RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00563

RNA: TMR_00563
Rfam family: tmRNA

			GGGGAUGAUCGGUUUCGACAGCGGCUGUUGAAGCAGGGGAAGCGUGUCGAGGAAGCGGCAAUGAUCUCGUAAACCAUAUGUCGCAAAAAAUAAUCGCCAAUACCAAGAGCGAUUCCCAGUCCUUCGCCCUCGCUGCCUAAUAAGCAGUGAGUGAGGGACCCUUAAUGGGUGUCAGCCCGGGAGUGUUCCCGACCCGGACCCUGGCAUAAUCUAGGGGACUAAACCAUCGAGCCCGGUCACGGGGUUCGAUGGGAAAUCAAACAGUGACUGGGCCCGUCGGCGACUUGUUCGCGUGAUCGCCGGGGCCGAGAAAAUCGCAGCGAACUGCACACGGAGAAGCCCUGAUUCUGCACCGGUGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCAUCUCCACGA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((...........((.(((.....(((.(((((....((((((((((..<<<<<.....)))))..........>>>>>......................................(((.(.((((((((.......)))))))).).)))............((((((.(((((...[[[[[[..)))))...)))))).......]]]]]]....(((((((((({{{{{{{..))))))))))...........}}}}}}}(((((..((((((...aaaaaa....)))))))))))............AAAAAA...)))))......))))).)))....))).))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((...))))))))))..((((.....((((((...(((((((((...........))).))))))....((((((((((........((((.((((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))))))))))))....(((((.((((((......)))))).......(((((((((((.......)))))))))))...............)))))......))))).)))))(((((..(((((((.(((((.....)))..))....((((..(((.......)))....))))))))))))))))..))))))))))..)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((((...)))))))))(((((....(((((.......(((((((((...........))).)))))).......((((((...........))))))..((((((((((..((((((((.......))))))))))))))))((((.....(((((((.(((((...........)))))...))))))).....)))).......((((((((((((....).)))))))))))................))(((((..((((((.............))))))))))).........((((....)))))))))......)))))........)))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((((.....))))))))(((((................((((((.((...........))..))))))........(((((...........)))))..........(((.....(((((.......)))))...)))...............((((((.(((((...........)))))...)))))).................((((((((((((....)).))))))))))...............((.(((((..((((((.............))))))))))).)).............................))))).................(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((.(((.(((.(((.(((((....(((((.......((((((.((.(.......).))..)))))).......((((((...........)))))).((((((((.....((((((((.......)))))))).......((((((....(((((((.(((((...........)))))...)))))))....))))))......(((((((((((.......)))))))))))..........)).))))))((((..((((((.............))))))))))..........((((....)))))))))......))))).))).)))))).))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((.)))))))))((((((....(((((.......(((((((((...........))).)))))).......((((((...........))))))..((((((((((..((((((((.......))))))))))))))))(((((....(((((((.(((((.(......)..)))))...)))))))....)))))((.....((((((((((((....).)))))))))))....))..........))(((((..((((((.((((....))))))))))))))).........((((....)))))))))......)))))......)))))))....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((...)))))))).(((((.......((((.(((((((((((((...........))).))))))...........................((((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....)))))))))).)))))))).....)))))(((.((((.((((.......(((((((((((.......)))))))))))...........(((....(((((..((((((.(((......)))))))))))))).........((((....)))).))).......)))))))).)))))))))....(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((.(((.(((.(((.(((((....(((((..((...(((((((((...........))).)))))).........((((...........(((((.(((((((((((((..(((((((.......))))))))))))))))......)))).))).))(((((...........))))).((((((......)))))).......(((((((((((.......)))))))))))...........((((((.(((((..((((((.((........))))))))))))).))....)))).)))).))..)))))......))))).))).)))))).))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.((((((((...))))))))..............(((.(((.(((((((((...........))).)))))).......((((((...........))))))....((((((((..((((((((.......)))))))))))))))).........[[[[[[[.[[[[[.....))))))]]]]]...]]]]]]]................(((((((((((.......)))))))))))...............((.(((((..((((((.............))))))))))).))......((((....))))........................)))......(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....)).((.(((.(((.(((.(((((....(((((.......(((((((((...........))).))))))........(((((...........))))).....(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))(((......)))........((((((......)))))).......(((((((((((.......)))))))))))...............((.(((((..((((((.............))))))))))).))......((((....)))))))))......))))).))).)))))).))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((...)))))))).(((((....(((((.......((((((..................)))))).........((((...........((((((((((((((((((..((((((((.......))))))))))))))))......)))).((((..(((((...........))))).((((((......)))))).......(((((((((((.......)))))))))))............))))..(((((..((((((.............))))))))))).....)))))).)))).....)))))......))))).......))))))....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((....................))))).......(...(.................................((.((((.......)))).))...................((((((.(((((...........)))))...))))))...................((((((((.........))))))))....................(((((..(((.(((...........))).)))))))).................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((....................))))).......(...(.................................((.((((.......)))).))...................((((((.(((((...........)))))...))))))...................((((((((.........))))))))....................(((((..((..(((...........)))..))))))).................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((...))))))))))..(((((....((((.(((((((((((((...........))).))))))........(((((...........)))))((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))))))...)))))))).(((((((..(((.((((.((((.......(((((((((((.......)))))))))))...........(((.((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))......((((....)))).))).......)))))))).)))..((.....)).))))))).)))))..)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............(((.(((.(((.(((((....(((((((.(((.(((((((((...........))).)))))).......((((((...........))))))....(((((((((..(((((((.(....))))))))))))))))).......((((....))))........))))).......((((((......)))))).......((((((((((((....).)))))))))))..................(((((..((((((.((........))))))))))))).........((((....)))))))))......))))).))).))))))......(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((...))))))))))..((((.....((((((...((((((..................))))))....((((((((((....................((((((((..((((((((.......)))))))))))))))).....((((((((((..(((((...........))))).((((((......)))))).......(((((((((((.......)))))))))))............))))...)))))).))))).)))))..((((.(((((((.............((((....))))......((((.......))))...))))))).))))..))))))))))..)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((...))))))))))..(((((....((((.(((((((((((((...........))).))))))........((((((........).)))))((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))))))...)))))))).(((((((..(((.((((.((((.......(((((((((((.......)))))))))))...........(((.((.(((((..(((((((.((....)).).))))))))))).))......((((....)))).))).......)))))))).)))..((.....)).))))))).)))))..)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........((((((((((...))))))))))..(((((.....(((.(((((((((((((...........))).)))))).........((((...........)))).((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))))))...)))))))..(((((((..(((.((((.((((.......(((((((((((.......)))))))))))...........(((.((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))......((((....)))).))).......)))))))).)))..((.....)).))))))).))))).)).((.....))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((...)))))))).(((((....((.((((.(((((((((((((...........))).))))))........((((((........).)))))((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))))))...)))))))).))..)))))(((.((((.((((.......(((((((((((.......)))))))))))...........(((.((.(((((..(((((((.((....)).).))))))))))).))......((((....)))).))).......)))))))).)))))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......(((((((((((...)))))))))))((((((((((.(((((((.((((((..(.((......)))...)))))).)................))))))))))))))))(((((((((..(((((((......).)))))))))))))))))))....((((.((..(((((((..))))))((((..)(((((((...).)))))))))...)(((((((((((((..)).))))))))))).(((((((.(((((.((((((((..((((((.............)))))))))))..........))).)).)))....(((..)))..))))))))))))).(((((.((((((...)..)))).)...)))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((...))))))))))..(((((....((((.(((((((((((((...........))).))))))........((((((........).)))))((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))))))...)))))))).(((((((..(((.((((.((((.......((((((((((((....).)))))))))))...........(((.((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))......((((....)))).))).......)))))))).)))..((.....)).))))))).)))))..)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((...))))))))))..(((((....((((.(((((((((((((...........))).))))))........(((((...........)))))((((.(((((((((..(((((((.......)))))))))))))))).......((((....))))))))...)))))))).(((((((..(((.((((.((((.......(((((((((((.......)))))))))))...........(((.((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))......((((....)))).))).......)))))))).)))..((.....)).))))))).)))))..)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....(((((((((.....)))))))))..((((....(((((......))))).((((..............))))..........((((...........)))).)))).))))......((((((((.......)))))))).(((.....)))...((((....))))(((......)))..(((((.((((((......)))))).......(((((((((((.......)))))))))))....(((......(((.......))).((((.....)))).)))...)))))............((((....))))....(((((.........(((((....))))).(((((.......)))))..)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((((((.....)))))))))..........(((((......))))).))))).((((.....)))).............((((...........)))).))))..(((...[[[[(((((((.......))))))).[[[[)))..]]]]..((((....))))(((......)))..((((..((((((......)))))).......(((((((((((.<<<<<.)))))))))))...........>>>>>.]]]]...(((((.....{{{{{{{((((...)))))))))....}}}}}.}})))).......(((((.........(((((....))))).(((((.......)))))..)))))....

---