|
|
|
GGGGGUGCAUUGGUUUCGACGGGGGUUGUGAAGUCGCCUGGCGCAUGCCGAGGGGGUAGCUUUCCUCGUAAAUCCAGCUGCAAAACUCUAGUUGCCAACGACGACAACUACGCUCUGGCCGCUUAAGGCCUAAGCCUCGAAACCGCUUGUGUCCAUGCUCGCGGUGUAGAGUCACUAUCAUGGAAUCGCGCUGGGUGGCUGCCUGUCAGUCCGGCACUAGAACACAACAGGCUGGUUCCCGGAUGCGCUUUGCACGCCGUGCUGUUCGGGGACGAGAUCCAACGGUGAGCUAAGCAUGUAGUGCUGGGGAUGGAGUGCCUUCGGACGGCGGUUCAAUUCCGCCCACCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(...(((.(.(((((((((((((((..aaaaaa..))))).......AAAAAA..............................(((..((((......))))..)))(((.(.(.(((..(..[[[[[[)..))).).).))).......]]]]]].(.(.(((((((.(<.<<<<<<).))))))).).).......>>>>>>.>(((((..((.((((...{{.{{{{))))...)).)))))..........}}}}.}}...)))))...)))))).)))..)..)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((((((((((....((((((((....))))))))....((((........((((((((((..........)))))..(((..((((......))))..)))......(((((..(((....)))..)))))..)))))........))))...)))))))))))))..(((((..(((((((((.....(((...((((.((((((((((((((..........)))).))))))))))...(((....))).)))).....)))))))))))))))))...)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........................(((((((((((((....((((((((....))))))))....................((((((..........)))))).(((..((((......))))..)))(((...(((((..(........)..)))))...)))................)))))))))))))..........((((((((............................((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))....))))))))...................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.......................(((((..........)))))....................((((((..........))))))................................................................................................................................((((.......................))))................................................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(...(((.((((((((((((((((((((....))))))))...(.((((((.......((((((...................((...((((......))))...))(((...(((((..............)))))...)))..................(((((...((((.....)))))))))))))))........)))))).)((((.(.((((..........))))...))))).......................)))))...))))))))))..)..)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(...(((((((.....(((((((((((((....((((((((....))))))))....((((............((((((.(......).)))))).(((..((((......))))..)))(((...(((((..(((....)))..)))))...))).........))))...)))))))))))))((((((..(..(.......)..)...))))))..((((((((..((((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))..))....)))))))).....))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((....))))...(((((((((((((....(((((..[[[[[[..))))).......]]]]]].......((((((....[[[...)))))).(((..((((......))))..))).]]]..(((((.....[[[[[[...))))).............]]]]]]...)))))))))))))((((((......[[[[[[........))))))..((((((((.(((((((....((((((....((((....)))).....))))))....))))..)))...))))))))..]]]]]]...(((.[[[[[)))....]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((........(((((((((((((.(((.(((((((....))))))))))..((((........((((((((((....)))).........(((..((((......))))..)))......(((((..((......))..))))).))))))........))))...))))))))))))).)))))).((((((((((................((((((((.(((((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))..)))...))))))))..))))))...))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((((((((((....(((((((([[[[)))))))).....((.]]]]........((((((..........)))))).(((..((((......))))..)))(((...(((((..(((....)))..)))))...)))..........))....)))))))))))))..(((((..((((((((((..........((((.(((((((((((({{{{.{{.{{{{{.)).)))))))))).))..))..}}}}}.}}.}}}}...)))))))))))))))...)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((........(((((((((((((.((.(((((((......)))))))))..((((........((((((((((....)))).........(((..((((......))))..)))......(((((..((......))..))))).))))))........))))...))))))))))))).)))))).((((((((((....(((....((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).))..))....)))............)))))).................))))(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((........(((((((((((((....(((((..((((((..............)))))).......((((((..........))))))......((((......))))....)))))............((((((.....((((......))))..))))))...))))))))))))).)))))).((((((((((................(((((((((((......((((...)))))))))))))))...((((............(((((...)))))..))))..))))))...))))(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.......(((((................)))))........(...(....................((.(((......))).))...((((((..(((.((........)).)))..))))))..................((((((((..........))))))))...................((((((((((.(((..........)))..))))))))))................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.(.....(((((................)))))........(...(....................((.(((......))).))...((((((..(((.((........)).)))..))))))..................((((((((..........))))))))...................(((((((((..(((..........)))...)))))))))................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((.....(((((((..((((....((((((((....))))))))....((((........((((((((((....)))).........(((..((((......))))..)))......(((((..((......))..))))).))))))........))))...))))..)))))))..(((((...(((((((((........((..((((...)))).)).((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))...))))))))).)))))...)))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((([[[[[[........[[[[[[[[[[[[[.((.((((((((....)))))))))).[[[[[........[[[[[[((((....)))).........(((..((((......))))..)))...)))(((((..(((....)))..))))).]]]]]]........]]]].].]]]]]]]]]]]]].]]]]]].((((.(((((....(((.........((((((((((((((..........)))).))))))))))...........)))..........................)))))....))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((((((((((....((((((((....))))))))....((((........((((((..........................((((......))))...........(((((..............))))).))))))........))))...)))))))))))))..(((((..((((((((((............((((...))))....((((....((((((....((((....)))).....))))))....))))...)))))))))))))))...)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((........(((((((..((((....(((((..(....)..)))))....((((........((((((((((....)))).........(((..((((......))))..)))......(((((..((......))..))))).))))))........))))...))))..))))))).)))))).((((((((((....(......)....((((((((.(((((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))..)))...))))))))..))))))...))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.(((((((....((((((...((((..(((((.((...(((...((((((..............))))))....)))..))))))).)))).))))))..(((..((((......))))..))).))))))).((((((.((((((.....((((......))))..)))))).....((((((((((.....)))).))))))...........))))))..((((((((.(((((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))..)))...))))))))..))))))))).((.(((((.......)))))....))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((........(((((((..((((....(((((..(....)..)))))....((((..............((((....))))(((..(((((((..((((......))))..)))......(((((..((......))..))))))))).))).......))))...))))..))))))).)))))).((((((((((......((......))((((((((.(((((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))..)))...))))))))..))))))...))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............((((((((((((..(.((((.((.(..(((((((((..)))))))))..))))))))..)....(((((((((.(......).))))))((((((((((......)))((((..(((((((((((..((......))..)))))))))))(((((.((.((((..((..(.....(((((((((.(.((((........)).)).)))))).))))((((((..(((...((..)).)))...)))))).)))...)))))))))))(((..((..)))))...))))).)))))).((..))).))...))))))))).))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.((((.....(((((((..((((....(((((..(....)..)))))....((((........(((((......................(((..((((......))))..)))......(((((..((......))..)))))..)))))........))))...))))..))))))).((.(((..((((((((((.(..........((((...))))....((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).)))).).))))))))))))).).).)))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((.....(((((((..((((....(((((..(....)..)))))....((((........((((((((((....)))).........(((..((((......))))..)))......(((((..((......))..))))).))))))........))))...))))..)))))))..(..((..((((((((((........((..((((...)))).)).((((.((.((((((....((((....)))).....)))))).)).))))...))))))))))))..)...)))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((...((((............))))..((((....)))).(((((......)))))......)))).))))......((((((..........)))))).((((.((((......)))).((((.........))))...((((((.....((((......))))..)))))).(((.((((((((((.....)))).))))))....((((.((......))))))..(((.((((..........))))..((((....)))).)))..))).))))...(((.....))).((((.((((.....))))...(((((.......)))))...)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......((((..aaaaa.....))))..((((....)))).(((((......)))))...AAAAA...)))...((((((((.[[[[.........))))...(((((((cccc..)))).CCCC.......((((.eee.eeee.eeee))))....EEEE.........)))...EEE.EEEE]]]].(((.........)))....((((.(({{{...))))))..((((..<<<..(((.dddd)))DDD(((....))).))))..D>>>..((((}}}...)))).bbbbbb...))))..BBBBBB..(((((.......))))).)))))).... |