CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00609



RNA: TMR_00609
Rfam family: tmRNA

GGGGGCGAACGGGUUCGACGGGGAUGGAGUCCCCUGGGAAGCGAGCCGAGGUCCCCACCUCCUCGUAAAAAAGGUGGGAACACGAAUAAGUGCCAACGAACCUGUUGCUGUUGCCGCCUAAUAGAUAGGCGGCCGUCCUCUCCGGAGUUGGCUGGGCUCCGGAAGAGGGCGUGAGGGAUCCAGCCUACCGAUCUGGGCUCCGCCUUCCGGCCCGGAUCGGGAAGGUUCAGGAAGGCUGUGGGAAGCGACACCCUGCCCGUGGGGGGUCCUUCCCGAGACACGAAACACGGGCUGCGCUCGGAGAAGCCCAGGGGCCUCCAUCUUCGGACGGGGGUUCGAAUCCCCCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((...((((((((((..aaaaaaa)))))......AAAAAAA..................................((((((((.....))))))))((((((.(((((((..<<<<<<<))))))).).))))).......>>>>>>>..((((((((((((..[[[[[[[)))))))))))).........]]]]]]](.(((((((.(.(.(...{{{{{{{.).).).))))))).)........}}}}}}}...)))))......)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((((((((((((.((((((((.((((((((......(((((((...........)))))))....((.......(((...((((((...((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((((.......)))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....)))..(((((((.(((.((((.......)))))))))))))).....)).......)))).))))........)))))))).))))))))))).((....))))))))))...)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((((((((((((.((((((((...(((((...(((((((((((...........)))))))..(((......))).((((......)))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))......(((((((.(((.(((((....))))).))))))))))..............))))..)))))......)))))))).))))))))))).........))))))))...)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((...(((((........(((((.............)))))...................................(((((((.......)))))))(((((((.(((((((.......)))))))..)))))))................(((((((((((...........)))))))))))....................((((..(((.(((........))).))).))))......................)))))......)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((.......(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((....((((....((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).)))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))...))))......)))...((((((.(((.(((........))).))))))))).....))...............))))).....)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........)))))))..(((......))).(((((....))))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))......(((((((.(((.(((((....))))).))))))))))..............)))).))))))......)))))))).))))))))))).........))))))))...)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((........(((((..[[[[[[[)))))......]]]]]]]..(((......)))..((((..[[[.....))))((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).))))))))..]]]..((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))..(((..[[[.)))....]]].(((((((.((((....))))[[[........)))))))....]]].......)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((....)).(((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........))))))...(((......))).(((((....))))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).))))))))..((...((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))...)).(((((((.(((.((((.......)))))))))))))).............))))).))))))......)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((.......(((((((.(((((((...........))))))).))....................((.........((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).)))))))...........[[...((((((((((((.........))))))))))))..))]].............((((((.(((.(((........))).)))))))))......................))))).....)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((....)).(((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........)))))))..(((......))).(((((....))))).....((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..))).......((((((.(((.((((......)))).)))))))))...............)))).))))))......)))))))).)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..))))).(((((((((((.((((((((.......(((((...(((((((...........)))))))..(((......))).....((((((.........((((((((.....))))))))(((((((((((((((.[[[[[[)))))))).)))))))........]]]]]]..((((((((((((..{{{{{{{))))))))))))..)))))).}}}}}}}...(((........))).((((((((((((..)))))............)))))))....))))).....)))))))).)))))))))))..((((((........)))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((ddddd((((((((((.iiiiiiiiiii.iiiiiiii...iiiiiii..iii(((((((gggggg.....)))))))..i(bbbbb..b(<<<..)))))))))))Baaaa(((((((([[.[[))))))))((((((((((((((((>>>ee))))))))).)))))))aa(jj(.]]{{{{{{.{{{{{{{{{{{{))((((((h}}}}}}}}}}}}((.ccc)}}H)))))))I(((((((.}}}})JJAAAAAffffffff)C))))))).III.II...EE.ADDDDD.IIIII(((...IIIIIIII.IIIIIIIIIII.GGGGGGBBBBB.]]FFFFFFFF))).CC).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((.....((((.(((.((((((........(((((.............)))))..........(...(.................((.((((..........)))).))((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................((((((((.............)))))))).....................(((((.((((.(((........))).))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(......(((((.............)))))..........(...(.................((.((((..........)))).))((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................((((((((.............)))))))).....................(((((.(((..(((........)))..)))))))).................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((..(((((((.((((((((...(((((...(((((((((......((((...((((.((..(((......))))).....)))).))))....((((((((.....)))))))).(((((((((((((((.....))))))))).))))))))).))))))((((((.((((((((((((..[[[[[[[)))))))))))).........]]]]]]]..(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))).............)))))).)))))......)))))))).)))))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((((...........)))))))..(((......))).(((((....))))).((((((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).......((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..)))......(((((((.(((.((((......)))).)))))))))).)))).........)))).))))))......)))))))).)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((.....((((......(((((((...........)))))))...................((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....))))......((((.......(((((((.((((....))))...........)))))))..))))........)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((((.((((((((...(...(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((...((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).)))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....(.((.(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))))).)..........))).)).))))).)...)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((((....)))).....(((((((.((((((((.((((((((...((.(((((((...........))))))).)).((.......(((......(((.........((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....)))))))).))))))))..)))..((((((((.((((((((((((.........))))))))))))..)))))..))).)))..(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))).....)).......)))).))))........)))))))).))))))).)).((((((((........))))))..)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((...((((((((.((((((((...(...(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((...((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).....(.((.(((((((.(((.(((((....))))).)))))))))))).)..........))).)).))))).)...)))))))).))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..)))))((((((((((((..(((((((.(..(.(((..))))(((((((.(........))))))))..((((....)))).((((((........))))))((((((((...)))))))).(((((((((((((((.......)))))))).)))))))......(.(((((......).)))).)(((((((((((((((........).))))..))))))..((((((((.((((((((......)))))))))))))))).(((.(.(((..)))).).)).))))...))))))))..)))))))))))).(((((((...)...)))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((.((((((((.((((((((............((.(((((((...........))))))).))................((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....))))))))).))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..))))))..........(((((((.(((.(((((....))))).))))))))))...............................)))))))).)))))))).))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((..(((((((.((((((((.......(((((((.(((((((...........))))))).))........(((((...((((((...((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((((.......))))))).)))))))).........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).......((.(((((((.(((.((((......)))).))))))))))))............))).)).))))).....)))))))).)))))))..))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....))))..(((((.....)))))......(((((..(((((....))))))))))......(((................)))...((((((...((((..((((((((.....)))))))).((((((((((((((.......))))))).)))))))..........))))...((((((((((((.........))))))))))))..)))))).((((((....(((.........))).(((.....))).)))))).......(((.....(((((...........))))).(((.......))))))..((((((........)))))).........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))...(((((.....)))))......[[[[[.....)))))).(((.]]]]].....))).(((...............<<<....))).>>>.....((((((((.....)))))))).(((((.((((((((....bbb))))))))...dddd.dd.BBB)).DDDDDD...aaaaaaaaaa)))...(((AAAAAAAAAA{{{..{{{...)))..}}}..(((..ccc....))).}}}(((.((((....))))....))).......(((((.CCC.......))))).((((........((((((.eeee.))))))...EEEE..))))....