|
|
|
GGGGCUGAUUUGGUUUCGACAUUUAAAACUUCUUUCUAUGUGUCAGGUCAAAGUUUGUAUUCUUUGUAAAAAAAUACUAAAAUACUAAUAAAUGCUAAUAAUAUAAUACCGUUUAUUUUUAAAGCAGUAAAAACAAAAAAAGAAGCAAUGGCUUUAAAUUUUGCUGUAUAGUUCAUUAACUUAGGUUAUUAAAUAUUUUUUCAUUAUAACUGGACUUUUCUCUAGUUUAUAGUUUAGAAUAAAUUUAAAUUUUGCAAAACUCGUUCGAAAAUUUUCGGGCUAAACCUGUAAACGCAAAUACUAAGAAAUUUUAGAUGGACAUGGGUUCAAUUCCCAUCAGUUCCAAUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((......(.(.((((((((((((((([[.[[[..)))))........]]].]]...........................................................................................................................................................................................................)))))...))))).).)........)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((.....((((..((..((((((((.((.........)).))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))).)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((......))).)))))))....)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((....(((((((((..((((..(((((..(((((...((((((((..(((.((........((((...((..((((((((...............))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).))))......))..)))...(((((((((((...((((((((((((......))))).)))))))..))))))..)))))....))).))))).(((((((....)))))))...)))))...))....)))..))))..)))))))))))).((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((...........................................................................((((((((..........(((((....)))))....))))))))...................................((((((((((((......))))))).))))).............................(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(((((..((.....((((((((((........)))))...............................................................................................................................................(((((......)))))..........................................................)))))..........))..))))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........(((((((((.(((((..((((((.((((((((((........)))))..........................................(((...(((((((((((.........................))))))))((((((..........(.((((....)))).)....((((.(((.....(((((((......))))))).........))).)))).........))))))..........)))...))).....)))))....)))..)))..))))).))))))))).....(((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......((..(((((((((.(((((..(((((((((((((((((((..............(((((((...........(((((((...............))))))).......(((((((((.........(((((....)))))...)))))))))..........(((....)))......)))))))..((((((((((((......))))))).)))))..............)))))))........((((((((()))))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))))..((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((....)))(((((((((.(((((....((((((((((...(((((........(((((((....((((.......((((((((...............))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).))))....((((....))))(((((((((((...((((((((((((......))))).)))))))..)))))..)))))).)))))))))))).(((((((....)))))))...)))))...)))))......))))).))))))))).....(((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........(((((((((.(((((..((((((((((((........(((((....(((......)))...))))).((((((((.((.........)).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).........((((....)))).(((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))...............(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((......))).))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((.............................................................................................(((((....)))))...............................................((((((((((((......)))))).)))))).............................(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.(.(((....((((.((((((((((((........)))))..................................................(((...(((((......))))).).))..((((...............................)))).................(((((.(((.((......))...))).)))))..................................................)))))))....))).)....)))..)).)))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..........(((((((((.(((((..((((((((((((.................((........)).........((((((((.((.........)).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).........((((....)))).((((...((....((((((((((((......)))))).))))))...)).....))))...............(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((......))).))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((.....((((((((..........((((((((...............))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).........(((((..))))).....))))))))......(((((((......)))))))........))))))....)))))))))........((((((((..))))))))...)))))...))))).......))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((...............)))))..........(...(...................((.((((..............)))).))..((((((...(((.((((.........)))).))).................))))))...........(((((((..........)))))))............................................))..))))))....)))...))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((...............))))).........((...(...................((.((((..............)))).))..((((((...(((.((((.........)))).))).................))))))...........(((((((..........)))))))............................................))))))))))....)))...))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((.....((((..((..((((((((.((.........)).))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))))).)))))..))))...)))))).)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......))))))))..)).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((([[[.)))(((((((((.(((((....(((((((((((((((((.(((((....(((......)))...))))).((((((((...............))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).........((((....)))).((((((((.((..((((((((((((......)))))).))))))..)))))..))))))))))))........(((((((....)))))))...)))))...)))))......))))).)))))))))]]]..(((......))).))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((......(((((((((.(((((....((((((((((..............(((((((((....((((.......((((((((...............))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).)))).....................((((((........(((((((......)))))))........))))))........)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))......))))).))))))))).........)))).....))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((.....((((..((..((((((((.((.........)).))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))).)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((....)))(((((((((..((((....((((((((((..............(((((((((.....((((..((..((((((((...............))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))).)))))))))....(((((((....)))))))...)))))...)))))......))))..))))))))).....(((.......)))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((....((((...((..((((((((.((.........)).))))))))..))..(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).))))....((((....))))((((((..((((..((((((((((((......))))))).)))))..))))...)))))).)))))))))....(..((((....))))..)...)))))...)))))..))..))))).)))))))))....((((.......))))))))..)).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((......(((((((((((((((..(((((((((((.((((((......))))))..((((((((((((.(((((((...((((((((((((..........)))))))).).)))((..))(((((((((((((...).))))))))))))..(((........)).)))))))).))).))))))))).......)))).(((.......))).....(((((.(...((........))...((....((((((((..))))))))...)).).))))))))))))..)))))))))))))))................)).)))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((...........(((((((((.(((((..((((((((((((...............((((((((...............((((((((.(...........).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).....................(((((.........((((((((((((......)))))).))))))..........))))).)))))))).....(..((((....))))..)...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((.......))).))))).)).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((..........(((((((((.(((((..((((((((((((..............(((((((((.....((((......((((((((.((.........)).))))))))......(((((((((.........(((((....)))))...))))))))).............))))....((((((..((((..((((((((((((......))))).)))))))..))))...)))))).)))))))))....(..((((....))))..)...)))))...)))))..))..))))).))))))))).....(((......))).)))))..)).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))..(((((.................)))))....(((((........)))))..........................((((.......(((......))).(((((......)))))...........))))..(((..........))).(((.(((....))).(((....))).)))....((((.......))))..(((.(((((........))))).((((.......)))).)))...((((.(((....)))(((.....)))...))))......(((((....))))).((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.....))))).(((((.................))))).((((((((...[[[[[)))))......]]]]]...............((((......((((...aaa))))......))))...............(((((....)))))....(((((.....((((....))))..((((((................)))))).((((....<<<)))).....(((>>>..)))..........)))))....(((((((....)))))))...))).....AAA......(((((....))))).((((...{{{))))...}}}............. |