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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00544



RNA: TMR_00544
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.(......).)))))...........(((((((((((((.....))))))..))))............(((((.......................................)))))((((((.....))))))..........)))((((((((......(((((.......)))))))))))))((..((((((((((((........))))))))))))))......................(((((((((((.......)))))))))))....(((((........((((((((((.((..........))...))))))))))......)))))......................................(((((.(((((.......)))))....)))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))).))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..........)))).......((((((((..((((.........(((((....(..(((((((...((((......................(((((....................(((((.......))))).............(((((((.......(((((.......))))).)))))))....((((((((((((........))))))))))))..........))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))..).....)))))((((((((..........................))))))))...)))).....))))))))..(((.....)))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.((....)).)))))).....((((((((((((((((((.....))))))..)))).((.(((.....(((((.......................................)))))((((((.....)))))).))).))...)))((((((((......(((((.......)))))))))))))((..((((((((((((.(....).)))))))))))))).......(((((.((((.....(((((((((((.......)))))))))))....(((((....((..(((((((((((((..(......))))..))))))))))))....))))))))))))))..............)))))..........(((((.(((((.......)))))....)))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...........((((((((((.(((....(((((((((((.....))))))..))))).)))(((((........)))))...................)))))...)))))......((((((.....))))))....(((......[[[[[[[[)))...(((((.......)))))]]]]]]]]....((((((((((((........))))))))))))................(((.....[[[[[[[[[[[.)))...]]]]]]]]]]]...........................(((..[[[[[[[[)))(((((....))))).........]]]]]]]]...(((......)))....))))))).....((((.[[[[[))))...]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((....)).)))).(((((........((((((((((((...)))))))..))))).(((((((((.((.(((...................((((...............)))).((((((.....))))))...........((((((((((......(((((.......)))))))))))).))).((((((((((((........))))))))))))))).))))))).))))........(((((((((((.......)))))))))))..)))))......((((((..(((...(((((((((((((((.(((((....))))).))......))))))))..)))))...)))..)))))).(((.....)))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((....(((((...((((((((...........((((........)))).....(((((........)))))......................................((((((.....)))))).............((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))..........(((...........(((((((((((.......))))))))))).....(((.........((((((((((..................)))))))))).......)))......)))............))))))))...)))))..))....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((.(((((((...(((((((.(((((((((((...)))))))..)))).....(((((........)))))..............((((....................((((((.....))))))............(((((((((......(((((.......))))))))))))).)..((((((((((((........))))))))))))..........))))..........(((((((((((.......)))))))))))...........................(((..((((((((((.(((((....))))).))......))))))))....)))......)))))))...))))))).))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((..........(((((.....((((((.((((((...............))))))((((((((.(((((.......................................)))))((((((.....)))))).............((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))......))))))))....))))))(((((((((((.......)))))))))))..))))).......(((((((..)))))))..((((((((..........................)))))))).))))))............)))))))....(((((.(((((.......)))))....)))))..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((((((...((((((((.(((((.........(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........)))))((((((((((.(((((....))))).))......))))))))...)))))....))))))))...))))))).))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............((((((((..(((((((((((((((((((...)))))))..)))))....(((((.....[[[))))).............(((((.(((((........))))).((((((.....))))))...........((((((((((......(((((.......))))))))))))).)).((((((((((((.(.....)))))))))))))]]].......))))).........(((((((((((.......))))))))))).....((((...........((((...{{{{{{{{{{{{{...{{{{{))))}}}}}....)))).}}}}}}}}..}}}}}......))))))).).)))))))......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((((((...((((((((..(..((((((((..(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.(...((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........)))))))))))).).))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........))))).(((((((((.(((((....))))).))......)))))))))))))))..)..))))))))...))))))).))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((..(((((.((((.........((((((...((((((((((.....))))))..))))(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))......)))))).((((((((((.(((((....))))).))......))))))))....)))).)))...))..))))))..))).((((.(((((.......)))))....))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((((((...((((((((..(..(((((((...(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.(...((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........)))))))))))).).))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........)))))((((((((((.(((((....))))).))......)))))))))))))))..)..))))))))...))))))).))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))..((((.((((..))))...(((.(......))))((.((((.(.(..((..))..).......((((((..))))))))).)).))...)))).((.(....(((((((...)))))))...).))......(((((((((..........)))))))))((((((..((((...((((((((((((........))))))))))))(((((((((((......(((((((((((((((((((....).)))))))))))....(((((....((.(.(((((((((((.............)).))))))))).)))...))))).((...))..(((......))))))))))......)))).)))))))))))))))))....)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((((((...((((((((..(..(((((((...(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....)))))).....(((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...)))....))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........)))))((((((((((.(((((....))))).))......)))))))))))))))..)..))))))))...))))))).))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..(((((.((((.........((((((...((((((((((.....))))))..))))(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))......)))))).((((((((((.(((((....))))).))......))))))))....)))).)))...))..)))))))....(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..........))))).....(((.........))).(((.((((........)))).....(((((........)))))....)))......(((((.......((((....)))).((((((.....))))))....((((............))))...(((((.......))))).(((.....))).(((((((((((........)))))))))))...........))))).((((....(((((((((((.......))))))))))).....(((..(((..........))).(((....)))......(((((....))))).))).)))).......((((.((.....))...))))..........(((((.(((((.......)))))....)))))..
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