RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00594

RNA: TMR_00594
Rfam family: tmRNA

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.........((.((.(((.(((....))).))).))))..(((((..((.(((((......)))))........(((((............((((((......))).)))......(((((..(((((....((((((((((..(((((.......((((....))))(((((.......(((((((.(((.....))))))))))........)))))..)))))((((((((((.....))..))))))))..........)))))))).)).((((.......))))......))))).)))))....))))).......))..))))).....((((((((..............((((((....))))))))))))))))))....))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((.((((((((((((.((((((((((((((....))).....(((((((...............))))))).....((((....((((......))))..))))...)))))))......((((......))))...))))........))))))..(((((((...((((..(((((.((((((..((............))..))))))....((((((((((...........)))))))))).......)))))..)))).(((((.......)))))....)))))))...(((((.........)))))...))))))))).((((((((.((....)).....((((((....))))))))))))))))))))....
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(..(((...((((...((((((((((((........))))))...................................................(((((...((......((((((((((...((((........(((....))).......((((((..(((...........)))..))))))..............))))(((((((((...........))))))))).........)))))))).))(((((.......))))).......))..)))))....................))))))......))))..)))...)..))))))))...(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((.[[[[[[[.(((.(((....))).)))))).......]]]]]]].(((((((....[[[[[......)))))))............]]]]]........(((((....(((((((((((....((((......))))....)))))....((((....))))))))))[[[[[[...)))))(((.....)))..]]]]]].................((((((((((...[[[[[[[[))))))))))..........]]]]]]]]..(((.[[[[[[.)))......]]]]]](((.[[[[[.))).....]]]]].............((((((((..............((((((....))))))))))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((.((((((((((....))).(((..((((....(.((((((.((...)))))))))..))))..)))..............((((((......))).)))....(((((((((((....((((......))))....)))))....((((....)))))))))).(((((.((((((.(((.....)))))))))............(((((((((((((((.((((.....(((.....)))....)))).)))))).))))))))).((((((.((.....)))))))).(((......)))..))))).....)))))))))).((((((((..............((((((....))))))))))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..................(((....)))................((((((........)))))).............................(((......)))..........(((((..(((((....((((((((((...............((......))....((.((((((..(((...........)))..)))))).))..............((((((((((...........))))))))))........)))))))).))(((((.......))))).....))))).)))))..........................................................(((((.......))))))))))))....
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............((((((((((.......(((((((.........((((((.[[[[[..))))))........(((((...............((((......)))).)))))...))))))))))).......((((((((..............(((((.......(((((.((((((.....]]]]]...........)))))).......))))).....((((((((((...........)))))))))).)))))..))))))))...(((((.......)))))......((((((..((((..)))).....)))))).))))))....((((((((..............((((((....))))))))))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((((jjj.((((((((((..iiiiiiiiic((ggggggg((((((eeeeeee.))))))........gggg(.nnn...nnn(aaaaaaaa([[[[.))))C)))))...)AAAAAAA...mmAN)NNNN.bbb((d.(({{{{)D))})NG<<<<...)))))))).)GGG..(((((((....(((((.fffffffff)))))...hhh((((((((((lllllllllFFFFFFFFF}}})..>>>>)G.EEEEEEEBBB)))))))))).....)))))))MM.JJJ.))))))).(((((LLLLLLLLL)))))((.GGGGGG)..kkkkkkkkk.]]]].))....HHH((((..IIIIII...KKKKKKKKK..))))III
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.........((((.(((.((((((......(((((...................))))).........(...(................................((.((((......)))).))............................((((((..(((..........)))...))))))...................((((((((...........))))))))........................(((((((....(((........)))......)))))))........))..))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............((.(((.(((....))).))).))..(((((((..((.(((((......)))))........(((((............((((((......))).)))......(((((..(((((....((((((((((..(((((.......((((....))))(((((.......(((((((.(((.....))))))))))........)))))..)))))((((((((((.....))..))))))))..........)))))))).)).((((.......))))......))))).)))))....))))).......))..)))))))...((((((((..............((((((....))))))))))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((.((((((((((....))).(((..((((....(.((((((.((...)))))))))..))))..)))........(((...((((((.(...)))).)))))).(((((((((((....(((((...).))))....)))))....((((....)))))))))).(((((.((((((.(((.....)))))))))............(((((((((((((((.((((.....(((.....)))....)))).)))))).))))))))).((((((.((.....)))))))).((([[[...)))..)))))]]]..)))))))))).((((((((..............((((((....))))))))))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....(((((..((((..(((((((.....(((((......)))))........(((((......((((....((((......))))..))))...(((((..(((((......((((((((..............(((((.......(((((.((((((.((((..........))))..)))))).......))))).....((((((((((...........)))))))))).)))))..))))))))...(((((.......))))).....))))).)))))....)))))...........))))))).....)))).))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.......((.((.(((.(((....))).))).)))).((((((..((.(((((......)))))........(((((............((((((......))).)))......(((((..(((((....((((((((((..(((((.......((((....))))(((((.......(((((((.(((.....))))))))))........)))))..)))))((((((((((.....))..))))))))..........)))))))).)).((((.......))))......))))).)))))....))))).......))..))))))......))))..........))).(((.....(((((.......))))).))).......
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(.((...))...((((((......)))))).(((......)))((..))((((((((.(((......)).).))))))))....((..))(((((((....)))).)))...((((((((((..((((((((.(((((((..((((......))))(..)..((((...((..))..))))((..(((.(..(((...)))).)))..(..(..).(((((...............(((((((......................)))))))))))).((((((..........)))))).).....((((..)))))))))))).).))))).)))..(..)((...))))))).))))).(((((......)..)))).)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.........((..(((((((((....))).(((..((((....(.((((((.(.....))))))))..))))..)))..............((((((......))).)))......(((((..(((((....((((((((((....(((........(((....))).(((((.......(((((((.(((.....))))))))))........)))))..))).(((((((((...........))))))))).........)))))))).))(((((.......))))).....))))).)))))...................)))))).))..((((((((.((....)).....((((((....))))))))))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((.(((((((.((....))..((((.((((....(.((((((.(.....))))))))..)))).(((...............((((((......))).)))......(((((..(((((....((((((((((..(((((.......((((....))))(((((........((((((.(((.....))))))))).........)))))..)))))((((((((((.....))..))))))))..........)))))))).)).((((.......))))......))))).)))))))).))))...........)))))))))).((((((((..............((((((....))))))))))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))......(((.(((((....)))))..((((....))))...(((((......)))))..)))...(((................((((......))))..(((.......))).)))...((((......))))...((((......((((....))))......((((((.((((..........))))..)))))).......(((((.....))))).))))...((((((((....................)))))))).(((((.......)))))....((((.....)))).((((...............))))......(((((...........)).))).(((.(((((.......)))))....)))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....))).(((.aaaaaa..))).AAAAAA..............((((((bbbbbb..)))))).........BBBBBB.............((((......))))..(((..fffff))).((((..((((..ccc.)))).(((.CCC..)))((((....)))).FFFFF.(((((.((((...eeeeee.))))..)))))........EEEEEE....[[[[[))))....((((((((.....]]]]]..........)))))))).(((((dddddd.)))))....DDDDDD.)))((((.((({{{............))).<<<<..(((((...........)).))).)))).((((>>>>...))))..}}}.......

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