|
|
|
GGGGGCGAUUCUGGAUUCGACGGGAUUCGCGAAACUCCGGGAGCAUGCCGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGCAAAGUUAUAGUUGCAAACGACGAUAACUACGCUCUGGCUGCUUAAUUAGCGCCAGCCAUCUACCACAGGUCUCGCACAUGGGCAGUGGAUUUGAUGGUCACCUUACAUCGUGCUAGCGAGGGAACCUUGUCUGGGGGUGAACCGCGAAACAGUUCCAGGCUCACCGUUAGAAAUCCUGUCUUUCGGAGUUCGAGCGGUUAAAUAAAAGAGAGACUAAGCAUGUAGCGCCUUGAGCGUAGGUUUUUCGGACGCGGGUUCAAGUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..(......(((.(((.(((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>.................................((((((.........).)))))(((((..((((..(.((({{{{{{)))).))))....))))).........}}.}}}}..(((.....((((([[[[[)))))....)))..........]]]]]..(((((....(.(((.aaaaaaa)))..)...))))).........AAAAAAA...)))))...).))).))).....)..)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.......))))))).))....(((..((......))..)))((((((............)))))).........((((....)))).........(((..(((((......))..))))))((((.(((((...(((.......)))..))))..).))))...................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.....(((((((((....(((((((..(((((((((.((((((............))))))...((((((..(((.........((((..(((((.(((((............))))).(((...(((((..((((...(((((...(((((((.((((((((((...((((....)))).(((......))).))))))).))))))).....)))..)))))..))..))...))))).....)))....))))))))).................))))))))).))))).)))).....)))))))))))))))).)))))...))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................(((((.........))))).............................................................................................................................................................................((((((........................))))))....................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...........((..(((((......(((((..............)))))....................................((((........))))...(((((((((((..(((.........))).))))..)))))))................................((((((...................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))..........))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...................................................(((((.........((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))(((.....))))))))(((((..((((..................))))....)))))..........((((....))))...................((.((..((......))..)).))((((((.(((.(((........))).))).))))))....................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........................(((..((......))..)))((((((............))))))...(((((.((((....)))).)))))......(((((............)))))(((((..((((..(((.........))).))))....)))))................................(((........................)))...((((((.(((.(((........))).))).))))))....................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..(......(((.(((.((((((......((((((............))))))...((.......)).................((((.((((......))))(...((((((..((((..((((.......)))).))))....))))))...).............(((.....(((((.....)))))....))).................((((((.(((.(((........))).))).))))))........)))).......)))))...).))).))).....)..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.......))))).)........(((((.......(......)...(((((.........((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))(((.....))))))))(((((..((((..((((.......)))).))))....)))))..((((....((((....))))((...))........))))((.((..(((....)))..)).))((((((.(((.(((........))).))).))))))...........(((((..........((((.....))))..)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..............((.((((((......((((((............)))))).........((((....))))............(((((.(.........)))))).((((((((((..((((.......)))).))))..))))))................................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....)).............)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((((.(((...)))))))..)))))))....(((..[[[[[)))..]]]]]..........(((.((((((.((((....)))).))))))......[[[[))).........]]]]((((((..((((..((((.[[[[..)))).))))....))))))...........]]]]..(((..........[[[[[[[[......))).......]]]]]]]]..((((((.(((.(((.[[[[[[[))).))).)))))).........]]]]]]].(((......[[[[)))..]]]]..(((.....)))(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..((((((((((((((((((.(((((((((((.((((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)).)).)).))))))).......(((((((((......((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))).(((((.(((.(((........))).))).)))))............)))))).....))).)).))))).))))..).)))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((......................))....................(((((.........((((....((((((.((((....)))).))))))[[[[[[.))))((.......)))))))(((((..((((..(((.........))).))))....))))).................................(((......................)))....((((((.(((.(((........))).))).)))))).................................]]]]]].............(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((.((..(((...((((((..((((.(((....))).))))((((((.((...))....))))))..........)))))).........((((((((.(((((((((.(((.(((.((.((((((.((((..((((.......)))).))).)..))))))..................((((...((((((....))))))...))))......).).).))...((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))...))).))).))).))))))..))))).))).))..........)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..((((((((((((((((((.((..(..............)..((..((((((.((((....)))).))))))..)).(((((.(((.....))))))))(((((..((((..(((.(......)))).))))....)))))..((........)..(((((((((...))))).))))...)((.((..............)).))((((((.(((.(((........))).))).))))))..........................)).))))).))))..))).)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((((....((((((((.....(((((.[[[[[[..))))).........((((........))))............((((((((((((((............))))))........(((...((((((((......((((((((((.........))))...((((((((((..))))((((((((...]]]]]].......))))))))....)))))))))))).(((((((.......................)))))))....))))).)))))).))))))))..))))))))))))......))))))).))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(((((((((....))))))).))..(((.(((.((((((..((..((((((............)))))).........((((....))))............(((((.((.......)))))))(((((..((((..((((.......)))).))))....)))))...((((.............)))).......((((((((.((..........)).))))))))..((((((.(((.(((........))).))).))))))...............))..))))))....))).)))................(((((.......)))))))))....... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..............((.((((((.((((.((((((............)))))).........((((....))))..................................)).))...................................((((..............((((...........((((((.((....)).)..........))))).............(((.......)))..........))))...........))))..))))))....)).............)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.(((((((llll(..[[[[[[[[[....)))))))((((((((((((((((.aaa((((((....<<((((((..kkkk..))))..i((((((...ccccccccccccccccc.cc(((((e..((..dd(......jjjjjjj(...{{{{...{{{(gggggggg(...fff.....)))))E))))))hhh(.)))))iiiiiiii....)Jmmmmm.)D)}}}))>>.)FFFGGGGG.CC.))))))))))).)HHHCCCCCCCCC.KKKK.)D)JJJJJJGGG)))))..))))))CCCCCCCCMMMMM)]]]]]]]]]LLLL..)I}}}}.IIIIIIIIAAA |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((..(((.((((.........)))))))....))))))..................((((((((..............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((..((((((...(....(((..(((.((((((((((.........))))).........((........(((((....))))......)........))(((.........))).((((((((((((.((((.........))))))))..)))))))).................((((..........((....))....)))).................((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....)))..))))......)))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((..(((.((((.........)))))))....))))))..................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((..(((((((.......((((.(((.((((((((((.........))))).......(.((.......((((((....))))......)).......))(((.........))).((((((((((((.((((.........))))))))..)))))))).................((((..........((....))....)))).............)...((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....))).))))......))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((..(((((...........(..((..((((((((((.........))))).........((........(((((....)))......))........)).((.........))..((((((((((((.((((.........))))))))..)))))))).................(((...........((....)).....))).................((((((((((((((........))))))))))))))...................))))).....))..)..........))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.....(((((((((....((((..((.(((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.....(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).)))))))))).))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))............)))))).........)).))))).))))....))..))))))))))))).)))))...))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..((((((((((((((((((...........................((((((.((((....)))).)))))).....(((((.(((.....))))))))(((((..((((..(((.((....))))).))))....))))).(((........)))(((((((((...))))).))))...........(((....))).......((((((.(((.(((........))).))).)))))).............................))))).))))..))).)))))).((((((....).)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.....(((((((((....((((((((.(((((((((.((((((............))))))..((((((.((((....)))).)))))).((((.(((((((((..(((((((..((((((..((((..((((.......)))).))))....))))))...........)))))))(((((((......(((((.(((((....................))))).))))).......)))))))......))))))))).......................))))))))).))))....))))))))))))))))).)))))...))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((....))))))).........................((((((............)))))).........((((....)))).....(((((..(((((............)))))(((((..((((..................))))....)))))....(((..............))).......((((((..(((...))).........))))))..((((((.....(((........))).....))))))...............(((......))).........)))))...........(((((.......)))))........... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..........((..))..(((((......((((((............)))))).......(((((...................((((.(((((.........)))..(((((((((((..(((.........))).))))..)))))))..................)).))))........................................((((((((((.(((........))).)))))))))).............))))).)))))....................)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(.(((((.....(((((((((....((((..((((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.(...(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))..........).)))))).........)).))))).))))..).))..))))))))))))).))))).).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.(((((((((((.((.....))))))..))))))).(((((....((..(((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..))......((((((.....(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))............))))))..)))))...)))))).(((....)))....((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..((((..((((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.(....((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).)))))))))).))))))).....)))).))))((((((.(((.(((........))).))).)))))).........).)))))).........)).))))).))))..)).)..)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((........))))).))).)..(((((((((((((((((((((((((((........))))(((((((((.(((........))).)))))..((((((((((((((..))).).)))))).......((((...(.(((.((..)))))).))))).))).((((...............))))(..)))))(((((((((.(((...))))))))))))..((.......)))).)).)))))))).((((((................))))))..).))))).....(((((((((.(.(.......))))..)))))))))))).))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((.(((((..(.((.........................................................................................................(((..((..((((.........))).............(.(((........))).)...(.............)............)......(............)............(.((..((.....))...)).).....................))....)....)).))...)..)))))....))))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((......(((..((((....((((..(.((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.(....((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))).(((((.(((.(((........))).))).)))))..........).)))))).........)).))))).))))..)..)..))))))))..)))..))))...))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((....))))))).))..(((..((......))..)))((((((............))))))..((((((.((((....)))).)))))).....(((((.(((.....))))))))(((((..((((..((((.......)))).))))....)))))...........(((....)))..........((((((((................))))))))..((((((.(((.(((........))).))).))))))...............(((......))).((((.......)))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..((((..((((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.....(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))............)))))).........)).))))).))))..).))..)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((.((.....))))))..))))).(((.((((....))))...(((..........)))....(((((..((((....))))..)))))..)))(((((.(((.....))))))))...(((.((((..((((.......)))).))))...(((((.........)))))..((((((((.....)))).)))).(((((.((..............)).)))))...)))......((((.(((.....)))..((((............)))).........((((.....)))).........)))).((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.......))))).))))....[[[...((((.((((....))))...(((..........)))....(((((..((((....))))..)))))..)))).(((.(((.....)))))).....(((.((((..((((.......)))).))))...(((((.........)))))..((((((((.....)))).)))).(((((.((..............)).)))))...)))...))).....(((]]]..)))(((((..........................((((..{{{))))..(((.....)))..(((.}}}...))))))))........ |