RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00614

RNA: TMR_00614
Rfam family: tmRNA

			GGGGGCGAAAGGACUCGACGGAGGUAGUGAGGGCUAAGCUGCAUGCCGUGGUUCCUGCCACCACGUAAAACAGGUAGGGAAAACACAACUGCCAACAACGAAUUGGCACUCGCUGCUUAAUUAAAAGCAGCCGUCUUCCCAAGUUCUGCUCUGAGGCUUGGGCAAGGCGUCAUAAAUCAGAGCUAUCCUAAGGCACAAACCCGAUGCCUUAGGGAGAGCUAAGGGUUGUAGGAGCUUAGAGAGCCUGUGGAAGGGCGAGCUAACUUCCGAAUCCUAAAACUUCCACUAAGCAUGUAGAUGCUUAGAAGUAGCACCUUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..(.(...((((((..((((((((((.aaaaaaa.))))).......AAAAAAA................................(((((((......)))))))((((((.((.((.((.<<<<<<<)).)).)).)))))).......>>>>>>>..((((((((((..{{{{{..))))))))))........}}}}}.(.((((.((((...(((.[[[[[[[)))...)))).)))).).........]]]]]]]...))))).....))))))...).).)))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.(((.((((..(((((.........)))))...))))(((((((((..((..............((((..((.....((((((.......))))))...(((((((......))))))).))..)))).(((((((((((((....(((........)))....)))))))..((((((((((.........))))))))))))))))..))...)))))))))....))))))((((..(((((((((....((((((.......(((((...(((((((....))))))))))))......))))))....)))))).))))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.((.....(((((((((((((((((((.......))))))........................((((((.......))))))...(((((((......)))))))((((((((((((((.........)))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((...((((.((((...((((......))))...)))).)))).))))))..............)))))))...)))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((........((((((.((((((............................................((.............))....((((((........))))))((((((.((((((...........))))))..))))))..................................................................((((...(((........)))...))))..........................))))))....)))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((...(((....((((((..(((((((((((.......)))))).......(((((............((((((.......))))))...(((((((......)))))))(((((((((((((.(........)))))))).)))))).............)))))((((((((.........))))))))((((......(((...(.((((.((((...((((......))))...)))).)))).)..)))....))))......))))).....))))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((..(((((((.((.....(((((((((((((.(((.((((((((.............))))))))...)))...((((((.......))))))...(((((((......)))))))((((((((((((((.........)))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((...((((.((((...((((......))))...)))).)))).))))))..............)))))))...)))))).....))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((....)))(((((...[[[...)))))..]]](((.((((((((.............))))))))...)))...((((((.......))))))...(((((((......)))))))(((((((((((((...[[[[[[[.))))))).)))))).......]]]]]]]..((((((((((..[[[[[..))))))))))........]]]]].(((((..((((...((((......))))...))))..[[[[[[)))))..(((((...(((((((....))))))))))))......]]]]]].(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.((.....(((((((((((((.((((((((((((.............)))))))).........((((((.......))))))...(((((((......)))))))(((((((((((((((......)).))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((...((((.((((...((((......))))...)))).)))).)))))).......))))...)))))))...)))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.((.....(((((((((((((.((((((((((((.............)))))))).........((((((.......))))))...(((((((......)))))))((((((((((((((.........)))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((...((((.((((...((((......))))...)))).)))).)))))).......))))...)))))))...)))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.((.....(((((((((((((.((((.(((((((.............)))))))..........((((((.......))))))...(((((((......)))))))(((((((((((((((......)).))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((...((((.((((...((((......))))...)))).)))).)))))).......))))...)))))))...)))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((....(((.(((((((......(((((([[[[[[[)))))).......]]]]]]].....(((((((((((.......))))))...(((((((......)))))))((((((((((((((.........)))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..))))....)))))...)))))))....))).((((((..........................))))))((((((((....)))))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((..(((.((((((.......(((((...............)))))........(...(.....................((((..........)))).((((((.(((((((.........)))))))..))))))...................(((((((.........)))))))...................((((((((((..(((........)))..)))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((..(((.((((((.(.....(((((...............)))))........(...(.....................((((..........)))).((((((.(((((((.........)))))))..))))))...................(((((((.........)))))))...................(((((((((...(((........)))...))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.(((.((((..(((((.........)))))...)))).((((((((.(((..............(((((.((.....((((((.......))))))...(((((((......))))))).)).))))).(((((.(((((((......(((.....))).....)))))))..((((((((((.........)))))))))).)))))...))).)))))))).....))))))..((((...((((((....((((((.......(((((...(((((((....))))))))))))......))))))....)))))).))))...)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.(((....(((((((((((((.((((((((((((.............)))))))).........((((((.......))))))...(((((((......)))))))(((((((((((((...........))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((...((((.((((...((((......))))...)))).)))).)))))).......))))...)))))))...))))))...).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((........(((((((((((((.((((((((((((.............)))))))).........((((((.......))))))...(((((((......)))))))((((((((((((((.........)))))))).))))))...........((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((...((((.((((...((((......))))...)))).)))).)))))).......))))...))))))))...))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.(((.((((..(((((.........)))))...)))).((((((((.(((..............(((((.((.....((((((.......))))))...(((((((......))))))).)).))))).(((((.(((((((......(((.....))).....)))))))..(((((((((((......).)))))))))).)))))...))).)))))))).....))))))..((((...((((((..(.((((((.......(((((...(((((((....))))))))))))......)))))).)..)))))).))))...)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....(((.....((((((((((....(((...(((((.((...(((((((((.(((..............(((((.((.....((((((.......))))))...(((((((......))))))).)).))))).(((((((((((((......(((.....))).....)))))))...(((((((((.........))))))))).))))))...))).)))))))))......)).)))))...)))..))).)))))))..)))....(((((...(((((((....))))))))))))....)))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.((...(((((((((....(((...(..((.(((..(((((((((.(((..............(((((.((.....((((((.......))))))...(((((((......))))))).)).))))).(((((((((((((......(((.....))).....)))))))..(((((((((((......).))))))))))))))))...))).)))))))))....).)).))..)...)))..)))).)))))((((((....(((((...(((((((....)))))))))))).((..(....)..)))))))))).)))...)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.((((((..)(((.((((.(((((((((((.(..(((((.(......))))))..)).)))))))))).).))).))).((((.......))))..(((.(((((((..))).).))..(((((((((((((((......)).))))))).))))))((........)).....((((((((...........)))))))).)))).((((.((......))))))))))))))..((((((((..)))..))))).....(.....(((.(.(((((((((..)))))))))).).))...((..))).((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.(((....(((...(..((.(((..(((((((((.(((..............(((((.((.....((((((.......))))))...(((((((......))))))).)).))))).(((((((((((((......((.......)).....)))))))..(((((((((((......).))))))))))))))))...))).)))))))))....).)).))..)...)))..)))..)))))).........((((...((((((((....))))))))))))..............................)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.((.....(((((((((((((.((((.((((((.(((..............(((((.((.....((((((.......))))))...(((((((......))))))).)).))))).(((((.(((((((......(((.....))).....)))))))..((((((((((.........)))))))))).)))))...))).))))))..((((.((.....((((((..........))))))..)))))).....))))...)))))))...)))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........((((..(((((.........)))))...))))..((((((((.............)))))))).........((((((.......))))))...(((((((......))))))).((((((((((((((......)).))))))).)))))............((((.((((((((((.........))))))))))..)))).((((((.((((...........)))).(((((..........))))).))))))............((((((....)))))).((((......))))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((((((.((....<<<)))))........>>>....((((.{{{{{{{{..)))).......}}}}}}}}.........((((((.......))))))...(((((((......)))))))..))).(((.......bbbbbbb.bbb.)))...BBB........BBBBBBB..((((((((((aaa.aaa..)))))))))).((((...))))AA.(((.AAAA......)))(((((((.....[[[[.....[[[[........)))))))(((((((....)))))))((((]]]]..))))....(((((]]]]...))))).))))))....

---