RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00605

RNA: TMR_00605
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((..(((((((((((((((((((((((((..(((....(.((((((........)))))))..)))...))))))).............((((......))))..)))))..((((...((((((((((((((((..(((((.....((((((((((.((((((((((((((...)))..)))))))))))....((....))....((((((((((((........)))))))))))).....)))))...(((((......)))))(((((........))))).))))).)))))....)))))..))).)).....))))))..))))...))))))))).((....))))))...)))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((........((((..(((...((.((((((........)))))).....))...)))..))))............((((......)))).................((....))(((((..(((((.....((((.......(((((((((((...........)))))))))))..........((((((((((((((((((.(....).))))))))))))......((.....)))))))).(((((((........))))))).....)))).)))))....)))))............................)))))))))....((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((....))............((((.((((((........)))))).............................((((......)))).......................................................(((((((((((...........)))))))))))..........((((((.(((((((((((........)))))))))))................))))))..((((((........))))))............................)))).......................)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((....((..(((((....((((((((((((........))))))................(((......................(((((((..(((((....((((......))))....(((((......))))))))))(((((((((((...........)))))))))))................((((((((((((........)))))))))))).....(((((.(((.........))).)))))..)))))))....(((......))).......)))...)))))).......))))).)).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((.....(((((((.....[[[[..((((((........)))))).........)))))))...........]]]]((((......)))).....(((((....(((((....)))))....(((((......))))))))))(((((((((((...........)))))))))))....(((...((((((((((((((((((........))))))))))))...............)))))).[[[[[[[))).....]]]]]]].(((..[[[.)))(((...((((...)))).))).....]]]..........)))))))))....((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((((..(((....((((((((.((((((.((((......((((((........))))))...)).)).)))))).((.(........)))((((......))))))))))))))).))))))((((..((((....(((((((..(((((((..((((((((((((((...........)))))))))))..........(((((.((((((((((((........)))))))))))).....(((.....)))))))).(((((((........))))))).(((......)))........))).)))))))...))))..)))........))))..))))...((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((......(((((([[...[[[[[.((((((........)))))).........))))))..........................((((((...(((((.....((((....)))){{{..{{{{............)))))(((((((((((...........)))))))))))..........((((((((((((((((((........))))))))))))...............))))))..............))))))..............}}}}....}}}.....]]]]]......]]............)))))))))....((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((....)).(((((((((......((((((.(.((......((((((........))))))...))..).))))))..............(.((((......)))).....(((((....(((((....)))))....(((((......))))))))))(((((((((((...........)))))))))))..........(((((.((((((((((((........)))))))))))).....(((.....)))))))).(((((((........))))))).(((......)))......((((...)))).........)............)))))))))....((((.......))))))))))))....
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((([[[.[[[[[[[[[[((d(((((((((ll.ll(.<<<<<<<))((((((.aaa.aaa(jjjjjjjj))))))hhhh...ee(..e()JJJ....eeee(.ff)LLLLeeeeme(..cccccc))).M)))))D)gggggg(...iiiii.)EEEE[[[[[[[[[[[.)EE)))))..]]]]]]]]]]])E....)]..((((((((((((((((((kkkJJJJ.))))))))))))..JAA>>>>>>>KKK)))))).((((((({{{{{{)I)))))))....IIIIG.GGGGG.....HHHH.((((((((..)FCCCCCC)FEEE..}}]]]]]]]]]EE))))))))]]].}}}}.))))))))AAAA
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((..........(((.(((.((((((.......(((((.................)))))...........(...(..............................................(.((((......)))).)....((((((.((((...........)))).))))))..................((((((((............)))))))).......................(((........)))...............................))..))))))...)))..)))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((....((((((((..(((...((.((((((........)))))).....))...)))..)))).......(((((..........(((((((..(((((....(((((....)))))....(((((......)))))))))).((((((((((...........))))))))))....(((.(((((....((((((((((((........)))))))))))).....(((.....))).......))))).)))..)))))))....(((......)))(((...((((...)))).)))....))))))))).....)))))))))....((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((.....(((((((...........((((((........)))))).........)))))))..........(((((((((......))))(((((((.......(((((....)))))....(((((.....(((((......(((((((((((...........)))))))))))..........((((((((((((((((((........))))))))))))...............))))))........(((((........))))).))))).)))))....((((...))))))))))).))))).........)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((....(((((.(((..((((((....))))))(((.(((......((((((........))))))...)))))).))).))))).......(((((..........(((((((..(((((....(((((....)))))....(((((......)))))))))).((((((((((...........))))))))))....(((.(((((....((((((((((((........)))))))))))).....(((.....))).......))))).)))..)))))))....(((......)))(((...((((...)))).)))....))))).......))))).((((....(((((.......)))))..)).))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((....((((((((..(((...((.((((((........)))))).....))...)))..)))).......(((((((((......))))(((((((.......((....))((((((((..((((.((...(((((..(((((((((((((((...........)))))))))))..........(((((((((((((((..(.(....).)..)))))))))......((.....))))))))....))))(((((........))))).)))))))))))....)))))..))).))))))).))))))))).....)))))))))....((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((...((((((((((((((((((((((((((...)))...((..))(((((((........))))))).)).))))..(((((..))))).((((......)))))))))..(((....((((.................((((...(((((((.((.((((.(((((..((((((((..(((((.......)).))))))))).).((((((((((((........)))))))))))).....((((...))))....).(((((((........)))))))((........)))))))).))))))))))))....))))))))...)))...))))))))))))..((((...))))))).)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((.......(((((.(.........((((((........)))))).......).)))))...........................((((((...(((((....(((((....))))).....(((........))).)))))(((((((((((...........))))))))))).......((((((((.((((((((((((........)))))))))))).....(((.....))))))))....))).......)))))).......................................................)))))))))....((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((....(((.((((((...((((((((((((........))))))...............((((......................(((((((..(((((....(((((....)))))....(((((......)))))))))).((((((((((...........))))))))))....(((.((((((((((((((((((..(........)..)))))))))......((.....))))))))....))).)))..)))))))....(((......))).......))))..))))))......))))))))).....)))))))))....((((.......))))))))))))....
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....)))(((.((......))))).(((.aaa...)))((((..((((((.bbbb...))))))..........BBBB..AAA........))))((((..{{{{)))).....(((((....(((((....))))).....((((......)))).))))).((((((((((...........)))))))))).....)))....}}}}.((((((((((((...ccccc)))))))))))).........CCCCC(((((((.<<<<<<<.))))...>>>>>>>..((((((...((((.....))))....((((......))))....[[[[......))))))...((((]]]]...))))...)))......

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