|
|
|
GGGGGUGAAACGGUCUCGACGGGGGUCGCCGAGGGCGUGGCUGCGCGCCGAGGUGCGGGUGGCCUCGUAAAAACCCGCAACGGCAUAACUGCCAACACCAACUACGCUCUCGCGGCUUAAUGACCGCGACCUCGCCCGGUAGCCCUGCCGGGGGCUCACCGGAAGCGGGGACACAAACCCGGCUAGCCCGGGGCCACGCCCUCUAACCCCGGGCGAAGCUUGAAGGGGGCUCGCUCCUGGCCGCCCGUCCGCGGGCCAAGCCAGGAGGACACGCGAAACGCGGACUACGCGCGUAGAGGCCCGCCGUAGAGACCUUCGGACGGGGGUUCGACUCCCCCCACCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(.(.((((.((((.((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>...............................((((((........))))))(((((.((((.((((..[[[[[[))))..))))...))))).......]]]]]]..((((((((....aaaaaaa..)))))))).........AAAAAAA...((((((((.(((.{{{{{{{)))...))))))))...........}}}}}}}...)))))....)))))))).).).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((((((...(((((((((((...(((....(((((((((............))))))...((((....))))...))).....)))..((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...((((((((...)))))..))).((...((((((((.(((((....)))))...)))))))).....))...(((((.......)))))...))))).)))).)))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.(((((((.(.(((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))........)))))..))..).))))))))))))...((((.(((...)))....)))).....((((((((.(((((....)))))...))))))))..........(((((.......)))))...))))).)))).)))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.................((((((......((((((............))))))................................((((..........)))).............(((........))).....................................................................................................................................))))))..................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(.((((((.(((((((((...(((((((((((.....(((...((((((((............))))))).)))).........................((((((........))))))(((((((((((.(((((....)))))..)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...((((..............)))).....((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.....)))..((((....)))).))))).)))).)))))).).....(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((((.(((((((((((.((((((((((((.(((((((.(((((((((............)))))))..((((....))))................((((((.(....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......))))))..))..).))))))))))))...((((((((...))))...))))))((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))........(((((.......)))))...))))).)))).)))))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.((((((((((((((((((((((((..(((......(((((((............)))))))..((((....))))...........)))..((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))........((((.....))))))))))))))))...((((((((...)))))..))))))...((((((((.(((((....)))))...))))))))...((((.....(((.....)))))))...))))).)))).)))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((...(((...)))...)))).((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((......))))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((((((...(((((((((((...((((.....(((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......[[[[))..)).]]]])))))))))))....((.((((...))))....))......((((((((.(((((....)))))...))))))))...........((((.......))))....))))).)))).)))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((((((...))))....)))).((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((((((((({{{{{{{{{{{..((((((..))))))))))))).........))))..(((((......(((........((((((..((((((........))))))(((((((((((((((..[[[[[[)))).)))))..)))))).......]]]]]]..(((((((}}}}}}}}}}}....)))))))..(((((.....)))))..((((((((.((((((..))))))...))))))))....((((...))))........)))))).)))..))))).)))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(..................(.((((........)))).)((((((.(((.((((........))))..)))...)))))).................((((((((.........))))))))....................(((((((((((((........)))..))))))))))................))..))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(..................(.((((........)))).)((((((.(((.((((........))))..)))...)))))).................((((((((.........))))))))....................(((((((((.(((........)))...)))))))))................)).)))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....))..((((((((..((((((((((((.((.((((...(((((((............))))))).))))....(((((................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))..........))).))..)).))))))))))))...(((((..((((((((...((((((((.((((((((.(((((....)))))...)))))))).....(((...((((.....))))))).))).))).))...)))..)))))..)))))...))))))))..))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.((((((.(((((((((...((((((((((((......((((((((((((............)))))))..((((....))))................((((((.((...))))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).......))))))))))))...((((((((...))))....)))).((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))))).....((((((...).))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((((((...(((((((((((.....((((...(((((((............))))))).)))).........................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...((((..............)))).....((((((((.(((((....)))))...))))))))....((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((......))))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....))..((((((((..((((((((((((.((.((((...(((((((............))))))).))))....(((((................(((((((.....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))..........))).))..)).))))))))))))...(((((..((((((((...((((((((.((((((((.(((((....)))))...)))))))).....(((...((((.....))))))).)).)))).))...)))..)))))..)))))...))))))))..))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......((((((.(((((((((...((((((((((((.((.((((...(((((((............))))))).))))....(((((................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))..........))).))..)).))))))))))))...((((.(((...)))....))))..((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).))))))))).((.(((((........)))))...))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................(((((((.....).))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((((((...)))))..))))))((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(.(((((((.((((((((.((((((((((((((...((((..))))(((((...........).))))....(((......)))....(((.((((((...(((((.(.....))))))..).)).((((((((((......))))).)))))((.(((((......)))))))))).).)))))))))))))).)((((((..(........))))))).((.(((((((((((((((..)))))).).)))))))))).(((((...))))).(((((..))))))))))).))).))))))).).((..((((((...))))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....))..((((((((..((((((((((((.((.((((....((((((............))))))...((((....))))................(((((((.....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).........)))).....)).))))))))))))...(((((..((((((((...((((((...((((((((.(((((....)))))...))))))))............(((.....)))........)))).))...)))..)))))..)))))...))))))))..))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....))..((((((((..(((((((((((...(((....(((((((((............))))))...((((....))))...))).....)))..((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...(((((..((((((((...(((((((..((((((((.(((((....)))))...)))))))).....(((...((((.....)))))))...))))).))...)))..)))))..)))))...))))))))..))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....((((....)))))))))...((((((....))))))..(((((((((............))))))...((((....))))...)))......(((.((((((........))))))......(((((((((((....)))))).))))).)))(((........))).(((.((((((((.............))))))))..)))....(((((.....)))))(((.(((((....)))))...))).(((((.....(((.(((((.......)))))..(((.............))))))...(((((........))))).))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.......(((....))).((((((((((((((....))))))..((((((((({{{{........))))))...((((....))))...)))..........((((((........)))))).)))).(((((((((((....)))))).)))))...((((........))))....((((((((.....aaaaa...)))))))).......AA.AAA}}}}..((((((((.(((((....)))))...)))))))).....)))).(((((..[[[[[)))))..(((.....]]]]]...)))(((((.<<<<.)))))....>>>>.....)))). |