|
|
|
GGGGGCGAACGGGUUCGACGGGGAUGGAGUCCCCUGGGAAGCGAGCCGAGGUCCCCACCUCCUCGUAAAAAAGGUGGGAACACGAAUAAGUGCCAACGAACCUGUUGCUGUUGCCGCCUAAUAGAUAGGCGGCCGUCCUCUCCGGAGUUGGCUGGGCUCCGGAAGAGGGCGUGAGGGAUCCAGCCUACCGAUCUGGGCUCCGCCUUCCGGCCCGGAUCGGGAAGGUUCAGGAAGGCUGUGGGAAGCGACACCCUGCCCGUGGGGGGUCCUUCCCGAGACACGAAACACGGGCUGCGCUCGGAGAAGCCCAGGGGCCUCCAUCUUCGGACGGGGGUUCGAAUCCCCCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((...((((((((((..aaaaaaa)))))......AAAAAAA..................................((((((((.....))))))))((((((.(((((((..<<<<<<<))))))).).))))).......>>>>>>>..((((((((((((..[[[[[[[)))))))))))).........]]]]]]](.(((((((.(.(.(...{{{{{{{.).).).))))))).)........}}}}}}}...)))))......)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((((((((((.((((((((.((((((((......(((((((...........)))))))....((.......(((...((((((...((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((((.......)))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....)))..(((((((.(((.((((.......)))))))))))))).....)).......)))).))))........)))))))).))))))))))).((....))))))))))...))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((((((((((.((((((((...(((((...(((((((((((...........)))))))..(((......))).((((......)))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))......(((((((.(((.(((((....))))).))))))))))..............))))..)))))......)))))))).))))))))))).........))))))))...))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((...(((((........(((((.............)))))...................................(((((((.......)))))))(((((((.(((((((.......)))))))..)))))))................(((((((((((...........)))))))))))....................((((..(((.(((........))).))).))))......................)))))......)))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((.......(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((....((((....((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).)))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))...))))......)))...((((((.(((.(((........))).))))))))).....))...............))))).....)))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........)))))))..(((......))).(((((....))))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))......(((((((.(((.(((((....))))).))))))))))..............)))).))))))......)))))))).))))))))))).........))))))))...))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((........(((((..[[[[[[[)))))......]]]]]]]..(((......)))..((((..[[[.....))))((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).))))))))..]]]..((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))..(((..[[[.)))....]]].(((((((.((((....))))[[[........)))))))....]]].......)))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((....)).(((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........))))))...(((......))).(((((....))))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).))))))))..((...((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))...)).(((((((.(((.((((.......)))))))))))))).............))))).))))))......)))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((.......(((((((.(((((((...........))))))).))....................((.........((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).)))))))...........[[...((((((((((((.........))))))))))))..))]].............((((((.(((.(((........))).)))))))))......................))))).....)))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((....)).(((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........)))))))..(((......))).(((((....))))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..))).......((((((.(((.((((......)))).)))))))))...............)))).))))))......)))))))).)))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..))))).(((((((((((.((((((((.......(((((...(((((((...........)))))))..(((......))).....((((((.........((((((((.....))))))))(((((((((((((((.[[[[[[)))))))).)))))))........]]]]]]..((((((((((((..{{{{{{{))))))))))))..)))))).}}}}}}}...(((........))).((((((((((((..)))))............)))))))....))))).....)))))))).)))))))))))..((((((........))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((ddddd((((((((((.iiiiiiiiiii.iiiiiiii...iiiiiii..iii(((((((gggggg.....)))))))..i(bbbbb..b(<<<..)))))))))))Baaaa(((((((([[.[[))))))))((((((((((((((((>>>ee))))))))).)))))))aa(jj(.]]{{{{{{.{{{{{{{{{{{{))((((((h}}}}}}}}}}}}((.ccc)}}H)))))))I(((((((.}}}})JJAAAAAffffffff)C))))))).III.II...EE.ADDDDD.IIIII(((...IIIIIIII.IIIIIIIIIII.GGGGGGBBBBB.]]FFFFFFFF))).CC). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.....((((.(((.((((((........(((((.............)))))..........(...(.................((.((((..........)))).))((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................((((((((.............)))))))).....................(((((.((((.(((........))).))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(......(((((.............)))))..........(...(.................((.((((..........)))).))((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................((((((((.............)))))))).....................(((((.(((..(((........)))..)))))))).................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((..(((((((.((((((((...(((((...(((((((((......((((...((((.((..(((......))))).....)))).))))....((((((((.....)))))))).(((((((((((((((.....))))))))).))))))))).))))))((((((.((((((((((((..[[[[[[[)))))))))))).........]]]]]]]..(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))).............)))))).)))))......)))))))).)))))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........)))))))..(((......))).(((((....))))).((((((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))......(((((((.(((.((((......)))).)))))))))).)))).........)))).))))))......)))))))).)))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((.....((((......(((((((...........)))))))...................((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....))))......((((.......(((((((.((((....))))...........)))))))..))))........)))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((.((((((((...(...(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((...((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).)))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....(.((.(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))))).)..........))).)).))))).)...)))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((((....)))).....(((((((.((((((((.((((((((...((.(((((((...........))))))).)).((.......(((......(((.........((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).))))))))..)))..((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..))).)))..(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))).....)).......)))).))))........)))))))).))))))).)).((((((((........))))))..))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((...((((((((.((((((((...(...(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((...((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....(.((.(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))))).)..........))).)).))))).)...)))))))).))))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..)))))((((((((((((..(((((((.(..(.(((..))))(((((((.(........))))))))..((((....)))).((((((........))))))((((((((...)))))))).(((((((((((((((.......)))))))).)))))))......(.(((((......).)))).)(((((((((((((((........).))))..))))))..((((((((.((((((((......)))))))))))))))).(((.(.(((..)))).).)).))))...))))))))..)))))))))))).(((((((...)...))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((.((((((((.((((((((............((.(((((((...........))))))).))................((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..))))))..........(((((((.(((.(((((....))))).))))))))))...............................)))))))).)))))))).))...(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((..(((((((.((((((((.......(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((...((((((...((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((((.......))))))).)))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).......((.(((((((.(((.((((......)))).))))))))))))............))).)).))))).....)))))))).)))))))..))...(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....))))..(((((.....)))))......(((((..(((((....))))))))))......(((................)))...((((((...((((..((((((((.....)))))))).((((((((((((((.......))))))).)))))))..........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).((((((....(((.........))).(((.....))).)))))).......(((.....(((((...........))))).(((.......))))))..((((((........))))))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....)))...(((((.....)))))......[[[[[.....)))))).(((.]]]]].....))).(((...............<<<....))).>>>.....((((((((.....)))))))).(((((.((((((((....bbb))))))))...dddd.dd.BBB)).DDDDDD...aaaaaaaaaa)))...(((AAAAAAAAAA{{{..{{{...)))..}}}..(((..ccc....))).}}}(((.((((....))))....))).......(((((.CCC.......))))).((((........((((((.eeee.))))))...EEEE..)))).... |