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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00503



RNA: TMR_00503
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((.((((((...((((((((((................))))))..))))....(((.((((....)))).)))(((((.(((......))).)))))(((((((((...(((((........)))))))))))))).................((((..((((..((((....)))).))))))))..................(((.(((((..((((.......))))....))))).)))......................))))))...))))))).))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....(...(.(((...................(((..................)))............(((.((((....)))).)))............................................................................................................................................................................................................)))..)...)..)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((..(((((...((((((((((................))))))..))))...((((.((((....)))).))))..((((((((.............((((((((((..((((........)))).))))))))))..........((((...((((.(((((((.........))))))).))))...))))...........))))))))........(((((((........((((........))))....)))))))...)))))....)))))).)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..((((((((...(((((((((((((.((((((...((((((((((..(.(......).)..))))))..))))....(((.((((....)))).)))(((((.(((......))).)))))(((((((((...(((((........))))))))))))))..........((((...((((..((((..((((....)))).))))))))...))))........((.(((.(((((..((((.......))))....))))).)))))...........(.......)))))))...))))))).)))))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((((((...(((((((((((((...(((((..((((((((((................))))))..))))....((((((((....))))(((.(((((.(((......))).)))))))).(((((((((((..((((...(((..(((((((((............((((((.((((...(((....))).)))).))))))(((........))).))))).))))..))).))))((((......))))..))))))))))).))))...(((((.....)))))))))).)))))).))))))))))))))).........))))...))).)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((...(((((((((((((...(((((..((((((((((................))))))..))))...(((((((((....))))(((.(((((.(((......))).)))))))).(((((((((((..((((...(((..(((((((((...((......((((...((((.((((...((((....)))))))).))))...))))..)).)))))).)))..))).)))).(((......)))...))))))))))).))).)).(((((.....)))))))))).)))))).)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((.((((((...((((((((((................))))))..))))....(((.((((....)))).)))(((((.(((......))).)))))((((((((...((((((........)))))))))))))).................((((.(((.....(((....)))..))).))))..................(((.(((((..((((.......))))....))))).)))......................))))))...))))))).))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((...(((((((((((((...(((((..((((((((((................))))))..))))....(((.((((....)))).)))(((((.(((......))).)))))....(((((((((((..((((...(((..(((((((((............(.......((((((((..((((....)))).)))).))))....)......)))))).)))..))).)))).(((......)))...))))))))))).........((((.....)))).))))).))))))).))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......))))).....((((((.((((......))))...((((((((((................))))))........))))............))))))..((((((....((((.......)))).(((((((((((..((((.((((((((((((.................[[[[[[[[[[))))))))))))..(((....)))(((((..................)))))....))))................))))))))))).)))))).............(((((((((..)))))))))]]]]]]]]]]....(((((.......))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((({{{{...{{{{{(..<<<<<(.iiiiiiiiiiii)))).((((((((aa(.[[[[[[c((.bbbbbb)C))..)))).)}}}}}.))]].((.(()IIIII)]Agggggg((...]]]ee.eeeeee(.dddddddddddddddd..dddddddddddd.))..hhhh.....IIIhhhhhhhhhhDDDDDDDDDDDD..)DDDDDD.DDDDD}}}}.fff..IIII>>>..)DDDDDEE.((((.)Akkk(jjjjjjjjjjEEEE)GGGGGG...))))((>>)))KKK)).BBBBBBFFF.JJJJJJJJJJHHHHHHHHHHEE..(((((.HHHH..))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((........(((.(((.(.(((((.(......(((((................))))).......(...(....................((.((((........)))).)).((((((.(((.((((..........))))))).))))))...................((((((((.............))))))))....................(((((((((..(((.........)))....)))))))))..................)).)))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((..(((((((((.((((((...((((((((((................))))))..))))....(((.((((....)))).)))..((((((..((...((((...(((((((....((((....((((...(((..(((((((((............((((((.((((..((.....))...)))).))))))(((........))).)))))).)))..))).))))..))))..))))))).))))....))..)))))).............))))))...))))))).))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((...(((((..((((((((((................))))))..))))....(((.((((....)))).)))(((((.(((......))).)))))....(((((((((((..((((...(((..(((((((((...........((((.....((((((((..((((....)))).)))).))))..)))).....)))))).)))..))).))))((((......))))..)))))))))))........(((((.....)))))))))).))))))).))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((...(((((.....((((.((((((............(((((..........((((.((((....)))).))))..((((((((....((((.....((((((((((..((((........)))).))))))))))..........))))...((((..((((..((((....)))).))))))))..................)))))))))))))...)))))))))).....((((........))))..(((((.....)))))))))).))))))).))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((..(((((((((.((((((...((((((((((................))))))..))))....(((.((((....)))).)))..(((((((((....((((...(((((((....((((....((((...(((..(((((((((............((((((.((((.(((.....)).).)))).))))))(((........))).)))))).)))..))).))))..))))..))))))).)))).)))....)))))).............))))))...)))))).)))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((.(((......((((((((...(((((((((((((.((((((...((((((((((................))))))..))))...((((.((((....)))).)))).(((((((((....((((...(((((((....((((....((((...(((..(((((((((............((((((.((((..((.....))...)))).))))))(((........))).)))))).)))..))).))))..))))..))))))).)))).)))....)))))).............))))))...)))))).)))))))))))))))...))).)))....))).((.....))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((..(((((((((...(((((..((((((((((................))))))..))))....((((((((....))))(((.(((((.(((......))).)))))))).(((((((((((..((((...(((..(((((((((............((((((.((((.(((.....)).).)))).))))))(((........))).)))))).)))..))).))))((((......))))..))))))))))).))))...(((((.....)))))))))).))))))).))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((((((((((((...(((((((((((((..(......)((((((((....((........).)...))))..))))..(((.(((((((((..(((((((......).))))))(((((((((((((((((((((.(((((......))))))))))))))))..))).).).))))).(..(((((((((((........))).))).))))).)...))))).)))))))...(((((((.((.((((((((..((((.((((......).)).).))))))))))))).)))))))).)))))).))))))))))))))).(((..))))))))).)))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((..(((((((((...(((((..((((((((((................))))))..))))....(((.((((....)))).)))...(((((..............((((.......((((....((((....(((.(((((((((.............((((..(((................)))..))))................)))))).)))..))).))))..)))).....)))).............))))).................))))).)))))).)))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((..(((((((((...(((((..((((((((((................))))))..))))...((((.((((....)))).)))).((((((..((...((((...(((((((....((((....((((...((((.(((((((((............((((((.((((..((.....))...)))).))))))(((........))).)))))).)))..))))))))..))))..))))))).))))....))..))))))..((((.....)))).))))).)))))).)))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......((((..((((.......))))...((((......)))).))))..((((((................))))))..((((....)))).(((....))).....(((((.((.........))))))).(((((((((..((((........)))).)))))))))............((((....))))..(((.((((....)))).((((......................)))).((((.............)))).))).((((........))))...((((.....)))).(((((....))))).(((......)))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((.......))))).....((((...((((......))))(((....aaaaaa))).............AAAAAA..((((....)))).(((....))).((((.<<<<..)))).((((...>>>>)))).bbbbb.(((((((........))))))).((((((((.........)))).[[[((((((((..((((....)))).))).)))))............)))).)))).((((......]]]BB..)))).....((((..{{{{..))))...((((}}}}.)))).(((((....))))).(((..BBB.)))....(((((.......))))).))))))....