RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00560

RNA: TMR_00560
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.((.(((...((((...(((.(((((....)))))))).....)))).....(((((((...((((.........)))).))))))).(((((((.........((((((((((.................))))))..)))).((((....(((((...((((.......))))..)))))..))))))))))))))...(((((((((..................)))))))))..)))))))).))..))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((((((.........(((....))).........((((((....))))))................(((((((...((((.........)))).)))))))((.......)).......................................................................................................(((((((((..................)))))))))...............))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((.(((((.....................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).))))).((((...((((((.......)))))).....)))).....................(((((...............)))))..................(.................................)......................)))))....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..((((.((((....))))......(.((((((((((........................(((((....(((.........)))..)))))(((((((.((((((.......))))))...))))))).))))))..((((((.....)))).)))))).).............................((((.((((.(((...........))).)))).)))).....................)))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((........((((....))))......(.((((((....)))))))...............(((((((...((((.........)))).)))))))(((((.((((((.......))))))...)))))........................((.((((...((.....((.................))..(((.......)))....(((((((((..................)))))))))....))..)))).))))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............(((((((((((.............)))))..[[[[......))))))............]]]]..........(((..[[[[[[))).((((.........))))..]]]]]]......((((((.[[[[[[))))))....................]]]]]](((((..(((....(((((...((((.......))))..)))))..))))))))(((......[[[[[[[[[.....)))..........]]]]]]]]].....((((....[[[[[[[..))))..]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.((.((((((((((((((((((((....)))).....(((.(((((....))))))))..............(((((((...((((.........)))).))))))).(((((((.........((((((((((.((.((......)).))))))))..)))).((((....(((((...((((.......))))..)))))..)))))))))))......(((((((((..................)))))))))....)))))).))..))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((............(((.........)))((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))(((((((.................[[[[[.))))))).........]]]]].................................................................(((((((......................)))))))..............)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.((.((((((((((((((((((((....)))).....((.((((((....))))))))..............(((((((...((((.........)))).))))))).(((((((.(.......((((((((((.((............))))))))..)))).(((((.((....))..)))))....................)..)))))))......(((((((((..................)))))))))....)))))).))..))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......(((((...(((((.............))))).(((((......(((((((((((....))))))....................)))))..))))).........))))))))))((((((((.....((((((..........................))))))......((((....(((((....................)))))..)))))))))))).....(((((((((..................)))))))))(((((..))))).(((((((........)))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((.........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((...........)))))...))))))......................((((((.........))))))...................((((((((((.((...........)).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((.........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((...........)))))...))))))......................((((((.........))))))...................(((((((((..((...........))..)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((..(((((((((((((((.((.((...(((((...((.((((((....))))))))....((((((((((.((((((...((((.........)))).)))))).((((((((.........((((((((((.((.((......)).))))))))..)))).((((....(((((...((((.......))))..)))))..))))))))))))...))))).)))))...................)))))..)).)))))))).))..)))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.((((((((((((((((((((....)))).....((.((((((....))))))))...(((....))).(((((((...((((.........)))).)))))))((((((((((.......((((((((((.((.(((...).)).))))))))..))))((((((((([[[[)).)))))))............]]]]...)).)))))))).....(((((((((..................)))))))))....)))))).))..))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((.((((((....((((.........)))).........((((((......(((((((((((((((((...((((.........)))).)))))))((((((((.....((((((..........................))))))......((((....(((((....................)))))..))))))))))))...))))).))))).......))))))..................))))))....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))(((((((.(((((.(..........))))))(((((..)))))((((((((((((..))))))).)...................))))...((.((((((((((((.(..((((...))))..)))))))).....(((((((.((((..........(((((((...))))).)))))).)))))))..((.((((..)))).))..(((((...)))))((((..)))).((((((..(((((((((((........)))).)))..))))..))))))...))))))).)))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((((((..((((((.................((..(((((....))))).))...............((((((...((((.........)))).))))))..((((((................((((.................))))......................................................))))))..............................................)))))).....))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..((((.((..(((((((((((((((.((.((...(((((...(((.(((((....))))))))....((((((((((.((((((...((((.........)))).)))))).((((((((.........((((((((((.((..(......)..))))))))..)))).((((....(((((...((((.......))))..)))))..))))))))))))...))))).)))))...................)))))..)).)))))))).))..)))))))...))))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........)))).((((((.(((((....))))).....((((....))))...)))))).((((....)))).(((((.............((((((...((((.........)))).)))))).(((.....)))...)))))..(((....))).(((.......(((.((((.....)))).(((((....)).))).((((......))))....((((.....))))....)))..(((((((..................)))))))..((((....)))).(((((((........)))))))...(((((.......))))).))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........)))).(((((..((((..{{{{{{.{{..))))...}}}}}}}}...))))).((((....))))................(((((((((...((((.........))))....(((.....)))[[[[[....))))).(((((.((..]]]]].....)))))))......((((((((((....)).))))))))..))))..(((((.....)))))...(((((...(((((((((.........<<<<<....)))))))))((((....)))).(((((((.>>>>>..)))))))...(((((.......))))).))))).....

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