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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00612



RNA: TMR_00612
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.(((((((.(.(((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))........)))))..))..).))))))))))))...((((.(((...)))....)))).....((((((((.(((((....)))))...))))))))..........(((((.......)))))...))))).)))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((.................((((((......((((((............))))))................................((((..........)))).............(((........))).....................................................................................................................................))))))..................))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(.((((((.(((((((((...(((((((((((.....(((...((((((((............))))))).)))).........................((((((........))))))(((((((((((.(((((....)))))..)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...((((..............)))).....((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.....)))..((((....)))).))))).)))).)))))).).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((.(((((((((((.((((((((((((.(((((((.(((((((((............)))))))..((((....))))................((((((.(....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......))))))..))..).))))))))))))...((((((((...))))...))))))((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))........(((((.......)))))...))))).)))).)))))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.((((((((((((((((((((((((..(((......(((((((............)))))))..((((....))))...........)))..((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))........((((.....))))))))))))))))...((((((((...)))))..))))))...((((((((.(((((....)))))...))))))))...((((.....(((.....)))))))...))))).)))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((...(((...)))...)))).((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((......))))).)))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((((((...))))....)))).((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..((((((((((({{{{{{{{{{{..((((((..))))))))))))).........))))..(((((......(((........((((((..((((((........))))))(((((((((((((((..[[[[[[)))).)))))..)))))).......]]]]]]..(((((((}}}}}}}}}}}....)))))))..(((((.....)))))..((((((((.((((((..))))))...))))))))....((((...))))........)))))).)))..))))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(((((((((...(((((((((((.....((((...(((((((............))))))).)))).........................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...((((..............)))).....((((((((.(((((....)))))...))))))))....((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((......))))).)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................(((((((.....).))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((((((...)))))..))))))((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(.(((((((.((((((((.((((((((((((((...((((..))))(((((...........).))))....(((......)))....(((.((((((...(((((.(.....))))))..).)).((((((((((......))))).)))))((.(((((......)))))))))).).)))))))))))))).)((((((..(........))))))).((.(((((((((((((((..)))))).).)))))))))).(((((...))))).(((((..))))))))))).))).))))))).).((..((((((...)))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....))..((((((((..((((((((((((.((.((((....((((((............))))))...((((....))))................(((((((.....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).........)))).....)).))))))))))))...(((((..((((((((...((((((...((((((((.(((((....)))))...))))))))............(((.....)))........)))).))...)))..)))))..)))))...))))))))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....))..((((((((..(((((((((((...(((....(((((((((............))))))...((((....))))...))).....)))..((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...(((((..((((((((...(((((((..((((((((.(((((....)))))...)))))))).....(((...((((.....)))))))...))))).))...)))..)))))..)))))...))))))))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....((((....)))))))))...((((((....))))))..(((((((((............))))))...((((....))))...)))......(((.((((((........))))))......(((((((((((....)))))).))))).)))(((........))).(((.((((((((.............))))))))..)))....(((((.....)))))(((.(((((....)))))...))).(((((.....(((.(((((.......)))))..(((.............))))))...(((((........))))).)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.......(((....))).((((((((((((((....))))))..((((((((({{{{........))))))...((((....))))...)))..........((((((........)))))).)))).(((((((((((....)))))).)))))...((((........))))....((((((((.....aaaaa...)))))))).......AA.AAA}}}}..((((((((.(((((....)))))...)))))))).....)))).(((((..[[[[[)))))..(((.....]]]]]...)))(((((.<<<<.)))))....>>>>.....)))).