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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00580



RNA: TMR_00580
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................((((....))))......(((.(((((....))))))))................(((((...((((.........)))).)))))((((((((.(((((.......)))))..))))))))....................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((...(((((((........)))))))....(((((((((((...(((.....(((.(((((....))))))))...(((....))).....)))...)))).((((((....((((((.(((((....((((((.......))))))......((((...(((((.((((((........((((((((((....................)))))).))))......)))))).((((((((....(((........)))..))))))))...)))))..)))).....)))))))))))))))))..)))))))....)))...)))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............................(((((((((.....................................................((((((((..((((.........)))))))))))).............((((((........................))))))....((((((((.........)))))))).................(((((((((((((...........)))))))))))))....................)))))))))..........................................)))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((((((((((((((.....(((..........)))..(((......)))....................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(.((((((.(((................((((....))))))).)))))).)(((....)))((((...................)))).......(((((((((.(((((...((((((((((((((.......)))))).)))))))).......)))((((((.((.....((((((((((....................)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))........................)).)))))))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((((((((......................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))(((((((.((((((.......))))))..))))))).......................................................................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((..(((((((((....)))).........((((........)))).........(((((.(((.....((((((((....((((......))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........))).))))).((((((((.........))))))))...................)))))))).......(((((((.....(((........)))...)))))))....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((.((((((.(((((.(((.....)))))((((....))))))).)))))).))((....))(((((.....(......)......)))))....(.(((((((((.(((((...((((((((((((((.......)))))).)))))))).......)))((((((.((.....((((((((((......(.......).....)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))((((....))))............)).))))))))).)(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(.((((((((((((((((.....(((..........)))((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...................((((((((.........))))))))..(((.........)))(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((............((((((........))))))(((((((((....((((.[[[[.....))))......]]]].(((((...................))))).((((.....[[[[))))..]]]]((((((((((((((....[[[))))).)))))))))................]]](((((((..[[[[[[[[[)))))))....]]]...]]]]]].(((((((((........[[[[[[[[[..))))))))).......]]]]]]]]]....)))))))))...................(((((.[[[[[)))))..]]]]].))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((..((.((((((((((((((((((((....))))......(((.(((((....))))))))................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))).)))))))))..........((((((.((.....((((((((((....................)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))...)))))))))..)).)))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((((((.(((((((.....(((..........))).(((((....)))))...................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((...(((((([[[[[[[[[....))))))..........]]]]]].]]].......)))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.(((((((((((((((.(((.((...((((.....((.((((((....)))))))).................((((..(((((.........))))))))).((((((((((((((.......)))))).))))))))....................(((((((((....))).))))))................................................................))))..)).)))))))))))...)))))))..)))))))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((...(.(((((((..(((((((((((....))))......((.((((((....)))))))).................(((((..((((.........))))))))).((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((..(.....((((((((((....................)))))).))))....).)))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....))))))).....)))))))..)..)))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((((........))))))(((((((((....((((..........))))...........(((((((...............((((((..((((.........))))))))))(((((((((......[[[[[.......)))))))))..........]]]]].........)))))))......((((((((.(((.........)))......))))))))...(((((((((((((..))))........)))))))))....))))))))))))))....................(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((((((((((..((.((((((((((((((((((((....))))......((.((((((....)))))))).................(((((..((((.........))))))))).((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((.((.....(((((((((((((...........)))...)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))...)))))))))..)).))))))).........)))).)))...)))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.((((((((((((((((.....(((..........)))..........((((.((.................(((((...((((.........)))).)))))(((((...((((((.......))))))....))))).............................(((((....................)))))..)).((((((.(((...........))).)))))).))))..................)))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....(((((.((((((...........))).))).))))).....................((((((.........))))))...................(((((((((((((...........)))))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((.((.((((..........))).(((((....)))))................((((((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))..))).........(...)(((((((((.(((...........))).)))))))))................).)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....(((((.((((((...........))).))).))))).....................((((((.........))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((.((.((((..........))(.(((((....))))))...............((((((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))..))).........(...)(((((((((.(((...........))).)))))))))...............)).)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((......((((((((..(((((.....(((..........)))..((((....))))....................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))..............(...).((((((((.(((...........))).)))))))).....................))))).....))))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((............((((((..((((((((....(((....)))....((.((((((....)))))))).....................((((((((....((((......))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........))).)))))....)))))))).)))))).(((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(((...........))).)))))))))...........((((((...)))))).........)))))).)))).))).....))))))))).)))...)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((((((((((((((((((....))))......((.((((((....))))))))...(((....)))...((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((.(......((((((((((....................)))))).)))).....))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))...))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((..((((((......((((.....((((....((((....)))).........((((((....))))))....................)))).....))))........))))))..((((((((((((((.......)))))).))))))))....))))..((((((........((((((((((....................)))))).))))......)))))).........(((((..((((((((........((((((...))))))...........))))))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((....((((((((((((((((.....(((..........)))((((((....))))))......(((((.....(((((((...((((.........)))).)))))))((((((((((((.......)))))).))))))......(((...((((((...((((((((.........))))))))..(((.........)))..........)))))).))).))))).........(((.....)))..(((...))))))))))...)))))))))....))))))))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((((((((((((((..........(((......((..((((....)))).)).................(((((...((((.........)))).)))))((((((.(((((...(....)..))).)).)))))).........))).........((((((.........))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((.((((((((((((((((..((((((.(((((((..(((.(((((....))))))))............((((.....((((((((....((((......))))((((((((((((((.......))))).))))))))).........)).)))))).(((((((((......).))))))))..))))....(..(.((....)).)..)..))))..))).))))))(((..(((.........)))..)))...)))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...........((((((......((((..(((((((....((((....))))......(((.(((((....))))))))..................)))).))).))))........))))))..((((((((((((((.......))))).)))))))))...(((((.((((.(((...))).))))....(((....)))......)))))..)))))).((((((((.(((...........))).)))))))).................((((((.....(((......))).((.((((.((((((....))))))....)))).)).))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((........))))))(((((((((..((((((.(((......((.((((((....)))))))).............((((.((.((((((((....((((......))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........))).))))).(((((((((......).))))))))..........(..(.((....)).)..))).)))).))).))))))(((..(((.........)))..)))...))))))))))))))..)).))).((((.((((((....))))))....))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))((((((.....((((..))))(((((((.((.((((..))))(((.((.(((((((..))))))))).)))).((((((....((((((..((((((...).).))))))))))((((((((((((((.((..))))))).))))))))).....(((.((((((((...)))))))))))((((((((..(((((...)))))))))).)))...)))))).....((((((((.((..((((((..)))))))).))))))))..)))))))).(((...........)))))))))...((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.((((((((....(((((((((.(((((.(((.......(((.....(((((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((..(..(((((.......)))))...)..)))).........)))....)))((((((((.........)))))))).((...((....(..(.(((((.(((.(((...........))).)))).))))...)......)..)).))))))))))....)))))))))....))))))))....))))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.....(((((........))))).......(((((................((..(((((....))))).))...............................................((((((((.(((((.......)))))..))))))))....................(((((((.........)))))))................((....))......................................................................................))))).....)))...)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((.((.((((((((((((((((((((....))))......((.((((((....))))))))................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...................(((((((((......).))))))))...((.........)).(((((((((.(((...........))).)))))))))....................))))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((...(((((((........)))))))(((.((((((.((.((((..((.....((((.....((((((((.(((...........((((.....((((((((....((((......))))((((((((((((((.......))))).))))))))).........))).))))).(((((((((......).))))))))..))))....(..(.((....)).)..)..)))))))))))....((((..(((.........)))..)))).)))).((..((......))..)).))..))))..))))))))))).)))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........)))).((((((..((((....))))......((((....))))....))))))...........(((((...................))))).((((.....((((......))))((((((((((((((.......))))).))))))))).......))))..((((..(((((((((......)).))))))).....((((.((((.((....)).)))).(((((........))))).(((.(((.....)))...((((.....)))).))).))))....)))).......((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......))))).((((((........))))))..((((.......((((aaaaa.....)))).((((....))))))))..................(((.....)))....((((..[[[[))))((((((((((.....)))...<<<<<<..))))))).........>>>>>>.]]]]A.(((((.....AAAA))))).(((.....))).((((.((....)).)))).(((((....{{{.))))).(((.(((.....)))}}}((((.....)))).)))((((..bbb((((....)).))...bbbbb))))...BBBBB..BBB......