|
|
|
GGGGGCGAUUAGGAUUCGACGCCGGUAACAAAACCCGAAGUGCAUGUCGUGAGGGUAGCCAAUCACGUAAAUCCAAAGCUGCAAAUUAUCAGUUGCCAAUGAUGACAACUACGGUGCUCAACUAGCUGCGUAAGUAGCUUUUUGUUACACCAUCUAGCGGUACGCCGCUAGCGGUUUUUAACAAGGUGCCAGUACCGCGUUAACGACUGUCACUUAGAACUGGAUCGCAGUGAAGCCUGCCUGGGGUGGAUCAGCUAAACUUUUACAGGAUCGCGCUUUUCGUCCCGCCCGCUGGGCUGUAAAGCGUUAAAUCAAUAAGCGGUUCUAAGCAUGUAGAGCUGACGGCGGAGUACUGACGGACGGGGGUUCAAAUCCCCCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((((......((...(((.((((((((((..<<<<<...)))))..........>>>>>..............................(.....(((..((((((....))))))..))).....)....((((((....))))))(((((.......aaa.aa.....)))))............AAAAA.........(.((.(....((((.{{{{))))....).)).)........}}}}...(((((.((..(((.[.[[[[[)))....)))))))..........]]]]].]....)))))....)))...)).....))))).))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..((((((.........)))..)))......(((((((((((...((((((...((((.(((((........))))).....((((((((....((((((((((..((((((....))))))..)))...((((..(((((((....)))))))..(((...)))..))))..)))))))((....))..))))).)))....))))..)).))))...(((((...)))))....))))..))))))).)))))......((((((..((((((((.(((....)))..............((((((((......)))))))).)))))).))...)))))).((((((....)))))).))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.((((..(((((((((((((...............(((((((....))..))))).......................(((((.(......).))))).............((((((....)))))).))))))))(((..(((((((....))))))).)))(.(((((..((((....))))..))))).).......((((((((((.....(((......))).................................(((((((.((.(((.......))).)).)))))))............)))))))))).............))))))))).)))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........................................(((((..........))))).......................(((((.(......).)))))..((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))(((((..((((..((........))..))))..))))).................................................................((....(.................)....))(((.........))).........................................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.........))..(((.(((((.......(((((..................))))).......((((((..(..............((((..(((..((((((....))))))..)))...))))...((((((....))))))(((((..................))))).)...))))))............((((((((((....((..........))....)))................(((((((..((((........))))...)))))))...........)))))))...)))))....)))...))))..............(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.((((..((((((((((((((.(((..........(((((((....))..))))).............(........)(((((.((....)).))))).))).........((((((....)))))))))))))))(((..(((((((....))))))).)))(.(((((..((((....))))..))))).).(.....((((((((((((((((((......))))((...(.............)......))))))(((((((.((.((((.....)))).)).)))))))............))))))))))......)......))))))))).)))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.......[[[[.))))............]]]]........(((((..[[[[[...)))))..........]]]]]...((((((...[[[..)))))).......((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....))))))).]]].........(((.[[[[[)))..........(((.....))).]]]]]...((((......))))((((.[[[[[)))).......]]]]]((((((((..............[[[[[[.(((....))).............)))))))).(((.......)))..]]]]]].........(((.[[[[[))).....]]]]].......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.(((...((..((((......).)))..))....))).)).(((((((...((((....(((((...(((.........(((((.((....)).)))))..((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))(((((.(((((..((((....))))..))))).))))).....)))...)))))....)))).).))))))..((((((((...(((....)))...)))).)))).((((((..((((((((.(((....)))..............((((((((......)))))))).)))))).))...)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.......................(((((..........)))))........................((((..........))))...((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....))))))).............((((.((((............)))).))))((..................................[[[[[[...........((((((((((((....(((.......)))....)))))).............)))))))).........]]]]]])))))..............(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.(((...((..((((......))).)..))....))).)).(((((((...((((....(((((...(...........(((((.((....)).)))))..((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))(((((.(((((..((((....))))..))))).))))).......)...)))))....)))).).))))))..((((((((...((......))...)))).)))).((((((..((((((((.(((....)))..............((((((((......)))))))).)))))).))...)))))).(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((.((((((((((((((.(((...((((...(((((..........)))))............)))).......(((((..........))))).))).........((((((....))))))))))))))).....((((((((..))))))))(((((((......(((((..))))).(((..))).......((((((((((((((((((......))))((((......))))..............))))(((((((.......((((...))))...)))))))............)))))))))).....))))))).))))).........)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((m.((aaaaaaaaaaa(.d((.cccccc(.hhhhhj((kkkkk(...ll(gggg.)))J)iiiiiii(...eeeeeeeeee...ee()GGGGL..e(bbbbbbbb..bb.bbbbbb))))BBBBBBBMLKKKKK..)BB((((((((..))))))))(((())nnn((..))C.nnnnn)))).))NNNBBBBBB)H.(((((((((((((BEEEEE...CC)HHHHA.((((((.<<<<<<..CCC)D.<<(()AA.<<<<<<({{{{.))))))NNNNN.))>>)>>>>>>)E.))).EEEE.)))))))))).AAAAEE>>>>>>AAAA)EIIIIIII}}}}..(((((((..))))))).))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((.(((.((((((.......(((((..................)))))........(...(..........................................................((.((((....)))).))((((((..(((.(((........))).)))..)))))).................((((((((.............)))))))).................((((((((((.(((.......))).)))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((.(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...(..........................................................((.((((....)))).))((((((..(((.(((........))).)))..)))))).................((((((((.............)))))))).................(((((((((..(((.......)))..))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.((((..(((((........((((..((.(((.(((((((((....))..)))))..........(((((...((((((........))))))...(((.((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))(((((.(((((..((((....))))..))))).))))).....))).........)))))...)).))))).))))...((((((..((......(((((((((((((.((.((((.....)))).)).))))).............))))))))......))..))))))))))))))).)))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.(((.......((((......)).))........))).)))(((((((...((((((..(((((...(((.........(((((..........)))))..((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))(((((.(((((..((((....))))..))))).))))).....)))...))))).)).)))).).))))))..((((((((...(((....)))...)))).)))).((((((..((((((((.(((....))).(((......))).((((((((......)))))))).)))))).))...)))))).((((((....)))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.................(((((((((.....(((((....(((((..........)))))..................((((((........))))))........))))).....((((((....))))))))))))))).........((((((.(((((.((((((.(((((..((((....))))..))))).))))))..((((((((((.............((((...(((((...........)))))..))))...(((((((....((((.....))))....)))))))............))))))))))..............))))).))))))......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.((((..(((((........((((..((.(((.(((((((((....))..)))))..........(((((...((((((........))))))...(((.((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))(((((.(((((..((((....))))..))))).))))).....))).........)))))...)).))))).))))...((((((..((......(((((((((((((.((.((((.....)))).)).))))).............))))))))......))..))))))))))))))).)))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.....(((....))).....))....(((((((...(((((((((((((...((((....(((((...(((.........(((((.((....)).)))))..((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))(((((.(((((..((((....))))..))))).))))).....)))...)))))....))))...(((((...)))))....)))..)))))))).))...)))))))))))))).((.((((.(((....)))..............((((((((......)))))))).)))))).........(((((((((........))))))..))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((....(..(((((....((...(((((((((((.(((((((((....))..))))((......((((((((........(((((.((....)).)))))..((((..(((..((((((....))))))..)))...))))...((((((....))))))))))))))((((..((((....))))..))))))))))).)))))...........((((......)))).)))).))..((((((..((......(((((((((((((.((.((((.....)))).)).)))))(......).....))))))))......))..)))))))))))..)..)))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....))....(((((((((((((((((((.((((.(..(((((..........)))))..))..)))(((((........)))))..(......)....(((.((((..((((((((((((..))))))))))))...))))...)))((((..)))).))).)))))))))))))))).(((((((.........)(((((((((((((((..((.(((((..)..))))((((((..))))))....))..(((....(((((((((...((((........))))....)))))).).))...)))..)))))))))(.......).))))))(..)))))))((..))(((((.((..)))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.......(((((........((((...(.(((....(((............)))..............................................((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))..((..(((((..((((....))))..)))))..))..............................))))..))))...((((((..((......(((((((((((((.(..(((.......)))..).))))).............))))))))......))..))))))))))).....)))).....(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((.(((.((.((..........(((((((..(((.((((..((((...((((....(((((...(((.........(((((.((....)).)))))..((((..(((..((((((....))))))..)))...))))..(((((((....)))))))((((..(((((..((((....))))..)))))..)))).....)))...)))))....))))...(..((...))..)....))))..))....)).))).))))))).((((..((((((((.(((....)))..............((((((((......)))))))).)))))).))...)))).)).)).)))..)))))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((.................))).........(((((((....))..)))))...))))...(((((...((((((........)))))).......((((.......((((((....))))))........))))....(((((....))))).)))))..(((((..((((....))))..)))))...((((((..(((.((((.....))))...((((.....)))).......))).((((.....(((.((.......))))).(((.(((.........)))..............((((((((......))))))))..))).))))..))))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((............))))..........(((...[[[[[...[[[[[))).(((...]]]]]...aaaaa..)))((((.{{{{{{.))))...}}}}}}.((((..((((.......((((((....))))))........))))..(((((((....))))))).)))).(((((..((((....))))..)))))....AA.AAA.......]]]]].((((......))))....(((((.(((((....((((....(((.((.......))))).(((.....)))...)))).(((.........)))...((((......))))))))).(((((.........((((.<<<))))....>>>.))))).))))). |
