RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00606

RNA: TMR_00606
Rfam family: tmRNA

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))..((((((.((((.((((((....(((((((..((((((((((...((.((((.......))))..)).........((((((........).)))))..)))))))))).((((((.......((((.((((.(((((((.((...(((.(((((..((.(((((((......(((....))).(((((((((((.........))))))))))).............)))))))))))))).)))......((....)).)).)))))))))))..))))))))))..)).)))))......)))))).)))))))))).....(((((.......))))))))))...).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))(((((((.(((((.((((((....((((((((((((.((((.((((.............)))).)))).........(((((...........)))))....(((((((((.........))))))))))))).))))))))......((((((...(((.(((((((..(((.(((........(((((((((((.........)))))))))))......))).)))))))))))))..((((....((((((...((((................))))..))))))..))))))))))..)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((.((((.((((((....(((((...(((((((((((.(((..((((.......))))...............(((...........)))))).)))))))))).((((((........((..((((.(((((((.((.(((((.((((......((((((((..............))(((((((((((.........)))))))))))..............))))))...)))).)))............)).)).))))))))))).))...)))))).)...)))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((..((((..((((((..................(((.......................)))..........(((((...........)))))((((.(((.((((.........)))).)))))))((((((.(((((...........)))))...)))))).................((((((((((.(....)..))))))))))...............((.(((((..(((((...............)))))))))).))...............................))))))..)))).))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((.((((.((((((....(((((........((((.((((.............)))).)))).........(((((...........)))))(((.(((((((((.........))))))))))))...(((((..(((((((((((...((.......)).........))))))...(((((((((((.........))))))))))).....)))))..)))).)(((....))).....((((((...((((((........))....))))..))))))...)))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((((((((......((((((...((((..(((((........[[[[.))))).......]]]].))))....................(((((.....[[[[.[[[[[[[[..)))))..]]]]]]]]]]]]((((((.(((((...[[[[[[..)))))...)))))).......]]]]]]...((((((((((..[[[[[[[[[)))))))))).......]]]]]]]]].((((((((...)))..[[[[[[...[[[[...)))))........]]]]..]]]]]]..............)))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((((((((.((((.((((((....(((((..((((((((((((.(((..((((.......))))..............((((.........)))).))).)))))))))).((((((.......((((.((((.(((((((.((.(((((.(((((..((.(((((((........((((.....(((((((((((.........)))))))))))......))))...)))))))))))))).)))............)).)).)))))))))))..)))))))))).))..)))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((.((((.((((((.....(((((((.....((((.((((.............)))).)))).........(((((...........)))))(((.(((((((((.........))))))))))))..)))))))......................((((((..............))))))(((((((..[[[[[[[)))))))............]]]]]]]..(((((..(((((.(((........)))))))))))))..................................)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....)).((((((((.((((.((((((....(((((..((((((((((((.((....(((.......)))...............((((...........)))))).)))))))))).((((((.......((((.((((.(((((((.((.......((((...((.(((((((........(........(((((((((((.........)))))))))))......)......))))))))).)))).(.(............)).)).)))))))))))..)))))))))).))..)))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((..))))((((((((......((((((....((((((((((((.((((.((((.............)))).)))).........(((((...........)))))....(((((((((.........))))))))))))).))))))))......((((((.(((((...((((((..............))))))(((((((..[[[[[[[)))))))))))).......]]]]]]]..........((((....((((((...((((.(((..))).......))))..))))))..))))))))))..)))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.........(((((...................))))).........(...(......................((.((((...........)))).))....((((((.(((((...........)))))...))))))..................((((((((...........))))))))...................(((((..(((..(((..........))).))))))))...................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.......(((((...................))))).........(...(......................((.((((...........)))).))....((((((.(((((...........)))))...))))))..................((((((((...........))))))))...................(((((..((...(((..........)))..)))))))...................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.(((((.((((((....(((((((..((((((((((.(((..((((.......))))..(((........(((....))).....))).))).)))))))))).((((((.......((((.((((.(((((((.((...(((.(((((..((.((((.........(((....))).(((((((((((.[[[[[[[[)))))))))))........]]]]]]]]))))))))))).)))......((....)).)).)))))))))))..))))))))))..)).)))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((((((((.((((.((((((....(((((.(((((((((((((......((((.......))))..............((((...........))))...)))))))))).((((((............((((.(((((((......(((.((((...((.(((((((......(((....))).(((((((((((.........))))))))))).............))))))))).)))).)))(((......)))......)))))))))))......)))))).)).))))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.(((((.((((((....((((((((.....((((.((((.............)))).)))).........(((((...........)))))....(((((((((.........))))))))).....))))))))......((((((.......(((((((........((((.....(((((((((((.........)))))))))))......))))...))))))).....((((....((((((...((((................))))..))))))..))))))))))..)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((.((((.((((((....(((((((..((((((((((...((.((((.......))))..)).........((((((........).)))))..)))))))))).((((((.......((((.((((.(((((((.((...(((.(((((..((.(((((((......(((....))).(((((((((((.(....)..))))))))))).............)))))))))))))).)))......((....)).)).)))))))))))..))))))))))..)).)))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((.((((.((((((((.((((.((((((....(((((((..((((((((((.(((..((((.......))))..(((........(((....))).....))).))).)))))))))).((((((.......((((.((((.(((((((.((...(((.(((((..((.(((((((......(((....))).(((((((((((.........))))))))))).............)))))))))))))).)))......((....)).)).)))))))))))..))))))))))..)).)))))......)))))).))))))))))))....)))).)))))))).((.........))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))(((((((.(((((.((((((....((((((((((((.((((.((((.............)))).)))).........((((((........).)))))....(((((((((.........))))))))))))).))))))))......((((((..(((((((((((((......((....))))))(((((((((.(....)..))))))))).)))).(((((.(((.((.(((((..((((((....)).((....))))))))))).)).....))).))))).)))).)..))))))..)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(.......))(((((((.((((((((((((.((((((.(...........)(((((.(.(((.((.(((...........))).))((((((........).)))))(((.(((((((((((...))..))))))))))))..)))..((((..(((((((((.((((((...((((...))))(((..)))((((((((((((((......).)))))))))))))(..)..(...)))))))(((..(((((.(((........)))))))))))...)))))).)))..).))))))))))))))).)..))))))))))))))))))....((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((.((((.((((((....((((((...((((((((((...((.((((.......))))..)).........((((((........).)))))..)))))))))).((((((............((((.(((((((.((...(((.(((((..((.(((((((........(....)...(((((((((((.........))))))))))).............)))))))))))))).)))......((....)).)).)))))))))))......))))))...).)))))......)))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.((((..((((((....(((((((..((((((((((.(((..((((.......))))..(((........(((....))).....))).))).)))))))))).((((((.......((((.((((.((((((..((...(((.(((((..((.(((((((......(((....))).(((((((((((.........))))))))))).............)))))))))))))).)))......((....)).))..))))))))))..))))))))))..)).)))))......))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.(((((........)))))....(((........))).((((((.....((((.((((.............)))).))))..........((((.........))))...((((.((((((((.........))))))))))))..)))))).(((......))).))))......((((......(((....))).(((((((((((.........))))))))))).....((((.......))))...((((((.((((......)))))))))).)))).((((...(((((((((..................))))).))))..........(((((.......)))))...))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((........))))).bbbbb(((.......)))...(((((...[[[[.[[[[.))))).......]]]].]]]].........(((((.......aaaa)))))....(((((((((..AAAA...)))))))))...((((((.(((((....ccccc..)))))...)))))).....(((....))).(((((((((((...ddddd.)))))))))))(((..((((DDDDD..))))..)))((((.((((<<<<<.)))))))).(((.((((...........>>>>>)).)))))CCCCC.)))))...BBBBB.(((((......{{{)))))..}}}.............

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