RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00611

RNA: TMR_00611
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((.(((((((((((((.((..(((((((((..((((((((((((((((((.............))))....................))))))))).....(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))................((((((((((((........))))))))))))........((((.((..(((((((.(((((....))))).)))))))..))...))))..............))))).....)))))))))..)))))))))).........))))).)).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((......(((((((.......(((((....(((((.............)))))............((.............))....(((((((......)))))))((((((((((((((........))))))).)))))))..................((.((((((..........)))))).))...............((...((((((.(((((....))))).))))))...))......................))))).....))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((..(((((((((..(((((...((..((((((.............)))))).......................((((((...((((((........))))))((((((((((((((........))))))).))))))).......))))))...((((((((((((........)))))))))))).............((..(((((((.(((........))).)))))))..))....(((.....))).))...))))).....)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((.(((((((((((((.((..(((((((((..((((((((((((((((((.............))))....................)))))))))((((((((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))........)))))...((((((((((((.((...))))))))))))))........((((.((..(((((((.(((((....))))).)))))))..))...))))..............))))).....)))))))))..))))))))))..(....).))))).)).)))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((....((((((((.....(((((((((......((((((..((((((.............))))))...........((((........(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........))))))))))))........((((.....(((((((.((((......)))).))))))).......))))..........))))))))))....)))))))))....)))))))))))).(((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((..((((.(((((((..((.....((((.((((..(((.((((((.............)))))).......................(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........))))))))))))...)))..)))).((..(((((((.((((......)))).)))))))..))....))))..))..))))))).))))..))))))....(((((.....)))))...((((......)))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((.....((((((((.((..(((((((((......(((((...((((((.............))))))..........(((((........(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........))))))))))))........((((.((..(((((((.(((((....))))).)))))))..))...))))..........))))))))))....)))))))))..)))))))))).)))((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................................................((((((.............))))))..............................((((.............)))).(((((...(((.((.(.....)))).))....)))))................(((((((((....(.....)...)))))))))..............(((((((((..(.((......)).).).))))))))........................................................(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((....((((((((.....(((((((((..((((((((((((((((((.............))))))....................)))))))((((((((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))........)))))...((((((((((((..[[[[[.))))))))))))......]]]]].((((...))))......(((((((........(((.......))).....)))))))...))))).....)))))))))....))))))))))))((((((..)))))))))))))))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((..((((.(((((((....[[[..((((.((((((((((((((((.............))))))....................))))))((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......))))......((((((((((((.((...))))))))))))))........)))).....(((((((.(((((....))))).)))))))........))))......))))))).))))..))))))]]].(((((.....)))))...(((((....))))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..........((((((((.....(((((((((......(((((...((((((.............))))))..........(((((........(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........))))))))))))........((((.....(((((((.(((((....))))).))))))).......))))..........))))))))))....)))))))))....))))))))....(((((....))))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((((((((..((((.(((((((..((.....((((.((((..(((.((((((.............)))))).......................(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........))))))))))))...)))..)))).((..(((((((.((((......)))).)))))))..))....))))..))..))))))).))))..))))))........))))))))).((.(((((.......)))))....)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((....((..(((.(((..(((((((((..(...((((((..((((((.............))))))...........((((.((.....(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........)))))))))))).....)).((((.((..(((((((.((((......)))).)))))))..))...))))..........)))))))))).)..)))))))))..))))))..))))))((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((((((((((((((.((((((((......((.(((((((((((((.............))))....................)))))))))))..((((((((.(....(.(((((.((((((((((((..........)))))).))))))))))).)...))).(((((((((((((((........)))))))))))))))....((...(((((((((((((((((......)))))))))))))))))...))...).)))))(((.(........))))))))))))))))))))))).(((..))))))))).)))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..........((..(((......(((((((((......(((((...((((((.............))))))...........((((........(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........))))))))))))........(((..((..(((((((.((((......)))).)))))))..))....)))..........)))).)))))....))))))))).....)))..))..................)))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((..((((.(((((((..((.....((((.((((..(((.((((((.............)))))).......................(((((((..(((((((......)))))))((((((((((((((((....))))))))).)))))))......)))))))...((((((((((((........))))))))))))...)))..)))).((..(((((((.((((......)))).)))))))..))....))))..))..))))))).))))..))))))......((((....(((((((....))))))))))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....)))).(((.((((((............)).)))).....((((((.............)))))).......................(((((((..(((((((......))))))).(((((((((((((((....))))))))).)))))).......)))))))...((((((((((((........))))))))))))........(((.......(((((..((((......)))).....((((..............)))).))))).(((((...........)))))..))).((((((....))))))..))).))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((.bbbb...))).BBBB.(((.............(((((..aaaaaa.))))).......AAAAAA...........(((.........(((((((..(((((((......))))))).(((((((((((((((....))))))))).)))))).......)))))))...((((((((((((..[[[[[[)))))))))))).....]]]]]].(((..{{{)))..((((...}}}))))....(((((...<<<<<<<....)))))..))).(((((...>>>>>>>.)))))..))).((((((....)))))).....)))))))))....

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