RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00586

RNA: TMR_00586
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..((((((((([[[[))))......]]]]...................................((.(((((((.........))))))).))((((((.(((.(((.<<<<<<))).)))..)))))).........>>>>>>....(((((.((...{{{{{..)).)))))..........}}}}}..(((((...(.(((....aaaaaaa)))..)..))))).........AAAAAAA....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................((((....))))......(((.(((((....))))))))................(((((...((((.........)))).)))))(((((((.((.(((.......))).))..))))))).....................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((((((.((((..((.((.....(((((.((((....(((.(((((....)))))))).....)))).....((((((..((((((.........))))))))))))...........))))).))))...))))...))))))....(((((..(((((((((......(((((.....((((((..(((.((....)))))))))))...(((((.((((...........))))))))).....))))).......))))))))).......)))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............................(((((((((.....................................................(((((((..(((((.........)))))))))))).............((((((........................))))))....((((((((..........)))))))).................(((((((((((((...........)))))))))))))....................)))))))))..........................................)))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((......(............)...(((......)))....................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......))))))).))))))).....................(((((((........)))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....((((.(((((((.....((....)))))))))))))((((((....))))))..................((((..((((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).)))))))..............(((((((((.((...(((((.....((.((((((.(((..((.((((((((.......)))..)))))))..))))))))).))........)))))....)).)))))))))...............))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((((((((......................((((((....))))))..................(((((..(((((.........))))))))))(((((((.((.(((.......))).))..)))))))...................(((((................)))))...........................................................................))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((((((..((((.(((.((...............((((........)))).............(((((((((.(((((((.........))))))).))((((((((((.(((.......))).))).))))))).............((...(((.........)))....))....)))))))............(((((((((.(((...........))).)))))))))...............)).))))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((.(((((((.....((....)))))))))))))((((((....))))))..................(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).)))))))..............(((((((((.((...(((((.(.(.((.((((((.(((.(((.((((((((.......)))..)))))))).))))))))).)).)....).)))))....)).)))))))))..........)....))))))))...(((((.......))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(.((((((((((((((((.....(((..........)))((((((....))))))..................(((((...((((.........)))).)))))((((((((((((((.......)))))).))))))))...................((((((((..........))))))))..(((.........)))(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((.(((((((........[[[[.))))))))))))............]]]].................(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.[[[[[[))).))).))))))).........]]]]]]..........((((((((((.((((..((((((.(((.(((((.(((((((.....))))..)))))))).)))))))))..(((.......))).........)))).))))))).......))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....(((((((((((((((.(((.((...((((.....(((.(((((....))))))))...........((((.(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).))))))).........(((((((........)).)))))..)))).((.((((((.(((.(((.(((((((((.....))))..)))))))).))))))))).))..........))))..)).)))))))))))...)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((..(((((......................((((((....))))))..................(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).)))))))..............[[..........................((((((.(((.((((.(((((({{.......))..)))))))).)))))))))}}.......................)))))]]...))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((.((.(((((((((((((((.(((.((...((((....(((.((((((....)))))))))...............(((((..(((((.........))))))))))..((((((((((((.......))))))).))))).......(((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))..............)))))))).........................................))))..)).))))))))))...))))))))..)))))))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....(((((((.(((((((.(((.......((((....((.((((((....)))))))).....)))).......(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).))))))).........(((((((........))).))))..........((((((.(((.((((.((((((((.....))))..)))))))).)))))))))..(((.......))).......))))))))))....)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((((((((.....)))..))))).(((((............((((((....)))))).............[[[[[[[.......))))).........(((((((((((((((.((((....)))).........)))))))..............((((((((((((((..(((((........]]]]]]].....)))))............)))))..(((((((......................)))))))...)))))))))......)))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((((((((((....(((((((((((((((.(((.((....(((......((.(((((....))))))).................((((..((((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).))))))).........((..............))...((((((((.(((.....))).))).)))))..(((((((((.(((...........))).))))))))).........)))...)).)))))))))))...)))))))....)))))))).........)))).)))...)))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.((((((((((((((((.....(((..........)))..........((((.((.................(((((...((((.........)))).)))))(((((...((((((.......))))))....)))))..............................(((((....................)))))..)).((((((.(((...........))).)))))).))))..................)))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((....((((..........)))).((((....)))).((.................(((((...((((.........)))).)))))((((((.((((((.........))))))..)))))).........))..........(((((((........)))))))..............(...)(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((..........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))..)))))).....................(((((((........)))))))...................(((((((((.(((...........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....((((((((((((((((....((((..........)))).((((....)))).((.................(((((...((((.........)))).)))))((((((.((((((.........))))))..)))))).........))..........(((((((........)))))))..............(...)(((((((((.(((...........))).)))))))))....................)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).(((((((......((((((((..(((((.....(((..........)))..((((....))))....................(((((...((((.........)))).)))))((((((..(((((.........)))))...)))))).....................(((((((........)))))))..............(...).((((((((.(((...........))).)))))))).....................))))).....))))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((...((.(((((.(((((.(((((((.((.......)).))))))))))))...(((((((..((((.................(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).))))))).......(((((.(((........))).(((((((.((((..((((((.(((.(((.(((((((((.....))))..)))))))).)))))))))..(((.......))).........)))).)))))))...))))))))))))))))..))))))))))).)))...)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((.((((((((.((((((...........((((....((.((((((....)))))))).....)))).......(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).)))))))..........((((((........))).)))...........((((((.(((.((((.((((((((.....))))..)))))))).)))))))))..(((.......)))..........))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((...(((((............((((....)))).........((((((....))))))............................)))))........(((((((((..............((((((........................)))))).............(((((((.((((......................((((.....))))....(((((((......................)))))))....)))).))))))).))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))((((((((.((((((((.(((((...((....((((((((((((((((.(((((((..))))))))).))))))))..)......(((((((((((......).)))..(..((((((((((((((((.((..))))))))).)))))))))..).(((((..)))))..))))))).)))))...)).(.((..))(((.(......))))(((((((((((((...........)))))))))))))....((((..((.......)).))))..)))))))))))).))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((..(((..((((..((..((..........))..))...)))).....))).(((..(((...((((....((((.....(((.(((((...((((.........)))).)))))(((((((((.(((.........)).))).)))))))((.........((..(...(((((.((..........).)))))).)....))....)).(.(((((((((.(((...........))).)))))))))...).......((((((...)))))))))......)))).)))).)))...)))......)))).)))...)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.(((......................(((...............))).........(((......)))....................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.(((.......))).))).))))))).............(((........)))..((((((.((((..((((((.(((.((((.((((((((.....))))..)))))))).)))))))))..(((.......))).........)))).))))))..............................))).)))...)))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((....(((((((((((((((.((((....))))......((.((((((....))))))))................(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).)))))))...................(((((.((((.....)).)).)))))..(((.........)))(((((((((.(((...........))).))))))))).....................)))))))...))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((...((.(((((.(((((.(((((((.((.......)).))))))))))))...(((((((..((((.................(((((..(((((.........))))))))))((((((((((.(((.......))).))).))))))).......(((((.(((........))).(((((((.((((..((((((.((..(((.(((((((((.....))))..))))))))..))))))))..(((.......))).........)))).)))))))...))))))))))))))))..))))))))))).)))...)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........)))).((((....((((....))))......((((....))))......)))).((((....))))...............((((..((((..(((((.........))))))))).(((((((...((((.......)).))...))))))).........(((((((........)).)))))..)))).....((((.....)))).((((.((((.....)))).((((.........))))...))))..((((....(((((.....))))).((((....))))......)))).(((.(((((.......)))))....)))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((........)))).(((..<<<<<...))).((((..>>>>>..)))).((((.......((((((....)))))).......))))..{{{..(((((...((((.........)))).))))){{{{{{{.((((....))))..))))...}}}}}}}(((......(((((((........)).))))).(((....))).(((}}}..))).......((((.....)))).))).......(((....[[[.[[[[......)))(((((.....)))))..(((....)))]]]]]]]....((((.(((((.......)))))....))))...

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