CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00579



RNA: TMR_00579
Rfam family: tmRNA

GGGGAUGAUCGGUUUCGACAGCGGAUGUCGAGGCAGGGGAAGCGUGUCGAGGAAGCGGCCACGAUCUCGUUAACCACAGGCCGAAAAAAAUAAUCGCCAAUUCCAAGAGCGAUUCUCCGCAGCAGCAGUUCUCCCUCGCCGCCUGAUCUCAGGUAGCGACGAGACUGCUCCUGCACUAAGGAGUGUCAGCCCGGGGCUGUUCCCGACCCGGAUCCUGGCAUCAGCUAGGGGACUAAACCUUGAUCCCGGUCACGGGGUGAAGAGGGAAAUCUAACAGUGACUGGGCCCGUCGGCGACUUGUUCGCGUGAUCGCCGGGGCCGAGAAAAUCACAGCGAACUCCCCGGCUGACAGCGCGGGCGAGCACGGCGCGCCGGGUGGCGGGAUGACCGCACUCCCCACGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((...........(.(.(((........(.(.(.(......((.(((((...{{{{.....)))))..........}}}}..............................(((..(.....(......(.(.((((.((((((..)))))).)))).).)......).....)..)))..((((((.(((((...[[[[[[..)))))...)))))).......]]]]]]....(.((...((<<<<<<<..))...)).)............>>>>>>>(((((..((((((...aaaaaa....)))))))))))............AAAAAA....))........).).).)........)))).).(..(.........)..)..)))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.........(((((((((.....))))))))).(((((.((((((((......((((((((....)))........)))))..........(((((.(((((..(((.....))).((((.((((((.(((..((((..((((....))))..)))).))))))))).)))).....)))))(((((((.((((..((((.(..(((...(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).)))..........((((((.(((((..(((((((.((....)).).))))))))))).))....)))).).)))).)))))))))))......)))))...))))))))......((((.....))))..))))).).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((...(((((((.(((((.((((((((..((((((.(((((..(((((..................)))))..........((((...........))))))))).))....)).))..))))).)))(((((....)))))..))))).(((.((((((......)))))))))...))...)))))(((((((((((.(((((((....)))))))..............(((((((((.((((..........))))....)))))))))..(((((....(((((((((((..(((((((((.....................))))))).))..)))))))))))..)))))..))))))..))))).))))))).)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((.....))))))))).......(((((........((((......((((((.........................((...........))(((.((((((((.(((((.((((..((((.(((((....))))).)))).))))))))).)))).....)))).)))...(((((...........))))).(((((((....)))))))..............(((((((((.......................)))))))))..(((((....(((((((((((..(((((((((.....................))))))).))..)))))))))))..))))).........))))))...))))......)))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((((.....))))))))).....................(((((..(...........)...))))).........(((((...........)))))........................((.(............).))..........................((((((.(((((...........)))))...)))))).................((((...((((....).)))...)).))...............((.(((((..((((((.............))))))))))).))......................................................................)))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((((.....)))))))))....................((((...((.(((((((.(((................((((((...........))))))((((((((.((((((.(((..((((.(((((....))))).)))).))))))))).)))...)..))))((((((.(((((...........)))))...))))))(((((..(((((.....((((...((((....)))).....))))...........(((....(((((..((((((.............)))))))))))........))).......))))).)))))..(((((...........)))))..)))))))))))).))))..)))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.(((((((((.....))))))))).).....(((((..(((...((((.(...((((((((.(((...((...............((...........))(((.((((((((.(((((.((((..((((.(((((....))))).)))).))))))))).)))).....)))).))).(.(((((.(.......).)))))((((((((....))))))).............)(((((((((.(.....(((......)))..).)))))))))).(((((....(((((((((((..(((((((((.....................))))))).))..)))))))))))..)))))..)).)))))))))))).)))).)))..)))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((.....))))))))).(((((.((((((((......((((((((....)))........)))))..........(((((..........(((...((((((((.((((((.(((..((((..((((....))))..)))).))))))))).)))).....))))((((((((.((((..((((....(((...(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).)))..........((((...(((((..((((((.(((......)))))))))))))).......))))...)))).)))))))))))).))).)))))...))))))))......((((.....))))..)))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((((((.....)))))))))..((..((((.((((.((......)).))))..))))..))...(((.((.........)))))...........)))))((((((((.((((((.(((..((((.(((((....))))).)))).))))))))).)))).....)))).(((((((.((((..(((((((...))).(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).(((...)))....((((((.(((((..((((((.((........))))))))))))).))....))))...)))).))))))))))).((.(((.((.((...)).))))).)).((((.....))))..)))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((((.....)))))))))..........................................................(((((...........))))).((((((((.((((((.(((..((((.(((((....))))).)))).))))))))).)))).....)))).(((((.................aaa...(((((((....)))))))........(((.((((({{{{{{))))).)))..............}}}}}}.((..<<<<<.((([[[[[[[[[[[..)))<<<<<<))...................>>>>>>))))).]]]]]]]]]]]..>>>>>....AAA.................)))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((((.....)))))))))..((..((((.((((.((......)).))))..))))..))...(((.((.........)))))................((((((((.((((((.(((..((((.(((((....))))).)))).))))))))).)))).....)))).((((((.(((((..(((((((...))).(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).(((...)))....((((((.(((((..((((((.............))))))))))).))....))))...)))).))))))))))).((.((.(((.(.....).))))).)).((((.....))))..)))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((.....))))))))).......(((((....(((..(((((((((..))))........)))))........((((((...........)))))).)))((((.(((((((.[[[[[[...((((((..))))))........))))))).)))).....((((((((((((...))))).(((((((((((.(((((((....)))))))..............(((((((((........]]]]]].........)))))))))..(((((....(((((((((((....(((((((.....................))))))).....)))))))))))..)))))..))))))..))))).....))))))).)))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(.......(.....((((((......((((.(((.((((((........(((((..................)))))........(...........................................((.((((.............)))).)).....................((((((.((((((.........))))))...)))))).................((((((((............))))))))..................(((((..(((.(((...........))).))))))))......................................)..))))))..))).))))........)))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(.......(.....((((((......((((.(((.((((((.(......(((((..................)))))........(...........................................((.((((.............)))).)).....................((((((.((((((.........))))))...)))))).................((((((((............))))))))..................(((((..((..(((...........)))..)))))))......................................).)))))))..))).))))........)))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.(((((((((.....))))))))).......((((((((......((((((((....)))........)))))..........(((((.(((((..(((.....))).((((.(((((.((((..((((..((((....))))..)))).))))))))).)))).....)))))(((((.((((((..((((....(((...(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).)))..........((((((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))....))))...)))).)))))))))))......)))))...))))))))..))).((((.....))))..)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((((.....)))))))))......((((.((((............))))..)))).......(((.((.........)))))................((((((((.((((((.(((..((((.(((((....))))).)))).))))))))).)))).....))))(((((((.(((((..(((((((...))).(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).(((...)))....((((...(((((..((((((.((........))))))))))))).......))))...)))).))))))))))))...(((.((.........)))))....((((.....))))..)))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.(((((((((.....))))))))).......((((((((......((((((((....)))........)))))..........(((((.(((((..(((.....))).((((.((((((.(((..((((..((((....))))..)))).))))))))).)))).....)))))(((((((.((((..((((.(..(((...(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).)))..........((((((.(((((..(((((((.((....)).).))))))))))).))....)))).).)))).)))))))))))......)))))...))))))))..))).((((.....))))..)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((.(((((((((.....))))))))).((((((.(((.((..((((.((((((((....)))........))))).................))))..))))).))))))((((.((((((.(((..((((..((((....))))..)))).))))))))).))))......)).)))).((((((.(((((((((.....((.(((((((....)))))))..))....(((.((((((....)))))).))).))))......)))))..)))))).((.((.((.(((((((((((..(((((((((.((............))....))))))).))..)))))))))))..)).)))))).((..((((.....))))...))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...((((((((((((.....))))))))).......((((((((......((((((((....)))........)))))..........(((((.(((((..(((.....))).((((.(((((.((((..((((..((((....))))..)))).))))))))).)))).....)))))(((((.((((((..((((.(..((((..(((((((....)))))))..).....(((.((((((....)))))).))).)))..........((((((.(((((..(((((((.((....)).).))))))))))).))....)))).).)))).)))))))))))......)))))...)))))))))))...((((.....))))..)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(.((...(((((((((.((..)))))))))))((((((((((.(((((((((((((((((.((......))))).))))))((......))......))))))))))))))))))((((..((((.(((....(((.((((((..))))))).))...)))))))..)))).(..)(((((((..(((((((((((((((..)(((((...(((...((((((.(((((......(..)((((((((((((((.(..........).))..).)))))))))))(.......)...((((((((((((.((.......).)).))))).))))))))))))))))))))).)))).)))))..)).).)))))).((......)).))))))).)).))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((((.....))))))))).......((((((((......((((((((....)))........)))))..........(((((...(((..............((((.((((((.(((..((((..((((....))))..)))).))))))))).)))).....))).(((((((.(((((..((((....((((..(((((((....)))))))..).....(((.((((((....)))))).))).)))..........((((((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))....))))...)))).)))))))))))).....)))))...))))))))......((((.....))))..)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....)).(..((((((.....))))))..).(((((.((((((((......((((((((....)))........)))))..........(((((.(((((..(((.....))).((((.((((((.(((..((((..((((....))))..)))).))))))))).)))).....)))))(((((((.((((..((((....(((...(((((((....)))))))........(((.((((((....)))))).))).)))..........((((((.(((((..((((((..((....))...))))))))))).))....))))...)))).)))))))))))......)))))...))))))))......((((.....))))..)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((((.....))))))))).(((((...............(((((..................)))))..........((((...........)))).))))).....((((((.(((..((((.(((((....))))).)))).)))))))))...(((((....)))))....(((((...........))))).(((((((....))).(((.......)))..((((((....)))))).....))))...(((........))).(((((((((((.....)))).)))..(((((((.....................))))))).....(((((........)).)))..))))..((((.....))))..)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((..(((((((((.....))))))))).(((((.....((((......<<<<<.)))).............>>>>>..........((((...........)))).)))))aaaaa.(((((.(((..((((.(((((....))))).)))).)))))))).(((......)))...))))..(((((AAAAA......))))).(((((((....))).(((.......)))..((((((....)))))).....))))...........(((...bbb.))).((((..[[[))))(((((.{{{{{{{........)))))........}}}}}}}..]]](((((BBB.....)).))).....(((.(((.....)))))).))))....