))....))))).)))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((.....))).)))))(.(((((....))))).).((..((((((((((............))))))))))..))....((.((((((.(....)))))))))(((.((((......)))).)))......((((...(((..((((((((.(((.(((((((((.....)(((((((((((((((((((....))))..)))))))).......)))))))....))))).(((((.((((....))..)).)))))..((((.....(((((((...))))))).......)))).......))).))).))))))))..))).)))).......(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((....(((.((((((((((((.((((((((((((((............))))))))..............((..........(((((...(((..(((......)))..)))(((.((((((((..((.((((..(((.((((..(((((.((...)).))))).(((((((((.((......)).)))))))))...............)))))))..)))))).)))))))).......))).....)))))..((((((.....)))))).......))..)))))))))))))...))))))))...)))))).)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((.....))).)))))..(((.(((((((((((((((..((((((((((............))))))))))..(((...)))((((((.(....)))))))(((((.((((......)))).)).))).((((((((..((.((((..((((.(((..(((((.........))))).((((((((((((....))))..))))))))....(((...)))..)))))))..)))))).))))))))....(((........)))....(((((((...))))))).(((.....))).((((....)))))))))).)))))..)))))))((((.(((.......))))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............((((((.....(((((....)))))..(((((((((....)))))))))........(((((........((((.((((((.......))))))))))..((((......))))..((((......)))))))))..))))))...(((((.((((((......((((((((((((((((............))))))))).......)))))))....((((..(((((.((((...))))....)))))..((((.....(((((((...))))))).......))))..((((....))))...(((((...))))).))))..)))))).)))))........)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..(((.....)))..))))........((((((((((((((((..(....)..))))))......((.((((.....((.(((((((((((.......))))).(.(((..(((......)))..))).))))))).)).))))))((((((((.(((.(((((((.(.....).))))..(((((((((.((......)).)))))))))..........(..(((((((....(((((.(((.....)))....)))))....)).....((((((.....)))))).....)))))..).....))).))).)))))))).....))).)))))).)(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(.(......)).))))).((((........)))).(((((((........))))))).((((((.(........)))))))(((((((((((..)))))...((.(((..(((..)).))))))..(..)((...))....(((.(((((((.(..((...(((.((...)).)))....))..((((....((((((.(.................)))))))...))))((((...)))).((((((((.(((.(....)).)).)..(((((((...))))))).......)))))))((((..)))).)))))))))))..))))..))(((..((((......))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((.((((((((((((.................................................((((.........))))...(((..(((......)))..)))....((((..((..((.((((..((((.((...(((((.((...)).))))).((((((((.((......))...))))))))................))))))..)))))).))..))))......................(((((((...))))))).................)))))))...)))))))).....)))).)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((....(((.((((((((((((.((..((((((((((............))))))))))..))..(((((((((((.......)))))...(((..(((......)))..)))..))))))..(((.((.((((..((((......(((((.(.....).))))).((((((((((((....)))))..)))))))..................))))..)))))).)))(((((((..(((........)))....((((((.....)))))).......)))))))...)))))))...))))))))...)))))).)))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.(((......)))..(((......))).(((....)))..(((((((((....)))))))))......(((((..........))))).(((((.......)))))...(((.((((......))))..((((......))))....)))...)))))))....(((((.........))))).((((..((((((....))))))....((((((.((.........))))))))..(((((...((....)).....)))))..((((.....((((((.....)))))).......))))..((((....))))...((((.....))))...(((((..((((......)))).)))))..))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.(((......)))..(((......))).(((....)))..(((((((.[[[[[[.)))))))......]]]]]]....(((.....)))(((((.......)))))...(((.((((......))))..((((......))))....)))...)))))))....(((((.........))))).((((...(((((....))))).((((((((((.((......{{{)))))))...}}}...(((.....)))...))))).((((.......<<<<<<)))).>>>>>>.............((((....))))...((((.....))))...(((((..((((......)))).)))))..))))..