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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00519



RNA: TMR_00519
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((.......))))))).))....(((..((......))..)))((((((............)))))).........((((....)))).........(((..(((((......))..))))))((((.(((((...(((.......)))..))))..).))))......................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.....(((((((((....(((((((..(((((((((.((((((............))))))...((((((..(((.........((((..(((((.(((((............))))).(((...(((((..((((...(((((...(((((((.((((((((((...((((....)))).(((......))).))))))).))))))).....)))..)))))..))..))...))))).....)))....))))))))).................))))))))).))))).)))).....)))))))))))))))).)))))...)))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((((.........))))).............................................................................................................................................................................((((((........................))))))....................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...........((..(((((......(((((..............)))))....................................((((........))))...(((((((((((..(((.........))).))))..)))))))................................((((((...................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................................................(((((.........((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))(((.....))))))))(((((..((((..................))))....)))))..........((((....))))...................((.((..((......))..)).))((((((.(((.(((........))).))).))))))....................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........................(((..((......))..)))((((((............))))))...(((((.((((....)))).)))))......(((((............)))))(((((..((((..(((.........))).))))....)))))................................(((........................)))...((((((.(((.(((........))).))).))))))....................................................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((..(......(((.(((.((((((......((((((............))))))...((.......)).................((((.((((......))))(...((((((..((((..((((.......)))).))))....))))))...).............(((.....(((((.....)))))....))).................((((((.(((.(((........))).))).))))))........)))).......)))))...).))).))).....)..)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))).)........(((((.......(......)...(((((.........((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))(((.....))))))))(((((..((((..((((.......)))).))))....)))))..((((....((((....))))((...))........))))((.((..(((....)))..)).))((((((.(((.(((........))).))).))))))...........(((((..........((((.....))))..)))))))))).(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((..............((.((((((......((((((............)))))).........((((....))))............(((((.(.........)))))).((((((((((..((((.......)))).))))..))))))................................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....)).............)))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((.(((...)))))))..)))))))....(((..[[[[[)))..]]]]]..........(((.((((((.((((....)))).))))))......[[[[))).........]]]]((((((..((((..((((.[[[[..)))).))))....))))))...........]]]]..(((..........[[[[[[[[......))).......]]]]]]]]..((((((.(((.(((.[[[[[[[))).))).)))))).........]]]]]]].(((......[[[[)))..]]]]..(((.....)))(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....))))))).)))..((((((((((((((((((.(((((((((((.((((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)).)).)).))))))).......(((((((((......((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))).(((((.(((.(((........))).))).)))))............)))))).....))).)).))))).))))..).)))))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((......................))....................(((((.........((((....((((((.((((....)))).))))))[[[[[[.))))((.......)))))))(((((..((((..(((.........))).))))....))))).................................(((......................)))....((((((.(((.(((........))).))).)))))).................................]]]]]].............(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.((..(((...((((((..((((.(((....))).))))((((((.((...))....))))))..........)))))).........((((((((.(((((((((.(((.(((.((.((((((.((((..((((.......)))).))).)..))))))..................((((...((((((....))))))...))))......).).).))...((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))...))).))).))).))))))..))))).))).))..........)))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....))))))).)))..((((((((((((((((((.((..(..............)..((..((((((.((((....)))).))))))..)).(((((.(((.....))))))))(((((..((((..(((.(......)))).))))....)))))..((........)..(((((((((...))))).))))...)((.((..............)).))((((((.(((.(((........))).))).))))))..........................)).))))).))))..))).)))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((((....((((((((.....(((((.[[[[[[..))))).........((((........))))............((((((((((((((............))))))........(((...((((((((......((((((((((.........))))...((((((((((..))))((((((((...]]]]]].......))))))))....)))))))))))).(((((((.......................)))))))....))))).)))))).))))))))..))))))))))))......))))))).)))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..(((((((((....))))))).))..(((.(((.((((((..((..((((((............)))))).........((((....))))............(((((.((.......)))))))(((((..((((..((((.......)))).))))....)))))...((((.............)))).......((((((((.((..........)).))))))))..((((((.(((.(((........))).))).))))))...............))..))))))....))).)))................(((((.......))))))))).......
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((..............((.((((((.((((.((((((............)))))).........((((....))))..................................)).))...................................((((..............((((...........((((((.((....)).)..........))))).............(((.......)))..........))))...........))))..))))))....)).............)))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((((llll(..[[[[[[[[[....)))))))((((((((((((((((.aaa((((((....<<((((((..kkkk..))))..i((((((...ccccccccccccccccc.cc(((((e..((..dd(......jjjjjjj(...{{{{...{{{(gggggggg(...fff.....)))))E))))))hhh(.)))))iiiiiiii....)Jmmmmm.)D)}}}))>>.)FFFGGGGG.CC.))))))))))).)HHHCCCCCCCCC.KKKK.)D)JJJJJJGGG)))))..))))))CCCCCCCCMMMMM)]]]]]]]]]LLLL..)I}}}}.IIIIIIIIAAA
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((..(((.((((.........)))))))....))))))..................((((((((..............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((..((((((...(....(((..(((.((((((((((.........))))).........((........(((((....))))......)........))(((.........))).((((((((((((.((((.........))))))))..)))))))).................((((..........((....))....)))).................((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....)))..))))......)))))))).(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((..(((.((((.........)))))))....))))))..................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((..(((((((.......((((.(((.((((((((((.........))))).......(.((.......((((((....))))......)).......))(((.........))).((((((((((((.((((.........))))))))..)))))))).................((((..........((....))....)))).............)...((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....))).))))......))))))))).(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((..(((((...........(..((..((((((((((.........))))).........((........(((((....)))......))........)).((.........))..((((((((((((.((((.........))))))))..)))))))).................(((...........((....)).....))).................((((((((((((((........))))))))))))))...................))))).....))..)..........))))))).(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.....(((((((((....((((..((.(((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.....(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).)))))))))).))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))............)))))).........)).))))).))))....))..))))))))))))).)))))...)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....))))))).)))..((((((((((((((((((...........................((((((.((((....)))).)))))).....(((((.(((.....))))))))(((((..((((..(((.((....))))).))))....))))).(((........)))(((((((((...))))).))))...........(((....))).......((((((.(((.(((........))).))).)))))).............................))))).))))..))).)))))).((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.....(((((((((....((((((((.(((((((((.((((((............))))))..((((((.((((....)))).)))))).((((.(((((((((..(((((((..((((((..((((..((((.......)))).))))....))))))...........)))))))(((((((......(((((.(((((....................))))).))))).......)))))))......))))))))).......................))))))))).))))....))))))))))))))))).)))))...)))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((....))))))).........................((((((............)))))).........((((....)))).....(((((..(((((............)))))(((((..((((..................))))....)))))....(((..............))).......((((((..(((...))).........))))))..((((((.....(((........))).....))))))...............(((......))).........)))))...........(((((.......)))))...........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((..........((..))..(((((......((((((............)))))).......(((((...................((((.(((((.........)))..(((((((((((..(((.........))).))))..)))))))..................)).))))........................................((((((((((.(((........))).)))))))))).............))))).)))))....................)))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(.(((((.....(((((((((....((((..((((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.(...(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))..........).)))))).........)).))))).))))..).))..))))))))))))).))))).).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((((((((.((.....))))))..))))))).(((((....((..(((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..))......((((((.....(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))............))))))..)))))...)))))).(((....)))....((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....))))))).)))..((((..((((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.(....((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).)))))))))).))))))).....)))).))))((((((.(((.(((........))).))).)))))).........).)))))).........)).))))).))))..)).)..)))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........))))).))).)..(((((((((((((((((((((((((((........))))(((((((((.(((........))).)))))..((((((((((((((..))).).)))))).......((((...(.(((.((..)))))).))))).))).((((...............))))(..)))))(((((((((.(((...))))))))))))..((.......)))).)).)))))))).((((((................))))))..).))))).....(((((((((.(.(.......))))..)))))))))))).)))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.(((((..(.((.........................................................................................................(((..((..((((.........))).............(.(((........))).)...(.............)............)......(............)............(.((..((.....))...)).).....................))....)....)).))...)..)))))....))))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((......(((..((((....((((..(.((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.(....((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))).(((((.(((.(((........))).))).)))))..........).)))))).........)).))))).))))..)..)..))))))))..)))..))))...)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((....))))))).))..(((..((......))..)))((((((............))))))..((((((.((((....)))).)))))).....(((((.(((.....))))))))(((((..((((..((((.......)))).))))....)))))...........(((....)))..........((((((((................))))))))..((((((.(((.(((........))).))).))))))...............(((......))).((((.......)))).........(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....))))))).)))..((((..((((((((((((.(((((((((((..(((..((((((..((((((.((((....)))).))))))..))...))))..)))...)).)))))))..........((((((.....(((((..((((((((.(((((((((.........(((((((((...))))).))))))))).)))))))).....)))).)))))(((((.(((.(((........))).))).)))))............)))))).........)).))))).))))..).))..)))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((.((.....))))))..))))).(((.((((....))))...(((..........)))....(((((..((((....))))..)))))..)))(((((.(((.....))))))))...(((.((((..((((.......)))).))))...(((((.........)))))..((((((((.....)))).)))).(((((.((..............)).)))))...)))......((((.(((.....)))..((((............)))).........((((.....)))).........)))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.......))))).))))....[[[...((((.((((....))))...(((..........)))....(((((..((((....))))..)))))..)))).(((.(((.....)))))).....(((.((((..((((.......)))).))))...(((((.........)))))..((((((((.....)))).)))).(((((.((..............)).)))))...)))...))).....(((]]]..)))(((((..........................((((..{{{))))..(((.....)))..(((.}}}...))))))))........