|
|
|
GGGGGCGAUACGGGUUCGACGGCAAGAGCAGGCAAAGGGAAGCAUGCCGUAGAAGGCCACUACGUAAAAAACCAAAACAAAACAAUUCCCGAACGCGAAAUCGCUCUCGCUGCUUAAUUAACGCAGCGACGUCCUACCCGGUUUGCCUGUAGGCUGGGAUAGGGCGUAAGACAUACAGGAUAGGAGGUUGCCAACCUCCCCUGAGGUAACCUCCGAAACUCUACGGGGAUAGCUUCUCUCCUCCUGCCUGUGGGAAAGAGAGAAGCGAAACUCAAACACAGGCUAAGCAUGUAGAUGCCCUACUGCUUAGGCUCUUGUCGGACGGGGGUUCGAUUCCCCCCGCCUCCACUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((.(.((((((((((..<<...))))).......>>.................................(((((((.........)))))))(((((..(((((((..aaaaaa)))))))...))))).......AAAAAA...((((((((((....{{{{{...))))))))))..........}}}}}..((((.(.(..(((.[[[[[[[)))..).)..))))..........]]]]]]]...)))))....).))))..)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))...((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))....))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((..(((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).)))......(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((..((((....))))...)))))))))..............))....)))))).....)))...)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...((((((((((.................(((((((.........................................(((....)))..(((((((((....)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((....((....)))))))))))).....))))))).....(((((((((.(((((....)))))..)))))))))................(((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((...........((..((((((............................................................((((((.........)))))).((((((.((((((..........))))))..)))))).............................................................................(........).................................)))))).....))..............)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((..(((.(.((((((((((.......))))).......................((((...............(((((((.........)))))))((((((((((((((........))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))....(((((((((.(((........)))..)))))))))....................)))))....).)))...)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...(((((((((((((...((((((((...(((((((.........................................(((....)))..(((((((((.().)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(....((((((((((....((....))))))))))))....)))))))).....))))))))...))).((((((.....(((..........)))...))))))(((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).)))......(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...............(((((((.........)))))))(((((((((((((((......)))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.((((......))))..))))))))).................[[.)))))).....))))..))))]].)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((((..(..........)....(((((.......)))))....................(((((((...(((....)))...((((((.........)))))).((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(....((((((((((............))))))))))....)....))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))................(((((((.((((.....)))))))))))))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...((((..))))...((((((.........))))))((((((((((((((((((..)))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((.[[[[[[[)))..)))))))))..........]]]]]]]...)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((...........))))).........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((((((........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((((((........))).))))))))))................))..))))))....))).)).)........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((...........))))).........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((((((........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((.(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)).)........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...((((((((((..................(((((.......)))))....................(((((((...(((....)))..(((((((((....)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.((((.[[[[[))))..)))))))))...........]]]]](((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))((((((...).))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...((((........))))..................(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((........))))..((...(((((....(((......)))......((.....)).............)))))....))...)))))))).(((((.........))))).(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).......(((((...((((((((((............))))))))))..........(((....(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....)))......((.(((((((.((((.....))))))))))).))))))).(((((((((........))))))..))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))..........)))..((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..)).....(((((((((((((((((((((((((..))(((((.......)))))..((..))((((..))))...)))))((((...)))).((...(((((((((..))).))))))..)).((....)))))))))))((.(((((..............)).))).)).(((((.(....))))))(((((((....((((((......))))))(((.(((((((((((((......)))).)))))))))...)))....))))))).((((((.(((((...)))))))))))...)))))))))..((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..((((((........................((...........(((((((...(((....)))...((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((..((....))..))))).)))))))..........((....((((((((((............))))))))))....))...))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(((((((........)))).((((..........))))((((.......)))).........................)))...((((........)))).(((..........))).(((((((((((((((((....))))))))).))))))))..((((.........((((((.....))))))..((((.....(((((........)))))...(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....))))......(((((((((.((((.....)))))))))).)))..))))....(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((({{{{{....((((...[[[[[)))).((((..........))))((((.......)))).......................))))....((((.]]]]]..))))(((.........)))...(((((((((((((((((....))))))))).))))))))....................}}}}}.(((((....)))))...(((((........)))))...(((((((((.....<<<<<<<.....)))))))))..........>>>>>>>..((((.((((.....)))))))).(((.....((((((.aaaa.))))))...AAAA.)))...... |