RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00581

RNA: TMR_00581
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((((((((...(((.((((((((((((.........)))))((((....(((.(((((....)))))))).....)))).......(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))........))))))).)))..((((((((((((..((((........))))..)))))))....)))))........))).))..)))))))).((((...(((.......)))..((((((((....((((((..............))))))..)))))))).)))).....)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........)))))).((((.........))))............((((((....)))))).........((((((((.(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........................((((((((..(((.(.......))))..))))))))................((((((..............................))))))...........................))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((......................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))(((((((.((((((.......))))))..)))))))............................................................................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..((((.(((.((.............((((((........))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))............))....(((((((((.......))))))))).................((((((.((.(((...........))).)).))))))....((....)).........)).))))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........))))))(((((.........))))).........(.((((((....)))))))........((((((((((((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).......((....))..........((((((((..((((.(....).))))..))))))))....((((((......(((((((............................))))))))........)))))............)))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((........(((((......[[[[[..)))))..]]]]]((((.......((((((....)))))).......)))).......(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.[[[[[[)))))).))))))))........]]]]]]....(((((((((.......)))))))))...(((((...[[[[[[....)))))......]]]]]]....))))))))........(((.(((((....((((((...)))))).(((......)))......))))).)))(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........)))))).((((.........)))).........(((.(((((....)))))))).......((((((((.(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).(((..(((....)))..))).....(((((((..((((........))))..))))))).((((...(((.(((((.((.............)).))))).)))...))))..((((((...)))))).(((......)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((.(((..................((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))..................(({{{((([[[[[[[..)))...))..........]]]]]]].}}}.........................................................))))))))))...))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........))))))(((((.........)))))........((.((((((....)))))))).......((((((((...((....((((.........))))((((.(((((((((.(((...(((((...(....(......)....)....)))))....))).))))).)))).))))..((((..(((.(......))))..))))................................................((((((...)))))).(((......))).)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((......((((((........))))))(((((.........))))))))))......((((((....)))))).........((((((((((((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).........(((((....(((((((([[[[[[[..))))))))..........]]]]]]])))))(((((.......(((((((............................))))))).........)))))............)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....(((((..(((((((.......)))))))...)))))..................((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((...........))).)))))))))......................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........))))))(((((.........)))))........((.((((((....)))))))).......(((((((((........(((([[[[..[[[))))((((.(((((((((.(((...((((((.......................))))))....))).))))).)))).))))..((((..(((.((....)))))..)))).....]]]]]]].................(((........))).....((((((...)))))).(((......)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((...(((((...((((..........))))......((((((((...........................((((.............))))..((((((((((((((.......)))))).)))))))).........((((((...(((((((((.......)))))))))............((((.....))))..))))))))))))))...)))))......................((((((...))))))....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((.((.....(((((((........)))))))(((((((.(((.((...((((.....(((.(((((....))))))))..................((.(((((.((((((..(((((.((((.(((((((((.(((...((((((((((...((....))...))))).)))))....))).))))).)))).))))..((((..(((.........)))..))))..)))))))))))..((.........)).......))))).))...))))..)).)))))))))).))))))).)).((.((((.((((((....))))))....)))).)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(((((((((((........))))))((((((((.(((.((...((((.....((.((((((....))))))))..................((.(((((((((((..((((((.((((.(((((((((.(((...((((((((((...((....))...))))).)))))....))).))))).)))).))))..((((..(((.((....)))))..))))..)))))))))))).......(....)........))))).))...))))..)).))))))))))))))))..)).))).((((.((((((....))))))....))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(..)...(((((((.(....)).))))))(((..(((((((.(((..))))(((.((.(((((((..))))))))).))))..(((((((..((......)((((......).))).((((...).))).....((..)).))))))))...(..).((((((..((((..))))..)))))).))))))))...(.((((((((((.(......))))((((((((.......))((((((..((((((.(.............)))))))))))))((((....))))(((....))).).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((......((((((((((((((.(((.((...((((.....((..(((((....))))).))............................(((....((((..((((.(((((((((.(((...(((((.((((...(......)...))))..)))))....))).))))).)))).))))..((((..(((.........)))..))))...))))..)))..................................))))..)).)))))))))))...))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((..(((((((((((........))))))((((((((.(((.((...((((.....(((.(((((....))))))))..................((.((((((((((....(((((.((((.(((((((((.(((...((((((((((...((....))...))))).)))))....))).))))).)))).))))..((((..(((.((....)))))..))))..)))))((((........))))....)))))...))))).))...))))..)).))))))))))))))))..)).))).((((.((((((....))))))....)))).)))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.........(((((((........))))))).(((........((((..........)))).((((....)))).)))......)))).......((((...((((.........)))).)))).((((((((((((((.......)))))).))))))))......((((.......)))).(((.(((((((....................))))))).(((.....))).((((........))))......)))..(((...........(((((.....)))))...((((((..........))))))...(((((.......)))))..)))......
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