CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00562



RNA: TMR_00562
Rfam family: tmRNA

GGGGAUGAUCGGUUUCGACAGGGGAUGUUGAAACAGGGGAAGCGAGCCGAGGAACGCGGCAAUGAUCUCGUUAACCACGUGUCGCAAAAAAAUAAUCGCCAACUCUAAGCGCGAUUCCCAGCAGUUCGCUCUCGCUGCCUAAUAAGCACCGAUAGCGCUUGGGUGUCAGACCGGGGAGUUCCCGACCCGGACCCUGGCAUAAUCUAGGGAACUCAACCGUCCGCCCGGGCUGCGGGGGCGGAUGGGAAAUCAAACAGCAGCUGGGCCUGUUGGCGGCUUGUCCGCGUGACCGCCAGGGCCGAGAAAAGCACAGCGGACUGCGCUCGGAGAAGCCCUGAAUUAACUCCACUGGACCCGGGUUCGAUUCCCGCCAUCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((...........(((.(((..(.((..(((((....((((((((((...[[[[[.....)))))..........]]]]]....................................(.(..((((.(((.(((.......))).))).))))..).).((((((.(((((..<<<<<<..)))))...)))))).......>>>>>>....((((((((((.{{{{{{..))))))))))...........}}}}}}.(((((..((((((...aaaaaa....)))))))))))............AAAAAA...)))))......)))))..)))..))).)))....((((.......)))).)))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..((((..((((((..((...((((((..................))))))........((((((...........)))))).(((((((((((((...((((((((.(((((.........))))).(((((((.(((((..........)))))...)))))))....))))((..((..((((((((((.........))))))))))))..))...)))).(((.(((((..((((((.............)))))))))))......)))..))))))))))....((((..............))))..))).))..))))))..))))..)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((.......(((((.........(.......)..)))))...........(((((((....(((((..(((((....((((((((((((.((((...((((.........))))(((((...(((.((.((((((((.......................))))))))..)))))))))))))).)))))))))))))))))........)).)))......)))))))(.............)...((((((...........(((....)))...........))))))....................)))))).)))))..)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((.....))))))))(((((.................((((((.((...........))..)))))).........(((((...........)))))..................(.(((.......))).).............((((((.(((((..........)))))...)))))).................((((((((((.(....)..))))))))))..................(((((..((((((.............)))))))))))................................)))))..................((((.......)))).)))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((.((..((.....(((((....(((((...................(.((.......)).)............((((((...........))))))....((((((((((.(((.(((.......))).))).)).......((((....(((((..........)))))..((((((........((..(.....((((((((((.........)))))))))).........((((((......))))))((((.....)))).)..))))))))..........))))..)))))))))))))......))))).....)).)).)))....((((.......)))).)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.(((((((((.....))))))))).)(((((.((((((..((...((((((.......(((.....)))))))))..........((((((((.((.((((((((((((....((((((((((((.((((...((((.(.....).))))(((((...(((.((.((((((((...........(((......)))))))))))..)))))))))))))).))))))))))))))))).)).....)).))).))...)))))))).......(((....)))((((((.......(((.(((....))).))).......))))))................))())))))).)))))).)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((.(((...((((((.......(((.....))))))))).................(((..(((((..((((((....(((((((((((.((((...((((.........))))(((((...(((....((((((((...((((...)))).........))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))...........(((((((((..((((((.(((......))))))))))))))..........)))).....)))))..)))....)))........(((...)))....)))))).)))))..)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((..((...((((((.......(((.....)))))))))........((((((...........))))))((((((.((.((((.(((.(((.......))).))).)))).((((((.......(((((...))))))))))).((((((......)))))).......((((((((((.........))))))))))...........)).))))))((....)).(((((.((((.(((.((((....((........))...))))....))).)))).)))))..........(((...))).)).)))))).)))))..)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((....ccc.ccc.ccccc))(((((....aaa..........((((((.......((.......)))))))).........(((((...[[[[.[[[)))))(((..bbbbbbbb(((((((.((((....(((.........))).(((((((((.(((((<<<<<<<<..)))))...)))))).......>>>>>>>>...{{{{{{))))))).)))))))}}}}}})))................(((((..((((((.............))))))))))).............BBBBBBBB]]].]]]]...)))))..CCCCCCCC.CCC.....(((.AAA...)))..)))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((..((...((((((.......((.......)))))))).........(((((...........))))).((((((.((.((((.(((.(((.......))).))).)))).((((..........((.(...).))...)))).((((((......)))))).......((((((((((.........))))))))))...........)).)))))).........(((((.(((((((..((((....((........))...))))...))))..))).)))))..........(((...)))))..)))))).)))))..)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((.....))))))))(((((........(((((..(((((..(((((..))))).....)))))((((.........((((((((.............((((((.(((((((((((((((.......)))........(((((((((......(((.((((((((........[[[[[[[........))))))))..)))..))))))))).))))))))))))................))))))...))))))))...(((((((((...]]]]]]]..........))).))))))))))))))).....)))))............((((((..))))))....))).)))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.eeeeeeeeeee(.lll(..hhhhh((.[[[[[[[(.fffffffff.fffff))FFFFF......kkk(.(((.......jjjjj.....jjjjjjjj(aaaaaa(.cccccccccc.cccc)))dd..dd.CC)))))).)JJJJJJJJ(({{{(..bbbb((((((((<<<<<<<.<<<<<<<.DD)EEE.))))))))..((((((((((.ggggg(ii))))))))))....)LLL.)))IIGGG)CCEEEEEEEE)FFFFFFFFF]]]]CC..>>>>>>>(((((....)DDKCCCCCCCCAA.)))))...KKHHHHHAAAA...]]].)}}}..>>>>>>>JJJJJBBBB.))))))).GG.
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((........(((((....................)))))........(...(.................................((.((((.......)))).))...........((((((..(((............)))....))))))...................((((((((.........))))))))....................(((((..(((.(((...........))).)))))))).................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(......(((((....................)))))........(...(.................................((.((((.......)))).))...........((((((..(((............)))....))))))...................((((((((.........))))))))....................(((((..((..(((...........)))..))))))).................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((..((.(((((((((.(((..(((.....))).)))............((((((((.((.(((((((((((((....(((((((((((.(((....((((.........))))(((((...((.(((.((((((((...((((...)))).........))))))))..)))))))))).))).))))))))))))))))).)).....)).))).))...)))))))).))).))))))..))....((((((.....(((.(((....))).))).((((..............))))..))).))).)))))).)))))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((.......((((((.......(((.....)))))))))........(((((([[[[.......))))))((((((....((((.(((.(((.(....)))).))).))))..................(((((...........((((((......)))))))))))..((((((((((.........))))))))))..............))))))...]]]]..(((((.(((((((..(((({{{................))))...)))..)))).)))))}}}.......(((...)))....)))))).)))))..)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((.......((((((..................))))))........((((((...........))))))....((((((((((...(((((.......(((((...........)))))....(((((..........))))).((((((......)))))).......((((((((((.........))))))))))...........)))))..((((..(((((((.............)))))))))))...........))))))))))....((((..............))))..........)))))).)))))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((..((...((((((.......(((.....)))))))))........(((((((........).)))))).(((((((((((((((((..((((.((((((.(((((((.(((..(.(((....(((((..(....)..))))).((((((......)))))).......((((((((((.........))))))))))...........))).)..))))))))))..))))))..(((....)))..)))))))))........)))))))))....((((..............))))..)))..)).)))))).)))))..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((......))).(((.(((.(((((..(((((...((((((((.......))))........(((.....)))..)))).................(((..((((((.((((((....(((((((((((.(((....((((.........))))(((((...(((.((.((((((((...((((...)))).........))))))))..)))))))))).))).)))))))))))))))))........((..((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))....)).........))))))..)))...)))))..)))))))).)))..))).(((..(((.......)))...))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((....(((.(((.(((((..(((((...((((((((.......))))...(((..(((.....))).)))............))))...(((..(((((((((((((....(((((((((((.((((...((((.(.....).))))(((((.....(((((..(....)..))))).((((((......))))))............))))))))).))))))))))))))))).)).....((..((.(((((..(((((((.((....)).).))))))))))).))....))..........)))))..)))...)))))..)))))))).)))))))((((.......)))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((((.....))))))))))((((((((((((((.((..((((((((((.((......)))).)))))))........(((((((........).)))))).((((((((((((((..(((..(....(((((((.(........))))))))..((((((........)))))))((((((........(...(.(.(.((((.((((((........))).))).)))))).)..)(((((((......))))))).(((..)))(((...).))))))))((...)).)))).))))))))).....((((((..........)))))).)))))))).)))))))))))).))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((....................((.......)).......................(((..(((((..((((((....(((((((((((.(((....((((.(.....).))))(((((...(((.(..((((((((.......................))))))))..).)))))))).))).)))))))))))))))))........((..((.((((...((((((.............)))))).)))).))....))..........)))))..)))............................)))))).)))))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))))))))..(((((.((((((..((...((((((.......(((.....)))))))))........((((((...........)))))).((.((((((((((((((..((((.((((((.(((((((.(((..(.(((....(((((..........))))).((((((......)))))).......((((((((((.........))))))))))...........))).)..))))))))))..))))))..(((....)))..)))))))))........)))))))))....((((..............))))...))..)).)))))).)))))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((.....)))))))))..((((.....((((.......)))).(((....)))........................((((...........)))).)))).(((((........)))))......(((.........))).((((......(((((..........))))).((((((......)))))).))))..((((((((((.........)))))))))).........((((((......))))))...(((..((((.((..((....)))))).))..)))..((((.....)))).((((..............))))..((((..((((.......)))).....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..{{{{(((((((((.....)))))))))..{{{{.((((((((.......)))).(((....)))....<<<<<.))))..........((((...........)))).)))).(((((....>>>>)))))....(((((..>}}}...))))).(((.....(((((ccccc.....))))).((((((CCC...))))))CC)))..((((((((((.aaaaaa..))))))))))...........AAAAAA..(((...bbbb)))..((((BBBB}...}}}})))).((((.......((((.....)))).((((..............))))..((((...[[[))))...]]]....)))).....