CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00501



RNA: TMR_00501
Rfam family: tmRNA

GGGGAUGUAAAGGUUUCGACGGGGGUCUUGAAGGGCGAUAAGCGAGUGGAGGAGCGCACUCUCCUUAAACGGCGUACGUUUUAAAUUAGACGACAACGAUAAUUUUGCAAUGGCAGCCUAAGGGCAGCCCGUCUUGCCUGAGAGUACCACGGCUUGGGUAAAGGCGUCGACUAGUGGUGAACGUCGGCAGGCGAUGACUGUGACCUGUCGGUGUAUUGCAGUCUACCAAAGCGAGGGGCGUGUCUGUUUGCCCGUGCGGAGGGAAACGGCGCAAGCCGAAAUAACCGACUAGACUCGUAGAAAUUCGCGUGAAUGGGCUUUCGGACAGGAGUUCGAUUCUCCUCAUCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............(((((((((....(.((((....((((((((((<<<<.<<))))).........>>.>>>>..............................((.(........).))...(((((((((((((.....{{{.{)))))))).)))))........}.}}}......(((..((((((((((...[[[[[)))).)))))).))).......]].]]]....(((.(..((.(..aa.aaa.)...))..).)))...........AAAAA...))))).......)))).)....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...((((((.((((((......))))))...(((.((.(((((......)))))))........(((((((..(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))).))))).(((.....(((((((((((((((((............))))))))))).......)).))))...))).)))).)))))..)))))..))))))).....((((....))))......))).....))))))......))))......)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...(((((..((((((......)))))).((((.....))))..((((((..((....)).))))))......(((.(((....))).)))(((((((((((((..........))))))).))))))..(((..((.....(((((((((((............)))))))))))...)).))).......................(((.(((.......))))))((((....))))...............)))))......))))......)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.......((((..........................................................................((.((......)).))..((((..((((((..........))))))...))))...........................................................................................................................................)))).......))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....(.(((....((((((.(((((........)))))...(((((..(((((......)))))...................(((.(((....))).)))(((((((((((((..........)))))))).)))))...............))))).........((((((((............))))))))..((...(((.(((.............))).)))...))....((((....))))..............)))))).......))).)....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...((((((.((((((......))))))(((((.....))))).((((((..((....)).))))))......(((.(((....))).)))(((((((((((((.(.....)..))))))).))))))..((((.(((((..(((((((((((((.......)).))))))))))))))))))))..(.........)..........(((.(((.......))))))((((....))))..............))))))......))))......)))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((....))))))))...((((.....(((....[[[[[[)))...]]]]]]......(((.(((((......)))))...))).......(((....)))(((....))).))))((((((((((((..[[[[[[..))))))).)))))........]]]]]]..(((..[[[[)))....]]]]...(((..[[[[.....)))..]]]]...((((((((((........)))))..[[[[[......((((....))))...............))))).....]]]]].(((.[[[[[[[))).....]]]]]]]........)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...((((((.((((((......))))))...((..((.(((((......)))))))..)).............(((.(((....))).)))(((((((((((((.((...))..))))))).))))))....((((((((.....(((((..(((..((((((((((....)))....)))))))..((...(((..(((((........))))).)))...)).......)))..)))))....))).)))))))))))......))))......)))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...((((((...((..........))...................................................(((....))).....((((((((((((..........)))))))).))))...((((.(((((..(((((((((((............))))))))))))))))))))..................[[[......................((((....))))..............))))))......))))......)))))))))]]](((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...((((((.((((((......))))))...((..((.(((((......)))))))..)).............(((.(((....))).)))(((((((((((((.((...))..)))))))).)))))....((((((((.....(((((..(((..((((((((((....)))....)))))))..(....((...(((((........)))))..))....).......)))..)))))....))).)))))))))))......))))......)))))))))....((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...((((((.(((((([[[[[.))))))...(((....((((((....(((((..............(((((((((.((((..)))).)))(((((((((((((..........))))))))).))))..............(((((((((((............))))))))))))))))))))))..))))))..(((((........)))))]]]]]........((((....))))......))).....))))))......))))......)))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((................)))))........(...(....................((((........)))).((((((.(((((((........)))))))..))))))...................(((((((..........)))))))...............((((((((((...(((........)))..)))))))))).........................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((................))))).......((...(....................((((........)))).((((((.(((((((........)))))))..))))))...................(((((((..........)))))))...............(((((((((....(((........)))...))))))))).........................))).))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((......((((...((((((..((...((..((((((.....((..((.(((((......)))))))..))........(((..(((((.....(((((((((.((..((((.....((((........)))).))))...((((.(((((..((..(((((((((.......)).)))))))..))))))))))).........)).)))).)))))..)))))..)))))))))...((((....)))).......)).))..))))))......))))......)))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((((......((((...((((((.((((((......)))))).......((.(((((.[[[[[)))))))......]]]]]......(((.(((....))).)))(((((((((((((..........)))))))).)))))....((((((((.....(((((..(((..((((((((((....)))....))))))).......(((..(((((........))))).)))............)))..)))))....))).)))))))))))......))))......)))))))))...{{{{{.))))..}}}}})))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((......((((...((((((...........((((((....((((....(((((......)))))..............((((.((((((((..((((((......))))))............((((.((((.....((((((...........))))))..((((((((((........)))).))))))....)))).))))...)))).))))...))))))))..))))))...((((....))))..............))))))......))))......)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((....(.((((...((((((..((...((..((((((.....((..((.(((((......)))))))..))........(((..(((((.....(((((((((.((..((((.....((((........)))).))))...((((.(..((..((..(((((((((.......)).)))))))..))))..))))).........)).)))).)))))..)))))..)))))))))...((((....)))).......)).))..))))))......)))).)....)))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((.....((((((((.........((((.....(((((..((((((......))))))...((..((.(((((......)))))))..)).....))))).......(((....))).))))((((((((((.((.((((((...((((((....)).))))...))))))....))..))))))).))).....))))))))....))))).))).(((..(((((..(((.(((((.((((((.......)))...((((....)))).......))).))))).))).....))))).....)))......(((.(((((.......)))))....)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((....(.((((...((((((..((...((..((((((.....((..((.(((((......)))))))..))........(((..(((((.....(((((((((((((((((..((.(.....)..))..))))).)))((.((((.(..((..((..(((((((((.......)).)))))))..))))..))))).)).........)))).)))))..)))))..)))))))))...((((....)))).......)).))..))))))......)))).)....)))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((((...((..)((((((....((..))..(((((......)))))(((.(((((..))))...).)))..(((((..(.(((..))))..))).))(((..))).))))))(((......)))(((((((((.(...............))).)))))))..(((.((((.(....))))))))((((((((.((((((.(((......)))))..(((.(((((((((.(((......).)))))))).)))).))..)))))))))).))))))).))))).....((((((((((((((..)..))))))).)))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((....(.((((...((((((...........((((((.........((.(((((......)))))))....................................(((.((((..((.(.....)..))..))))..)))...((((.(..((..((..((((((((.........).)))))))..))))..)))))..................................))))))...((((....))))..............))))))......)))).)....)))))..))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((......((((...((((((..((.......((((((.....((..((.(((((......)))))))..))........(((..(((((.....(((((((((.((.((((..((.(.....)..))..)))).....((.((((.(..((..((..(((((((((.......)).)))))))..))))..))))).))......)).)))).)))))..)))))..)))))))))...((((....))))..........))..))))))......))))......)))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.(((....)))((((....)))).......(((((........))))).)))).((((.....)))).........((((...(((......(((....)))((((..((((((......)))))).....((((........)))).)))).))).((((((((...((((....)))).((((........)))).((((.(((...........)))..(((((........))))).))))........((((....)))).....))).)))))..))))(((.((((....))))......((((((....)))))).)))...)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.(((......aaaa))).AAAA.......(((((cccc....))))).CCCC.((((.....))))...(((((...........))))).(((....)))))))..((((...(((<<<<))))>>>>.((((...[[[[.)))).]]]]...{{{...))).....}}}..((((((..bbbbb)).))))..((((.....BBBBB))))...((((((((((........))))).dddddd......((((....))))...............))))).....DDDDDD.(((......))).....((((.......)))).)))))))....