RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00570

RNA: TMR_00570
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.(((((....(((.......((((((....)))))).......(((((.(((((.((((.....(((((..........))))).((((....((((((.......)))))).....))))........)))).(((((.((((((((.........))))))))............((((((.((((....))))))))))..))))).))))).))))).)))..))))).......)))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((............((((.......))))((((((....)))))).................((((((...((((.........)))).))))))(((....((((((.......)))))).....)))..........(((((.....((((((((.........))))))))..............)))))...............((((((((....................))))))))..............)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((.....................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((.(..((((((.......))))))...).))))...................((((((((.........))))))))...........................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..(((((.((((.(((.......))).((((........)))).........)))).......((((.....(((((.(((((.........((((....((((((.......)))))).....)))).........(((((.....((((((((.........))))))))..............)))))))))).)))))..)))).........(((...((...........))...)))..))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((.((((((.....((((.......))))((((((....))))))................(((((((...((((.........)))).)))))))((....((((((.......)))))).....))(((........(((((.....((((((((.........))))))))..............))))).......))).....((((((((((...............).)))))))))....))))))....)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((.[[[[[[........)))..]]]]]].((((.[[[[[.))))((((((....))))))................]]]]]........((((..........)))).......((((((.....[[[[[.........)))))).........]]]]].....((((((((..[[[[[..))))))))..........]]]]]..(((((((((........[[[[[[[[[..))))))))).......]]]]]]]]].....((((....[[[[[[[..))))..]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.((.(((((((((((((((.((((..(((.......))).((((((....))))))................((((((.((.((((.........)))))))))))).((.....)).....((((.....))))(((((((........(((((.....(((((..((((((.........))))))...)))))...))))).......))))))).(((((((((((...(.....)...)).))))))))).))))))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((.(((((.......(((.......))).((((((....))))))..................((((....(((([[[[.[[[[))))..))))((((....((((((.......)))))).....)))).........(((((.....((((((((.........))))))))..............))))).]]]].]]]]........(((........................)))........)))))....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.((.(((((((((((((((.((((..(((.......))).((((((....))))))................((((((.((.((((.........)))))))))))).((.....))......(((.....))).(((((((........(((((.....((((((((.........))))))))..............))))).......))))))).(((((((((((...(.....)...))).)))))))).)))))))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.....((((.......))))((((((....))))))........(((((...(((((((...((((.........)))).))))))).................)))))......(((((((........(((((.....((((((((.........))))))))..............))))).......))))))).(((((((((..................)))))))))....)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((.......)))............(...(........................((.((((.......)))).))....(((((((((.((((.......)))))))..))))))...................((((((((.........)))))))).................(((((((((((((...........)))))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((.......)))............(...(........................((.((((.......)))).))....(((((((((.((((.......)))))))..))))))...................((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((...........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((..((((((((((((((.((((.(((((..((((((..((((((....))))))................((((((.((.((((.........))))))))))))..)).))))..))))).((((((..((((((..(((...........(((((.((((((((.........)))))))).((((((((...[[[[[[)))))))).....]]]]]]..))))).)))..))))))...))))))......))))))))))))...))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((((((((.((((.((((.......))))((((((....))))))................((((((.((.((((.........)))))))))))).(((...))).....((((.....))))(((((((....(((.(((((.((((((((((((.........)))))))).......)).))..))))))))....))))))).(((((((((((.............))).)))))))).)))))))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((......((((..((((.......))))((((((....)))))).......(((((.(((((((((..((((((((((.(((((.........((((....((((((.......)))))).....)))).........(((((.....(((((..((((((.........))))))...)))))...)))))))))).)))))...))))).))))..))))).))))).))))....((((((...))))))....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((((((((.((((.(((((..((((((..((((((....))))))................((((((.((.((((.........))))))))))))..)).))))..))))).((((((..((((((..(((...........((((((.((((((((.(((((.((((((.....))).))).)))))...........))))))))....)))))).)))..))))))...))))))......))))))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((((((.(((.((((...((((...)))).))))))).)).)))))))))......((.((((((....))))))..........((..((((((((.((.((((.........))))))))))))...))..))....))..((((((..((((((..(((...........((((((.((((((((.(((((.((((((.....))).))).)))))...........))))))))....)))))).)))..))))))...))))))....)).((((..((...(((((((........)))))))...(((((.......)))))..)).))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((..((((((((.((((..(((((((((.......))))((((((....)))))).........))))...((((((.((.((((.........))))))))))))........)..))))((((((((..((((((..(((...........((((((.((((((((.(((....)))......((((((((.........))))))))))))))))....)))))).)))..))))))...))))))((((((...)))))).)).))))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))((((((((.((((((((((.(((...((((((.....(((....))).(((((((..)))))))..((.((((((.((...........))((((......).))).((((...).)))(((..))).(((..(((......)))))))))))).))))))))......(((((((((.(((..(......)..))).)....................))))))))(((((((((((.(((......))))))).)))))))((((....)))).))))))))))).))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((..((((((..((((((.(((.................((((((....)))))).................(((((.((.((((.........))))))))))).......................................................................................................................................................))))))))).....))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..((((.((..((((((((((((((.((((.((....(((..((..((((((....)))))).......(((((.(((((((((..((((((((((.(((((.........((((....((((((.......)))))).....)))).........(((((.....(((((..((((((.........))))))...)))))...)))))))))).)))))...))))).))))..))))).)))))..))..)))....))))))))))))))...))))))...))))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........)))).........(((.............))).(((.(((.......))).((((((....)))))).........))).......(((.((.((((.........))))))))).((((.(((....)))..((((.....))))..))))....((((.....))))..((((((((.........)))))))).((((((((.........))))))))...(((((........))))).(((.(((.....)))..(((((.....))))).((((....)))).......))).(((.(((((.......)))))....)))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......)))))...(((...(((.....)))..(((((....[[[[.[[[.))))).]]].((((((....)))))).........]]]]...<<<<<<.<<.<<<<)))......>>>>>>>>>>>>..((((....)))).((((.....))))..(((((...((((.....))))..((((((((..aaaaa..))))))))..(((((((.AAAAA...))))))).))))).((((..(((((((.....{{{{{...)).)))))((((.....))))..((((....))))}}}}}.(((....))).(((.......)))....)))).....

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