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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00599



RNA: TMR_00599
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.......)))))))))))))........(((((((......)))))))....................((((((..........))))))(....((((((......))))))((((((((((((((((........)))))))))))))))).............................(((((.....)))))...................(((.((.((((.(((((....))))).)))).)).))).....................)................................(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((...(((((.....(((((((................))))))).....((((((..........))))))(((((((((((......)))))))(((((((((((((((........)))))))))))))))........((((((...(((((..((((.......))))...)))))....((.((.(((........))))).)).))))))((((.......)))).))))....................)))))......)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.......)))))))))))))....((.((((((((......)))))))....................((((((..........))))))((...((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))..((((.((.(((.....)))..))...((((((.....)))))).)))).............(((.((.((((.(((((....))))).)))).)).)))....................))()...........................)))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((...(((((((......)))))))........[[[[............)))......]]]](((.......[[[[[[)))...]]]]]]((((((((((((((((........))))))))))))))))........((((((..[[[[[.......)))))).......]]]]]..........(((((..(((....((((.((((.[[[[[)))).))))....)))............]]]]]........((((...)))).(((........[[[[[)))...]]]]].))))).)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..(((((((((((((......)))))))........((((.....................))))..))))))...(((((......))))).((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((.((((...))))..))).((((((((((.............)))))).))))..(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))...((......)).((((((..(((((((...)))).)))...)))))).....(((((.......))))))))))))....
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..((((((((((.(((((((................))))))).......)))).............))))))..((((((......))))))((((((((((((((((..[[[[[.)))))))))))))))).....(((((((((...)))).......(((((((....]]]]]..........)))))))..............)))))((((((.(((((....)))))...........)))))).((((..))))..........................(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((.((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).....((((((......))))))((((((((((((((((.[[[[[[[)))))))))))))))).......]]]]]]]...))))).))).))))))))))))...........(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).))))).....)))))))))(((.......)))..)))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((..(((((((((((((......)))))))....................((((((..........))))))((((((...(((((((.......((((((((((((((((........))))))))))))))))......(((((((..............((((((((((.............)))))).))))...............))))))))))))))......))))))....................)))))).....)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......))))))))))))(((.(((.((....((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))........)).......)))).)))).))))))))))))...)))))...)))....((((..(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))............................(((.((((..(.(((....))).)..)))).)))...))))..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((((((((((((.......))))))))))))...))....(((((((......)))))))......((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))........)).......)))).))))..)))).((((((....((((...(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).)))))............(((((.......)))))))))))).)))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.......)))))))))))))..((((.((((.(((((..((((((..(((..(((((.(((.......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((..(((((((((((........)))))))))))..)))........))(((.....)))..)))...)))))....)))..)))....(((...((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..))..........(((....)))))).)))....)))))....))))))))(((.......)))..)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......)))))))))))).((..(((.(..(((((((((.(..(.......)..))))))))).)).))).....))((((..(((..)))...((((((......))))))((((((((((((((((........))))))))))))))))((((((.(((......)))...((((((((((..)))))).)))).))))))((..))..))))((..(.(((((((((......))))))))).)..))......(((((..))))).((((..)))).(((((........).))))((..))((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.((((........................((.((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((((((((((((((..........)))))))))))))))........)).......))))..))......................................(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))................................................))))))))(((.......)))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((((.(((((.((((((((((........((.((((((((......((((((..........)))))).((..((((((......))))))(((..(..(((((....(((....))))))))..)..)))........)).......)))).)))).))))))))))))...........(((((.((..((.(((.((.((((.((((......)))).)))).)).)))..))..)).................((((...)))).))))).....)))))))))(((.......)))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((.......))))))))))))...((((((.(((((........))))).........((((.....................))))..)))))).(((((((......)))))))...(((.((((((.......))))))..))).(((((..................))))).......((((((.....))))))....((((.....))))......((((...((((......))))........(((((...................)))))......))))...((((.....))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((.......)))))).((((((........[[[[[[..))))))]]]]]]......((((((((((....((((((..........)))))).....((((((......)))))){{{{{{{{{{{{{{{))))))....}}}}}}}}}}}}}}}.......<<<(((.....))).))))..((((((.....))))))....((((.....))))........(((..((((>>>...))))..)))...(((((...................)))))(((.....)))..((((.....))))...(((((.......))))))))))))....