|
|
|
GGGGAUGUUCCGGUUUCGACAGGAAUGAUUUACUAAUAUUGGCAGUAGUUUGGCAGACUAUAAUGCUACUAGGUUUGAAGAAACGCAAACAAAAAACAAAAAGAAGACAAAAUUAAAAUUCCAGUUUCGUUGAUGAACAAUCAACUACCAGGUUCAAUGUUAGCAGCUUAAUUCCUCGUUGUUAGAGGAUUGCUAGCCGUAAUAAUAGUUAAUUAUAGAUUAUUAACUAUUAUCGUAUCUCAAGUCUUAAUCUAAUAAAAAUUCUAAUUGAUAAUGUUAGAAUUUUGAAAAUCUUAUUAUCUAGUUAUUUAAUUAGUUGUCUAGUCCUAUUAUUAAAUAAUGAAAGAAAGAUGAUUAGACUAAACUGUAGAAGGUAUUAGAACAUUAUUUGUGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCAUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((.((((((..(.((((((((.((((((((.(..[[[[[[...).)))....]]]]]]..................................................................................((((((((..........)))))))).((.(....).))...(((((((((((...{{{{{{{)))))))))))..............}}}}}}}...((((((((((..aaaaaaa))))))))))........AAAAAAA..(((((.(.(.(((..<<<<<<<<)))....).))))))...........>>>>>>>>...)))))....)))))))).)..)))))).))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.((....))..(((((((((.(((((((..(((((.....(((.(((((.......(((((((...((((......................(((((.(((((........))))).(((((.......)))))....((((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........)))))))).((((..((((((...............))))))..))))..))))).....))))))))).)))))))..))).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(......).)))))...........(((((((((((((.....))))))..))))............(((((.......................................)))))((((((.....))))))..........)))((((((((......(((((.......)))))))))))))((..((((((((((((........))))))))))))))......................(((((((((((.......)))))))))))....(((((........((((((((((.((..........))...))))))))))......)))))......................................(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))).......((((((((..((((.........(((((....(..(((((((...((((......................(((((....................(((((.......))))).............(((((((.......(((((.......))))).)))))))....((((((((((((........))))))))))))..........))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))..).....)))))((((((((..........................))))))))...)))).....))))))))..(((.....)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.((....)).)))))).....((((((((((((((((((.....))))))..)))).((.(((.....(((((.......................................)))))((((((.....)))))).))).))...)))((((((((......(((((.......)))))))))))))((..((((((((((((.(....).)))))))))))))).......(((((.((((.....(((((((((((.......)))))))))))....(((((....((..(((((((((((((..(......))))..))))))))))))....))))))))))))))..............)))))..........(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...........((((((((((.(((....(((((((((((.....))))))..))))).)))(((((........)))))...................)))))...)))))......((((((.....))))))....(((......[[[[[[[[)))...(((((.......)))))]]]]]]]]....((((((((((((........))))))))))))................(((.....[[[[[[[[[[[.)))...]]]]]]]]]]]...........................(((..[[[[[[[[)))(((((....))))).........]]]]]]]]...(((......)))....))))))).....((((.[[[[[))))...]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((....)).)))).(((((........((((((((((((...)))))))..))))).(((((((((.((.(((...................((((...............)))).((((((.....))))))...........((((((((((......(((((.......)))))))))))).))).((((((((((((........))))))))))))))).))))))).))))........(((((((((((.......)))))))))))..)))))......((((((..(((...(((((((((((((((.(((((....))))).))......))))))))..)))))...)))..)))))).(((.....)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((....(((((...((((((((...........((((........)))).....(((((........)))))......................................((((((.....)))))).............((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))..........(((...........(((((((((((.......))))))))))).....(((.........((((((((((..................)))))))))).......)))......)))............))))))))...)))))..))....(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((.(((((((...(((((((.(((((((((((...)))))))..)))).....(((((........)))))..............((((....................((((((.....))))))............(((((((((......(((((.......))))))))))))).)..((((((((((((........))))))))))))..........))))..........(((((((((((.......)))))))))))...........................(((..((((((((((.(((((....))))).))......))))))))....)))......)))))))...))))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((..........(((((.....((((((.((((((...............))))))((((((((.(((((.......................................)))))((((((.....)))))).............((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))......))))))))....))))))(((((((((((.......)))))))))))..))))).......(((((((..)))))))..((((((((..........................)))))))).))))))............)))))))....(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.(((((....(((((...........))))).........(...(..........................................................................((.((((.......................)))).))....(((((.(((((((........)))))))......)))))..................((((((((.............)))))))).................((((((((((.((..........))...))))))))))..................))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.(((((....(((((...........))))).........(...(..........................................................................((.((((.......................)))).))....(((((.(((((((........)))))))......)))))..................((((((((.............)))))))).................(((((((((..((..........))....)))))))))..................))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((((((...((((((((.(((((.........(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........)))))((((((((((.(((((....))))).))......))))))))...)))))....))))))))...))))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...............((((((((..(((((((((((((((((((...)))))))..)))))....(((((.....[[[))))).............(((((.(((((........))))).((((((.....))))))...........((((((((((......(((((.......))))))))))))).)).((((((((((((.(.....)))))))))))))]]].......))))).........(((((((((((.......))))))))))).....((((...........((((...{{{{{{{{{{{{{...{{{{{))))}}}}}....)))).}}}}}}}}..}}}}}......))))))).).)))))))......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((((((...((((((((..(..((((((((..(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.(...((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........)))))))))))).).))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........))))).(((((((((.(((((....))))).))......)))))))))))))))..)..))))))))...))))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((..(((((.((((.........((((((...((((((((((.....))))))..))))(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))......)))))).((((((((((.(((((....))))).))......))))))))....)))).)))...))..))))))..))).((((.(((((.......)))))....))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((((((...((((((((..(..(((((((...(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.(...((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........)))))))))))).).))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........)))))((((((((((.(((((....))))).))......)))))))))))))))..)..))))))))...))))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))..((((.((((..))))...(((.(......))))((.((((.(.(..((..))..).......((((((..))))))))).)).))...)))).((.(....(((((((...)))))))...).))......(((((((((..........)))))))))((((((..((((...((((((((((((........))))))))))))(((((((((((......(((((((((((((((((((....).)))))))))))....(((((....((.(.(((((((((((.............)).))))))))).)))...))))).((...))..(((......))))))))))......)))).)))))))))))))))))....))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((((((...((((((((..(..(((((((...(((((.......(((((((...((((......................(((((....................((((((.....)))))).....(((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...)))....))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))........)))))((((((((((.(((((....))))).))......)))))))))))))))..)..))))))))...))))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..(((((.((((.........((((((...((((((((((.....))))))..))))(((((((...((((......................(((((....................((((((.....))))))....((((.....((((((((......(((((.......)))))))))))))....((((((((((((........))))))))))))...))))...))))).........(((((((((((.......))))))))))).....))))...)))))))......)))))).((((((((((.(((((....))))).))......))))))))....)))).)))...))..)))))))....(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..........))))).....(((.........))).(((.((((........)))).....(((((........)))))....)))......(((((.......((((....)))).((((((.....))))))....((((............))))...(((((.......))))).(((.....))).(((((((((((........)))))))))))...........))))).((((....(((((((((((.......))))))))))).....(((..(((..........))).(((....)))......(((((....))))).))).)))).......((((.((.....))...))))..........(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.<<<<<....))))).....(((......bbb))).(((.((((........))))(((((ccccc..))))).CCCCC....))).......((((..........BBB>.)))).((((((.....))))))....((((.......{{{{{))))...(((((..}}}}}))))).(((..>>>))).....(((((((....aaa.))))))).(((....AAA........))).......(((((((((((.......))))))))))).....[[[..[[[.>))))....]]].(((....)))......(((((....))))).]]]............((((.((......))..))))..........(((((.(((((.......)))))....))))).. |