|
|
|
GGGGGCGAUUCUGGAUUCGACAGGAUUCACGAAACCCAAGGAGCAUGUCGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGCACCGUUAUAGUUGCAAACGACUCUAACUACUCUCUAGCAGCUUAGGCUAGCUAGCCAUCAACCACACGUUUCGCACGUGGACAGUGGAUUCUGAUGGUCAUAUUACAGUGUGCUAGCGAGGGAACUCCGUCCGGGGGUGAACCGCGAAACAGUACCGGACUCACCAAGUAGCAUCCUGUCUUUCGGAGACUGCUUGGUUAAAUAAAAGAGAGACUAAACAUGUAGUGCCGAGGAUGUAGGCUUUCUGGACGCGGGUUCAAGUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..(.....(.((..((.(((((((((((.{{{{{{..))))).....}}}}}}.................................((((((((....))).)))))((((((.((((..(.(((aaaaaa)))).))))....))))))..........AAAAAA..(((.....((((([[[[[)))))....)))..........]]]]]..(((((...(..(((.<<<<<<<)))...)..))))).........>>>>>>>...)))))...).))..)).)....)..)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((..((......))..)))((((((............))))))....................................((((......)).))...((.(((.((((...((.........))..))))....))).))..................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((((.((((((((((....((...))....((((....((((((((((((......((((.((.......((((((..........)))))).......)).))))))))))))).)))........(((((.....))))))))))))))))))).((((.((((....)))))))).)))..((((((((((((((((((..(((...........)))...)))).(((.(((((((.(((((....((((....)))).....)))))...((((......))))....)))))))..))).)))))))).))))))..))))...))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...........((..(((((......(((((..............))))).........(((......)))...............((((.......))))...(((((((((((..(((.........))).))))...))))))).................................................................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))..........))))))))....................))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((....))))))).........................................((((((((...((((.(((((....))))).))))..(((.(((((((((...........(((((((.((((((((.....))))).....)))....)))))))........))).)))))).)))........((((((....................))))))..(((((((((..(((........)))..))))))))).....................................)).))))))......(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......................................((.......(((((..............)))))...((((..((((....))))..))))......((((((((....))).)))))((((((.((((..(((.........))).))))....)))))).................................................................(((((((((..(((........)))..)))))))))....................))..............................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..(.....(.((..((.((((((...((.((((((............)))))).))((((.((((......)))).))))..((((((..........((((((..(((((((.((((..((((.......)))).))))....)))))))(((......))).))))))(((....))).((((((....................))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))........)))))).....)))))...).))..)).)....)..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..................(((((.....)))))((..(((((((((((((((.(((((....))))).))))..(((.(((((((((.....((()))(((((((.((((((((.....))))).....)))....)))))))........))).)))))).)))........((((((....................))))))..(((((((((..(((.(.....))))..)))))))))...............(..........)......)).))).))))))....))(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..........((..((.((((((......((((((............)))))).........((((....))))........(((.(((((((......)).))))).((((((((((..((((.......)))).))))...))))))...................)))..........((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....))..)).........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).))).(((...((((.(((.(((((((((((............))))))...((((.(((((....))))).))))..)))))..)))))))..((((((..(((((((.((((((((.....)))).....))))....))))))).((((....))))))))))..))).((((.[[[[[[))))................]]]]]]..(((((((((..(((.[[[[[[[)))..))))))))).........]]]]]]]............(((..[[[....)))..]]]....(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).))).(((..((......))..)))((((((.(((((......(((.((((.((((.(((((....))))).))))......((((((((....))).)))))((((((.((((((((.....)))).....))))....))))))..........))))))).(((((....)).)))...))))).))))))......((.(((((((((((((((((..(((........)))..))))))))).........)))..((((......))))(((.........)))..)))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((<<<<<.))))).................>>>>>....((((((..[[[[[.....))))))...((((.((((......)))).)))).......(((((((....))).))))(((((((.((((.(({{.....))..}}..))))....)))))))..................]]]]].((....((cc((.......bb...........))BB))..(((((((((..(((........)))..)))))))))................................................CC..aaaaa)).....AAAAA))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.((((..(((...((((((...(((.(((....))).)))..(((((.((...))....)))))...........)))))).........(((((.((..(((((......)).))))).((((((((((..((((.......)))).))))...)))))).................................(((((.((....))...........)))))....(((((((((.(((.(.....)))).)))))))))........................))))).))).)))).))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).))).(((..((......))..)))((((((.(((((......(((.((((.((((.(((((....))))).))))......((((((((....))).)))))((((((.((((((((.....)))).....))))....))))))..........))))))).(((((....))).))...))))).)))))).........(((((...(((((((((..(((........)))..)))))))))...............(((......))).(((.........)))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((..((((((.......................))))))(((((.....)))))....((((((((((......(((((....))))).......((((((..........((((((..(((((((.((((..[[[[[[[.........))))....))))))).............))))))...(((..)))((((((.(((..)))]]]]]]]....))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))........))))))............))))..........))))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((....))))))).))).........((((((..((..((((((............))))))........(((((....)))))...........((((((((....))).)))))((((((.((((..(((.........))).))))....))))))....................(((....))).((((((...((..........))...))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))...............))..))))))....((.((((........))))))..(((...........)))........... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.............(((((.........(((..((......))..)))((((((............)))))).........((((....)))).....((((((....)).(((((.................((((..(((........)))..)))).........(((.............................((((((.((....))...........))))))..(((((......(((........)))......))))).............))))))))................))))...)))))....((((.......)))).))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((((((..(((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((.......)))).))((((((..(((..(((.........))).))).....))))))..................((((((((..............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))).....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.............(((((((......((((..(((.(((((..((..(((((..............))))).........((((....)))).............(....((........)).)((((((((((((.((((.........))))))))...)))))))).................((..((.........))...((....))))..............(..((((((((((((((........)))))))))))))).........).....))..)))))....)))..))..))...)))))))...(((((.......))))))))))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((((((..(((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((.......)))).))((((((..(((..(((.........))).))).....))))))..................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))).....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(.(.........(((((........((((..(((.(((((..((..(((((..............))))).........((((....))))...........(((....((........)).)((((((((((((.((((.........))))))))...)))))))).................((..((.........))...((....))))............))(..((((((((((((((........)))))))))))))).........).....))..)))))....)))..))..)).....))))))).(((((.......))))))))))...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.............((((.........((((..((..(((((......(((((..............))))).........((((....))))..................((........))...(((((((((((..(((.........))).))))...)))))))..................(((..(.........).....(....)))).................((((((((((((((........))))))))))))))...................))))).....))..))..))......))))...(((((.......)))))))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..(((..(((((((((..(((((.....)))))..........((((.((((.(((((....))))).))))..((((((..........((((((..(((((((.((((((((.....)))).....))))....)))))))(((......))).))))))(((....))).((((((.((....))((......)).))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))........))))))............))))....)))))..))))..)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).))).(((..............)))((((((.(((((......(((.((((.((((.(((((....))))).))))......((((((((....))).)))))(((((((((((((((.....)))).....)))).)..))))))..........)))))))...................))))).))))))......((.(((((((((((((((((..(((.(.....))))..))))))))).........)))..((((.[[[..))))(((.....]]].)))..)))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((.....((((((((((..........((((..........((((((............))))))...((((.(((((....))))).))))............)))).((((....))))........(((((.....)))))....))))))))))..((((((((.((((.((((((.............((((((....................))))))........)))))).)))).((((((..(((((((((((............))))))....))))).)))))))))).)))).)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........................(((..............)))((((((............))))))........(((((....)))))....((((...(((((...........)))))((((((.((((..................))))....))))))....................(((....))).((((((....................))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))..............((((......)))).........))))............................))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............................((..((..(((((..((((((((((............)))))).........((((....))))..........((((.((.((........))...(((((((((((..(((.........))).))))...)))))))..................)).))))........))..............................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))).....))..))...........(((....))).............))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..(((..(((((((((..(((((.....)))))..........((((.((((.(((((....))))).))))..((((((..........((((((..(((((((.((((((((.....)))).....))))....)))))))(((......))).))))))(((....))).((((((.((....)).(......)..))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))........))))))............))))....)))))..))))..)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((((((((....))))))).)))..((..((.((((((..((..((((((.(((((......(((.((((.((((.(((((....))))).))))......((((((((....))).)))))((((((.((((((((.....)))).....))))....))))))..........)))))))...((.((....)).))..))))).))))))..............((((((((((((..(((........)))..))))))))).........)))...))..))))))....))..))......))))).((((.(((((.......)))))....))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..(((..((((((((..((((((((((............)))))).))((((.(((((....))))).))))..((((((..........((((((..(((((((.((((((((.....)))).....))))....))))))).((((....))))))))))(((....))).((((((.((....))((......)).))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))........)))))).))..))))))...(((.........)))))..)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..)))))))).))).)((..)).((..))...(((((..(((((((((((.(((((((((((................)(((...((((((.(((((((((..(..((((((((((((((...((((((((((..))))))))))....)))))))))).))))))))).))))).)))......(.((((((..(((.(((...))))))..)))))).)((((((((((.(((........)))).))))))))).((....((........))...)))))....))).)))).))))))...)))).)))).))))))))..))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((.(((((...(((............(((((....(.((((((.((...))....)))))).......)((((((....(...............).)))))).......(.(..(((...(((((.(..(........))...))))....)..)))((((.((.............(.((.....)).)...)).))))).).............((.((.(((((((((..(((........)))..)))))))))........)).....))..)))))............))).....)))))....))))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..(((..((((............................((.......((((.(((((....))))).)))).......(((((((....))).)))).((((((.((((..................))))....))))))...............))................................................(((((((((..(((........)))..))))))))).........................................))))..)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).))).(((..((......))..)))((((((............))))))...((((.(((((....))))).))))......((((((((....))).)))))((((((.((((..(((.........))).))))....))))))....................(((....))).((((((....................))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))..............((((......)))).((..(((........))).))..(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).)))..(((..((((..(((..(((((.....)))))..........((((.((((.(((((....))))).))))..((((((..........((((((..(((((((.((((((((.....)))).....))))....)))))))(((......))).))))))(((....))).((((((.((....))((......)).))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))........))))))............))))....)))....))))..)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((....)))))))..........((((..((((....))))...(((..........))).....((((.(((((....))))).))))..))))..(((.......))).((((((.....((((.((((.....))))(((........)))..))))..(((....))).))))))..((((..(((....)))(((((....................)))))........)))).(((..(((.((((....)))).............((((......)))).))).(((........))).))).(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.[[[[[[[.............)).))))...]]]]]]].((((((((((..........)))).))))))..(((((....))))).......((((..(((.{{{{{.))).((((((.........(((((.....))))).......(((.......))).(((....))).)))))).))))...(((.(((((.<<<<<..............))))).>>>>>...(((....))).....(((.((((....)))).............((((......)))).))).(((..}}}}}.))).))).(((((.......)))))))))))).... |
