|
|
|
GGGGGCGUUACGGUUUCGACGGGGAUAGUUGAAGCUGUAGAAGCGUACCGAGGUUCCUACAGGCCUCGUUAAACAGGUAGGAAAACAAUACUCGCAAACGACUACGAGUACGCAUUAGCCGCUUAGUCGGCUAACGUUCUUUCUGAUUUUUCCUGUCGGAUCAGAGGGGGCGUAAUUUCAGGCAGGAUAGUCCUAACCUUUUCCUGUGGGGAACAGGGCGAAAUUCACAUGGGAUAGCAAUCAGUAAAGCCUGCCUUUGGGCGUUACAGAGUGCGAAUGACAAAACAAAGGAUACGUACGUAGAAACUGCAGUGGAAUAUUUUCGGACGCGGGUUCGACUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(...(..........((((((((((<<<<<<<...)))))........>>>>>>>............................(.(.(....(.........)....).).).(((.............[[[[.[..)))....].]]]].........(..((....(((.a..aa...)))....))..)...........AA..A...((.....(.(((..{{{{{{)))..).....)).............}}}}}}....)))))............)..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((((((((....((((........))))))))).....((((.(((.....((((..((((((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((((((...(((((..((((.......))))...)))))....((.((.(((........)))))))..)))))))....))).)))...(((((...................)))))))))....)))))))......))))))))))(((.......)))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))........(((((((......)))))))....................((((((..........))))))(....((((((......))))))((((((((((((((((........)))))))))))))))).............................(((((.....)))))...................(((.((.((((.(((((....))))).)))).)).))).....................)................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((((..((((((...........................................(((....)))..............((((((......)))))).(((((((........................)))))))............................................................................(((........))).................................)))))).....))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......(((((((...(((((.....(((((((................))))))).....((((((..........))))))(((((((((((......)))))))(((((((((((((((........)))))))))))))))........((((((...(((((..((((.......))))...)))))....((.((.(((........))))).)).))))))((((.......)))).))))....................)))))......)))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))....((.((((((((......)))))))....................((((((..........))))))((...((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))..((((.((.(((.....)))..))...((((((.....)))))).)))).............(((.((.((((.(((((....))))).)))).)).)))....................))()...........................)))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((...(((((((......)))))))........[[[[............)))......]]]](((.......[[[[[[)))...]]]]]]((((((((((((((((........))))))))))))))))........((((((..[[[[[.......)))))).......]]]]]..........(((((..(((....((((.((((.[[[[[)))).))))....)))............]]]]]........((((...)))).(((........[[[[[)))...]]]]].))))).))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((((((((((((......)))))))........((((.....................))))..))))))...(((((......))))).((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((.((((...))))..))).((((((((((.............)))))).))))..(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))...((......)).((((((..(((((((...)))).)))...)))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((([[((((({{{{{...)))))..........}}}}}..........................)))))..((((((......))))))((((((((((((((((........)))))))))))))))).......((<<....................................................<<<....<<<<.<<<<<))..>>>>>.>>>>....>>>.................................>>...............]]..(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...(((((((((((((......)))))))........((((............((....)).))))..))))))..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((.((((...))))..)))...(((((.....)))))..((..(((..........(((.((.((((.((((......)))).)))).)).))).........................((((...))))...)))......))....(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..((((((((((.(((((((................))))))).......)))).............))))))..((((((......))))))((((((((((((((((..[[[[[.)))))))))))))))).....(((((((((...)))).......(((((((....]]]]]..........)))))))..............)))))((((((.(((((....)))))...........)))))).((((..))))..........................(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((................)))))........(........................((.((((......)))).))((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))...................((((((((((..(((........)))..))))))))))..................)..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((................)))))........(........................((.((((......)))).))((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))...................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((.((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).....((((((......))))))((((((((((((((((.[[[[[[[)))))))))))))))).......]]]]]]]...))))).))).))))))))))))...........(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).))))).....)))))))))(((.......)))..))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((((((((((((......)))))))........((((...........(((....)))))))..))))))..(((((((...).))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((.((((...))))..)))..((((((.....))))))((((((((((........(((....((((.(((((....))))).))))....))).........................((((...)))).)))))....)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......(((((((..(((((((((((((......)))))))....................((((((..........))))))((((((...(((((((.......((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((((((..............((((((((((.............)))))).))))...............))))))))))))))......))))))....................)))))).....)))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))(((.(((.((....((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))........)).......)))).)))).))))))))))))...)))))...)))....((((..(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))............................(((.((((..(.(((....))).)..)))).)))...))))..))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((((((.......))))))))))))...))....(((((((......)))))))......((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))........)).......)))).))))..)))).((((((....((((...(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).)))))............(((((.......)))))))))))).))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..((((.((((.(((((..((((((..(((..(((((.(((.......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((..(((((((((((........)))))))))))..)))........))(((.....)))..)))...)))))....)))..)))....(((...((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..))..........(((....)))))).)))....)))))....))))))))(((.......)))..))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......)))))))))))).((..(((.(..(((((((((.(..(.......)..))))))))).)).))).....))((((..(((..)))...((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))((((((.(((......)))...((((((((((..)))))).)))).))))))((..))..))))((..(.(((((((((......))))))))).)..))......(((((..))))).((((..)))).(((((........).))))((..))((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.((((........................((.((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((((((((((((((..........)))))))))))))))........)).......))))..))......................................(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))................................................))))))))(((.......)))..))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((.((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((..(..(((((....(((....))))))))..)..)))........)).......)))).)))).))))))))))))...........(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).))))).....)))))))))(((.......)))..))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((((.......))))))))))))...((((((.(((((........))))).........((((.....................))))..)))))).(((((((......)))))))...(((.((((((.......))))))..))).(((((..................))))).......((((((.....))))))....((((.....))))......((((...((((......))))........(((((...................)))))......))))...((((.....))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((.......)))))).((((((........[[[[[[..))))))]]]]]]......((((((((((....((((((..........)))))).....((((((......)))))){{{{{{{{{{{{{{{))))))....}}}}}}}}}}}}}}}.......<<<(((.....))).))))..((((((.....))))))....((((.....))))........(((..((((>>>...))))..)))...(((((...................)))))(((.....)))..((((.....))))...(((((.......)))))))))))).... |