|
|
|
GGGGGCGAUACGGGUUCGACGGCAAGAGCAGGCAAAGGGAAGCAUGCCGUAGAAGGCCACUACGUAAAAAACCAAAACAAAACAAUUCCCGAACGCGAAAUCGCUCUCGCUGCUUAAUUAACGCAGCGACGUCCUACCCGGUUUGCCUGUAGGCUGGGAUAGGGCGUAAGACAUACAGGAUAGGAGGUUGCCAACCUCCCCUGAGGUAACCUCCGAAACUCUACGGGGAUAGCUUCUCUCCUCCUGCCUGUGGGAAAGAGAGAAGCGAAACUCAAACACAGGCUAAGCAUGUAGAUGCCCUACUGCUUAGGCUCUUGUCGGACGGGGGUUCGAUUCCCCCCGCCUCCACUC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((.(.((((((((((..<<...))))).......>>.................................(((((((.........)))))))(((((..(((((((..aaaaaa)))))))...))))).......AAAAAA...((((((((((....{{{{{...))))))))))..........}}}}}..((((.(.(..(((.[[[[[[[)))..).)..))))..........]]]]]]]...)))))....).))))..)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))...((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))....))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((..(((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).)))......(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((..((((....))))...)))))))))..............))....)))))).....)))...)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...((((((((((.................(((((((.........................................(((....)))..(((((((((....)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((....((....)))))))))))).....))))))).....(((((((((.(((((....)))))..)))))))))................(((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((...........((..((((((............................................................((((((.........)))))).((((((.((((((..........))))))..)))))).............................................................................(........).................................)))))).....))..............)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((..(((.(.((((((((((.......))))).......................((((...............(((((((.........)))))))((((((((((((((........))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))....(((((((((.(((........)))..)))))))))....................)))))....).)))...)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...(((((((((((((...((((((((...(((((((.........................................(((....)))..(((((((((.().)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(....((((((((((....((....))))))))))))....)))))))).....))))))))...))).((((((.....(((..........)))...))))))(((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).)))......(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(((..((((((((((............)))))))))).....))).))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...............(((((((.........)))))))(((((((((((((((......)))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.((((......))))..))))))))).................[[.)))))).....))))..))))]].)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((((..(..........)....(((((.......)))))....................(((((((...(((....)))...((((((.........)))))).((((((((((((((((....))))))))).)))))))...........(....((((((((((............))))))))))....)....))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))................(((((((.((((.....)))))))))))))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...((((..))))...((((((.........))))))((((((((((((((((((..)))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((.[[[[[[[)))..)))))))))..........]]]]]]]...)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((...........))))).........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((((((........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((((((........))).))))))))))................))..))))))....))).)).)........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((...........))))).........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((((((........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((.(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)).)........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...((((((((((..................(((((.......)))))....................(((((((...(((....)))..(((((((((....)).)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.((((.[[[[[))))..)))))))))...........]]]]](((((((.((((.....))))))))))))))))))))))))((((((...).))))).))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......)))))....................(((((((...((((........))))..................(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....................)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((........))))..((...(((((....(((......)))......((.....)).............)))))....))...)))))))).(((((.........))))).(((((((((((((((((....))))))))).)))))))).......(((((...((((((((((............))))))))))..........(((....(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....)))......((.(((((((.((((.....))))))))))).))))))).(((((((((........))))))..))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((((.((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))(((((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))..........)))..((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..)).....(((((((((((((((((((((((((..))(((((.......)))))..((..))((((..))))...)))))((((...)))).((...(((((((((..))).))))))..)).((....)))))))))))((.(((((..............)).))).)).(((((.(....))))))(((((((....((((((......))))))(((.(((((((((((((......)))).)))))))))...)))....))))))).((((((.(((((...)))))))))))...)))))))))..((((((...)..)))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..((((((........................((...........(((((((...(((....)))...((((((.........))))))(((((((((((((((((....))))))))).))))))))...............((((((((((............)))))))))).........))))))).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((.((((..(((((((((((.......))))).......((...........(((((((...(((....)))..(((((((.........)))))))((((((((((((..((....))..))))).)))))))..........((....((((((((((............))))))))))....))...))))))).(((((((((.((((......))))..)))))))))..............))....)))))).....))))..)))))..))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(((((((........)))).((((..........))))((((.......)))).........................)))...((((........)))).(((..........))).(((((((((((((((((....))))))))).))))))))..((((.........((((((.....))))))..((((.....(((((........)))))...(((((((((.(((((....)))))..)))))))))....))))......(((((((((.((((.....)))))))))).)))..))))....(((((.......))))).)))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((({{{{{....((((...[[[[[)))).((((..........))))((((.......)))).......................))))....((((.]]]]]..))))(((.........)))...(((((((((((((((((....))))))))).))))))))....................}}}}}.(((((....)))))...(((((........)))))...(((((((((.....<<<<<<<.....)))))))))..........>>>>>>>..((((.((((.....)))))))).(((.....((((((.aaaa.))))))...AAAA.)))...... |