RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00566

RNA: TMR_00566
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((.....((....((((((((.(((((((.......((((..........)))).((((....)))))))))))((((((((((.(((((((...((((.........)))).)))))))..(((...)))....))))))..))))..)))))))).....))........(((((((((((....)))))))))))..))((((((..((((((..((((...))))))))))...(((((...((((.........)))).((((((((..(((....)))))))))))..........))))).))))))...)))...)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.....................((((....)))).........((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))..................(((((((((((....)))))))))))..................................................................((((((((............))))))))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..((((.(((.((...............((((........)))).........(((((......((((.((((........(.(((((.(((.((((((.(((((((.......)))))))..))))))..................((((((((((......))))))))))................))).))))).))))).))))..))))).....((((.........))))....)).))))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..............(.....((((....)))))......(.((((((....))))))).................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))..................(((((((((((....)))))))))))..(((.........)))(((((((((.(((...........))).)))))))))............((((((((..(((....)))))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((...[[[[[)))).........]]]]].((((.[[[[.....))))......]]]]...........................(((.[[[[....)))..]]]]......((((((((((((((.[[[[[[)))))).))))))))........]]]]]]....(((((((((..[[[[[[))))))))).........]]]]]]..(((((((((.(((....[[[[[[[))).))))))))).........]]]]]]]......((((.(((......))).))))..........(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).(((((((..((.(((((((((((((((.((((....))))......(((.(((((....))))))))...........((.(((((((...((((.........)))).))))))).)).((((((.....((((((((((((...(((((......((....((...(((((((((((....)))))))))))...))....))))))).(((((((((.(((...........))).)))))))))...))))))))))))))))))))))))))...)))))))..)).)))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((.(((..................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).............((...(((((((((((....)))))))))))...))...................................................................)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((((((((.(((((((.......((((..........)))).............)))))))....((((((.(((((((...((((.........)))).)))))))...............))))))........)))))))).((((((((((((..((((((((([[[[[[[.)))))))))..(((.........))).........))))))).................)))))...........((((((((.....]]]]]]]))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((iii..iiiiiii.ii(gggggggg.gggggg(..cccccccc.cc)))))...(((((((((((..)CC.)CCCCCC...{{{{{{{{{{{.{{)))))))).(((.......}}..ffffffff(bbbbbb(.((((eeeeeeeeeee(aaCCGGGGGG.....)))).[[[[[((((((((((((<<))))))))))))[[(.dddddd)))..GG))).GGGGGGII)]])BBBBBBFF(((((((IIIIIII..)AAEEEEEEEEE)FFFFFF.]]]]].))).}}}}}}.hh..}}}}}.))))HHDDDDDD>>EE.....)))))))III.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))..))))))....................((((((((......))))))))...................(((((((((((((...........)))))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))..))))))....................((((((((......))))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((..((((((((((((((.(((.((...((((.....((.((((((....))))))))..................((((((((.(((.......(((((.(((.((((((((((((((.......))))))).))))))).......((....((...((((((((((......))))))))))...))....)).....))).)))))(((((....)))))........)))..))))))))...))))..)).)))))))))))...))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((((((((.((((....))))......((.((((((....)))))))).......((((((((((((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((...[[[[)))))).))))))))..................(((((((((((....)))))))))))................................))))..))))).....((((.........))))]]]]......)))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))((((((..((((((((.((((((((.(.(.((.(((..))))))).)).(((((((..)))))))))))))(((((((((((........))((((......).))).(......)(((((...)))).).)))))..))))...).)))))))(((((((((((.(.(((((((((........))))))))))))).(...(((((((..((((((...)))))))))))))....))))..))))).((..))..(.((((((((..(((....))))))))))))....))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(......((..(((......((((((............................(..(((((....))))).)......................................................................................................(((((((((((....)))))))))))..................(((((..(..((...........))..)..))))).................................))))))......)))..))...............)....)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((.((((........)))).((((((........((((..........)))).((((....)))).)))))).....(((..((.((((((..((((((((....((....)).((.((..(((((((.....((((((((((((((.((((((.....((....))...(((((((((((....)))))))))))..))).)))))).....((((((..(.(((...........))).)..))))))....))))))))))))))))))..))..))...))))).)))))))))..))..)))...)))).)))...)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........)))).(((........)))..((((((........((((..........)))).((((....)))).)))))).............(((((...((((((............)))..((((((((((((((.......)))))).)))))))).......)))..((((..(((((((((((....)))))))))))........(((.((((((..(((.....)))))))))...((((....((((.........)))).((((.....))))..))))...))).)))).))))).((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......)))))...((((...[[[[[)))).....(((.]]]]].((((..<<<<<...)))).((((....)))))))...............>>>>>.....((((..............((((.{{{.{{{{{{{{{{))))...}}}}}}.}}}}.}}}......))))..((((..(((((((((((....)))))))))))........(((.(((((...(((.....))).)))))...((((....((((.........)))).((((.....))))..))))...))).)))).......((((.(((((.......)))))....))))...

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