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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00498



RNA: TMR_00498
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((..(((..(((((((((((((..((((..((((((.......))))))...((((.........))))........)))))))).((((.....))))..))))((((((.........)))))))))))..))).((((((((.(((((...)))))..((...(((((((....((((...((((((......((((((((((....(((((..(((........)))))))))))))))))).....((((..(((((....)))))))))..))))))..))))......(((((...)).)))...)))))))..)).))))))))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...........................................(((((........))))).........................(((((((.....))).)))).(((((((.........)))))))((((((.......((((....))))..(((...(((....)))....))).))))))................((((..(((((((...)))))))..)))).((.(((........((((((.((((.(((((....))))).))))))))))))).))....................(((....)))..................((((((........)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.........)))))))........(((((.(((((........))))).........................(((((((.....))))).)).(((((((.........)))))))((((((..(....((((....)))))(((....(((....))).....)))))))))................((((..(((((((...)))))))..))))...............((((((.((((.(((((....))))).)))))))))).......................)))))...........................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((.......((((.((((..((((((((((........))))).....((((.....................................(((((((.........))))))).(((((.......((((((((.((..((((...(((....)))....)))).(....)...)).)))))))).((((..((((((.....))))))..))))))))).......))))(((((.((((.((((......)))).))))))))).......................))))).....))))))))......))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((((((.........)))))))))........(((((((((........)))))......(((((((............(((((((.....))).)))).(((((((.........)))))))(((((((......((((....))))..(((...(((....)))....)))))))))).........)))))))((((..(((((((...)))))))..))))(((.(((........((((((.((((.(((((....))))).))))))))))))).)))...............))))((((()))))........).........((((((........)))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.((((((((((.........)))))))...(((((((((((..(((.....(((((((((....((((((((............(((((..........))))).(((((((.........)))))))(((((((......((((....))))..(((...(((....)))....)))))))))).........)))))))).....(((((((...)))))))....))))).))))....(((((((((.((((..(((((....)))))))))))))))...........)))...)))..)))))))...))))...))).)))))..((((.[[[[[))))....]]]]]..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((....)).))))))))).(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....)).))))).(((((((.........)))))))((((((.......((((....)))).((((...(((....)))....)))))))))).........)))))))).((..(((((((...)))))))..))))))).)))).)))((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).))..............)))..)))))))...))))((((((....))).)))..(((((......))))).)))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((....)).))))))))).(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....))).)))).(((((((.........)))))))((((((...(((.((((....))))..)))...(((...........))).)))))).........)))))))).((..(((((((...)))))))..))))))).)))).)))((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).))..............)))..)))))))...))))((((((....))).)))..(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((.........))))))))).((((((((((((((((........))))).......(((((.............(((((..(((..)))))))).(((((((.........)))))))(((((((.((((..)))).(((((...)))))..[[[[[[[.........)))))))((((((......(((((((((((((((((...))))))).............)))))))))).....((((..(((((....)))))))))..)))))).............)))))..)))))))...))))..........]]]]]]]..(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((..(((.((((((......(((((...............)))))........(...(....................((.((((.........)))).))((((((..((((..........)))).........................))))))..................((((((((.........)))))))).................((((((((((..(((........))).))))))))))..................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.((...((((.(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....)))).))).(((((((.........)))))))(((((((..(((.((((....))))..)))...(((....))).......))))))).........)))))))).((..(((((((...)))))))..))))))).)))).)))((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).))..............)))..)))))))...))))))))...)))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((....)).))))))))).(((((((((((..(((.(((.(((((((((..(.((((((((............(((((((.....))).)))).(((((((.........)))))))(((((((..(((.((((....))))..)))...(((...........)))))))))).........)))))))))....(((((((...)))))))....))))).)))).)))...((((((.((((..(((((....))))))))))))))).................)))..)))))))...))))((((((....))).)))..((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.........((((....(((((((........(((((((((....((((((((...........((((...((((..((((.....(((((((.........)))))))......))))...((((..(((((...)))))..((((...))))..))))....)))).))))..)))))))).....(((((((...)))))))....))))).))))..............((((..(((((....))))))))))))))))..))))...((((......................)))).....)))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.((...(..(.(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....)).))))).(((((((.........)))))))(((((((..(((.((((....))))..)))...(((....))).......))))))).........))))))))..(..(((((((...)))))))..).))))).)))).)))((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).))..............)))..)))))))...)))))..)...)))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((((.(((....((..(((.((...((((.(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....)).))))).(((((((.........)))))))(((((((..(((.((((....))))..)))...(((....))).......))))))).........)))))))).((..(((((((...)))))))..))))))).)))).)))((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).))..............)))..)))))))...))))))))...)))))..))))).)))..))).....))).((.....)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.((...(..(.(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....)))).))).(((((((.........)))))))((((((.......((((....)))).((((...(((....)))....)))))))))).........)))))))).((..(((((((...)))))))..))))))).)))).)))((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).))..............)))..)))))))...)))))..)...)))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.((((((((..).....(((((.((.(..(((((.((...)))))))..))))))))(..).))).))).).))))).)))(((..)))....(((((((((...).).)))))))(((((((.(((((......))..)))..(((((((((..)))))).))).))))))).(((((.(.(.(((((((((.((.(((((((.(..(((........)..))(((...)))((((((.(((.(((((......))))).))))))))).))))))))))))))))))))))))))...)))..((.......))(..)(..).((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.((...(..(.(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....))).)))).(((((((.........)))))))(((((((..(((.((((....))))..)))...(((....))).......))))))).........))))))))..(..(((((((...)))))))..).))))).)))).)))((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).))..............)))..)))))))...)))))..)...)))))..))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.((...(..(.(((((((((((..(((.(((.(((((((((....((((((((............(((((((.....)).))))).(((((((.........)))))))(((((((..(((.((((....))))..)))...(((....))).......))))))).........))))))))..(..(((((((...)))))))..).))))).)))).)))((..((..(.((((..(((((....))))))))))..))..))..............)))..)))))))...)))))..)...)))))..))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...((((((((((....)).)))...((((..(((....)))((((........)))).....)))).........)))))...(((((((.....))).)))).(((((((.........)))))))........)))).((((....)))).(((((..(((...........))).(((...(((.((......)))))...)))...))))).((((........)))).((((..(((....)))..((((..(((((....)))))...))))..)))).............((((.(((......((((......)))).))).......(((((.......))))).))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....((((((((((....)).)))...((((..(((....)))((((.[[[[...)))).....)))).]]]]....)))))...(((((((.....))).)))).(((((((.........))))))).aaaaaa.aa...((((....)))).)))))...(((.....)))..((((((.{{{{........)))))).((((((.....)))..bbbb)))}....BBBB..(((..}}}))).(((((((((..(((((....)))))...)))))))))AAA.....((((AAAAA.................))))..........((((.<<<<<))))....>>>>>..........