RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00584

RNA: TMR_00584
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..((((((((..<<<<)))....>>>>....................................((...(((((.........)))))...))((((((.(((((((.aaaaaa)))))))..))))))..........AAAAAA....((((((((..{{{{{..))))))))..........}}}}}..(((.((((..(((....[[[[[[[)))..)))).)))..........]]]]]]]....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................(((.....)))........................((((((....)))))).................(((((....((((.........))))..)))))(((((((.(((((.......))))).).)))))).......................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.(((.(((((((.....((((((((...((((..(((....((((.........((((...(((((.........))))).)))).(((((((((((((.......)))))).)))))))..))))..((((((((((...((((((((.........))))))))...)).))))))))...)))))))...)))).))))....)))))))....((((........)))).....))))))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........................(((((((((((((((((((...)))....................................................(((((.........)))))....................(((((((.......................)))))))....((((((((.........))))))))...........................................................................)))))))...)))))))))...............(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((......(((.......)))...................................(((((..((((...........)))))))))(((((((..(((...........)))...)))))))....................((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((...........))).))))))))).....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.((((((((((((((((.....((((((((((((..(((((((....))))))..................((((...(((((.........))))).))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...........(........((((((((.........)))))))).........).......................))))).))))))))............................)))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((.....................((((((....))))))..................((((....((((.........))))..))))(((((((.((((((.......))))))..))))))).....................((((((...........)))))).............................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..(((((..((((((............((((........))))...................(((...(((((.........)))))...)))(((((.(((((((.......)))))))..)))))...............))))))((((((((.........))))))))..(((.........)))(((.((((..(((...........)))..)))).))).....................))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........(.((((((((.((.((((((((((((((((.....((((((((((((..(((((((....))))))..................((((.(.(((((.........))))))))))((((((((((((((.......)))))).)))))))).......((((((((((.(.((((((((.........))))))))..))).))))))))...................))))).)))))))).....(((........))).........)))))))...)))))))))..))))))))))..)(((((.......))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.....(((.........)))((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))....................((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((...........))).))))))))).....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((......((((((.(((((.....)))))((((((((......(((....))).((((((...(((((.........))))).))))))((((((...(((((...((((..(((((.(((((.....))))).))))).)))).)))))...(((((...((((.......))))..))))).......)))))).....))))))))))))))....((((........)))).........))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....(((((((((((((((.((((.((((.......))))((((((....))))))..................((((.(.(((((.........)))))))))).(((((((((((((.......))))).)))))))).((((......)))).((...((((((((..((...))))))))))...))....((((((.((((((..............))))))..)))))).((((........)))).....))))))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.....((((((((....(((((([[....[[..))...................((((...(((((.........))))).)))).(((((((((((((.......)))))).))))))).........(((((((((...((((((((.........))))))))...)).)))))))........]]....]]...))))...))))))))............................))))))))...))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((.((.(((((((((((((((.(((.((...((((....((.((((((....))))))))................(((((..(((((.........))))))))))..((((((((((((.......))))))).)))))..(.....(((.(((((.....((((((((((....)).))))))))..............))))))))....).....................................))))..)).))))))))))...))))))))..)))))))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....(((((((((((((((.((((.(((((((........((((((....)))))).................(((((.(.(((((.........)))))))))))(((((((((((((.......)))))).)))))))........((((((((((...((((((((..((...))))))))))...)).))))))))..........................)))))))....((((........)))).....))))))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.....((((((((.......((((((....))))))..........((((((((((((...(((((.........))))).))))))((((((.......(((((((.......................)))))))....((((((((.[[[[....))))))))..(((.........))).....))))))....)))))).))))))))............................)))))))...)))))))))]]]]))))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((((((((((.((.(((((((((((((((((((......))).....((..(((((....))))))).................((((...(((((.........))))).))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...........((((((.............(((((...((((.......))))..)))))............)))))).(((((((.......................)))))))....)))))))))...)))))))..)))))))))).........)))).)))...)))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((.....(((.........)))..........((((.((.................(((((...((((.........)))).)))))((((....((((((.......)))))).....))))..............................(((((....................)))))..)).((((((..((.........))....)))))).))))...................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((b.((kkkk(((((((((jjjjjjjj(...eeeeeeee(.((((ffffffff(ddddddddd.ddddddddddddd(....ggg.))){{{{{{{(()DDDD.ccccc(.)))).iiiee)}}}eeeeeeee(aa..aaaaaa))))))))EEEEEEEE}DDDD.EEkkkkk(..lllllllllllll())EEElllllll.)D.}}}))DDDDD)IIICC.CCCBLLLLLAAAADDDDDD[[[[DDFFFFF(((((((((()LLL..AAEEEE.))GGGEJJJJJJJJKKKK).AA)))))))))).LLLLLLLLLLFFF))))))).LLKKKKK.]]]].
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((.......)))............(...(........................(.((((.........)))).)....((((((...(((...........)))....))))))....................((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((...........))).))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((.......)))............(...(........................(.((((.........)))).)....((((((...(((...........)))....))))))....................((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((...........))).))))))))).................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((....(.(((.......))))..((((....)))).((.................(((((..((((...........)))))))))((((((...(((...........)))....))))))..........))........((((((((.........))))))))............(...)(((((((((.(((...........))).))))))))).....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).(((((((.......((((((((((((((......(((.......)))...((((....)))).((...................))...((((...........)))).....((((((...(((...........)))....))))))....................((((((((.........))))))))............(...).((((((((.(((...........))).))))))))......................)))))))...))))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((((((((.((((.((((((..((((.....)))).((((((((.(((.............((((((...(((((.........))))).))))))((((((((.(((((...((((..(((((.(((((.....))))).))))).)))).)))))...(((((...((((.......))))..)))))..))...))))))..)))))))))))))))))....((((........)))).....))))))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((((((((.((((.((((((..((((.....)))).((((((((.(((.............((((((.(.(((((.........))))))))))))((((((((.(((((...((((..(((((.(((((.....))))).))))).)))).)))))...(((((...((((.......))))..)))))..))...))))))..)))))))))))))))))....((((........)))).....))))))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))((((((((.((...(((((((((((((.((((.((((((..((((.....)))).((((((((.(((.............((((((...(((((.........))))).))))))((((((((.(((((...((((..(((((.(((((.....))))).))))).)))).)))))...(((((...((((.......))))..)))))..))...))))))..)))))))))))))))))....((((........)))).....))))))))))))...)))))....))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((.....)))))((((((((.(((.............((((((.(.(((((.........))))))))))))((((((((.(((((...((((..(((((.(((((.....))))).))))).)))).)))))...(((((...((((.......))))..)))))..))...))))))..)))))))))))))))))....((((........)))).....))))))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.(((....(((((((((.((((((((((((..(((((((.((....((.(((...(.(((((((..)))))))(((.((((((..........((((...))))(((((((.(((((...((....)).)))))(..........))))))))).))))).))))....)))))((.(.((((((((((((.....)))...((((..))))((((((.((((((..............))))))..))))))((..)))))))))))).))))).).))))).....)))))))))).)))))))))))((((((((...)..)))))..))))).)))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((.(.(((.(((.............................................)))....)))......)..........((((....((((.........))))..))))((((((.(...(((.......)))..)...))))))((......(...((..(...((((((((.........))))))))...)..)).)..)).(.(((.((((...((...........))...)))).)))...)...........(((((....(((...(((.(((........))).))).)))))))))))).)))...)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.(((((((((((((((.((((.((((((..((((.....))))..(((((((.(................(((((.(.(((((.........))))))))))).(((((..(((((.......)))))...)))))......................((((((((.........))))))))................................)))))))).)))))).....(((........)))......))))))))))))...)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((......(((.......))).((((((....))))))..................((((...(((((.........))))).)))).(((((((((((((.......)))))).))))))).....................((((((((.........))))))))..(((.........)))(((.((((..(((...........)))..)))).))).....................)))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((..((((((((((((((.((((.((((((.........((((((....))))))..........((((((.....(((((((((((((.........(((...((((((((((((((.......))))).)))))))))....)))........((...((((((((..((...))))))))))...)).....)))))).)).))))).......))))))...))))))....((((........)))).....))))))))))))...))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........))))..(((((..(((.............))).(((.(((.......))).((((((....))))))......)))...........(((..(((((.........))))).((((.(((((((((((((.......))))).)))))))).((((......))))...)))).........(((((...((((.......))))..)))))..((((((...((((..............))))...((((........))))....((((....))))....)))))).))).))))).((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........)))).((((((((.....))).((((((.....))).(((.......)))...((((....)))).(((..............bbbbbb)))(((((...ccccc.))))).CCCCCB.....(((BBB..)))......BB)))...(((((..{{{{.....)))))....}}}}((((((((((...((((.......))))..)))))..((((((((.<<<<.....)))))))).>>>>...dddd.)))))..DDDD....((((.aaa))))...........AAA..))))).[[[.[[[[........))).]].]]]]]....

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