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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00601



RNA: TMR_00601
Rfam family: tmRNA

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CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((.....((((.((((..(((((......(((((..............))))).....................................((((..........)))).................((((.(((..............))).))))........((((.........)))).....................(((((((((.........)))))))))..........................))))).......)))).)))).....)))))))................................
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........((((((((...((((..(((((..((((((((((........))))).........(((((((((...............................((((((.(((((...................))))).))))))......(((((((.(((.......))).))))))).............(((((((......))))))).))))))))).......................(((((((...)))))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((..(((((.((...........)).))))).)))))(((((.(((((..........)))))......(((..............................((((((.(((((.(((((.....)))..)).))))).)))))).....((((((((.((((.....)))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))..........((...............((((((.....))))))..))..................))).)))))...........(((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((....(((((..(((.....)))....)))))...)))))..........(((....)))...((((((((((((((..((((...(((((((......)))))))....(((((...(((.....))).....)))))............((((((((.(((((...))))).))))))))......((((..(((((((......)))))))(((((((((((((........))))))))....(((((((...))))))).....))))))))))))))))))))))..))))).......((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........((((((((...((((..(((((..((((((((((........)))))....................(((((.((............))..))))).(((((.(((((.(((((.....)))..)).))))).)))))......((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).))))).((((((........))))))......((((((.....))))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((......))).)))))))))....
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((((.................)))))..(.(((((........))))).........(.((..((((((((...((.....((((((......))))))((((.(((((...(((.....))).....))))).)))).......((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))..(((............))).......((((((.....))))))...............)).))))))))....)).).)......(((......))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((................((((((((((........))))).........(((((((((.................((((((...............(((((...................)))))............((((((((.(((((...))))).))))))))......))))))(((((((......))))))).))))))))).......................(((((((...)))))))...))))).....................))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((...((((..(((((..(((((....((((((....(((....))).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...))))))))....((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((((.................)))))....(((((....[[[[))))).....]]]]((((((((((((((..((((....((((((......))))))((((.(((((...(((.....))).....))))).)))).......((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))(((((((........))))))).....(((((((...)))))))..............)))))))))))))..)))))..(((...{{{)))...}}}.)))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((........))))..........((((((....(((((........))))).........((((((((((((((..(((((..(((((((......))))))).....)))))........................((((((......))))))..(((((...((((((......((((((...((((((((((((......))))))).)))))..))))))...................(((((((...)))))))..))))))....))))).)))))))))..)))))...))))))............)))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((.....................(((((........)))))................................................................................................................................................................(((((((((.........)))))))))....................................................)))))))................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((...((((..(((((..(((((....((((((....(((....))).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...))))))))....((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((....)))((((((((...((((..(((((..(((((....((((((.....((.....)).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((.(((((.................)))))....(((((........))))).......(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..))))).....)))))(((((((.......((((((......))))))..(((((...((((((.((((((..((((..((((((((((((......))))))).)))))..))))...))))))............(((((((...)))))))..))))))....)))))................))))))).((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((......(((..((.(.((....((((((..((((.((((((......)))))).((((((((........(((((((...((((.((.((((......)))).(((((((((((((...(.....)....))).))))))))))...(((......)))....)).)))).))))))).))))))))....))))(((((......))))).))))))...))).)).((((((...))))))...(((((.......)))))((((.(.((((((........))))))).)))).)))................)).))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......................................................................................................................................................................................................................(...((.((......................................(....((.......))....)..............)).))........).((.......).)..)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............................................................................................(((........)))................................................((((((((.(((((...))))).))))))))........(((((((((((......))))))).))))............................(((((.......)))))........................................................))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........((((((((...((((..(((((..(((((....((((((....(((....))).(((((..(((...(((((.((............))..)))))...)))..)))))...)))))).(((((..((((..............((((((((.(((((...))))).)))))))).......((((((((((((......))))))).)))))...((((((.(((........))).)))))).))))...)))))...))))).......)))))..))))...)))))))).....(((......))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))..(((((.................)))))....(((((........))))).(((.((((......)))).(((((.((............))..))))).)))...(((((...................))))).((((((......)))))).....((((....))))....(((.........))).((((((......)))))).(((((....((((((.((((.....))))..)))))).((((.....))))....)))))...((((..........))))....((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.....))))).(((((.................))))).((((((((...[[[[[))))).....]]]]].....((((....)))).............))).....(((((...<<<<<..)))))............>>>>>.((((((......)))))).....((((....))))....(((.........))).((((((......)))))).(((((....((((((.((((.....))))..)))))).((((.....))))....)))))...((((...((((......)))).((((...{{{))))...}}}....)))).....