|
|
|
GGGGCUGAUUUGGUUUCGACAUUUAAACACUAUUUCUAUAUGUCAGGUCAAAGUUUGUAUUCUUUGUAAAAAAUACUAAAUUAUUAAUAAAUGCUAACAAUAUAAUGCCUUUUAUGUUUAACGUAGUAAAAACAAACCGUUCAUUAACUACUUUAAAUUUCGCUGUUUAAUCACUUAACUUAGGUUAUUAAAUAUUUUUUCAUUAUUGCUAGACUUUUAUCUAGUAUAUAGUUUAGAAUAAGUUUAAAUUUUAAAAAUUGUUCAAGUUUUUUGAACUAAACCUGUAAAUGAGUAUAUUAAUAAACUUUAGAUGGACAUGGGUUCAAUUCCCAUCAGCUCCAAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.......(.(((.((((((((((((([[.[[[..))))).......]]].]]........................................................................................................................................................................................................)))))...))).))).).........))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((.................))))))))))))...(((...(((.(((.....((.((((((((((((((..(((((..(((((((......))))))).....))))).(((((....(((..............))).....)))))....(((((...((((((.......((((((.....(((..(((((((...(((((........)))))..))))))))))...)))))).(((((.......)))))..))))))....))))).)))))))))..)))))))..))).)))..))).....))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((.....((((.((((..(((((......(((((..............))))).....................................((((..........)))).................((((.(((..............))).))))........((((.........)))).....................(((((((((.........)))))))))..........................))))).......)))).)))).....)))))))................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((.................))))).......................................................................((((((.(((((....((.....))......))))).))))))......(((((((.((((.....)))).))))))).........(((((((((((......))))))).))))............................(((((.......)))))..........................................(((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(.((..((.....((((.(((((........)))))..............................................................................................................................................(((((......)))))........................................................))))..........))..)).)...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........((((((((...((((..(((((..((((((((((........))))).........(((((((((...............................((((((.(((((...................))))).))))))......(((((((.(((.......))).))))))).............(((((((......))))))).))))))))).......................(((((((...)))))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((..(((((.((...........)).))))).)))))(((((.(((((..........)))))......(((..............................((((((.(((((.(((((.....)))..)).))))).)))))).....((((((((.((((.....)))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))..........((...............((((((.....))))))..))..................))).)))))...........(((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((....(((((..(((.....)))....)))))...)))))..........(((....)))...((((((((((((((..((((...(((((((......)))))))....(((((...(((.....))).....)))))............((((((((.(((((...))))).))))))))......((((..(((((((......)))))))(((((((((((((........))))))))....(((((((...))))))).....))))))))))))))))))))))..))))).......((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........((((((((...((((..(((((..((((((((((........)))))....................(((((.((............))..))))).(((((.(((((.(((((.....)))..)).))))).)))))......((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).))))).((((((........))))))......((((((.....))))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((......))).))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........((((([[[[.............)))))....(((((........)))))..................................................(((((.(((((...................))))).)))))........((((((.((.........)).))))))..............(((((((......))))))).................................((((((.....))))))..............................]]]].......((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.(...(...((((((((((((((((((........)))))................................................((.......).......)....(((((.........................)))))................((((((.(((.((......))...))).))))))..........................................................))))))).....))).).)).)...))).))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((.................)))))..(.(((((........))))).........(.((..((((((((...((.....((((((......))))))((((.(((((...(((.....))).....))))).)))).......((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))..(((............))).......((((((.....))))))...............)).))))))))....)).).)......(((......))).))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((................((((((((((........))))).........(((((((((.................((((((...............(((((...................)))))............((((((((.(((((...))))).))))))))......))))))(((((((......))))))).))))))))).......................(((((((...)))))))...))))).....................))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((..............)))))..........(...(...................((.((((..........)))).))........(((((..(((.(((..............))).)))...))))).((((.........)))).....................(((((((((.........)))))))))......................))..))))))......))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((..............))))).........((...(...................((.((((..........)))).))........(((((..(((.(((..............))).)))...))))).((((.........)))).....................(((((((((.........)))))))))......................))))))))))......))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........((((((((...((((..(((((..(((((....((((((....(((....))).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...))))))))....((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((.................)))))....(((((....[[[[))))).....]]]]((((((((((((((..((((....((((((......))))))((((.(((((...(((.....))).....))))).)))).......((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))(((((((........))))))).....(((((((...)))))))..............)))))))))))))..)))))..(((...{{{)))...}}}.))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...((((........))))..........((((((....(((((........))))).........((((((((((((((..(((((..(((((((......))))))).....)))))........................((((((......))))))..(((((...((((((......((((((...((((((((((((......))))))).)))))..))))))...................(((((((...)))))))..))))))....))))).)))))))))..)))))...))))))............))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((.....................(((((........)))))................................................................................................................................................................(((((((((.........)))))))))....................................................)))))))................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........((((((((...((((..(((((..(((((....((((((....(((....))).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...))))))))....((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((....)))((((((((...((((..(((((..(((((....((((((.....((.....)).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((.......)))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((.(((((.................)))))....(((((........))))).......(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..))))).....)))))(((((((.......((((((......))))))..(((((...((((((.((((((..((((..((((((((((((......))))))).)))))..))))...))))))............(((((((...)))))))..))))))....)))))................))))))).((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((......(((..((.(.((....((((((..((((.((((((......)))))).((((((((........(((((((...((((.((.((((......)))).(((((((((((((...(.....)....))).))))))))))...(((......)))....)).)))).))))))).))))))))....))))(((((......))))).))))))...))).)).((((((...))))))...(((((.......)))))((((.(.((((((........))))))).)))).)))................)).)))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......................................................................................................................................................................................................................(...((.((......................................(....((.......))....)..............)).))........).((.......).)..))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.............................................................................................(((........)))................................................((((((((.(((((...))))).))))))))........(((((((((((......))))))).))))............................(((((.......)))))........................................................)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........((((((((...((((..(((((..(((((....((((((....(((....))).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((......))).))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))..(((((.................)))))....(((((........))))).(((.((((......)))).(((((.((............))..))))).)))...(((((...................))))).((((((......)))))).....((((....))))....(((.........))).((((((......)))))).(((((....((((((.((((.....))))..)))))).((((.....))))....)))))...((((..........))))....((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.....))))).(((((.................))))).((((((((...[[[[[))))).....]]]]].....((((....)))).............))).....(((((...<<<<<..)))))............>>>>>.((((((......)))))).....((((....))))....(((.........))).((((((......)))))).(((((....((((((.((((.....))))..)))))).((((.....))))....)))))...((((...((((......)))).((((...{{{))))...}}}....))))..... |