|
|
|
GGGGUCGUUACGGAUUCGACAGGCAUUAUGAGGCUUGUUUUGCAACCCAUCGGCAGAUGUCAAAAUGCCAGUUAAAUAUAACUGCAAAAAAUACAAAUUCUUACGCAGUAGCUGCCUAAACACCAGCCUGUGUGACUAAUAGCAGAUUGCUUGUGUUUGCCUAUUAGUCUUAAAAUCAGCAAGCUACAUUAGGUUGCAGUCAGGUCAGCCUAAAAGAGAUUUACUGACUCGCAAGAUUUGGGCUUGAGUUAUGUGUCGAGGUCUUGUUAAACCAAUACAUAACCUAUGGUUGUAGACGAAUAAGUUAGCAGGUGUUUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCGGCUCCAUAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((..((((((((([[[[))))......]]]]...................................(((...((((.........))))...)))((((((..((((((.<<<<<<))))))...)))))).........>>>>>>....((((((((.aaaaaa..))))))))..........AAAAAA.(((((((((.(((....{{{{{{{))).))))))))).........}}}}}}}....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................((((....))))......(((.(((((....))))))))................(((((...((((.........)))).)))))((((((((.(((((.......)))))..)))))))).................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((...(((((((........)))))))....(((((((((((...(((.....(((.(((((....))))))))...(((....))).....)))...)))).((((((....((((((.(((((....((((((.......))))))......((((...(((((.((((((........((((((((((....................)))))).))))......)))))).((((((((....(((........)))..))))))))...)))))..)))).....)))))))))))))))))..)))))))....)))...))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...............................(((((((((.....................................................((((((((..((((.........)))))))))))).............((((((........................))))))....((((((((.........)))))))).................(((((((((((((...........)))))))))))))....................)))))))))..........................................))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....((((((((((((((((.....(((..........)))..(((......)))....................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(.((((((.(((................((((....))))))).)))))).)(((....)))((((...................)))).......(((((((((.(((((...((((((((((((((.......)))))).)))))))).......)))((((((.((.....((((((((((....................)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))........................)).)))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((((((((......................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))(((((((.((((((.......))))))..))))))).......................................................................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((..(((((((((....)))).........((((........)))).........(((((.(((.....((((((((....((((......))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........))).))))).((((((((.........))))))))...................)))))))).......(((((((.....(((........)))...)))))))....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((.((((((.(((((.(((.....)))))((((....))))))).)))))).))((....))(((((.....(......)......)))))....(.(((((((((.(((((...((((((((((((((.......)))))).)))))))).......)))((((((.((.....((((((((((......(.......).....)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))((((....))))............)).))))))))).)(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(.((((((((((((((((.....(((..........)))((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...................((((((((.........))))))))..(((.........)))(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))..).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((............((((((........))))))(((((((((....((((.[[[[.....))))......]]]].(((((...................))))).((((.....[[[[))))..]]]]((((((((((((((....[[[))))).)))))))))................]]](((((((..[[[[[[[[[)))))))....]]]...]]]]]].(((((((((........[[[[[[[[[..))))))))).......]]]]]]]]]....)))))))))...................(((((.[[[[[)))))..]]]]].)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((..((.((((((((((((((((((((....))))......(((.(((((....))))))))................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......))))).)))))))))..........((((((.((.....((((((((((....................)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))...)))))))))..)).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....((((((((.(((((((.....(((..........))).(((((....)))))...................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((...(((((([[[[[[[[[....))))))..........]]]]]].]]].......)))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.(((((((((((((((.(((.((...((((.....((.((((((....)))))))).................((((..(((((.........))))))))).((((((((((((((.......)))))).))))))))....................(((((((((....))).))))))................................................................))))..)).)))))))))))...)))))))..)))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((...(.(((((((..(((((((((((....))))......((.((((((....)))))))).................(((((..((((.........))))))))).((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((..(.....((((((((((....................)))))).))))....).)))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....))))))).....)))))))..)..)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((((((........))))))(((((((((....((((..........))))...........(((((((...............((((((..((((.........))))))))))(((((((((......[[[[[.......)))))))))..........]]]]].........)))))))......((((((((.(((.........)))......))))))))...(((((((((((((..))))........)))))))))....))))))))))))))....................(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.(((((((((((..((.((((((((((((((((((((....))))......((.((((((....)))))))).................(((((..((((.........))))))))).((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((.((.....(((((((((((((...........)))...)))))).))))....)))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))...)))))))))..)).))))))).........)))).)))...))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.((.((((((((((((((((.....(((..........)))..........((((.((.................(((((...((((.........)))).)))))(((((...((((((.......))))))....))))).............................(((((....................)))))..)).((((((.(((...........))).)))))).))))..................)))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....(((((.((((((...........))).))).))))).....................((((((.........))))))...................(((((((((((((...........)))))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((.((.((((..........))).(((((....)))))................((((((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))..))).........(...)(((((((((.(((...........))).)))))))))................).)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....(((((.((((((...........))).))).))))).....................((((((.........))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((.((.((((..........))(.(((((....))))))...............((((((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))..))).........(...)(((((((((.(((...........))).)))))))))...............)).)))))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((......((((((((..(((((.....(((..........)))..((((....))))....................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((...........))).))))))))).....................((((((.........))))))..............(...).((((((((.(((...........))).)))))))).....................))))).....))))))))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((............((((((..((((((((....(((....)))....((.((((((....)))))))).....................((((((((....((((......))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........))).)))))....)))))))).)))))).(((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(((...........))).)))))))))...........((((((...)))))).........)))))).)))).))).....))))))))).)))...))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((((((((((((((((((....))))......((.((((((....))))))))...(((....)))...((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))).))))))))..........((((((.(......((((((((((....................)))))).)))).....))))))).(((((((((...(((........))).)))))))))....)))))))...))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((..((((((......((((.....((((....((((....)))).........((((((....))))))....................)))).....))))........))))))..((((((((((((((.......)))))).))))))))....))))..((((((........((((((((((....................)))))).))))......)))))).........(((((..((((((((........((((((...))))))...........))))))))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((....((((((((((((((((.....(((..........)))((((((....))))))......(((((.....(((((((...((((.........)))).)))))))((((((((((((.......)))))).))))))......(((...((((((...((((((((.........))))))))..(((.........)))..........)))))).))).))))).........(((.....)))..(((...))))))))))...)))))))))....))))))))............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....((((((((((((((((..........(((......((..((((....)))).)).................(((((...((((.........)))).)))))((((((.(((((...(....)..))).)).)))))).........))).........((((((.........))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.((.((((((((((((((((..((((((.(((((((..(((.(((((....))))))))............((((.....((((((((....((((......))))((((((((((((((.......))))).))))))))).........)).)))))).(((((((((......).))))))))..))))....(..(.((....)).)..)..))))..))).))))))(((..(((.........)))..)))...)))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...........((((((......((((..(((((((....((((....))))......(((.(((((....))))))))..................)))).))).))))........))))))..((((((((((((((.......))))).)))))))))...(((((.((((.(((...))).))))....(((....)))......)))))..)))))).((((((((.(((...........))).)))))))).................((((((.....(((......))).((.((((.((((((....))))))....)))).)).)))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((........))))))(((((((((..((((((.(((......((.((((((....)))))))).............((((.((.((((((((....((((......))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........))).))))).(((((((((......).))))))))..........(..(.((....)).)..))).)))).))).))))))(((..(((.........)))..)))...))))))))))))))..)).))).((((.((((((....))))))....)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))((((((.....((((..))))(((((((.((.((((..))))(((.((.(((((((..))))))))).)))).((((((....((((((..((((((...).).))))))))))((((((((((((((.((..))))))).))))))))).....(((.((((((((...)))))))))))((((((((..(((((...)))))))))).)))...)))))).....((((((((.((..((((((..)))))))).))))))))..)))))))).(((...........)))))))))...((((((...)..)))))))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((.((((((((....(((((((((.(((((.(((.......(((.....(((((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((..(..(((((.......)))))...)..)))).........)))....)))((((((((.........)))))))).((...((....(..(.(((((.(((.(((...........))).)))).))))...)......)..)).))))))))))....)))))))))....))))))))....))))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.....(((((........))))).......(((((................((..(((((....))))).))...............................................((((((((.(((((.......)))))..))))))))....................(((((((.........)))))))................((....))......................................................................................))))).....)))...))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((.((.((((((((((((((((((((....))))......((.((((((....))))))))................((((((..((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...................(((((((((......).))))))))...((.........)).(((((((((.(((...........))).)))))))))....................))))))))...))))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((...(((((((........)))))))(((.((((((.((.((((..((.....((((.....((((((((.(((...........((((.....((((((((....((((......))))((((((((((((((.......))))).))))))))).........))).))))).(((((((((......).))))))))..))))....(..(.((....)).)..)..)))))))))))....((((..(((.........)))..)))).)))).((..((......))..)).))..))))..))))))))))).)))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........)))).((((((..((((....))))......((((....))))....))))))...........(((((...................))))).((((.....((((......))))((((((((((((((.......))))).))))))))).......))))..((((..(((((((((......)).))))))).....((((.((((.((....)).)))).(((((........))))).(((.(((.....)))...((((.....)))).))).))))....)))).......((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......))))).((((((........))))))..((((.......((((aaaaa.....)))).((((....))))))))..................(((.....)))....((((..[[[[))))((((((((((.....)))...<<<<<<..))))))).........>>>>>>.]]]]A.(((((.....AAAA))))).(((.....))).((((.((....)).)))).(((((....{{{.))))).(((.(((.....)))}}}((((.....)))).)))((((..bbb((((....)).))...bbbbb))))...BBBBB..BBB...... |