RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00571

RNA: TMR_00571
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..(((((((((..{{{)))).....}}}....................................(((...((((.........))))...)))((((((.(((((((.<<<<<<)))))))..)))))).........>>>>>>....(((((((..[[[[[[...)))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....aaaaaaa))).))))))))).........AAAAAAA....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................((((.....))))......((.(((((....))))))).................(((((...((((.........)))).)))))((((((..((((((.......))))).)..))))))....................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((..((((((((.((((......((((((....)))))).......))))..(((((((((((..((((.........))))))))))).................(((((((((((((..........)))))))))).)))..)))).((((((((....((((...)))).....))))))))..))))))))......(((((((..(((...........)))...)))))))....)))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........................((((((((((((((((.....................................................((((((((...................)))))))).............((((((........................))))))....(((((((...........))))))).................(((((((((((((...........)))))))))))))....................)))))))...)))))))))................................)))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.......(...........)...(((......)))....................(((((...((((.........)))).)))))((((((.(((((((.......)))))))..))))))...................((((((((.........)))))))).................(((((((((..(((.........)))..)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(.(((((((((............................((((((....)))))).........((((((((.((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))...........................(((((((....(((.....))).....)))))))........)))))))).................((((.......))))...................)))))))))..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((......................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))(((((((.((((((.......))))))..))))))).......................................................................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..((((((.(((((((.((((.......((((........))))..................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))...................(((((((...........)))))))..(((((.....))))))))))))))))....)))...............(((((.....)))))...........))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........(.((((((((.((.(((((((((.((((.....((((((.........)))((((((....)))))).........((((((((.((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).))))))).......((((.......))))(...((((((((...((((.....))))....))))))))...)...)))))))).(((((...........(((((.....))))))))))...)))))))....)))))))))..))))))))))..)(((((.......))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(.((((((((((((((((......(((.........)))((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...................((((((((.........))))))))..(((.........)))(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((.......((((..[[[)))).....]]]............(((((.....[[[[[.........))))).((((.........)))).]]]]]((((((((((((((.[[[[[[))))))).))))))).........]]]]]]....(((((((.[[[[[[[...)))))))..........]]]]]]](((((((((.(((....[[[[[[[))).))))))))).........]]]]]]]((((....))))..)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.((.(((((((((((((((((((((...)))))......((.(((((....))))))).................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))..........((((((......((..(((((((((((.((....)).)))....))))))))..)).....)))))).(((((.....))))).(((((.....))))).........)))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((.(((((.((([[[[[..)))........((((((....))))))..................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))...........................(((((((....................))))))).....]]]]].......................((((.......))))..........)))))....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(..........((((((((.((.(((((((((((((((.(((.(.(...((((...(((.((((((....)))))))))...............(((((..(((((.........)))))))))).(((((((((((((.......))))))).))))))......(((.(((((.....((((((((((....)).))))))))..............)))))))).........................................))))..)).))))))))))...))))))))..)))))))))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.((.(((((((((((((((((((((...)))))......(.((((((....))))))).............(.(.((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))..........(.......)........(((((((....((.......)).....)))))))........).)......(((((.....))))).(((((.....))))).........))))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((.(((((((..(((((.............)))))...(((.........)))((((((....))))))................((((((((..((((.........))))))))))))............)))))))((((((((((..........))))))))))....(((((((.[[[[[[[...)))))))..))))))..]]]]]]](((((((((...................)))))))))....((((((..((((((((............)))))))).....))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((...)))))......((.(((((....))))))).................((((((..((((.........))))))))))(((((((.((((((.......))))))..)))))))...........................((((((((((.((....)).)))....))))))).((((((((.(((...........))).)))))))).....................)))))))))...)))))))..)))))))))).........)))).)))...)))))))....
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((jj(kkkkkkkkkk(.dddddddddd(ccccccccc..cccccc(nn)))))...aa((((...<<<<<<<(((((...)DD..eeeeee(.ggggggg(..bbbbb.....bbbbbb([[[[)DDb(hhhhh..)))){{)DDDDDDKKKK)BKKKKKKJJHHHHH.ffffff.)CCCCCC)))(((()]]]]BB.NNmmm)BBBBEE)BBBBB))))(((((((((.FFFFFF)}}>>>>>.lll)))))))))((..))..EEEE((((((((CCCCCCCCCLLL))))))))(((>>))).iiiiGGGGGGG.)))))))....)AAIIIIMMM
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((.........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))..))))))...................((((((((.........)))))))).................((((((((((.(((.........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((.((.(.(...((((.....((.(((((....))))))).................(((((...((((.........)))).)))))((((((.((((((.........))))))..))))))...................((((((((.........))))))))............(...)(((((((((..(((.........)))..))))))))).........))))..)).)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((.........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))..))))))...................((((((((.........)))))))).................(((((((((..(((.........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((.((.(.(...((((.....((.(((((....))))))).................(((((...((((.........)))).)))))((((((.((((((.........))))))..))))))...................((((((((.........))))))))............(...)(((((((((..(((.........)))..))))))))).........))))..)).)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.((((((((((((((((((((.....))))...((((((.((((.(((((((.((((...............((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))))).))))))...))))...((((((......((..((((((((....(((.....))).....))))))))..)).....)))))).)))))))....))))))))))...................)))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((.((((((((((((((..(((.....)))..)))(((((((((((((...((.....((.(((((....))))))).......((((......((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))...))))......))..)))))))..))))))...)))))......)))))))).)))))).((((............(((((.....))))).(((((.....))))).((((((((..(((....)))))))))))...))))..((((.(((((.......)))))....))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((..((((..((((((((......(((...((((.....)))).....)))((((((....))))))(((.((((((((....((((((((..((((.........)))))))))))).((((.....)))).)))))))).)))...))))))))))))......(((((((.((((.(((((((...(..((.....))..)..)))))))((..(((((.(((...........))).)))))(((((.....))))).((((((((..(((....)))))))))))))....)))).)))))))..)))).)))...)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))((((((((.((((((((.(((((((.(((((((...))))).(((..(((((((((..))))))).....((((((....((.((((((..(((((......).))))))))))...(((((((((((.((..))))))))).))))..((((....)))).((((((.(((((((...........))))))))).))))......((((((...))..))))...))...))))))..(((.((((((..))).))))))).)..))).)).)).))))))))))).))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((.(.(((.(((....(.(((..(((..........)))...)))....)........)))....)))......)..........(((((...((((.........)))).)))))(((((.(((.(((.........))).)).).)))))((..........(..(...(((((((...........)))))))...)..).....)).(.(((((((((.(((...........))).)))))))))...)..........(((((....(((...((((((..........)))))).)))))))))))).)))...)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...(..((..((((.....((((((...(((((.......................(((((....)))))..................(((((((..((((.........)))))))))))..............................................................(((((((.....((.....))......)))))))..........................................................)))))......)))))).....))))..))...........)...)....)))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.((.(((((((((((((((((((((...)))))......(.((((((....))))))).................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))...................(((((((...........)))))))..(((.((....))))).((((((((.(((...........))).)))))))).....................))))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((...(((..((((((((......(((...((((.....)))).....)))((((((....))))))(((.((((((((....((((((((..((((.........)))))))))))).((((.....)))).)))))))).)))...))))))))))).......((((((..((((.(((((((....(((.....))).....))))))).((((((((.(((...........))).)))))))).............((((((((..(((....)))))))))))......))))..))))))..)))).)))...)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......)))))...(((((...((((.............))))..((((((..........)).))))......(((((...................)))))...))))).......((((((...((((((((((((((.......))))))).)))))))......(((((.......)))))........)))))).(((.....))).....(((((.......))))).(((((.(((((.....))))).(((((.....))))).((((((((............)))))))).)))))...((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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