CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00576



RNA: TMR_00576
Rfam family: tmRNA

GGGGUUGUUACGGAUUCGACAGGCAUUAUGAGGCAUGUUUUGCGUCCCAUCGGCAGAUGUAAAUUGCCAGUUAAAUAUAACUGCAAAAAAUACAAACUCUUACGCUUUAGCUGCCUAAAAACCAGCUAGCGUGACUUCUACAAGAUUGCUUGUGUCCUGUUAGAAGUCUCAAAAUAGCAAGCUACGGUUACGAAAUUGUCUAGUUUCGUGACAAGAGAUUGAUAGACUCGCAAACUAAUGGCUUGAGUUAUGUGUCUUUAGUUUGUUAAAUGAAGACAUAACCUAUGGACGUAGACAAAUAUGUUGGCAGGUGUUUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCGGCUCCAUCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((..((((((((([[[[)))).....]]]]...................................((.(((((((.........))))))).))((((((.(((.(((.aaaaaa))).)))..))))))........AAAAAA....(((((((((..<<<<<.)))))))))..........>>>>>..(((((((((.(((....{{{{{{{))).))))))))).........}}}}}}}....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((((((((((((((..(((((((.((((..((((.(((((....)))))))))....)))).....((((((..((((((.........))))))))))))....((((((....))))))..))))).)).((((((...((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..(((((.....((((((.............))))))....)))))))))))))))..))).))).........)))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((((((((((((((((((....))))(...(((.((((((....))))))))).....).........(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).)).))))))))...........(((....(((((((((((....)))))))))))............................)))........(((((((((..........))))))))).......)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((((((((.....................((((((....))))))..................(((((..(((((.........))))))))))(((((((.((.(((.......))).))..)))))))..................((((..................))))...........................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((..(((((((((....))))....((((.(((........)))))))..........(((((..((.(((((((.........))))))).))((((((.(((.(((.......))).)))..))))))..................(((((((((........))))))))))))))............(((((((((.(((...........))).)))))))))....................))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.((((((((((((((((((((....))))((..(((.((((((....)))))))))....)).........(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).)).)))))))).........((((((...(((((((((((....)))))))))))..(((.........)))..........)))))).(((..(((((((((.((.....))))))))))))))....)))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((..[[[[[[....((((....)))).....))))..............]]]]]].............(((((..(((((.........))))))))))((((((((...(((.[[[[[[)))....))))))))........]]]]]]....((((((((((.[[[[[))))))))))..........]]]]]..(((((((((.(((....[[[[[[[))).))))))))).........]]]]]]].....((((((......))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((.((.((.(((((((..((((.(((((....)))))))))....))))...))).(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).)).)))))))).........(((.((...(((((((((((....)))))))))))...)).)))...(((((((.........))..))))).((((((((((..........)))))))))).)).)))))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((((((((((((((.((.((..........(((.((((((....)))))))))..........(((..(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).)).))))))))...........[[[....((((((((((......))))))))))..)))............(((((((....]]].........{{{{{{{))))))).....}}}}}}}...)).)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((..(.((((((((((((((((((((....))))....(((.((((((....)))))))))......(((.((((.(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).)).))))))))..................(((((((((((....))))))))))).)))).)))...((((((...........)..))))).((((((((((..........))))))))))......))))))))...))))))))..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((((((((((((((((((....))))........((((((....)))))).............(((((((((..((((((.........))))))))))((((((((((((....)))))........)))))))......((((..))))..((((((((((((..))))))))))))))))).......((((((.............)))))).((((((((((..........))))))))))......)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((.........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))..))))))....................((((((((......))))))))...................(((((((((((((...........)))))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((.........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))..))))))....................((((((((......))))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.((((((((((((((((....(((((.((((..(((.((((((....))))))))).............(((((((..(((((.........))))))))))))....))))...)))))((((((((((((...(((((....(((....)))..((((((((((......))))))))))..)))))))))))....(((((((((.(((...........))).)))))))))........))))))......)))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.((((((((((((((((((((....))))....(((.((((((....)))))))))......(((.((((((((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).)).))))))))..................(((((((((((....)))))))))))))))).)))...(((((...............))))).((((((((((..........))))))))))......))))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((......((((..((((....))))........((((((....))))))..................))))......)))))........(((((((((.....((((((....))))))...((((....((((........(((((((..(((((((((((....)))))))))))..........................))))))).....((((((((((..........))))))))))......))))...))))..))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.((((((((((((((((....(((((.((((..((((.(((((....))))))))).............(((((((..(((((.........))))))))))))....))))...)))))((((((((((((...(((((....(((....)))..((((((((((......))))))))))..)))))))))))....(((((((((.(((...........))).)))))))))........))))))......)))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...((((((((((((......((.(((.....))).)).(((.(((((.((((..((((.(((((....))))))))).............(((((((..(((((.........))))))))))))....))))...))))).))).)))))).)).)))).....((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..(((((.....(((((((.........))..)))))....))))))))))))))).........))))))).((((.((...(((((((........)))))))...(((((.......)))))..))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.((((((((((((((.((((.((....((((..(((.((((((....)))))))))....))))(((((..(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).)))))))..........((((((..((((((((((......))))))))))..(((.((....))))).........))))))))))).((((((((((..........)))))))))).)).)))))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((........))((((((.....((((..))))((((((.((..((...((((((.(((.(((((((..))))))))))...)))))..)..(((.(((((((((((......).))))))....(((((((((((((((((..))))))))))))))))).((((..((.(((((..)))))))..))))(((.((......)).))).((......))(((((((((((((((...........))))))))))))).))...))).).)))))..))))))))(((((..)))))......))))))...((((((...)..))))).))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.(((((((((((((((..((.((..........(((..(((((....))))).)))...............(((((..(((((.........))))))))))(((((((.((.(((.......))).))..)))))))......(((((((((...((((((((((......))))))))))..(((((......((((...............)))).....))))).))))))))).............)).)).)))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(....(((.(((((..((......(((((.(((..((((..((((....))))....((((.(((((....)))))))))...............))))...))))))))....(((.((((((((((((((((((.(((.......))).)).)))))))).........(((((((..(((((((((((....)))))))))))..(((.((....))))).........))))))).....((((((((((..........))))))))))..((((....))))......)))))))).)))........))..)).))).)))...)..))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........))))..((((........))))...((((..((((....))))....((((.(((((....)))))))))...............))))..((((((.........)))))).(((((((..((((((....))))))...(((((............)))))......))))))).....(((.((((((.......))))))))).(((((((.........))..)))))..(((((((((..........))))))))).((((((....))).(((....))).....)))...((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((........)))).((((....{{{.))))...((((..((((....))))....((((.(((((....)))))))))...............))))..((((((}}}......))))))....aaaaaa.(((((....))))).))).((((AAAAAA......)))).((((.(((((....)))))..(((((((..<<<<<)))))))...(((((([[[[[........))))))..(((((((((..]]]]]...))))))))).((((((....))).(((....))).....)))>>>>>...(((((.......))))).))))......