|
|
|
GGUCCCCGAGCUUAUUAAGCGUGUCGGAGGGUUGGCUCCGUCAUCAACACAUUUCGGUUAAAUAUAACUGACAAAUCAAACAAUAAUUUCGCAGUAGCUGCGUAAUAGCCACUGCAUCGCCUAACAGCAUCUCCUACGUGCUGUUAACGCGAUUCAACCCUAGUAGGAUAUGCUAAACACUGCCGCUUGAAGUCUGUUUAGAUGAAAUAUAAUCAAGCUAGUAUCAUGUUGGUUGUUUAUUGCUUAGCAUGAUGCGAAAAUUAUCAAUAAACUACACACGUAGAAAGAUUUGUAUCAGGACCUCUGGACGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......(.((..(((...(((((((((({{{{{{))))).............}}}}}}..................................((((..((......))..))))(((((.(((((((((.aaaaaa)))))))).).))))).........AAAAAA....(((((((.....<<<<<<....)))))))...........>>>>>>..(((((((((((((.[[[[[[[))).))))))))))..........]]]]]]]...)))))......)))..)).)................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((.......((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).)))))(((((.(((((((((.......)))))))))..))))))))))))).....)))))))).....(((..((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))................((((....))))............)))...))).)))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((.(((((((.((((((..................))))))......((((((((((.....(((((((.(((((....((((.....((((((.(((((..((((((((.......))))))))...))))).......)))).))..)))).....))))).((((((.((((....)))).........))))))..(((((((((((((........))).))))))))))..))))))).......((((....))))...))))))..))))..))))))))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(((.....)))(((.(((((......))))).))).........(((((((....)))))))((((((.............(((((.((((.....)))).)))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))...............................((((((.....(((.......)))....))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))................((((....))))...)))))).....)))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....((..(((....(((.(((((......))))).)))..........(((((......)))))....................((((..((.........))..))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))...................(((((((((.........))..)))))))...................((((((((..(((........)))...))))))))...............................)))..))....)).).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((...........((.(((((......))))).))........................((((((((((.............(((((.((.........)).)))))(((((.((((((((.........))))))))..))))).........((((......(((((((...............)))))))...................(((((((((((((........))).))))))))))................))))...........))))))..))))...))).)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(((.....)))(((.(((((......))))).))).........(((((((....)))))))((((((..........((((((((.((((.....)))).)))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))........(((.......)))..........((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))))).............((((....))))...)))))).....)))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....((((...))))....(((((.[[[[[)))))...]]]]].....(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).)))))(((((.(((((((((.[[[[[[)))))))))..))))).........]]]]]]....(((((((.....[[[[[[....)))))))...........]]]]]]..(((((((((((...[[[[[[[[..))))))))))).........]]]]]]]]..............(((....))).)))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....((......((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).)))))))).....)))))))).......)).((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))................((((....))))...(((....))).)))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(((.....)))(((.((((([[[[[.))))).)))..........((((((....)))))).((((((.............(((((.(((.......))).)))))(((((.(((((((((.......)))))))))..))))).]]]]].............(((((((((...{{{{{.))..)))))))............}}}}}..(((((((((((((........)).)))))))))))................((((....))))...)))))).....)))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(((.....))).((.(..(((((((...................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).))))).((((.(((((((((.......)))))))))..))))..))))))).....).)).((........)).((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........))).))))))))))................((((....))))...(((....))).)))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...))))(((((((((......)))))......))))...)))).............(((((((.....((((((((((((...)))))...((((......(((((.(((((((((.[[[[[[)))))))))..))))).........]]]]]]...)))).........((((((......................))))))..((((((((((((...........))))))))))))..))))))).......((((....))))...)))))))....)))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((.(((.((((((.........................................(...(.......................((.((((.....)))).))...((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))...................((((((((.............))))))))...................(((((((((((((........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((.(((.((((((........................................((...(.......................((.((((.....)))).))...((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))...................((((((((.............))))))))...................(((((((((.(((........)))..)))))))))................))).))))))....))).)))).....))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((......((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).)))))))).....))))))))..........)))))..[[[[.....((((......((((......(((((((((((((........))).))))))))))................((((....))))...))))..)))).)))))...]]]].. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....((((...))))....(((([[[[[[[.)))).............(((((((....)))))))(((........(((((((.(((((.((((.....)))).)))))(((((.(((((((((.......)))))))))..)))))]]]]]]]........................((((((.((({{{{{.))).}}}}}...))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))..))))))).......((((....))))...<<<))).>>>.)))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((............((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).)))))......(((((((((.......))))))))).......)))))))).....)))))))).....((((.((((((....(((((.....)))))...))))))..((((((((((((...........))))))))))))........................))))..............)))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..(((.((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).)))))))).....)))))))).....((((.((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))........................))))...)))..)).)).)))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.............((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).)))))))).....)))))))).....((((.((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))........................))))...))).(((.((((.....))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.....)))(((.(((((......))))).))).........)))).............(((((((.........(((((((((....(((((........((.(((((.(((((((((.......)))))))))..))))).))..((.....)).))))).....))))).((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........))).))))))))))))))............((((....))))...)))))))....)))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((((..(((.(((((..(..)))))).)).).((.......))))).))).).(((.((((((((((((((((...(((((.(..((......))))))))(((((.(((((((...........))))))))..)))).((((.((((((...(((..((((((...(........)..)))))).((...)))))....))))))...((...)))))))))))))...(...(((...........)))...).((((....)))))))))))))...))).).)))))))).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((............((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).)))))(((((.(((((((((.......)))))))))..))))))))))))).....))))))))..........((((((....(((((.....)))))...))))))..((((((((((.((........))..))))))))))................((((....))))..............)))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..(((.((((((((..((((((((..................(((((((....)))))))...................(((((.((((.....)))).))))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).)))))))).....)))))))).....((((.((((((....(((((.....)))))...))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))........................))))...)))..)).)).)))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.........)).)))).(((((((..................(((((((....))))))).((((.........)))).((((..((((.....))))..)))).((((.(((((((((.......)))))))))..)))).)))))))..((((.............)))).((((((.((((....)))).........))))))..(((((((((((((........)).)))))))))))................((((....))))...........((((.....)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(((.....)))<<<<<((((.[[[[[))))....]]]]].....(((((((....)))))))........(((.......((((.....))))...((((.aaa...((((.((((((((..{{{{{{.))))))))..))))..........}}}}}}...)))).(((.....((((((.((((....)))).........)))))).AAA(((.....))))))...((((......bbbb)))).....BBBB.....((((....)))).......)))....)))))....>>>>> |
