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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00603



RNA: TMR_00603
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((....(((((((((..((((..(((((..(((((...((((((((..(((.((........((((...((..((((((((...............))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).))))......))..)))...(((((((((((...((((((((((((......))))).)))))))..))))))..)))))....))).))))).(((((((....)))))))...)))))...))....)))..))))..)))))))))))).((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((...........................................................................((((((((..........(((((....)))))....))))))))...................................((((((((((((......))))))).))))).............................(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.(((((..((.....((((((((((........)))))...............................................................................................................................................(((((......)))))..........................................................)))))..........))..))))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........(((((((((.(((((..((((((.((((((((((........)))))..........................................(((...(((((((((((.........................))))))))((((((..........(.((((....)))).)....((((.(((.....(((((((......))))))).........))).)))).........))))))..........)))...))).....)))))....)))..)))..))))).))))))))).....(((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((..(((((((((.(((((..(((((((((((((((((((..............(((((((...........(((((((...............))))))).......(((((((((.........(((((....)))))...)))))))))..........(((....)))......)))))))..((((((((((((......))))))).)))))..............)))))))........((((((((()))))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))))..((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((....)))(((((((((.(((((....((((((((((...(((((........(((((((....((((.......((((((((...............))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).))))....((((....))))(((((((((((...((((((((((((......))))).)))))))..)))))..)))))).)))))))))))).(((((((....)))))))...)))))...)))))......))))).))))))))).....(((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........(((((((((.(((((..((((((((((((........(((((....(((......)))...))))).((((((((.((.........)).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).........((((....)))).(((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))...............(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((......))).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((.............................................................................................(((((....)))))...............................................((((((((((((......)))))).)))))).............................(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......))))))))))))....
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........(((((((((.(((((..((((((((((((.................((........)).........((((((((.((.........)).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).........((((....)))).((((...((....((((((((((((......)))))).))))))...)).....))))...............(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((......))).)))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((......(((((((((.(((((....((((((((((..............(((((((((....((((.......((((((((...............))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).)))).....................((((((........(((((((......)))))))........))))))........)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))......))))).))))))))).........)))).....)))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((.....((((..((..((((((((.((.........)).))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))).)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((....)))(((((((((..((((....((((((((((..............(((((((((.....((((..((..((((((((...............))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))).)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))......))))..))))))))).....(((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((....((((...((..((((((((.((.........)).))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).))))....((((....))))((((((..((((..((((((((((((......))))))).)))))..))))...)))))).)))))))))....(..((((....))))..)...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......))))))))..))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((......(((((((((((((((..(((((((((((.((((((......))))))..((((((((((((.(((((((...((((((((((((..........)))))))).).)))((..))(((((((((((((...).))))))))))))..(((........)).)))))))).))).))))))))).......)))).(((.......))).....(((((.(...((........))...((....((((((((..))))))))...)).).))))))))))))..)))))))))))))))................)).))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((...............((((((((...............((((((((.(...........).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).....................(((((.........((((((((((((......)))))).))))))..........))))).)))))))).....(..((((....))))..)...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((.......))).))))).))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((..........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((.....((((......((((((((.((.........)).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))).)))))))))....(..((((....))))..)...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((......))).)))))..))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))..(((((.................)))))....(((((........)))))..........................((((.......(((......))).(((((......)))))...........))))..(((..........))).(((.(((....))).(((....))).)))....((((.......))))..(((.(((((........))))).((((.......)))).)))...((((.(((....)))(((.....)))...))))......(((((....))))).((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.....))))).(((((.................))))).((((((((...[[[[[)))))......]]]]]...............((((......((((...aaa))))......))))...............(((((....)))))....(((((.....((((....))))..((((((................)))))).((((....<<<)))).....(((>>>..)))..........)))))....(((((((....)))))))...))).....AAA......(((((....))))).((((...{{{))))...}}}.............