RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00541

RNA: TMR_00541
Rfam family: tmRNA

			GGGGGCGUAACGGAUUCGACGGGAUUGAAUCGUGGUGGGGAGGCGUGCCGGGUUCCGAGCUCCCGUAAAACGAUCGGAAAACAUAACUGCCAACACGCAGUUUGCAUACGCUGCUUAAUUAAUUAAGUAGCCGUUCCAGCCACUGAGCCUGCGCGGUGGUGAGUGAACGUCAUUUUGCAGGAUAGGCCAAGAGCUUCGGUCCGGAGCUGGCGGCUGAGACUCAAUCGGGCUAAGCUGCCACCGCCCUUGCCGGUUCAGGGGUGGCCGCCGACAACCAUGAGCCGGAUACGCACGUAGUUCUCUCCAGUACGGGCUUUUUCGGACGGGGGUUCAACUCCCCCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............(((((..(..(((((.(((((((((((((((((...<<<.<.))))......>.>>>.................................(((((((((....)))))))))(((((..(((((((..[[[[[[)))))))....)))))......]]]]]].(.((((...(((((.{{{{{{)))))...)))).)........}}}}}}..((.((((((..(((..aaaaaaa))))))))).))..........AAAAAAA....)))))....)))))))).))))).)..)))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((...((.....((((..(((((((((((((.((((....((((((.((((((.(((.((((..((.((((((......)))))))).....(((((((((....)))))))))..)))).(((((((........)))))))........))).)))))).((((((((.....))))..))))))))))(((((((.((.(((....))))).)))))))...))))...(((((((((((((....))).....)).))))))))....))))))....)))))))..))))..))..))))).(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((((.....)))))))((..(((((((.(((((............((...................((.((((((......)))))))).....(((((((((....)))))))))(((((..(((((((.(....).)))))))....))))).....................))((((((...))))))((((((((.((.(((....))))).)))))))).........((((((((....................))))))))....))))).....)))))))..))..............(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((...................(((((.....................................(((((......)))))........((((((..........))))))..............................................................................................................................................................)))))......................)))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((..(..(((((.(((((((((((((((((.........))))....................(((((......)))))........(((((((((....)))))))))...(((.((((.....((((((.((((((........)))))).))))))...((((...(((((.......)))))(((((((.((...........)).)))))))...(((((((......)))))))))))...........)).)).)))...)))))....)))))))).))))).)..)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((((.....)))))))(((.(((((((((((((.....(.....((((((.........)))....((.((((((......))))))))(....((((((((((()))))))))))((((((.(((((((.(....).)))))))..).))))).......).............)))((((((.))))))(((((((((.((.(((....))))).))))))))..)......((((((((((((((())))).....)).)))))))))...))))))....))))))).)))(........)....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((((.....)))))))....(((((((((((((....((((((......[[[......)))))).....((((((......))))))....]]](((((((((....)))))))))(((((..(((((((..[[[[[[)))))))....)))))......]]]]]]..........(((((((...)))))))(((((((....(((....)))...))))))).(((((((..[[[[[[[[))))))).............]]]]]]]]....))))))....)))))))..............(((.[[[[[)))..]]]]]..)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).(((((.....(((((.(((((((((((((.(...((((.(((((((.........)))....((.((((((......))))))))...(((((((((((....)))))))).))).(((.((.(((((((.((((((((((.(((....(((...(((.((....((((...(((((((...)))))))...))))....)))))...)))...)))))))))))....)).))))))))).)))..............))))))))..)))))))....))))))).)))))....)))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((..{{{{{..)))(((((.(((((((((((((.((..<<<<.<<<<(((.........))).......((((((......)))))).......(((((((((....)))))))))(((((..(((((((..[[[[[.)))))))....))))).......]]]]]...........<<<<<...))>>>>>((((((((.((.(((....))))).))))))))..(((((((......)))))))................>>>>>>>>...))))))....))))))).)))))....}}}}}...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(....)..((((......(((((.(((((((((((((.(...((((.((((.(((...))).((((....(..((((((......)))))).)...(((((((((((....))))))))).)).(((.((.(((((((.(((.(((((((.((((...))))...(..(.......)...(((((((...)))))))..(((((.((.(((....))))).)))))))))))))..))).))))))))).)))...)))).......))))))))..)))))))....))))))).))))).....))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((((.....))))))).....((((((.....((((.....[[[[[[[[[[........[[[.......((((((......))))))((((...((((((((((..))))))))))(((((..(((((((........)))))))....)))))......)))).............((((((...))))))((((((((.................))))))))[[[[[[[[[))))..]]]]]]]]]]]]((((.......((((((((((((..))))......)))......)))))..))))]]]]]]]]]]..)))))).)))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((i.((((((((d(({{{)D)))))((hhhhhhh..hhhhhh.hhhh(..gggggggggg....)).hhhhhh...hhhhhhhh..))..HHHHHHccc(ff.ffffffffff))FFFFFFFFFF)I)))).((([[(<<<<<<<.<<<<<<<(((((((.)C)))))))CC)[[[FF)))..((((((((kkkkkk(ee(aaaaaaaa)))HHHH..)KKKKKK..)EE)>>>>>>>..(((bbbbbbb(jjjjjAAAAAAAA.)))...)JJJJJBBHH..HHGGGG)))))).]]])]].>>>>>>>GGGGGGHHHHHHHHHH.BBBBBHHHHHHH}}}....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((.............))))).......(.........................((.((((......)))).)).((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((.............))))))))..................((((((((((..(((.........))))))))))))).................)..)))))).....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((.............))))).......(.........................((.((((......)))).)).((((((.(((((((........)))))))...))))))................((((((((.............))))))))..................(((((((((...(((.........))).))))))))).................).))))))).....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((.....(((((.((((((((((((.((...((((.((((.((.....)).((((....((.((((((......)))))))).....(((((((((....)))))))))....(((.((.(((((((.((((((((((.(((....(((...(((.((....((((...(((((((...)))))))...))))....)))))...)))...)))))))))))....)).))))))))).)))...)))).......))))))))..)))))))....))))))).)))))....)))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((([[[[[)))))(((((.(((((((((((((.(.(.((((.((((.(((...))).((((....((.((((((......))))))))...(((((((((((....))))))))).)).(((.((.(((((((.(((.((((((((((((...))))).................(((((((...))))))).((((((.((.(((....))))).)))))))))))))..))).))))))))).)))...)))).......))))))))).)))))))....))))))).)))))....]]]]]...((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((.....(((((.(((((((((((((.....((((.((((...........((((...................((((((((.....(((((((((....))))))))).....(((((......((((((.(((((((......))))))).))))))..........(((((((...)))))))...)))))..............))))))))..(((((((((......)))))))))...)))).......))))))))...))))))....))))))).)))))....)))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..(.....(((((.(((((((((((((.(...((((.((((..((((((.(((.((((..((.((((((......)))))))).....(((((((((....)))))))))..)))).(((((((.(....).)))))))........))).)))))).((...((((...(((((((...)))))))(((((((.((.(((....))))).)))))))...(((((((......))))))))))).)).........))))))))..)))))))....))))))).)))))....)..))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......(((((....)))))....((((.((((((((((((.((...((((.((((.((.....)).((((....((.((((((......)))))))).....(((((((((....)))))))))....(((.((.(((((((.((((((((((.(((....(((...(((.((....((((...(((((((...)))))))...))))....)))))...)))...)))))))))))....)).))))))))).)))...)))).......))))))))..)))))))....))))))).)))).)))...)).((((((((........))))))..)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......(((((((.....)))))))..((.((((((((.(((((..((((((.....((.....)).))))))..)..((((((......))))))((((...(((((((((....)))))))))((((((.(((((((.(....).)))))))..).)))))......)))))).)).)))..((((..(.((((((((.((((((((.((.(((....))))).)))))))).)((((...((((((((.((.((........)).)).)))))))).(((....)))..............))))...))))))).)..))))...)))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.((((((((...))))))))))...(((((((....((.(((((((.(((.((((((((.((((..))..((.((((((((..))))))))))....(.(.((((((....)))))))).((((((((((((((........)))))))).).))))))).)))))).))(((.......)))...))).))))))))).((((((((((((...((((......)...(((((((((......))))))))).(....)..))).))))....((((((..)).))))))).)))).)((((((((((..)))))))))).)))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..(..(..(((((.(((((((((((((.(...((((.((((.((.....)).((((.......((((((......)))))).((....(((((((((....)))))))))(((((..(((((((.(....).)))))))....))))).......))......((((...(((((((...)))))))(((((((.((.(((....))))).)))))))...(((((((......))))))))))).)))).......))))))))..)))))))....))))))).))))).)..)..))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..(.....((((..((((((((((((.((...((((.((((.((.....)).((((....((.((((((......)))))))).....(((((((((....)))))))))....(((.((.(((((((.((((((((((.(((....(((...(((.((....((((...(((((((...)))))))...))))....)))))...)))...)))))))))))....)).))))))))).)))...)))).......))))))))..)))))))....)))))))..))))....)..))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......(((((((.....))))))).((((..........))))..((((((...............))))))......(((((......))))).((((...(((((((((....))))))))).......(((((((........))))))).((((.....)))).)))).....((((((....)).)))).((((..((((((..((..((....)).))..)))))).(((.......))).(((((..((........)).)).)))...((((((....)).)))).))))....((((....))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.{{{{....)))}}}}(((.[[[[[....)))...((((((.]]]]].........)))))).....((((((......)))))).(((...(((((((((....))))))))).((((........)))).))).((((((.(((((.....))))).........((((....aaaaa)))).AAAAA.((((((..((..((....)).))..)))))).(((((....<<<<<<<<<<)))))))))))....>>.>>>>>>>>..........(((((..........)))))..))))...(((((.......))))))))))))....

---