|
|
|
GGGGCCGCAACGGUUUCGACAGGUUGGCGAAAGCUUCCACUGUGAUGCAGGUCGAGAGUGGGUCUCCUCUCGCAAAUCAAAGAUCCAAACAAAAUGUAACUGCGAACAACAUCGUUCCUUUCGCUCGCAAAGCUGCUGCUGUAGCUUAAUAAGAACACCUUAACUUAGGUUCGAGCAUUCAUAAUUCGACUCCGUUAAGGAUUAUGACUAAACCCCCAACGGAUGCUCUCUAGGAAUACAUCUGGUUUGCACUAGAGCUAAGACUAGACCAGAGAUUCUUGGCGACUCGGAACAAGCAGUCGUUCCCGUUCUGAGGAUUAGAAGAACUAAACCUGUGAAUGAGCUAGGGGUGAAUACCCAGUUUGGACAGCAGUUCGACUCUGCUCGGCUCCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(....((((....(.((.((((((((((.bbbbbb...))))).........BBBBBB...............................(.(...(...((...............))...)...).)...................(.(((((((((...[[[[[[..))))))))).)........]]]]]]....((((((....(..aaaaaa)....))))))..........AAAAAA...(.(((..{{{{))).).....}}}}((((..<<<<<..))))....>>>>>...)))))...)).)....))))....)..))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((.(((((..(((....)))..).)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((..........(((((....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...........))))))))).......(((((.((((.((((((((.......((((((....)))))).......)))))...))))))))))).)....)))))..)))))......(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......((((....)))).)))))))......)))))).)))).)))))....)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..((((..((((((((((((.......(((..(((((........(((((((...............)))))))............)))))....)))......)))))))).....))))((((((((((((((...(((..((((......))))..(((((.((((((((((((...)))..))))))))).......((....)).)))))))).....((((..((((((...((((.(((((((.............)))))))..((((((((..............))))))))..))))..))))))....))))..))))))..((((....)))).......))))))))))))..)))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((...((((((((.............((((..((((((........))))))...........................))))..............))))))))....(((((((....)))))))..........(((......)))...(((((((((((((((...........)))))))))...............)))))).((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).))))))))...((((((((..............))))))))(.((((.....)))).)))........((..(((.......))).))......(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((....)))............((((.((((((........)))))).............................((((......)))).............................................................(.(((((((((...........))))))))).)...........(((..(.(((((....................)))))................)..)))............................(((((..........)))))....))))........................)))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(...((.((...(....((((((......(((((((...............)))))))...........(((((...........(((((..........((((((......)))))).....((((............))))((((((.((((((((...........)))))))..........(....))))))))...)))))....(((((((((..((.......))..)))))))))..((((.........))))...)))))...(((........))).............)))))).......)..))))....)..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((.((((((((.............((((..((((((........))))))...........................))))((((......)))))))))))).)).(((((((....))))))).........((((......))))..(((((((((((((((...........))))))))).......((....)))))))).((((((((.(.(((((((((..((.......))..))))))))))))))))))...((((((((..............))))))))(.((((.....)))).)))))....(((((.(((.(....)))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..[[[....)))).((((...(((....)))....))))..]]].....(((..[[[[[[[.)))...........]]]]]]].......(((......[[[[.)))..]]]].....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...[[[[[[..)))))))))..........]]]]]].....(((((.......[[[[[[[[...)))))....]]]]]]]]...(((.....[[[[..)))(((((........)))))(((((..(((.((((.....)))).)))..))))).]]]].((((....))))...(((((.[[[[[)))))..]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...........))))((((.((..((((((.((((....))))..))))))....)).))))..........(((((((.....((....(((((.(((...)))...)))))..)).(((((((....))))))).........((((......))))..(((((((((((((((...........)))))))))...............)))))).((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).))))))))......(((((........)))))(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......((((....)))).))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((...(((....)))....)))).......((((((((........))))))...........(((((((.......................................(((((((....)))))))..........((........))...(((((((((((((((....[[[[...)))))))))...........]]]])))))).((((((((...((((((((...((.......))...)))))))).))))))))................................((.((((.....)))).)).............(((.......))).)))))))..{{{{....)).}}}}.))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(.((((...(((....)))....)))))........(......((........)))...........(((((((...........((((((......)))).....)).....(((((((....))))))).........((((......))))..(((((.(((((((((...........)))))))))......(......)..))))).((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).))))))))......(((((........)))))(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......(((......))).)))))))..((((.......)))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.....[[[[[[[((((((((.............((((..((((((........))))))...........................))))((((......))))))))))))....(((((((....)))))))....................[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[....)))))..]]]]]]]]]...............]]]]]].((((((((...(((((((((...............))))))))).))))))))...((((((((..............))))))))........]]]]].]]]]]]]...........(((((..))))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((..........((((.(((.((((((......(((((...................)))))..........(...(...................................((.((((........)))).)).............((((((.(((.((((...........)))).)))................))))))..............((((((((.............)))))))).................(((((..............)))))..............))..))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((..........((((.(((.((((((.(....(((((...................)))))..........(...(...................................((.((((........)))).)).............((((((.(((.((((...........)))).)))................))))))..............((((((((.............)))))))).................(((((..............)))))..............)).)))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((.((((...(((....)))....)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((..........(((((....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...[[[[[[..)))))))))..........]]]]]]...((.((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))).))...)))))..))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((.((((...(((....))).{{{)))))).............}}}......................(((((((........(((..((((......))))............(((((((....))))))).........((((......))))..((((((((((((((((((...)))..)))))))))...............)))))).((((((((...(((((((((...............))))))))).))))))))......[[[[[....))).]]]]](((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......((((....)))).))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((........((((.....((((......((((((........))))))...))))..(((((..............(((((((......((((((...(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...........)))))))))........................)))))).......))))))).....(((((((.............))))))).....(((((........)))))........))))).)))).....)))))))...((((((..((((....))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((.(((((..(((....)))..).)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((((((......)))).....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))........(((((.((((((..((.............))..))))))...((.((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))).)).)))))....))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...))).))).((((...(((....)))....))))((.((((((((((.(((((......)))))..........(((((((..((((..(((((((((......)))).....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))........(((((.((((((..((.............))..))))))...((.((((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))).)).)))))....)))))))))..(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......((((....)))).)))))))......)))))).)))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((.(((((..(((....)))..).)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((((......))(((((..(((((....(((((((....)))))))....(((..((((......))))..(((((((((((((((...........))))))))).....((......)))))))))))((((((...(((((((((..((.......))..))))))))).)))))))))))...)))))..))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(.(.(((((..(((((((((((((((.....(((((...)))))((..))(((((.((.(((......)).).)).))))).(...........).((((......))))))))))..).)))).)))).(((((((((((((((.(..)(((((((...((.((((((.......))))))))..))))))).)))).(((.............).)).((((((.....((.......))..)))))).)))).)))...)))).(((((((...(((((((((..............)))))))))....))))))).))))).)......((((.(((((..)).)))))))...((((.(((...))))))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((.(((((..(((....)))..).)))))).(((((((((..(((((......)))))..........(((((((........(((((...........((((...........(((((((....)))))))..........(((......)))...((((..(((((((((...........))))))))).................))))...(((((....(((((((((...............)))))))))..)))))........))))...)))))......(((((..(((.((((.....)))).)))..)))))......(((......))).))))))).......))))).)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((.((((...(((....)))....)))))).((((((((((.(((((......)))))..........(((((((........(((((..........(((((....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...........)))))))))........((((.((((.((((((((.......((((((....)))))).......)))))...)))))))))))......)))))..))))).((((..((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))...((((....)))).)))))))......)))))).)))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))...((((...((.........)).))))...((((((......(((((((...............)))))))................((((......)))).....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...........))))))))).............(((((.............))))).(((....((((........)))).((((......)))).)))..(((((........))))).(((((..........)))))...))))))....(((((..((((....)))).........(((((.......))))).)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....))).(((bbbbbb...))).....))).(((.....)))..((((((.{{{{{..)))))).........}}}}}.......((((.[[[[[.....)))).(((((....(((((..(((((((....))))))).........((((......)))).)))))..(((((((((...<<<<<<..)))))))))..........>>>>>>.aaaa....)))))...((((((((......AAAA..))))))))((((......))))...(((ccccc..)))]].CCCCC.(((((]]].......)))))...BBBBBB....(((((..((((....)))).........(((((.......))))).)))))..... |