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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00596



RNA: TMR_00596
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((..((((((((((((.......(((..(((((........(((((((...............)))))))............)))))....)))......)))))))).....))))((((((((((((((...(((..((((......))))..(((((.((((((((((((...)))..))))))))).......((....)).)))))))).....((((..((((((...((((.(((((((.............)))))))..((((((((..............))))))))..))))..))))))....))))..))))))..((((....)))).......))))))))))))..)))..)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((...((((((((.............((((..((((((........))))))...........................))))..............))))))))....(((((((....)))))))..........(((......)))...(((((((((((((((...........)))))))))...............)))))).((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).))))))))...((((((((..............))))))))(.((((.....)))).)))........((..(((.......))).))......(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((....)))............((((.((((((........)))))).............................((((......)))).............................................................(.(((((((((...........))))))))).)...........(((..(.(((((....................)))))................)..)))............................(((((..........)))))....))))........................)))))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(...((.((...(....((((((......(((((((...............)))))))...........(((((...........(((((..........((((((......)))))).....((((............))))((((((.((((((((...........)))))))..........(....))))))))...)))))....(((((((((..((.......))..)))))))))..((((.........))))...)))))...(((........))).............)))))).......)..))))....)..))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((((((.............((((..((((((........))))))...........................))))((((......)))))))))))).)).(((((((....))))))).........((((......))))..(((((((((((((((...........))))))))).......((....)))))))).((((((((.(.(((((((((..((.......))..))))))))))))))))))...((((((((..............))))))))(.((((.....)))).)))))....(((((.(((.(....)))))))))....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..[[[....)))).((((...(((....)))....))))..]]].....(((..[[[[[[[.)))...........]]]]]]].......(((......[[[[.)))..]]]].....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...[[[[[[..)))))))))..........]]]]]].....(((((.......[[[[[[[[...)))))....]]]]]]]]...(((.....[[[[..)))(((((........)))))(((((..(((.((((.....)))).)))..))))).]]]].((((....))))...(((((.[[[[[)))))..]]]]]...........
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((...(((....)))....)))).......((((((((........))))))...........(((((((.......................................(((((((....)))))))..........((........))...(((((((((((((((....[[[[...)))))))))...........]]]])))))).((((((((...((((((((...((.......))...)))))))).))))))))................................((.((((.....)))).)).............(((.......))).)))))))..{{{{....)).}}}}.)))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(.((((...(((....)))....)))))........(......((........)))...........(((((((...........((((((......)))).....)).....(((((((....))))))).........((((......))))..(((((.(((((((((...........)))))))))......(......)..))))).((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).))))))))......(((((........)))))(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......(((......))).)))))))..((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.....[[[[[[[((((((((.............((((..((((((........))))))...........................))))((((......))))))))))))....(((((((....)))))))....................[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[....)))))..]]]]]]]]]...............]]]]]].((((((((...(((((((((...............))))))))).))))))))...((((((((..............))))))))........]]]]].]]]]]]]...........(((((..))))).........(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.((((...(((....)))....)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((..........(((((....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...[[[[[[..)))))))))..........]]]]]]...((.((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))).))...)))))..))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.((((...(((....))).{{{)))))).............}}}......................(((((((........(((..((((......))))............(((((((....))))))).........((((......))))..((((((((((((((((((...)))..)))))))))...............)))))).((((((((...(((((((((...............))))))))).))))))))......[[[[[....))).]]]]](((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......((((....)))).))))))).(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((........((((.....((((......((((((........))))))...))))..(((((..............(((((((......((((((...(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...........)))))))))........................)))))).......))))))).....(((((((.............))))))).....(((((........)))))........))))).)))).....)))))))...((((((..((((....))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.(((((..(((....)))..).)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((((((......)))).....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))........(((((.((((((..((.............))..))))))...((.((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))).)).)))))....))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...))).))).((((...(((....)))....))))((.((((((((((.(((((......)))))..........(((((((..((((..(((((((((......)))).....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))........(((((.((((((..((.............))..))))))...((.((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))).)).)))))....)))))))))..(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......((((....)))).)))))))......)))))).))))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.(((((..(((....)))..).)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((((......))(((((..(((((....(((((((....)))))))....(((..((((......))))..(((((((((((((((...........))))))))).....((......)))))))))))((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))))))...)))))..))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(.(.(((((..(((((((((((((((.....(((((...)))))((..))(((((.((.(((......)).).)).))))).(...........).((((......))))))))))..).)))).)))).(((((((((((((((.(..)(((((((...((.((((((.......))))))))..))))))).)))).(((.............).)).((((((.....((.......))..)))))).)))).)))...)))).(((((((...(((((((((..............)))))))))....))))))).))))).)......((((.(((((..)).)))))))...((((.(((...))))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.(((((..(((....)))..).)))))).(((((((((..(((((......)))))..........(((((((........(((((...........((((...........(((((((....)))))))..........(((......)))...((((..(((((((((...........))))))))).................))))...(((((....(((((((((...............)))))))))..)))))........))))...)))))......(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......(((......))).))))))).......))))).)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.((((...(((....)))....)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((..........(((((....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...........)))))))))........((((.((((.((((((((.......((((((....)))))).......)))))...)))))))))))......)))))..))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))...((((...((.........)).))))...((((((......(((((((...............)))))))................((((......)))).....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...........))))))))).............(((((.............))))).(((....((((........)))).((((......)))).)))..(((((........))))).(((((..........)))))...))))))....(((((..((((....)))).........(((((.......))))).))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....))).(((bbbbbb...))).....))).(((.....)))..((((((.{{{{{..)))))).........}}}}}.......((((.[[[[[.....)))).(((((....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...<<<<<<..)))))))))..........>>>>>>.aaaa....)))))...((((((((......AAAA..))))))))((((......))))...(((ccccc..)))]].CCCCC.(((((]]].......)))))...BBBBBB....(((((..((((....)))).........(((((.......))))).))))).....