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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00540



RNA: TMR_00540
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.............((((((((......(((..(((((((((((((({{{{{.{..))))).....}.}}}}}...................................(.(..((..(((..((..........))..)))..))..).)..(((((((((((..(((..<<<<<<)))..))))....)))))))..........>>>>>>...(((....((((.aaaaa))))....)))...........AAAAA..((((((((((.(((.[[[[[[[))).)))))))))).........]]].]]]]...)))))...))))..))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.(((((((.......))))))).)).....((..(((....)))..)).((((.(............).))))..........(((....)))..........((.....................((...(((.........)))..)).))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))......................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.((((((((..((((((......((((......((((((.......))))))......))))...........))))))....))))....)))).(((.(((((.(((((...(((...(((((..(((..(((((......(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))...........((.....((((....(((((....)))))....)))).....))..)))))...))).....((((((....)).)))).)))))..))).....)))))..(((((((......)))).)))..))))))))...)))))..(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................................(((((((..............................................................................................................(((((((..............................)))))))...............................((((((....................))))))..((((((((((((((........))))))))))))))....................)))))))..........................(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((..................(((((......(((((..............))))).........................................((((((.((((......)))).))))))...........(((((((((((..(((........)))..))))....))))))).................................................................((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))....................)))).....................)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))))(.......(((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))........((((((.........)))))).((((((...(((((....)))))....((((.........))))))))))(((((((((((....(((.......))).))))....)))))))....................................((((.((.(((((...(((((.((((....)))))))))))))).)).)))).................................))))))...)))..)))......).........(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((........((..((......))..)).((((.(............).))))..........(((....))).....................................((((.........))))......(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))...............................(((((......................)))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...........................................)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.......(((..(((((((((((((((.......))))))........(((..............................(((((....(((((....)))))....((((.........)))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))............)))...((((....((((......))))....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))...))))..)))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))))(((((...(((..(((((((((.((((((((((()))))).......)))))........((((((.........)))))).((((((((.(((((....)))))))..((((.........))))))))))(((((((((((.(..((((.....)))))))))....)))))))...............................(((((((((.((.(((((...(((((.(((((()))))))))))))))).)).))))........)))))....................))))))...)))..))))))..)).........(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((............((((((((((((((.........)))))...........................................................((((..........))))..............(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..................((((....(((((....)))))....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))))...)))...........)))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.(((..[[[.....)))..]]]........(((.[[[[[((((....)))))))....]]]]].................((((((.......((((((...(((((....)))))....((((.........))))))))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))............))).))).......(((..[[[[[[))).................]]]]]].....(((((((.(((.....[[[))).)))))))............]]](((((((...[[[)))).)))....]]]......)))))..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))))).((((...(((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))........((((((.........)))))).((((((...(((((....))))).....(((.........))).))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))(((..((((..(((.(((.....))).).))...))))..)))...((((....)))).((.(((((((((((((.(((........))).)))))))............)))))).))..))))))...)))..)))))))............(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((((...(((..(((((((((((((((...[[[[))))))...................((((((.........))))))..((((....(((((....)))))....((((.........)))).)))).(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..........................((((......)))).......................]]]].(((((((.(((........))).))))))).......................)))))...))))..))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.((..(((...((((((...((..(((....)))..)).((((((.((...))....))))))..........)))))).................(((...(.((((.((((.........(((((.(((..((((((..(.(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).)................((((...((((((....))))))...)))).....))))..))....((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))...))).))).)).).))))))..))))).))).))..........)))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......))))).(((((...(((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))........((((((.........)))))).((((((...(((((....)))))....((((.........))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))(((..((((..(((.(((.....))).)).)...))))..)))...................((.(((.((.(((.((..........)).))).)).............))).)).....))))))...)))..))))))))...........(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((...(((((.....(((((((((((((((((..))))).......)))))........((((((.........)))))).((((((...((((((..))))))....((((.........))))))))))..(((((..[[[[[[[((((((((............))))))))...........))))).(((......((((((..))))))....))).....((((((.]]]]]]]...))))))))))))).((((((..(((..(((.............))).....))).....(((((...)))))........)))))).)))))))))))))).)))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((............(((((((((..((..((((................))))......(((.((((....(((.....................((....))..............................(.(((((((((..(((........)))..))))....)))))))))................(((((((..(....(((((....................)))))...(((.......))))..))))..))).........)))).)))..........))..))))))...)))...........)))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(................................((.((((......)))).))...............((((((..(((.((((........)))).)))......))))))..................((((((((..............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.(....((...(((.(((((...(..(((((...(...)......))))).........((((....))))....................((((((.((((......)))).))))))...........(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))................((((((.......(.((....).).)..)))).................((((((((((((((........))))))))))))))))..............)...)))))....)))..))..)...))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(................................((.((((......)))).))...............((((((..(((.((((........)))).)))......))))))..................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.(....((...(((.(((((...((((((((..((...)).....))))).........((((....))))....................((((((.((((......)))).))))))...........(((((((((((..(((........)))..))))....))))))).....)))..........((((.......(..(....)...)..))))..........(......((((((((((((((........))))))))))))))..............).....)))))....)))..)).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...........((..(((((......((((................))))...........((....))......................((((((.((..........)).))))))...........(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))................((((((......................))))..................(((((((((((((........))))))))))))).))..................))))).....))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((((...(((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))........((((((.........))))))..........(((((....)))))....(((((((.((((((((.......(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..................(((((((((((((....))))).((.((((....(((((.((((....))))))))).)))).)).)))))).))...)))))...))).))).)))).....))))))...)))..)))))))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))((((((...(((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))........((((((.........)))))).((((((((.(((((....)))))))..((((.........))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))(((..((((..(((.(((.....))).)).)...))))..))).(((((....((((.....[[[[[[..)))).)))))..............................]]]]]].....))))))...)))..)))))))))..........((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.((((((((.(((((((......((((......((((((.......))))))......))))...........)))))))...))))....)))).((((..(((((....))))).......(((((....(((((......(((((((((((....((((.....)))).)))))....))))))..................((((....(((((....)))))....)))).........)))))...((((((((((((((....))))....)))))))))).................))))).................))))...)))))..(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................(((((((.((((.............))))((((................))))..........))))))).................(((....................((((.........))))......(((((((((((..................))))....)))))))..............(((.((((......................))))........)))......((((((((((.(((........))).))))))))))..((((..............))))...............)))............................)))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((....(((((((............(((.((((((((((.........))))).......((((..........(((....)))............................((.((.......))..................(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..................))))))........(((((....................)))))...((((((((...(((........)))...))))))))....................)))))....)))...........))))))).......)))))........)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.(((((((((((...(((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))........((((((.........))))))..........(((((....)))))....(((((((.((((((((.......(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..................(((((((((..(((((....((....))......(((((.((((....))))))))))))).)..))))))).))...)))))...))).))).)))).....))))))...)))..)))))))..)))))))....))))))))........)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((((.......))))))).))....(((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))........((((((.........))))))..........(((((....)))))....(((((((.((((((((.......(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..................(((((((((((((....))))).((.((((....(((((.((((....))))))))).)))).)).)))))).))...)))))...))).))).)))).....))))))...)))..)))..........)).((.(((((.......)))))....)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((((.(((.(((((((((.......(((....)))(((((((((....)))).......)))))..........)))))))...(((.......((((((...(((((....)))))....((((.........))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))............))).)).))).)).)))).((((..(((............(((((.((((....))))))))).((((((..(((((......(((......)))......)))))...))))))...)))..))))...........))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(....))....(((((((((...((((((((((((((((((((((......).)))))..((..))(.((((......))))......((((........)))).((.((((((..)))))).))..((((((....(((.(((..)))((((((((((((((((........))).)))))..).))))))).((...(((((........))))).)).((((((((((((.(.(((((.....((((.(((((..)))))))))..))))).).)))).)))..).))))..)))...))).))).)...).)))))...)))(((.((....)).)))(..).)))))))))))))))).)))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((..((((((((.((...........................................(......(..((.......................(.((........(.......((...(((((.........)))...))..(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..(...((......(((.((((.....(((.....).)).....))))........))).)).).((((((((((.(((........))).))))))))))....))...)....)).)....))....)......).))...)))))))).....)))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................................((........(((((((((....)))).......))))).......................................(((((....))))).....((...........)).......(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))....................................................................((((((..(((........)))..)))))).................................)).....................(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.(((.(((((.......((..(((....)))..)).((((................)))).........(((((.........)))))..(((((....(((((....)))))....((((.........)))).)))))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).............))))).))).)).)))).((((((....................))))))...(((((((((.(((........))).)))))))))................((((......)))).(((...............)))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((((...(((..(((((((((.(((((((((....)))).......))))).............((..((((((.......((((((...(((((....)))))....((((.........))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))............))).)))..))...((((.(((((.(((((..((....((((((.......))))))....))((((....))))..)))))..)))))....((....)).))))...))))))...)))..)))))))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.......)))))).((((..........))))....(((((((((....)))).......)))))........((((((.........)))))).(((((....(((((....)))))....((((.........)))).))))).((((.(((((....((((.....)))).)))))...)))).((((............))))..(((((..(((.(((((.(((((....((((....))))...(((((....))))).(((....)))...)))))..)))))..((((..............))))....(((.....)))..........))).(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((.......)))))).((((..........))))....(((((((((....)))).......)))))........((((((.........)))))).((((((...(((((....)))))....((((.........)))))))))).((((.(((((....((((.....)))).)))))...)))).((((............))))....(((...((({{{.))).((((........[[[[[.))))..]]]]].((..aaa)).((((....AAA....))))}}}..((((......<<<<....))))....(((.....))).......)))....(((((>>>>...))))).))))))....