|
|
|
GGGGGCGUUACGGUUUCGACGGGGAUAGUUGAAGCUGUAGAAGCGUACCGAGGUUCCUACAGGCCUCGUUAAACAGGUAGGAAAACAAUACUCGCAAACGACUACGAGUACGCAUUAGCCGCUUAGUCGGCUAACGUUCUUUCUGAUUUUUCCUGUCGGAUCAGAGGGGGCGUAAUUUCAGGCAGGAUAGUCCUAACCUUUUCCUGUGGGGAACAGGGCGAAAUUCACAUGGGAUAGCAAUCAGUAAAGCCUGCCUUUGGGCGUUACAGAGUGCGAAUGACAAAACAAAGGAUACGUACGUAGAAACUGCAGUGGAAUAUUUUCGGACGCGGGUUCGACUCCCGCCGCCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(...(..........((((((((((<<<<<<<...)))))........>>>>>>>............................(.(.(....(.........)....).).).(((.............[[[[.[..)))....].]]]].........(..((....(((.a..aa...)))....))..)...........AA..A...((.....(.(((..{{{{{{)))..).....)).............}}}}}}....)))))............)..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((((((((....((((........))))))))).....((((.(((.....((((..((((((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((((((...(((((..((((.......))))...)))))....((.((.(((........)))))))..)))))))....))).)))...(((((...................)))))))))....)))))))......))))))))))(((.......)))..))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))........(((((((......)))))))....................((((((..........))))))(....((((((......))))))((((((((((((((((........)))))))))))))))).............................(((((.....)))))...................(((.((.((((.(((((....))))).)))).)).))).....................)................................(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((((..((((((...........................................(((....)))..............((((((......)))))).(((((((........................)))))))............................................................................(((........))).................................)))))).....))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......(((((((...(((((.....(((((((................))))))).....((((((..........))))))(((((((((((......)))))))(((((((((((((((........)))))))))))))))........((((((...(((((..((((.......))))...)))))....((.((.(((........))))).)).))))))((((.......)))).))))....................)))))......)))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))....((.((((((((......)))))))....................((((((..........))))))((...((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))..((((.((.(((.....)))..))...((((((.....)))))).)))).............(((.((.((((.(((((....))))).)))).)).)))....................))()...........................)))(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((...(((((((......)))))))........[[[[............)))......]]]](((.......[[[[[[)))...]]]]]]((((((((((((((((........))))))))))))))))........((((((..[[[[[.......)))))).......]]]]]..........(((((..(((....((((.((((.[[[[[)))).))))....)))............]]]]]........((((...)))).(((........[[[[[)))...]]]]].))))).))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((((((((((((......)))))))........((((.....................))))..))))))...(((((......))))).((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((.((((...))))..))).((((((((((.............)))))).))))..(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))...((......)).((((((..(((((((...)))).)))...)))))).....(((((.......)))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((([[((((({{{{{...)))))..........}}}}}..........................)))))..((((((......))))))((((((((((((((((........)))))))))))))))).......((<<....................................................<<<....<<<<.<<<<<))..>>>>>.>>>>....>>>.................................>>...............]]..(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...(((((((((((((......)))))))........((((............((....)).))))..))))))..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((.((((...))))..)))...(((((.....)))))..((..(((..........(((.((.((((.((((......)))).)))).)).))).........................((((...))))...)))......))....(((((.......)))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..((((((((((.(((((((................))))))).......)))).............))))))..((((((......))))))((((((((((((((((..[[[[[.)))))))))))))))).....(((((((((...)))).......(((((((....]]]]]..........)))))))..............)))))((((((.(((((....)))))...........)))))).((((..))))..........................(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((................)))))........(........................((.((((......)))).))((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))...................((((((((((..(((........)))..))))))))))..................)..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((................)))))........(........................((.((((......)))).))((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))...................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((.((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).....((((((......))))))((((((((((((((((.[[[[[[[)))))))))))))))).......]]]]]]]...))))).))).))))))))))))...........(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).))))).....)))))))))(((.......)))..))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((((((((((((......)))))))........((((...........(((....)))))))..))))))..(((((((...).))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((.((((...))))..)))..((((((.....))))))((((((((((........(((....((((.(((((....))))).))))....))).........................((((...)))).)))))....)))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......(((((((..(((((((((((((......)))))))....................((((((..........))))))((((((...(((((((.......((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((((((..............((((((((((.............)))))).))))...............))))))))))))))......))))))....................)))))).....)))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))(((.(((.((....((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))........)).......)))).)))).))))))))))))...)))))...)))....((((..(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))............................(((.((((..(.(((....))).)..)))).)))...))))..))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((((((.......))))))))))))...))....(((((((......)))))))......((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))........)).......)))).))))..)))).((((((....((((...(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).)))))............(((((.......)))))))))))).))) |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..((((.((((.(((((..((((((..(((..(((((.(((.......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((..(((((((((((........)))))))))))..)))........))(((.....)))..)))...)))))....)))..)))....(((...((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..))..........(((....)))))).)))....)))))....))))))))(((.......)))..))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......)))))))))))).((..(((.(..(((((((((.(..(.......)..))))))))).)).))).....))((((..(((..)))...((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))((((((.(((......)))...((((((((((..)))))).)))).))))))((..))..))))((..(.(((((((((......))))))))).)..))......(((((..))))).((((..)))).(((((........).))))((..))((((((...)..)))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.((((........................((.((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((((((((((((((..........)))))))))))))))........)).......))))..))......................................(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))................................................))))))))(((.......)))..))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((.((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((..(..(((((....(((....))))))))..)..)))........)).......)))).)))).))))))))))))...........(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).))))).....)))))))))(((.......)))..))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((((.......))))))))))))...((((((.(((((........))))).........((((.....................))))..)))))).(((((((......)))))))...(((.((((((.......))))))..))).(((((..................))))).......((((((.....))))))....((((.....))))......((((...((((......))))........(((((...................)))))......))))...((((.....))))...(((((.......))))).)))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((.......)))))).((((((........[[[[[[..))))))]]]]]]......((((((((((....((((((..........)))))).....((((((......)))))){{{{{{{{{{{{{{{))))))....}}}}}}}}}}}}}}}.......<<<(((.....))).))))..((((((.....))))))....((((.....))))........(((..((((>>>...))))..)))...(((((...................)))))(((.....)))..((((.....))))...(((((.......)))))))))))).... |