RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00547

RNA: TMR_00547
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.....(((.....))).((((((((((((((((...((...((((.((.(((((......))))).....((((((.........((((((((..((((............(((((..((((((((.......))))))))...)))))..........))))....)))....))))).)))))).)).))))..)).((.......)).)))).((((((((..(((........)))...))))))))..))))))))))))...((((((..........))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.....((.(((...((((((((((((((((((((...............(((((......)))))....................((((....(((......)))..))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))....(((....))).....((((((.................)))))).............))))).((((((((..(((.(.....))))...))))))))..))))))))))).........))))......))).))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((......(.(((......((.(((((......))))).))...........((..........)).....................((((..................))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))...................................................................((((((((...................))))))))................................))).).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((...(.((.((((...(((((......((((((...))...)))).....((((........))))((..................((((...(.........)....))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))...................(((((((...............)))))))...............))..((((((((..(((........)))...))))))))....................)))))......)))).)).)..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((..(((((((((...(.((.((((..((((((((((((((((((((...............(((((......)))))....................((((..(.(((......)))).))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))....(((....))).....(((((((...............))))))).............))))).((((((((..(((.(.....))))...))))))))..))))))))))).........)))).....)))).))..).))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.....(((.....))).((((((((((((....................(((((......)))))....................((((....(((......)))..))))(((((.(((((((((.[[[[[[)))))))))..))))).........]]]]]].....((((((.....((((((.....((((.....))))....))))))..[[[[[[[[..[[[))))))..]]]...]]]]]]]]..))))))))))))..(((.[[[[[))).....]]]]]....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((...(((((.....))).((((((((((((....(((.(((((.......(((((......))))).....((((((.........((((.((.(((......))))))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).....(((....)))....((........)).))))))..........(((((....(((.((.(((((((...))))))))).)))....))))).))))))))))))))))))))......((((((......)))))).)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.....((.......))..(((((((((((((((................(((((......)))))....................((((....(((......)))..))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))..............................................................)))).((((((((..(((........)))...))))))))..)))))))))))....((((((..........))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.....(((.....))).((((((((((((....(((.(((((.......(((((......))))).....((((((.........((((.((.(((......))))))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).....(((....)))....((........)).))))))..........(((((.....(..(.((((((((...)))))))))..).....))))).))))))))))))))))))))......((((((......))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.....(((.....))).(((((((((((((((((...............(((((......))))).....((((((.........((((((((.....((((((.............(((((((((.[[[[[[)))))))))..))))))........]]]]]]...))))....)))).))))))........................))))))((((((((...................))))))))...)))))))))))...((((((..........))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.nnnn(((((jjjjjjjj[...[((((.ddddd(..hhhhhhhhhhhhhhhhhhh.hh(.aa.......))))).iiii((.eee(g((kk.)G..eeee[())).((ooooooo))((((((..fffff.ffOO.(((((((((.mmmmmm)))))))))..)))))){{{{{]).MMMMMM.)HH(((((((.))EEEccHHHHHHH)))))))]]))).)DDDDD..OOOOO((((((((AA}}}}}.EEEE..lll))))))))))FFHHHHHHHHHHHHCC.((((((.FFFFFLLL.))))))...)JJJJJJJJKK.(((((NNNN...))))))))))))IIII
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......((((..............))))...........(...(........................((..(((......)))))....((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))...................((((((((.............))))))))...................(((((((((((((........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....((((..............))))...........(...(........................((..(((......)))))....((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))...................((((((((.............))))))))...................(((((((((.(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.............((..((((((((((((..((((......((((.((.(((((......))))).....((((((.........((((.((.(((......))))))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).....(((....))).................)))))).)).))))..))))................((((((((..(((........)))...))))))))..))))))))))))..))..((((((......))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.................((((((((((((..((((..............(((((......))))).....((((((.............((((..((((............(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))..........))))....)))).........))))))..........))))................((((((((.((((.....)))).....))))))))..))))))))))))......((((((......))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...))).((((.....(((((((((.............((..((((((((((((..((((......((((.((.(((((......))))).....((((((.........((((.((.(((......))))))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).....(((....))).................)))))).)).))))..))))................((((((((..(((........)))...))))))))..))))))))))))..))..((((((......))))))....))))))))).(((((((.......)))).))).))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.....(((.....))).(((((((((((((((.................(((((......)))))(((.(((.............((((.((.(((......)))))))))(((((.(((((((((.......)))))))))..))))).............))).)))........)))((((((.....((((.....))))....))))))..((((((((..(((........)))...))))))))..))))))))))))......((((((......))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(..)......((((((((((.(.((...(((((((..(..((((((.(((....(((.....((.(.(((((.(((...))))))).)))).(((......))).((((.((.((((..)..))))))))).....((((((((...........)))))))).)))...))))))..(((...)))..((((((...(........)..)))))).)))..)))))))).((((((((...))))))))(((((((.((.......).).((((..)))))))))))(((((((........))))))))))))))))))))..(((((.((..))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.................((((((((((((....................(((((......))))).....((((((.........((((.(((..((((...((.....))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))..........))))....))).....)))).))))))..............................((((((((..((..........))...))))))))..))))))))))))............................)))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((.............((..((((((((((((..((((......((((.((.(((((......))))).....((((((.........((((.((.(((......))))))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).....(((....)))....((........)).)))))).)).))))..))))................((((((((..(((........)))...))))))))..))))))))))))..))..((((((......))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..((.((.......)))).)))).((((((.........)).))))...(((((........))))).....(((((......)))))..((((.........)))).((((.((..((......)).))))))..(((.(((((((((.......)))))))))..))).(((..........))).....(((((......)))))......((((.....)))).......(((((((.....)))))))....((((.......)))).((((....)))).....((((....))))..((((.....((((.....))))..(((((.......))))).))))......
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