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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00587



RNA: TMR_00587
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))...((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))....)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((..(((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).)))......(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((..((((....))))...)))))))))..............))....)))))).....)))...)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((...((((((((((.................(((((((.........................................(((....)))..(((((((((....)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((....((....)))))))))))).....))))))).....(((((((((.(((((....)))))..)))))))))................(((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...........((..((((((............................................................((((((.........)))))).((((((.((((((..........))))))..)))))).............................................................................(........).................................)))))).....))..............)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((..(((.(.((((((((((.......))))).......................((((...............(((((((.........)))))))((((((((((((((........))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))....(((((((((.(((........)))..)))))))))....................)))))....).)))...)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((...(((((((((((((...((((((((...(((((((.........................................(((....)))..(((((((((.().)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(....((((((((((....((....))))))))))))....)))))))).....))))))))...))).((((((.....(((..........)))...))))))(((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).)))......(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((...((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...............(((((((.........)))))))(((((((((((((((......)))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.((((......))))..))))))))).................[[.)))))).....))))..))))]].)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((((..(..........)....(((((.......)))))....................(((((((...(((....)))...((((((.........)))))).((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(....((((((((((............))))))))))....)....))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))................(((((((.((((.....)))))))))))))))))))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...((((..))))...((((((.........))))))((((((((((((((((((..)))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((.[[[[[[[)))..)))))))))..........]]]]]]]...)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((...........))))).........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((((((........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((((((........))).))))))))))................))..))))))....))).)).)........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((...........))))).........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((((((........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((.(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)).)........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((...((((((((((..................(((((.......)))))....................(((((((...(((....)))..(((((((((....)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.((((.[[[[[))))..)))))))))...........]]]]](((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...((((........))))..................(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((........))))..((...(((((....(((......)))......((.....)).............)))))....))...)))))))).(((((.........))))).(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).......(((((...((((((((((............))))))))))..........(((....(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....)))......((.(((((((.((((.....))))))))))).))))))).(((((((((........))))))..)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))..........)))..((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..)).....(((((((((((((((((((((((((..))(((((.......)))))..((..))((((..))))...)))))((((...)))).((...(((((((((..))).))))))..)).((....)))))))))))((.(((((..............)).))).)).(((((.(....))))))(((((((....((((((......))))))(((.(((((((((((((......)))).)))))))))...)))....))))))).((((((.(((((...)))))))))))...)))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((.((((..((((((........................((...........(((((((...(((....)))...((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((..((....))..))))).)))))))..........((....((((((((((............))))))))))....))...))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((........)))).((((..........))))((((.......)))).........................)))...((((........)))).(((..........))).(((((((((((((((((....))))))))).))))))))..((((.........((((((.....))))))..((((.....(((((........)))))...(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....))))......(((((((((.((((.....)))))))))).)))..))))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((({{{{{....((((...[[[[[)))).((((..........))))((((.......)))).......................))))....((((.]]]]]..))))(((.........)))...(((((((((((((((((....))))))))).))))))))....................}}}}}.(((((....)))))...(((((........)))))...(((((((((.....<<<<<<<.....)))))))))..........>>>>>>>..((((.((((.....)))))))).(((.....((((((.aaaa.))))))...AAAA.)))......