RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00604

RNA: TMR_00604
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((...((((((..............)))))).....)))...((((((................))))))))))..))..(((..(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).....((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))............((((((((((.((((((..........))))))))))))..((...))...))))...)))))))))).)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.((......((...((((((..............)))))).....))...(((((((................)))))))..............(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).....((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))................(((((((.(((((..........))))))))))))...................))))))).)).)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((........((((((.((((((......................................................................................................................................................................................................................................................))))))....))))))........)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((((((((........)))))).......(((((.........................(((........((((((........))))))((((((((((((((((.......)))))))))))))))).........)))...(((((((((((((.....)))))))))))))............))))).((((((.((((((..........))))))))))))....................)))))...).)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........((..(((((((((...(((((((((.((((...(((...((((((.(..........).)))))).....)))..(((((((.(..........)...)))))))(........)))(.(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).)...((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))((.....))...(((((((((((.(((((..........))))))))))))............))))...))))))).)).)))))))))...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.......((((((.[[[[[[.)))))).......]]]]]]..........(((((((....[[[[[.......))))))).....]]]]]....(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).....((((((.(((((((((((((((.....)))))))))))))))................[[[[[[[.[[[[[..))))))..]]]]]]]]]]]]...........((((((...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.((.(((.(((...((((((..............)))))).....)))....))).........((.(((((((.((...)).)))))))..))(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).(((...))).((((((((((((((((.....))))))))))))))))............((.(((((((.(((((..........)))))))))))).))........((((((...)))))).)).)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.....(((((((((...(((((((((..............((((((..............))))))..............((..................))(((((........)))))(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).....((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))................((((((.((((((..........))))))))))))...................)))))))....)))))))))...)))))))))...[[[[[)).....]]]]])))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.(((.((.(((...((((((..............)))))).....)))..((((((..................)))))).....)).)))...(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).(((...))).((((((((((((((((.....))))))))))))))))............((.((((((.((((((..........)))))))))))).))........((((((...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((...((((.(((((.((((((..............)))))).........)))))..........)))).((((...(((((........)))))((((((((((((((....[[[[[[[[[)))))))))))))).....(((((((((((((((((((((.{{{{{{))))))))))))))........}}}}}}..(((((((.(((((..........))))))))))))........]]]]]]]]]..))))))))))))))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......(((((................)))))........(...(.....................(.((((..........)))).)((((((.(((((((.........))))))).))))))................((((((((...............))))))))..................(((((.((((.(((........))).)))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......(((((................)))))........(...(.....................(.((((..........)))).)((((((.(((((((.........))))))).))))))................((((((((...............))))))))..................(((((.((((.(((........))).)))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((((((((.[[[[[[.)))))).......]]]]]]............(((.........((((((((((.((...)).)))))).....(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).......)))).(((((((((((((((.{{{{))))))))))))))).............((.((((((.((((((..........)))))))))))).))......}}}}.)))...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((.(.(((((((((........(((...((((((..............)))))).....)))..(((((((................)))))))..............(((((((((((((((((.(....)))))))))))))))))).(((...))).((((((((((((((((.....))))))))))))))))...............((((((.((((((.((....).)))))))))))))...........((((((...))))))....)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.......((((((........)))))).....((((((((.....((((..(((((...................((((((((...........(((((((((((((((((.......)))))))))))))))))......((((.((((((((((((((((.....))))))))))))))))...........))))...)))))))))))))..))))....))))))))............((((((...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((...((((((..............)))))).....)))....(((.........((((((((((.((...)).)))))).....(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).......)))).(((((((((((((((.....))))))))))))))).............((.(((((((.(((((..........)))))))))))).))...........)))...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((......(((.......(((((...((((......(((((.((.(((...((((((..............)))))).....)))..(((((((((..........))..))))))).....)).))))).(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).))))......((((((((((((((((.....)))))))))))))))).....)))))..((.(((((((.(((((..........)))))))))))).)).....))).(((..((((((......))))))..)))......))))((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((((((.((((((((........)))))).....(((((((......)))..(((((((.(..((....))..).))))))))))).)).))))(((((((((((((((((((.......))))))))))))))))).....((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))............((((((((((.((((((..........))))))))))))(.(.....).).))))...))))))).)).)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((((((((((((..((((((((.(((((((((((((((((((((.(.(......).).)))))).).)))))).(((((((((..(........))))))))))....).))))))).(((((((((((((((((.((..)))))))))))))))))))(((...((((((((((((((((((...........))))))))))))(((...)))...((((((((((.((((((((......))))))))))))))(((..)))....))))...))))))....)))))))))))..)))))))))).))..)))))..)))..))).)))......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((..............((((((..............))))))...........((((((................))))))...............(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).....((((((((((((((((((((((.....))))))))))))))).............((.((((((..(((((..........))))).)))))).))................)))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((...(((((((((.(((.((.(((...((((((..............)))))).....)))..(((((((((..........))..))))))).....)).))).(((((((((((((((((((.......))))))))))))))))).....((((((((((((((((((((((.....))))))))))))))).............((.(((((((.(((((..........)))))))))))).))................))))))).)).)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))............((((......((((.(((.(((((........))))).........(((..............))).........)))..((((.(((....))))))).)))).(((((((((((((((((.......))))))))))))))))).))))..((((.(((((((((((((((.....)))))))))))))))...(((..........)))((((.(((((..........)))))))))...((((.......(((((.....)))))...(((((.....))))).)))).....(((((.......))))).))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))....(((...(((((...........{{{{((((((.aaaaaa.)))))).......AAAAAA..........))))).........}}}}(((((.<<<<<<....))))).>>>>>>.bbb))).((((((..dddddd.)))))).((((.DDD.)))).DDDBBB.(((((((((((((((..ccc))))))))))))))).........CCC...(((.(((([[[[[[..))))....]]]]]]......((((.......(((((.....)))))...(((((.....))))).)))).....(((((.......))))).......))).

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