RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00610

RNA: TMR_00610
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((....(((.((((((((((((((...(((((.......((((((....((((((.(((..((...(((((((((......))))).((((((((.....))))))))..((((((((((((((.........)))))))).))))))))))....))...))))))))).(((...((.(((((.((((((.(((((....))))).))))))....)))))..(((((....)))))))..))).))))..)).......)))))..)))))))....))))))))))....))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((.(((.((((((((((((((((((.(((....))).))))...........((((........)))(((((......)))))(((((((((.....)))))))))(((((((((((((((.........)))))))).))))))).(((..((....(....)((((((((..(((....)))))))))))))..)))..............)............(((((((.....(((.......))).....)))))))...)))))...)).))))))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((....(((..((((((.((((((..............................................................(((((((.........)))))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))..................................................................(.....((...((........))...))....).....................)))))).....)))))).)))....))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((..(.((..((((((.(((((((...(((.((((................)))).))).........(((((......)))))..((((((((.......))))))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))........(((((..((.((((((((..((....))..))))))))....))....)))))....((((.(((((.(((........))).)))))))))....................)))))...))..)))))).)).)..))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((..((((((.((.(((.((((((((((((((((((.(((....))).)))).......((.((((((......))))(((((......)))))(((((((((.....)))))))))(((((((((((((((..(....).)))))))).))))))).(((..(((..(((())))(((((((..((((()))))))))))))))..)))..............)).))(((())))(((((((.....(((.......))).....)))))))...)))))...)).))))))))))..)))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........((((((((((((((...(((((((.(((....)))....(((((((..........(((((((((......)))))(((((((((.....))))))))).((((((((((((((.........)))))))).))))))))))...........)))))))))).........((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))))))..)))))))....))))))).......))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((.(((.((((((((((((((.(((.(((....))).)))......(((((((.((..((...(((((((((......))))).((((((((.....))))))))..((((((((((((((.........)))))))).))))))))))....))..)).))))))).((....))..(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))).....)))))))....))))))))))..))))))))...(((((......))))).)))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((....(((.((((((((((((((.........................(((((((.((...........(((((......)))))(((((((((.....)))))))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))...........)).)))))))............((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((.[[...)))).)))))))))..........))))]]....)))))...)).))))))))))....))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((.(((.((((((((((((((((((.(((....))).)))).....(((((((.((..((....((.(((((......))))).((((((((.....)))))))).(((((((((((((((.........)))))))).))))))))).....))..)).))))))).((....))..(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))).....)))))))....))))))))))..))))))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........((((((((((((((...((((((((((((..))))......))))((((......((((((((((......)))))(((((((((.....)))))))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))(((((...((((((...)))))).......[[[[[))))))))))............]]]]]..))))))))........(((((((.....(((.......))).....)))))))...)))))))....))))))).......))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..(((((.((.....((((.(((.((((((.......(((((..............)))))........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((.((((.........)))).)))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((..(((........))).)))))))))................))..)))))).....))).)))).....))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..(((((.((.....((((.(((.((((((.(.....(((((..............)))))........(...(..................((.((((.........)))).))((((((.(((.((((.........)))).)))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((..(((........))).)))))))))................)).))))))).....))).)))).....))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((.(((.(((.((((((((((((((..((...(((.(((....)))....(((((((.((..((...(((((((((......))))).((((((((.....))))))))..((((((((((((((.........)))))))).))))))))))....))..)).))))))))))........(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))).))..)))))))....))))))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((.(((.((((((((((((((((((.(((....))).)))).....(((((((..............(((((......)))))(((((((((.....)))))))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))..............)))))))...........(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.(((((....))))).))))))))).....[[[..))))).]]].)))))))....))))))))))..))))))))...((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........((((((((((((((...((((((((................)))).((((......))))(((((......)))))(((((((((.....)))))))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))......)))).((((.......))))......(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.(((((....))))).)))))))))..........))))).....))))))))....)))))).......))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((.(((.((((((((((((((..((...(((.(((....)))....(((((((.((..((...(((((((((......))))).((((((((.....))))))))..((((((((((((((..(....).)))))))).))))))))))....))..)).))))))))))........(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))).))..)))))))....))))))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....(((.......)))...(((.(((.((((((((((((((...((((....(((....))).....((((((.((..((...(((((((((......))))).((((((((.....))))))))..((((((((((((((.........)))))))).))))))))))....))..)).)))))).)))).......(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))).....)))))))....))))))))))..))).))).((.(((((........))))).)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((.(((.(((.((((((((((((((...(((((((.(((....)))....(((((((.((..((...(((((((((......)))))(((((((((.....))))))))).((((((((((((((..(....).)))))))).))))))))))....))..)).)))))))))).........((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))))))..)))))))....))))))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........((((((.(((((((.(((((((((((((.((((((.((((.((...........)))))).)))((..))(((((((((...).))))...((((((((.......))))))))((((((((((((((((......).)))))))).))))))).(.....)((((((..)))).)).))).)...(((((((((((.((((......)).))))))).)(((.((((((((((......)))))))))))))(........).)))))...)))))))...)).)))))))))))).))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((.(((.((((((((((((((...........(((....)))....(((((((.((..((.....((................(((((((((.....)))))))))(((((((((((((((..(....).)))))))).)))))))..))...))..)).)))))))...........(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))).....)))))))....))))))))))..))))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((.(((.(((.((((((((((((((..((...(((.(((....)))....(((((((.((..((...(((((((((......))))).((((((((.....))))))))..((((((((((((((.........)))))))).))))))))))....))..)).))))))))))........(((((((((((.(((((....))))).))))))((((.(((((.((((......)))).)))))))))..........))))).))..)))))))....))))))))))..))))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((......)))).....((((((((.........)))).))))......((((................)))).((((......)))).((((......)))).(((((((((.....))))))))).((((((((((((((.........)))))))).)))))).(((((.....(((.....)))(((......)))..)))))(((((((((....))).((((.((....))))))..((((......)))).)))))).(((.(((.................))).(((.........)))...)))..((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((................((((((((..{{{{{..)))).)))).(((..((((.....}}}}}......)))).((((......)))).((((......)))).(((((((((.....)))))))))..)))..((((((((....<<<<<)))))))).((([[[[[))).......((]]]]])).(((((....>>>>>...))))).(((((....)))))...(((((....))))).))).(((((((aaaaa...aaa............)))))))..((((AAA...........))))....AAAAA(((.(((((.......)))))....)))....

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